六年（壬申，一五七二）春，河决邳州，运道阻。总河侍郎翁大立复议开泇河，以远其势。潘季驯言：“泇与黄河相首尾，今河南决淮、扬北，决丰、沛，漕渠不相属，泇处中，将焉用之？”已而以漕舟坏，季驯被劾归。给事中雒遵言治河有效，无如工部尚书朱衡者。乃诏衡与总河都御史万恭覆视，则泇口限岭阻石，竟报罢，而一意事徐、邳河。衡上言：“茶城以北，防黄河之决而入；茶城以南，防黄河之决而出。故自茶城至邳州、宿迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞决口，盖防黄河之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城、秦沟口至丰、沛、曹、单，以接缕水旧堤，盖防黄河之入，则正河必淤，往年曹、沛之患是也。二处告竣，沛县窑子头至秦沟口，应筑堤御之。”命万恭总理其事，役丁夫五万有奇，分工画地而筑之。
夏四月，两堤成。北堤起磨脐沟，迄邳州之直河；南堤起离林铺，迄宿迁之小河口。各延袤三百七十里，运艘束於河流，睢、邳之间可以稼，建铺立舍，设军民守之，如河南、山东黄河例。河乃安运道，嘉、隆之间，治河者以衡、恭、季驯为能。
神宗万历五年（丁丑，一五七七）秋八月，河决崔镇，淮决高家堰，横流四溢，连年不治。诏复以潘季驯为右都御史总理河漕。时有议当疏海口者。季驯言：“海口不能以人力疏治，而可以水势冲决，计莫如筑高家堰塞崔镇东，河、淮正流，使并趋入海。”上可其奏。季驯为之三年，而高家堰成。一夕黄浦涸，得龙首以献，其大专车，时以比龙首渠云。
十五年（丁亥，一五八七）冬十月，命工科给事中韦居敬相度黄河，议修治之策。时黄河漫流，自开封、封丘、偃师，及东明、长垣，多冲决，大学士申时行言失今不治，河将北徙上流，不下徐、淮，则运道可忧，故有是命。已而督河杨一魁议，因决济运，导沁入卫。居敬言：“卫辉城卑於河，恐一决有冲溃之患，沁水多沙，善淤，入漕未便，不如坚筑决口，开河身，加濬卫河，民得灌田，尤为完计。”上从之。
十六年（戊子，一五八八）春三月，礼科给事中王士性上言：“黄河自徐而下，河身高而束以堤，行堤与徐州城平。委全力於淮，而淮不任。黄水乘运河如建瓴，淮安、高、宝、兴、盐诸生民，托之一丸泥，决则尽化鱼鳖。而议者如蚁穴漏卮，补救无宁岁，总不如复故道，为一劳永逸之计也。河故道，由桃源三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北。别有济运一河在县南，盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，久且断，河形固在也。自桃源至瓦子滩九十里，地下不耕，无庐墓之碍。至开河费视诸说稍倍，而河道一复，为利无穷。”章下所司，韦居敬言故道难复。不行。复议开訾家营支河，寻诸决口皆塞，淤者复疏。
夏六月，总理河道潘季驯上言：“河水浊而强，汶、泗清而弱，交处则茶城也。每至秋，黄水发入淮，沙停而淤，势也。黄水减，漕水从之，沙随水流，河道自通，纵有浅阻，不过旬日。往者立石洪、内华二闸，遇水发，即闭之，以遏其横；黄水落，则启之，以出泉水。但建闸易，守闸难，贡使之驰行，势要之开放，急不能待，而运道阻矣。乞禁启闭之法。”报可。
十七年（己丑，一五八九），河决双沟单家口，於是专议筑赵皮寨至李景高口遥堤，筑将军庙至塔山长堤，筑羊山至土山横堤，河防幸无事。
十九年（辛卯，一五九一）秋九月，泗州大水，淮水泛溢，高於城，溺人无算，浸及祖陵。总督河道潘季驯上言：“水性不可拂，河防不可弛，地形不可强，治理不可凿。人欲弃旧以为新，而臣谓故道必不可失；人欲支分以杀势，而臣谓浊流必不可分。霖霪水涨，久当自消。”时季驯凡四治河，河皆治。季驯之议，以为河性湍悍善徙者，水漫而沙壅也。法莫若以堤束水，以水攻沙，循河故道，束而湍之，使水疾沙刷，无留行，而又近为缕堤；缕堤之外复为遥堤，故水益浅远，不至旁决。
二十三年（乙未，一五九五）夏四月，命工科给事中张企程勘淮、泗工。先是，邳州、高邮、宝应大雨水，湖决坏堤，泗州水，浸祖陵。巡按御史牛应元言：“治河在辟清口浮沙，次疏草湾下流，达伍港、灌口，广其途入海。次开周家桥达芒稻河入江，而鲍、王诸口，决为巨浸，难以施工，或分其水筑黄堌、戎口之坝，疏符离集、睢水之浅，濬宿迁小河入黄之口。”故有是命。已而企程覆奏：“隆庆末，高、宝、淮、扬告急，当事狃於目前，清口既淤，又高筑堰，堤张福以束之，障全淮以角黄，举七十二溪之水汇於泗者仅口数丈出之。出之十一，瀦之十九，河身日高，安得不倒溢以灌泗乎？今高家堰费巨，未可议废，且并高、宝、淮、扬亦不可少，周家桥北去高堰五十里，其支河接革子湖，若濬三十余里，一自金家河入芒稻河注之江，一自子婴沟入广洋湖注之海，则淮水泄矣。武家墩南距高堰十五里，偪永济河，引水自窑湾闸出口，直达泾河，自昭阳湖入海，则淮之下流有归，此急救祖陵之议也。”
九月，总督漕运褚铁议导淮。总理河道杨一魁议先分黄，次导淮。御史牛应元议合行之，又为祖陵计，黄堌口决当制，小林口淤当挑，归仁堤当培。上从之。括帑五十万，役夫二十万，分黄导淮。自黄江嘴导河，分趋五港、灌口迳入海，以杀黄势，毋尽入淮。导淮则自清口，辟积沙数十里，又於高堰旁，若周家桥、武家墩，稍引淮支流入於湖，为预濬入江入海路以泄之，祖陵水渐退，而水患息。
二十四年（丙申，一五九六）九月戊戌，河工成。总理河道杨一魁、总督漕运褚铁等赏赉有差。
二十五年（丁酉，一五九七）春正月壬寅，河决黄堌口。总督漕运尚书褚铁言：“黄口宜塞，否则全河南徙，害将立见。”
三月，濬小浮桥沂河口，小河口工成。自河南徙徐、邳，复见清泗，议者谓全河水微，妨运，决口不塞，恐下咬归仁，为二陵患。独总河尚书杨一魁谓黄堌口深渊难塞，议濬小浮、沂、泗，筑小河口。工成，果利运。寻久旱，运河涩，而河又决义安东坝。一魁议濬黄堌口及上归湾活嘴，以受黄水，救小浮桥、泗上之涸。因绘河图上言：黄河自古为患，近自分黄道淮，工成，凤、泗、淮、扬免昏垫之灾，又自黄堌一决，全河南徙，兖、豫、徐、邳得免河患，而其余波出於义安者，又导之入小浮桥足以济二洪之涸，则今日之河既有合於决堤放水之议矣。而议者犹曰：运道有浅涩之虞，祖陵有意外之患，地方有淹没之苦。不知国家运道，原不资於河。全河初出亳、寿之郊，以不治治之。故岁无治河之费，其後全河渐决入运，因遂资其灌输，五十余年，久假不归，又日筑垣而居之，涓滴不容外泄，於是浊沙日淀，河身日高。上遏汶、泗，则镇口受淤，鱼、滕被侵；下壅清、淮，则退而内瀦，盱、泗为鱼；以至濒河没溺，岁运飘流，甚至浸及祖陵。而当事者猥以运道所资，势不能却之他徙。臣奉明命，改弦易辙，首开武墩经河，次疏具坝、固庄，又挑小浮桥、小河口、沂河口故道，幸小浮桥股引之水，李吉口未断之流，已足济运矣。以汶、泗、沂、兖之水，建闸节宣，运道自在，固不必殚力决塞，以回全河。盖决河所经，有山西、阜子诸坡湖以为之汇，有小河、白洋、固朱等河沟以为之委。祖陵雄据上游，崇冈迭嶂，谅无可虑。即归仁一堤，见为险要，亦非水冲，万一失守，亦不过下浸桃清，由洪泽诸湖以下清口，势不能逆流倒灌上及盱、泗也。至南流泛滥，虽不免为下邑民生之害，碣山水道当冲，南流北流俱不得免，必须迁城以避河患。其以涸口被灾者，惟有萧、宿、灵、睢。往者，全河未徙之时，丰、沛、鱼、滕、徐、邳不被淹没乎？近庚寅、癸巳之秋，徐、邳二州不几为鱼鳖乎？较之今日，孰重孰轻？故臣始终自信，以为止就已成之功，稍终未完之绪，则自不至为运道之虞，亦不能为陵寝生民之患。抑臣又有说焉，禹之导河，析二渠，播九河，随水之所向，不与争利。今河南、山东、江北州县，棋列星布，在在堤防，水不及汴梁矣，则恐决张秋；不及张秋矣，又恐淤镇口；不及镇口矣，又恐淹宿州。凡禹之所空以与水者，今皆为我所占，无容水之地，固宜其有冲决也。今若空碣山一邑之地，北导李吉口，下浊河；南存徐溪口，下符离；中存盘岔河，下小浮桥。三河并存，南北相去五十里，任水游荡，以不治治之。量蠲一邑千金之赋，岁省修河万金之费，此亦一时之省事，万世之良图也。“)