五月，遣廷臣齎内帑银，赈杭、嘉、湖大水。
冬十月，中官传旨，以通政经历高禄为本司参议。吏部尚书王恕、侍郎周经执奏止之。
十一月，停止生员吏典开纳事例，王恕言：“永乐、宣德、正统间，天下亦有灾伤，各边亦有军马，当时未有开纳事例，粮不闻不足，军民不闻困弊。近年以来，遂以此例为长策。既以财进身，岂能以廉律已。欲他日不贪财害民，何由而得乎？”上从之。
六年（癸丑，一四九三）春正月，诏考察官未及三年被黜者，复其官。从大学士丘濬之言也。三月，亢旱，求直言。吏部左侍郎张悦上弭灾五事，并修德、图治二疏。上嘉纳之。
吏部尚书王恕致仕。时大学士丘濬与恕俱阶太子太保。一日内宴，濬以内阁位恕上，恕以已塚宰，不宜居礼部尚书下，颇有言。会太医院判刘文泰援例求进，事下吏部，格不行。文泰讦奏恕变乱选法及不当令人作《大司马王公传》，详述留中之疏。濬谓恕卖直沽名。恕上疏自劾，乃下文泰狱。恕求去益力，诏允之，命乘传归。於是言官交章劾濬媢嫉妨贤，上不听。
秋七月，京师大雨雹，礼部尚书倪岳疏弭灾急务，劝上勤圣学，开言路，止无功之赏，停不急之役，黜奸贪，进忠直，上嘉纳之。
七年（甲寅，一四九四）冬十月，西域进狮子，礼部尚书倪岳言：“狮者外域之兽，真伪不可知。使真，非中国宜畜；非真，无为外域所笑。”诏还之。
八年（乙卯，一四九五）三月，中官传旨命内阁撰《三清乐章》。大学士徐溥等上言：“三清乃邪妄之说，黩於祭祀，时谓勿钦。且设内阁者，实欲其议政事，论经史，弼正得失，奈何阿顺邪说，以取容悦也！”乃止。
十月，诏取番僧领占竹至京，礼部尚书倪岳执奏，给事柴升上言其诞妄，引孟轲、韩愈为证，反覆数千言。上读之而悟，诏中止。天下诵之。
十二月，倪岳类奏各处灾异，上令诸廷臣同加修省。先是，四方报灾异，礼部类集，凡岁终一覆，以为故事。岳乃以日月先後，汇分条析，末复援经史，恳切为上言之。户部主事胡爟上疏言：“灾变异常，皆由奸宦杨鹏、李广所致。”不报。
九年（丙辰，一四九六）闰三月，谕德王华日讲文华殿，讲唐李辅国与张後表里用事。时内侍李广方贵幸，招权纳贿。华讽上，上乐闻之，命中官赐食。
六月，兵部尚书马文升请饬武备。
秋八月，大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁疏谏烧炼斋醮。时中官李广以左道被宠，溥等力言其邪妄，引唐宪宗、宋徽宗为戒。上嘉纳之。
冬十月，中使取宝坻港银鱼，并取麻峪山银矿，横索害民。顺天巡抚都御史屠勋疏言不可，诏戒中使，俱止之。
十年（丁巳，一四九七）二月，上屡游後苑，侍讲王鏊侍经筵，讲文王不敢盘於游畋。上悟，纳之。召李广等戒之，曰：“今日讲官所指，盖为若辈，好为之！”竟罢游。
三月，上御文华殿，召大学士徐溥、刘健、李东阳、谢迁议政事，赐茶而退。东阳谓“自天顺末，至今三十余年，尝召内阁，不过数语即退。是日经筵罢，有此召，因得见帝天姿明睿，庙算周详”云。
五月，京师风霾，各省地震，诏求直言，祠祭郎中王云凤上言纳忠言，罢左道、斋醮、采办、传奉诸事。上嘉纳之。
秋八月，上欲施恩後家。外戚张氏有河间赐地四百顷，欲并其旁近民田千余顷得之，且乞亩加税银二分。户部尚书周经言：“河间地多沮洳。比因久旱，贫民即退滩地耕之，遇潦辄没。即欲加税，将贻无穷之害，不可。”疏三四上。後有雄县退滩地，献为东宫庄者，上因经前奏，皆抵之罪。一时贵戚近幸有所陈请，一裁以法，皆敛不得肆。
十一月，诏取太仓银三万两，周经言：“皆系小民脂膏。”上遂止。
十一年（戊午，一四九八）秋七月，以浙江大水，户部尚书周经请停织造，从之。
九月，清宁宫灾，敕群臣修省。大学士李东阳上疏弊政，上嘉纳之。以少监莫英等督京、通仓，周经言其弊，不纳。
冬十月，太监李广有罪自杀。广以左道见宠任，权倾中外。会幼公主痘殇，太皇太后归罪於广。广惧，饮鸩死。上命搜广家，得纳贿簿籍，中言“某送黄米几百石”，“某送白米几千石”。上曰：“广食几何，而多若是？”左右曰：“黄米，金也。白米，银也。”上怒，籍没之。已而太监蔡昭请广祭葬祠额，许之。阁臣言其不可，上命止予祭。
十一月，下诏宽恤天下。议修清宁宫，兵部尚书马文升请发内帑，免征派，停止四川采木之扰。从之。
十二年（己未，一四九九）春正月，给事中杨廉疏：“讲书宜用《大学衍义》”从之。
夏五月，吏部尚书屠镛疏请禁内降，弭灾变，大意言：“天下士事诗书而躬案牍，积数十年不可得。而奔竞之士，或缘技艺蒙幸，如拾芥然，不可以为训。”又曰：“今日之传奉，即汉所谓西邸之爵，唐所谓斜封之官，宋所谓内批之降。陛下当远宗尧、舜，岂可袭末世之弊辙乎？”下所司知之。
六月，刑部侍郎屠勋勘寿宁侯与河间民构田事，直田归民。勋上言：“食禄之家不言利，况母后诞毓之乡，而与小民争尺寸地，臣以为不可。”上嘉纳从之。
秋九月，南京礼部尚书谢绶因灾异率九卿陈时政二十八事，下所司议行之。
冬十一月，清宁宫兴工，诏番僧入宫庆赞，吏部尚书屠镛上疏谏甚剀切，末云：“自今以後，乞杜绝僧道，停止斋醮。崇圣贤之正道，守祖宗之成法。使天下後世有所取则。”上悦，从之。
十三年（庚申，一五〇〇）春正月，上以法司律例繁多，命刑部尚书白昂会九卿大臣删定画一，颁中外行之。大学士刘健上言：“自古愿治之君，必早朝晏罢，日省万机。祖宗黎明视朝，每日奏事二次。迩者视朝太迟，散归或至昏暮，四方朝贡，奚所瞻观？矧今各边启衅，四方荐灾，尤为可虑。怠荒是戒，励精是图，庶可以回天意，慰人心。”上嘉纳之。
二月，命户部侍郎许进往勘河间贵戚田庄。进会巡抚高铨勘之，冤声撼野，至拥州县吏不得行。进遽欲执以复命，铨曰：“若是，固为民至意；万一不测，如民重得罪何！请勘实以闻。上雅爱民，必不忍夺其业以利左右。”进以为然，遂勘实上疏：“系民业，宜予民。”上从之。
三月，给事中曾昂上言，以边方调度日烦，请令诸布政司，公帑积贮及均傜羡余，尽输太仓。户部尚书周经言：“用不足者，盖以织造、赏赉、斋醮、土木之故。若一切节省，自宜少裕。必欲尽括天下之财，岂藏富於民之意乎？”乃止。众皆服其议。
夏五月，吏部尚书屠镛、户部尚书周经各以星变乞致仕，许之。翰林检讨刘瑞上言八事：崇圣德，亲儒臣，严近习，全孝思，旌直言，励士风，畏小民，饬边备。上嘉纳之。
六月，陕西巡抚都御史熊翀得玉玺来献。礼部尚书傅瀚言：“以史传诸书考之，形制、篆刻皆不类，其为赝作无疑。即使非赝，人主受命在德不在玺。”上乃属库藏之。
十四年（辛酉，一五〇一）春正月，陕西地震。南京佥都御史林俊上疏历述汉、晋以来，宫闱内寺柄臣之祸。请减斋醮，清役占，汰冗食，止工作，省供应，节赏赐，戒逸欲，远佞幸，亲正人。兵部尚书马文升上言：“祗畏变异，痛加修省。”劝上：“积金帛以备缓急，罢斋醮以省浪费。止传奉之官，禁奏讨之地。将陕西织造绒褐内臣，早取回京，以苏军民之困。”上嘉纳之。礼部尚书傅瀚率九卿疏弭灾、时政三十一事，不报。瀚复言：“民心易感，在结之以恩；天意可回，在应之以实。属者所陈，当如拯救，犹恐不及。而侧听弥月，未赐宸断，何以为理？”疏入，从之。时南北九卿上疏言事，俱报可。
三月，保定抚臣献白鸦以为瑞，礼部尚书傅瀚劾其不当，奏诏斥遣之。秋九月，诏遣中官王端往武当设像修斋，大学士刘健、吏部尚书倪岳、兵部尚书马文升各疏谏，上遽止。
冬十月，改马文升为吏部尚书。
十五年（壬戌，一五〇二）正月，大计天下吏。上召马文升至暖阁，谕之曰：“天下觐吏毕集，卿其用心采访，毋纵毋枉，以彰黜陟。”文升顿首曰：“陛下图治若此，宗社福也，敢不仰承。”乃令中贵人掖之下陛。自是，汰不职者二千余人，皆当。“)