四十年（壬子，一六一二）二月癸未，吏部尚书孙丕扬挂冠出都。
四十一年（癸丑，一六一三）二月辛丑，御史刘廷元劾光禄寺少卿於玉立：“依附东林，风波翻覆，宜显斥”。不报。
十月，礼科给事中亓诗教言：“今日之争，始於门户。门户始於东林，东林倡於顾宪成，刑部郎中於玉立附焉。宪成自贤，玉立自奸，贤奸各还其人。而奔竞招摇，羽翼置之言路，爪牙列在诸曹，关通大内，操纵朝权。顾宪成而在，宁愿见之哉？”末刺及叶向高，向高奏辨。
四十二年（甲寅，一六一四）八月癸卯，大学士叶向高致仕。
十一月，御史刘廷元参李三才占厂、盗皇木，结交内侍起官。御史刘光复、给事中官应震等交章论之。命给事中吴亮嗣往勘，亮嗣报其实，下三才舍人於理，三才寻削籍。
四十五年（丁巳，一六一七）三月，京察，革刑部主事王之宷职为民，窦子偁、陆大受皆被斥。时叶向高既去，方从哲独相，庸庸无所短长。吏部尚书郑继之主察，徐绍吉、韩濬佐之。之宷初争挺击，为韩濬所纠，部处坐以贪污，子偁、大受有清操，持论与之宷合，亦被逐。时上於奏疏，俱留中，无所处分，惟言路一纠，其人自罢去，不待旨也。於是台、省之势积重不返，有齐、楚、浙三方鼎峙之名，齐为亓诗教、韩濬、周永春，楚为官应震、吴亮嗣，浙为刘廷元、姚宗文，势张甚，汤宾尹辈阴为之主。宾尹负才名而淫污，辛亥京察被斥。至是，察典竣，韩濬以问乡人给事中张华东。华东曰：“王之宷论甚正，何为重处之？”濬惊愕不语。
四十六年（戊午，一六一八）十二月，主事邹之麟夺职闲住。之麟负才名，附给事中亓诗教、韩濬求转吏部不得，遂讦奏诗教、濬。又擅离任，被斥。
四十七年（己未，一六一九）十二月，会推阁员。礼部左侍郎何宗彦以吏科给事中张廷登不署名，不得预，御史薛敷教、萧毅中、左光斗、李征仪、倪应春、彭际遇、张新诏等，交章惜之。而礼科都给事中亓诗教、兵科薛凤翔又屡驳具如延登指，各归责於辅臣方从哲。从哲奏辨。俱不报。先是，国本之论起，庙堂益相水火，上颇厌恶之，斥逐相继，持论者愈坚，乃一切置之高阁。方从哲独相七年，上喜其无能而安之。山东赵焕为塚宰，诗教又从哲门人，故其势尤张。已而邹之麟倡言张凤翔为选君，必以年例处姚宗文、刘廷元，齐、浙遂离。之麟既被黜，其友夏嘉遇、魏光国、尹嘉宾、锺惺皆有才名，俱改用。而嘉遇素洁清，亦与众共摈。赵兴邦为兵垣，仍入礼闱，之麟、嘉遇遂纠之，并及诗教。言路合疏纠嘉遇。兴邦遽升京卿。御史唐世济助嘉遇攻兴邦，而亓、赵之势衰。时廷议所喧持者，唯禁道学一事，吏治边防，俱置不理。
泰昌元年（庚申，一六二〇），即万历四十八年也。八月己酉，起邹元标为大理寺卿。科臣扬上言：“君子小人之进退，关系国家之治乱。然小人不退，则君子不进。”吏部尚书周嘉谟奏列建言得罪诸臣王德完等三十三人。於是王德完、孟养浩、锺羽正、满朝荐悉起部、寺诸官。壬戌，以以侍读学士刘一璟、韩爌为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁。仍谕内阁，特召旧辅叶向高。初，光宗践祚，踰月崩，未及用向高等。熹宗既即位，乃遣行人徵之。
十一月，给事中惠世扬遇灾陈言，因参大学士孙如游，荐高攀龙、刘宗周、孙居相、刘策、王之宷、陆大受等。
十二月，大学士方从哲致仕。从哲以“红丸”、“移宫”二案，台、省交章论之，至是归。
熹宗天启元年（辛酉，一六二一）春正月，兵科给事中杨连予告回籍。涟以“移宫”一案，御史贾继春侵之，涟因乞归。御史马逢臯上言：“杨涟何罪，无罪即功。功在安社稷，罪在攻大璫。罪璫未诛，而发璫罪者先作楚囚之悲。君子退，则小人进矣。”
二月，御史周宗建上言：“国家之治乱，由於议论之公私。皇祖戊申以後，沈一贯未败之时，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则沈鲤可逐，郭正域可芟，察典可坏，大狱可兴。时则有钱梦臯、康丕扬为之首。庚戌、辛亥之交，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则大贪之淮抚可保，极险之铨佐可阿，直节可摧，清流可放。时则有史记事、徐缙芳等为之首。壬子、癸丑之交，在朝者岂无君子？而一杂以小人，则学差可摈，考选可排，吏、兵之诸事，可日试以为尝，考察之把持，可一网以为阱。时则有亓诗教、赵兴邦为之首。有如今日，三咨并下，君子进庸矣。而臣窃为先事之虑者，以用人言之，如所引董应举、高攀龙、史孟麟、李邦华、熊明遇、魏云中等二十余人，类皆磊落奇才。如必借此相引，积横之贪邪，亦思梯架於月旦，穷凶之丑类，尚留春梦於余灰，将朝廷大公之盛举，翻作臣子市德之私缘，臣之所谓不得不虑也。以“移宫”言之，如方震孺、毛士龙等十有余章，阐发既明。在科臣杨涟洁志远嫌，不难听召用於他日。台臣贾继春实心爱主，何妨付定论於国人。若复侈谈羽翼，追忆几筵，欲扫疑端，愈增滋蔓，又臣之所谓不得不虑也。臣请约言之，铨除在真品，毋容夹杂以同升；朝论在舆评，毋轻出言以佐斗。国家要以边事为首务，毋自起室内之戈。今日终以君德为大本，毋徒为将顺之节。”
三月，起刘宗周礼部主事，王之宷＝刑部主事，高攀龙光禄寺丞。
八月，给奉圣夫人客氏地。以陵工成，命叙录魏进忠。御史王心一、马鸣起，吏科给事侯震阳、倪思辉、朱钦相等，先後纠之。降调有差。
二年（壬戌，一六二二）春正月，起吏部郎中赵南星为太常寺卿。
三月，礼科惠世扬疏参辅臣沈（氵隺）：“借募兵之名，为护身之术。阴使其党晏日华潜入大内，诱刘朝等练兵，再见江彬之事。外戚郑养性厚募死士，有违祖制。”不听。御史侯震阳亦以劾（氵隺）调外。
六月，刑部尚书王纪奏劾辅臣沈（氵隺）“巧能移人主之视听，力足倒天下之是非。交结权党，诛锄正士。黄台瓜词已赋，同文馆狱将兴”。又曰：“臣指其察京，而（氵隺）不肯受。试取惠世扬、周朝瑞、魏大中、董羽宸等疏，一一读之。则京之为京，隐括於此矣。”上以烦言责之。（氵隺）寻予告回籍，纪革职为民。
八月，以杨涟为太常寺少卿。兵科给事朱童蒙疏劾都御史邹元标、副都御史冯从吾建坛讲学，醵金立院之非。标等上疏自理，上优诏答之。工科给事郭兴治复劾，内有“比拟妖贼”诸语。上责其狂悖，夺俸。於是元标、从吾五疏乞休。元标即移家出城，遂予告，驰驿去。翰林修撰文震孟上言勤政讲学之实，留中。庶吉士郑鄤疏促之，俱降调。太仆少卿满朝荐上言：“国事颠倒，成於陛下者什之一二，成於当事大臣者十之八九。”疏入，除籍为民。
十一月，以赵南星为都察院左都御史。
十二月，以顾秉谦、魏广微为大学士，入阁办事。
三年（癸亥，一六二三）二月，夺御史周宗建俸。南京御史徐世业劾宗建保举熊廷弼。宗建疏辨，词连郭巩，有“结交宫闱，献媚进忠”之语。中旨切责。
冬十月，以杨涟为右佥都御史，协理院事。
四年（甲子，一六二四）二月，推南京吏部尚书邹元标，中旨以衰老罢之。
夏四月，吏部尚书赵南星上言：“吏部四司，惟稽勋司一人，余司皆二人，以稽勋事寡也。然今日之稽勋，皆储为文选、考功之用，宜就近推补司官，不拘资格，一省不妨二人。”引陆光祖调吏部吕坤、黄克念等同邑同司之例为言。上从之。於是南星调职方司郎中，邹维琏为稽勋，主外察。维琏与原任主事吴羽文皆江西人，羽文遂拘旧事求去，维琏亦不敢履任。刑科传櫆疏侵之，羽文求去益坚，维琏亦上疏力辞。櫆复疏以佥都御史左光斗、吏科都给事魏大中交通故内监王安、中书汪文言。诏下文言於狱，严讯之。光斗上疏自理，大略谓：“櫆之意，不利於稽勋有邹维琏，铨司有程国祥，吏垣有魏大中，故欲一网去之。”且指其“冒东厂理刑傅继教为兄弟，布置窟穴”。大中亦上疏辨。得旨，命大中赴任供职。御史袁化中、给事中甄淑相继为光斗辨。大学士叶向高请骸骨，疏曰：“臣十八疏乞归，皇上维时艰主忧，臣即去何安。顾臣罪戾多矣。即如科臣传櫆所论，汪文言实臣具题。左光斗、魏大中之善文言，尚属暧昧，而臣之用文言，则事迹甚明。臣取罪之故，当听公论，不敢妄辨，以滋纷纭。耿耿愚忠，窃谓言官之讦奏，衅不可开，驾帖之拏人，渐不可长。惟皇上罪臣一人，而稍宽其他，於以释官府之嫌，消缙绅之祸。”上慰谕留之。已而大中既莅任，复传旨诘责大中：“櫆情事未明，何得赴任！”櫆乃上言：“明旨不宜二三，中旨恐开旁窃。”纠近臣以自解。“)