哲宗元祐元年，诏御史中丞刘挚、右正言王觌等刊脩《元丰敕令格式》。
先是挚言：“元丰中，命有司编脩令，凡旧制载於敕者，多移之於令，盖违法敕之法重，违令之罪轻，此足以见神宗仁厚之德。而有司不能广，乃增多条目，离析旧制，用一言而立一法，因一事而生一条，意苛文晦，不足以该事物之情。行之几时，盖已屡变。今所续降者，半岁一颁，无虑数帙。宜选经术儒臣明於治体、练达民情者，取庆历嘉祐以来新旧敕，参照去取，略行删正，以成一代之典。”右谏议大夫孙觉亦言：“《元丰编敕》细碎烦多，难以检用，甚为今日之患。朝廷立法简易，当使人人通晓。宜特置局，择通经义、明法律者为脩敕官，命大臣典领，则朝廷仁厚之意可以宣布四方矣。”帝从其请，故有是命。至绍圣以後，诏并用熙宁、元丰旧例。元符中，复参用元祐、元丰条目。崇宁元年，乃诏编敕所并依《元丰敕令格式》勿复编脩。其元祐以後所脩者，并毁版。
三年，诏罢大理寺右治狱，户部如三司故事，置推勘法官，治在京钱榖事。寻诏：“大理狱既废，开封府军巡院事众，其复置判官一员，府司妨碍公事体小者，送户部取勘。”
先是，元丰初，置大理狱，本以惩革囚系淹滞，事有所统，而崔台符等不能奉承德意，士大夫小有连逮，辄捕系，虽命妇亦不免追摄。逻者所探报，下之於狱。傅会锻炼，无不诬服。人皆惕息。至是，台符等皆得罪，狱亦罢。
五年，诏：“诸路兵官及使臣有罪，自枢密院以下所属鞫治者，奏案申枢密院取旨。”又诏刑部：“命官犯罪，事干边防军政，文臣申尚书省，武臣申枢密院。”
刑部言：“佃客犯主，加凡人一等。主犯之，杖以下勿论，徒以上减凡人一等。谋杀盗诈及有所规求避免而犯者，不减。因殴致死者，不剌面，配邻州，情重者奏裁。”从之。
七年，臣僚言：“法寺断狱，大辟失入有罚，失出不坐。常人之情，自择利害，谁肯公心正法者。请自今失出死罪五人，比失入一人，失出徒、流罪三人，比失入一人者。著为法。”从之。
八年，中书省言：“往诏内外，岁终具诸狱囚死之数。初无禁系多寡之限，至元祐七年，诸路所上刑部狱死之数，遂以禁系二十而死一则不具，即是岁系二百人许以十人狱死，恐州县弛意狱事，甚非钦恤之意。”诏刑部自今不许辄分禁系之数。
绍圣四年，治同文馆狱。
章惇、蔡卞用事，既再追贬吕公著、司马光及谪吕大防等过岭，意犹未快，仍用黄履疏、高士京状追贬王珪，皆诬以“图危上躬”，其言浸及宣仁，上颇惑之。最後，起同文馆狱，将悉诛元祐旧臣。时太府寺主簿蔡渭奏：“臣叔父硕，尝於邢恕处见文及甫元祐中所寄恕书，具述奸臣大逆不道之谋。及甫，彦博子也，必知奸状。”诏翰林承旨蔡京、中丞安惇同究问。初，及甫与恕书，自谓：“毕禫当求外，入朝之计未可必，闻已逆为机阱，以榛塞其涂。”又谓：“司马昭之心，路人所知。”又云：“济之以粉昆，平类错立，欲以眇躬为甘心快意之地。”及甫尝语蔡硕，谓司马昭指刘挚，粉昆指韩忠彦，眇躬，及甫自谓。盖俗称驸马都尉为“粉侯”，人以王师约故，呼其父尧臣为“粉父”，忠彦乃嘉彦之兄也。及甫除都司，为刘挚尝论彦博不可除三省长官，故止为平章重事。及彦博致仕，及甫自权侍郎以脩撰守郡，母丧除，与恕书请补外，因为譟忿诋毁之辞。及置对，则以昭比挚如旧，眇躬乃以指上，而粉昆乃谓指王岩叟面如傅“粉”，故曰“粉”，焘字况之，以“况”为兄，故曰“昆”，斥挚将谋废立，不利於上躬。京、惇言：“事涉不顺，及甫止闻其父言，无他证佐，望别差官审问。”诏中书舍人蹇序辰审问，仍差内侍一员同往。蔡京、安惇等共治之，将大有诛戮，然卒不得其要领。会星变，上怒稍息，然京、惇极力锻炼不少置。既而梁焘卒於化州，