刘瑾矫诏天下，发遣盗贼连亲属。
十一月，刘瑾创玄真观於朝阳门外，大学士李东阳为制碑文，极称颂。
四年（己巳，一五〇九）春正月，总督漕运副都御史邵宝致仕。时公卿多出入瑾门，宝一无所通。瑾数以危言撼之，不为动。瑾恶平江伯。平江伯，漕帅也，事与宝相关。瑾怒，祸且不测。李东阳力解之，乃得致仕去。以山西提学副使王鸿儒为国子祭酒。鸿儒在山西有声，刘大夏尝对孝宗称其大可用。吏部从人望举之，寻以守正忤刘瑾，回籍。罢兴化知府张嵿为民。嵿先任刑部郎中，时隆平侯张佑卒，无嗣，弟侄争袭，赂瑾。瑾嘱之，不为徇。正德三年，出守兴化，瑾有所馈，不报。郡人戴大宾弱冠登第，瑾欲夺其旧聘，以弟女妻之。以嘱嵿，亦拒不许。瑾怒，遂摭隆平侯夺爵事，诬罢归家。
二月，刘瑾矫诏行吏部，不时考察两京及在外方面官。勒原任大学士刘健、谢迁为民。先是，诏举怀才抱德之士，以余姚周礼、徐子元、许龙，上虞徐文彪应诏。刘瑾以四人皆迁乡人，而草诏由健，欲因而害之，矫旨下礼等镇抚司鞫之。刘宇阿瑾意，劾有司坊举失实。镇抚词连健、迁，瑾持至内阁，欲籍其家。李东阳徐为劝解，得少释。焦芳抗声曰：“从轻处，亦当除名。”既而旨下，健、迁除名，礼等戍边，令余姚人从此毋选京朝官。
三月，以钱玑为户部尚书。玑附瑾，故不次用。
夏四月，大学士王鏊致仕。时瑾权倾中外，虽意不在鏊，然见鏊开诚与言，初亦间听及焦芳用事，专事媕阿，而瑾矫悖日甚，毒流缙绅。鏊欲遏之，力不能，居尝戚然。瑾曰：“王先生居高位，何自苦乃尔耶？”鏊因求去，瑾意愈拂。众虞祸且不测，鏊曰：“吾义当去，不去乃祸耳。”瑾使伺鏊无所得，鏊疏三上，许之，赐玺书乘传归。时方危鏊之求去，咸以为异数云。
以王云凤为国子祭酒，尚书张采以人望起之。始被命，欲坚辞，及有遗书，言“执政者诵太祖‘寰中士夫不为吾用者，当杀身灭家’语”。云凤父大司徒佐曰：“吾老矣，汝置我何处死耶？”云凤泣就道，至无所馈。瑾怒，欲重以祸，不能得而罢。时国学教废，云凤立条约示诸生，约束甚严，士子卒感服。寻乞养病归。
刘瑾矫诏以弘治中纂修《大明会典》坏祖宗旧制，杂以新例，悉毁之。降吏部尚书梁储为右侍郎，庶子毛澄、谕德傅珪等皆降职，大学士王鏊致仕免究。唯李东阳如故。
五月，逮广东兵备佥事吴廷举下狱。时镇守恣横，廷举劾太监潘忠二十罪，并及刘瑾。忠亦诬列廷举，逮狱鞫之无状，止以枉道归家，荷校吏部门前，主事宿建辈谋救之。尚书张采阅奏槀，心赏其能，言於瑾，凡十二日得释，谪戍边卫。踰月，赦为民。
改翰林侍读徐穆、编修汪俊等为南京部属。瑾素恶诸翰林不行跪礼。至是，修《孝宗实录》成，例进秩，瑾谓文士不习世故，摘所忌十余人为南京员外郎、主事等，俾扩充政务。始，瑾以翰林慢已，与张采谋欲调之外，采不可。至是，瑾复持之，采为讲解，意已平。而焦芳父子及段炅辈谓可乘此挤其素有雠隙者，乃以名投瑾，从臾成之。大学士焦芳以老病致仕。
遣御史等官清理各边屯田。初，刘瑾既止各边年例银，又禁商人报纳，边储遂大匮乏。因询国初如何充足，议者以为国初屯政修举，故军食自足。後为世家所占，以此不给。瑾遂慨然修举屯田，分遣胡汝砺、周东、杨武、颜颐寿等往各边丈量屯田。以增出地亩数多及追完积逋者为能；否则罪之。各边伪增屯田数百顷，悉令出租，人不聊生。周东在宁夏尤苛刻，加刑於军官妻，人心愤怨。指挥何锦等遂与安化王寘鐇谋起兵，传檄以诛瑾为名，瑾祸自此始矣。
六月，进吏部尚书刘宇少傅兼太子太傅、文渊阁大学士，入阁办事。以吏部左侍郎张采为吏部尚书。时吏、户、兵尚书，皆瑾党。
八月，荣王佑枢之国常德，刘瑾恶王居京邸，与张采谋遣之。
刘瑾受都督神英赂，加泾阳伯爵，给诰券。刘瑾招引四方术士余明、余伦、余子仁等占候天文，推测命数，私置军器。明等妄称瑾侄刘二汉当大贵，瑾阴令内使藏小刀二於扇内，出入禁闼。
闰九月，夺平江伯陈熊爵。正德三年，熊总督漕运，刘瑾横索金钱，不应。瑾因中以法，欲置之死，李东阳力争之，瑾曰：“熊所犯罪重，不宜姑息。”东阳曰：“予诚姑息，然非姑息陈熊，乃姑息陈瑄耳。瑄在太宗朝开济宁河道，通漕大有功，勒铭铁券，子孙免死，岂可尽革，伤天下武臣心！”瑾不悦，竟坐多买田宅，侵民利，谪海南卫，夺其诰券。
刘瑾矫诏下刑部侍郎陶琰狱。陕西游击徐谦讦奏御史李高，而谦故刘瑾党也，又厚赂瑾，欲中高以危法。会上命琰往核其事，琰据法直高，谦以告瑾，瑾矫诏下之狱，禁锢两月，削籍。
冬十一月，命给事中张绘、御史房瀛等查盘两直隶各省钱粮。先是，诸司官朝觐至京，畏瑾虐焰，恐罹祸，各敛银赂之，每省至二万两，往往贷於京师富豪，复任之日，取官库贮倍偿之，名曰“京债”。上下交征，恬不为异。时张采闻而言之，瑾不自安，谋差官查盘，盖欲掩其迹也。
刘瑾奏访金华知府万福老疾，苏州知府鲍（王辇）、同知王卺赃贪，江西左布政马龙贪滥，佥事阮宾轻浮，谪降提问有差。巡按山东胡节敛银馈瑾，瑾知之，捕下狱死。侍郎张鸾自福建还，敛银二万送瑾，瑾收之承运库，降黜鸾。给事中欧阳云、御史贝仪、少监李宣、指挥赵良，皆以贿瑾削籍。时瑾酷法绳人，内外货赂不赀。吏部尚书张采过瑾，从容为瑾言，瑾殊纳之，然终不能改也。
刘瑾擢都督佥事曹雄为左都督。陕西自杨一清罢，边寇猖獗不可制。总督尚书才宽好野战，自将由兴武击套部，斩首数十级。狃胜深入，遇伏中流矢卒。巡按御史劾曹雄临阵退缩不救，瑾挟私切责御史，而更超擢雄。
十二月，追夺大学士刘健、谢迁，尚书马文升、刘大夏、韩文、许进等六百七十五人诰敕，为民，充军。从都给事中李宪言也。改吏部尚书梁储於南京。储不附瑾，故有是调。
五年（庚午，一五一〇）春二月，以兵部尚书曹元为吏部尚书兼文渊阁大学士，入阁办事。正德中，不由翰林入阁者三人，杨一清以才望，刘宇、曹元皆附刘瑾得之。刘瑾出太监张永於南京，不果行。瑾欲尽除轧已者。一日，伺间言於上，调张永於南京。旨未下，即日逐永出就道，榜诸禁门，不许永入。永觉之，直趋至御前，诉已无罪，为瑾所害。召瑾至，语不合，永奋拳欲殴之。谷大用等劝解，上令诸近臣置酒和释。
夏四月，刘瑾矫诏令南京刑部尚书吴洪致仕。宁河王邓愈後，有兄弟争田宅者，其兄倚瑾为援。洪直之，故及。安化王寘鐇反，起都御史杨一清，命太监张永提督讨之。一清与永西行，一日，叹息泣谓永曰：“藩宗乱易除，国家内乱不可测，奈何！”永曰：“何谓？”一清曰：“公岂一日忘情？故无能为公画策者！”遂促席手书“瑾”字。永曰：“瑾日夜在上傍，上一日不见瑾则不乐。今其羽翼已成，耳目广矣，且奈何？”一清曰：“公亦天子信幸臣。今讨贼不付他人，付公，上意可知。公试班师入京，诡言请上间语宁夏事，上必就公问。公於此时上寘鐇伪檄，并述渠乱政，凶狡谋不轨，海内愁怨，天下乱将起。上英武，必悟，且大怒诛瑾。瑾诛，柄用公。公益矫瑾行事，吕强、张承业暨公，千载三人耳。”永曰：“即不济，奈何？”一清曰：“他人言，济不济未可知；言出公，必济。顾公言时，须有端绪且委曲。脱上不信，公顿首请死，愿死上前。即退，瑾必见杀。又涕哭顿首，得请即行事，无缓顷刻。漏事机，祸不旋踵。”永攘臂起，曰：“我亦何惜余生报主乎！”
六月，大学士刘宇致仕。宇附瑾排斥正人，知瑾将败，先乞身免。
秋八月，刘瑾伏诛。初，寘鐇反，移檄数瑾罪，莫敢上闻。有指挥徐鲲者，传檄示人，瑾捕下狱，论死。因下赦宽恤，以收人心。未几而寘鐇就擒，悔欲反之，方侈然自为功，矫旨加已禄米，擢兄刘景祥为都督。张永等与瑾争权势不相下。至是，望日甲午，永至自宁夏献俘，上迎之东华门，赐宴。此夜，瑾先退。夜半，永出疏怀中，谓瑾激变宁夏，心不自安，阴谋不轨状。永党张雄、张锐亦助之。上曰：“罢矣！且饮酒。”永曰：“离此一步，臣不复见陛下也。”上曰：“瑾且何为？”永曰：“取天下。”上曰：“天下任彼取之！”永曰：“置陛下何地？”上悟，允其奏。当夜即命禁兵逮瑾，永等劝上亲至瑾第观变。时漏下三鼓，瑾方熟寝，禁兵排闼入，瑾惊问曰：“上安在？”对曰：“在豹房。”瑾披衣起，谓家人曰：“事可疑矣！”趋出户被执，就内狱。明日降为奉御，闲住之凤阳，命廷臣议其罪。瑾尝招置术士余明等，太监孙和造衣甲弓弩遗瑾，瑾皆受藏之，窃有不轨图。是时，瑾兄都督景祥死，将以八月甲午葬，百官多会送。瑾初严夜禁，星出後衢道四寂。有窃听者，中夜闻兵甲声铮然，里巷私语籍籍，谓倾朝送葬，瑾且因为乱。“)