3．嘉靖年间，工部主事邵经济对造船把总官私谒苟且行为进行了深刻揭露：“近来各把总官不行堂参，专希私叙，同行进见，则皆挺身抗揖，独行私恳，亦或曲膝行礼，体统破裂，侵越渐深，事属反常，实非旧格。由此赧颜监督，事每掣肘难行。……今思若不改正，再尔含容，此非各官矫抗跋扈，能倚势而怙终，必缘本职阘茸苟且，欲媚下以自利也。”他建议：“今后船厂把总官员有事到部，止令堂参，不必私款，则监督有体，而嫌疑不生矣。”
4．工部主事陈尧根据庐州卫运粮指挥刘淬帖委所镇抚严密打造座船，“除军办料银外，因添造官仓、捲楼、茶亭、槅扇等项，多用过银七十五两有余，俱系替赊客货，呈乞行追”的违规事实，指出近来管运官员篾弃礼法，奢僭成风，辄将有号官船起造茶亭、鼓蓬、明窗、净几，名为“粮座”的普遍情况，指出他们这样做的目的在于“多占军役而虚张声势也，谓其可以附带土宜而供送权贵也，谓其可以击鼓鸣金、养马坐轿，纵横于各洪闸之间，而慑服官民船只，于粮运何与焉？夫以庐州卫一船所费，动至一百一十余两，推之而四总九十三卫所可知也，又推之而各省四都司四十九卫所可知也。”经户部依准，重申禁令施行。
5．工部主事朱家相对于军三料银征收中的弊端进行了揭露：“其直隶淮安、大河、扬州、通州及卫河、山东济宁、临清、东昌等各卫所军办料银，往年多系掌印官径自委官征收，或潜通贿赂，或私厚亲旧，往往不得其人。加收火耗，任意花费，中间亦有通同侵欺情弊，违限一二年不行完解。间有解到者，不及额数三分之一，或假称灾伤，捏作拖欠，奸弊百出，漫无稽考。各厂官造船缺银买料，恐误装运，只得揭取铺客货物以救燃眉之急。后因负欠日久，债主逼勒，展转出息，倾产荡业，十分亏累。”建议慎选委官，严限征解，确保军办料银按时足额征收解库。
6．工部主事朱家相参奏南京水军右卫指挥周大纶往年索财打官，肆无忌惮，“见系有罪提问人员，不思敛戢，却乃挟仇妄行呈扰，显是长恶不悛。假此以遮饬前罪，若不严加究治，何以警戒将来？参照运粮指挥周大纶职司兑运，心切贪残，因求索而擅责厂官，篾视漕规，役军伴而僭乘大轿，故违国法，不能悔罪以省躬，仍敢挟仇而反噬，罪状既著，情法难容。”被批准将其解送理刑司拘问。
“兴革”下还附有相关各种禁令的“条约”，主要是增修《漕船志》的主事朱家相参酌前任主事陈尧、叶选的一两条禁约，并根据自己掌握的船厂各种弊端而有针对性的制订的禁令，共三种。其中第一种是用来约束漕船厂管辖的各级各类官差人役的，有11款。第二种是为杜绝漕船抽分中的各种弊端，确保抽分料银足额完成而制订的禁令，共有6款。第三种是为禁革造船奸弊而晓谕官旗、商牙、匠役人等而申明的禁令，分为定船式、严船号、比船限、查底船、处木料、选匠役、禁刁泼、弭火盗8款。从这些条款中可以透视出当年船厂运行中各种利弊之源。
另外，从《漕船志》“法例”、“兴革”所收录的奏议、文移中，也透视出明代的两京制度以及南、北二京有关部门之间的关系，特别是行政职掌及办事的程序等，有比较清楚的展示。可以说，上述这些资料，不仅是研究漕运史的重要资料，也是研究明代吏治史、社会生活史特别是官营企业史的宝贵资料。
这次点校，采用台北国立中央图书馆正中书局据《玄览堂丛书》明嘉靖甲辰刊本影印本。“)