御史郑宗周上言：“往岁张差之变，操椎禁门，几酿不测之祸。只以皇祖优容，未尽厥罪，故文升尤而效之。臣请寸斩文升以谢九庙。臣非谓诛一文升，遂足以申国宪而消逆萌，第恐张差之後，因有文升。今文升复置不问，奸人得志，何所惮而不为也！”从哲拟旨下司礼监。於是御史郭如楚、主事吕维祺交章论崔文升、李可灼。
壬午，给事中惠世扬劾奏辅臣方从哲，言：“郑贵妃包藏祸心，先帝隐忍而不敢言。封后之举，满朝倡义执争，从哲两可其间，是徇平日之交通而忘宗社之隐祸也，无君当诛者一。李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑，且以因缘近幸之故，欺抗先圣母，从哲独非人臣乎？及受刘逊、李进忠盗藏美味，夜半密约，封妃不得，估居乾清，是视登极为儿戏而天子不如宫嫔也，无君当诛者二。崔文升轻用剥伐之药，廷臣交章言之，从哲何心，必加曲庇？律之赵盾、许世子，何辞弑君之罪！无君当诛者三。”
癸巳，太常寺少卿曹珍请究医药奸党。
熹宗天启元年（辛酉，一六二一）春正月，御史焦源溥请诛崔文升。
十月丁卯，御史傅宗龙、马逢臯、李希孔交章请诛崔文升。
二年（壬戌，一六二二）夏四月，光禄少卿高攀龙上言：“崔文升故用泄药，元气不可复收，是明以药弑也。在律故违本方杀平人者死，况至尊乎！陛下不即诛戮，仅止斥逐。今文升复潜住京师，意欲何为？往者张差谋逆，实系郑国泰主谋。刘保谋逆，实系卢受主谋。受，郑氏人，不可掩也。文升素为郑氏腹心，特当时失刑，不及拷讯，其罪岂在张差、刘保下乎！”不听。
礼部尚书孙慎行上言：“皇考宾天，虽系夙疾，实缘医人进药不审。邸报有鸿胪寺官李可灼进红药两丸，乃原任大学士方从哲所进。凡进御药，太医院宫呈方简明，恐致失误。可灼非用药官也，丸不知何药物，而乃敢突以进。春秋许世子进药於父，父卒，世子自伤与弑，不食死。《春秋》尚不少假借，直书许世子弑君。然则从哲宜何如处焉！速剑自裁，以谢皇考，义之上也。阖门席藁，以待司寇，次也。而乃晏然支辨，至满朝攻可灼，仅禀回籍调理，岂以己实荐灼，恐与同罪。夫已与可灼可爱，而皇考可忍乎？臣谓纵无弑之心，却有弑之事；欲辞弑之名，难免弑之实。即忠爱深心，欲为君父隐讳，不敢不直书云方从哲连进红药两丸，须臾帝崩，恐百口无能为天下万世解矣。且从哲所不能解者，非独此也。先是，则有传皇贵妃欲立皇后事。夫祖制未有以妃为後者，亦未有帝崩立後者。贵妃宠幸数十年，皇祖英明，不闻有楚歌楚舞唏嘘之态，即弥留之际，尚不能因缘侥幸，而突传此旨，观礼部疏云辅臣方从哲传其言可思。若非礼部执争，诸科道力责贵戚，上章请免，几何不误立皇后，贻社稷忧！此从哲不能为天下万世解者一也。又有议上尊諡称恭皇帝，夫宋之恭、端，将亡衰主。晋主降宋，隋主降唐，周主降宋，俱为恭帝。皇祖四十八年，平倭，平播，平宁夏，岂无他懿美可称？而比降王逋裔。若非言官预纠，便应如议。诅咒君国，等於弁髦，此从哲不能为天下万世解者二也。又有选侍垂帘听政事。夫选侍宫中，何知前代有垂帘事？即刘逊、李进忠小竖，何遂胆大扬言，言者以为从哲实教之。从哲即未肯承，然以顾命元臣，曾不闻慷慨一言，任妇寺之纵横，忍冲主之杌陧，此从哲不能为天下万世解者三也。以此三事，例彼进药，相臣所宜急担当之事，一切苟且泄沓；相臣所宜极慎重之事，反觉勇猛直前。春秋无将，汉法不道，真无以过。伏乞皇上大奋乾纲，赫然震怒，毋访近习，近习其攀援也；毋畏忌讳，忌讳其布置也。如臣言有当，乞将从哲大正肆放之罚，速严两观之诛。并将李可灼严加拷问，置之极刑。如臣言无当，即以重典治臣，亦所甘受矣。”奉旨会议具奏。
左都御史邹元标上言：“臣闻乾坤所以不毁者，恃此纲常；而纲常所以植立者，恃此信史。臣舟过南中，诸士缙争言先帝卒然而崩，大事未明，难以传信。臣谓先帝无妄之药，迹或有之，而以诛心之法例之，臣未忍闻。既入都门，闻诸臣曰：‘说到先帝大事，令人阁笔。说到壬辰以後诸相事，令人阁笔。谁敢领此？’臣益复致疑。近读孙慎行一疏，令人神骨为悚，即未必有是心，当时依违其间，不申讨贼之义，反行赏奸之典，无以解人之疑。方从哲秉政七年，未闻辅相何道，但闻一日马上三书催战，将祖宗栉风沐雨一片东方，尽致沦没。试问谁秉国钧，而使先帝震惊？使张差闯宫？使豺狼当道？使宵人乱政？使潜鳞骇浪？将何辞以对！从哲近在肘腋，群阴密布，臣投林一世，耻言人过，岂敢过求从哲。惟是臣身为风宪之官，名在会议之列，畏祸缄口，势所不能。君臣大义，今日不明，再无有明之日，臣官不言，再无有言之人。臣亦知陛下隆礼旧辅，未必能毅然立断。诸辅同籍同官，未必能捐情立剖。《易》曰：‘益之用凶事。’凶事正所以益之也。臣读学士公鼐疏曰：‘六七年间，以言及东宫者为小人，不言东宫者为君子，此何等景象，是谁使之？’又云：‘尽除天下之清流，阴剪元良之羽翼。’此真实录，真史笔也。从来乱臣贼子，有所惩戒者，全在青史。臣不知忌讳，为先帝计，为陛下万寿无疆计，为天下万世君臣计，为寒将来奸臣贼子之胆，杀将来奸臣贼子之谋计。”疏入。
方从哲上疏辨，自请削夺，投诸四裔，以御魑魅。时九卿科道会奏久延，给事魏大中速之曰：“礼臣孙慎行痛先帝崩殂，讨旧辅方从哲以《春秋》之法，皇上命诸臣据实回报，何以迄今未奏也？盖先帝之弃群臣，在庚申九月之朔日，而率土忠义之惊心者，已在乙卯五月之四日。自前日之挺不中，而图所以中者百端。至藏酖毒於女谒，俟元精耗损，惫不可支，而荡以暴下之剂，烁以纯火之铅，先帝弥留而不起矣。然则张差、崔文升诸人，先帝之贼也。自乙卯以迄庚申，其时执政者谁？讨贼者谁？何以迄今未奏也？且非独不讨而已，酬可灼以赏赐，奖可灼以忠爱，宽可灼以罚俸，优可灼以养病。而崔文升者，代为委之於先帝之宿疾，至一至再。夫以数十年忠肝义胆所羽翼之贤良，数十日深山穷徼所讴吟之尧舜，一旦戕於二贼之手，从哲不能讨，反从而护之，从哲真无人心者，何以迄今未奏也？《春秋》之法诛意，阑入慈庆，非张差之意，固郑国泰之意也。投剂益疾，非崔文升之意，固郑养性之意也。而执政者何以不问也？《春秋》之法，诛贼必诛夫贼之所恃。今造意者何所恃？党贼者何所恃？恃从哲也。不必红铅之进出从哲之意，而从哲已为罪之魁也。何以迄今未奏也？李可灼之药，不合之崔文升不备；崔文升之逆，不溯之张差不明；郑国泰、郑养性、方从哲之罪，不参之三案不定不悉。崔文升之情罪不下张差，而李可灼次之。如是而朝廷所以处从哲，与从哲之所以自处者，可以权衡其间矣。何以迄今未奏也？”时先後弹者：主事王之宷、刘宗周，给事中周希令、彭汝南、傅櫆，御史吴甡、薛文周、沈应时、方有度、安伸、温臯谟、江日采、张慎言。会议驳正者：尚书王纪、汪应蛟、王永光，侍郎杨东明、陈大道、李宗延、张经世、陈邦瞻，太仆卿萧近高、张五典，少卿申用懋、於伦、李之藻、归子顾、刘策、孙居相、周起元、田生金、柯（上曰下永）、满朝荐、熊明遇、黄龙光，太常少卿高攀龙，给事中刘弘化、霍守典，御史蒋允仪、刘徽、李玄等。於是吏部尚书张问达会户部尚书汪应蛟等公奏，略曰：“礼臣孙慎行首论李可灼进红丸事。可灼先见内阁，臣等初未知，至奉皇考宣召於乾清宫，辅臣与臣等乃共言可灼进药，多言不可进，或言可进，俱慎重未敢决。又宣臣等进宫内，跪御榻前，谕臣等辅皇上为尧舜，随问寺官李可灼何在？可灼至，视疾进红丸，少顷又进一丸。至申，闻圣体服药後微汗，身觉温热，就寝。此进药之始末，臣等所共见闻者。是时辅臣视皇考之疾，急迫仓皇，凄然共切，‘弑逆’二字，何忍轻言！但以我皇上之身，可灼轻进尝试，从哲未能力止，九卿与辅臣并候於宫门内，亦未能力止，诸臣均有罪焉！至於可灼之处分，中外共痛之憾之。乃台臣王安舜上疏力争，先票罚俸，继票养病去，则失之轻。失之轻，故即按其轻而罪其不尽法处也。不重处可灼，何以慰皇考、服中外而正大法！辅臣於辨疏後，自请削夺，以释中外之疑。臣等谓应如辅臣之请，为法任咎，是亦大臣引罪之道所宜尔。至於选侍欲垂帘听政，吏部九卿公疏请移宫，科道专疏请移宫，皇上允其奏，诸臣共快之，然其心犹以辅臣之奏不毅然为诸臣倡也。倘其时非诸臣共扶大义，乾清何地，令其窃灵威福，又将如我皇上登极还宫何哉！夫李可灼非医官也，非知脉知医者也。一旦以红丸进，希图非望之福。而龙驭上升，攀号无及，可灼罪胜诛乎！应即敕行法司究问，以正刑章。崔文升当皇考哀感伤寒之时，进大黄凉药。可灼轻进红丸，不加详察，罪又在可灼上矣。法应逮文升於法司，从重究拟。以三尺除二恶，肃纲纪而泄公愤，庶中外之心可以释，辅臣之心可以明。”议上，李可灼法司究问，崔文升仍发遣南京。是时与从哲合者，刑部尚书黄克缵，詹事公鼐，御史王志道、徐景濂，给事中汪庆百。“)