时南军运粮五万，平安帅马步六万护之，使负粮者居中。燕王觇知之，分壮士万人遮援兵，而令高煦伏兵於林间，戒伺敌战疲即出击。於是躬率师逆战，以骑兵为两翼。安引军突至，杀燕兵千余，矢下如雨。王麾步军纵击，横贯其阵，断而为二，南军遂乱。何福等出壁，与安合击，杀燕兵数千，却之。高煦窥见南师罢，即帅众自林间突出，王还兵掩击其後。福等大败，杀伤万余人，丧马三千余匹，燕师尽获其粮饷。福等以余众入营，塞垒门坚守。是夜，福下令：期明日闻炮声三，即突围出，师就粮於淮河。庚辰，燕军攻灵壁营，王躬率诸将先登，军士蚁附而上。燕兵三震炮，福军误为已炮，急趋门，门塞不得出，营中纷扰，人马坠濠堑皆满，燕兵急击之，遂破其营。指挥宋垣力战死，何福遁走，副总兵陈晖、平安，参将都督马溥、徐真，都指挥孙晟、王贵等皆被执，参赞军务礼部侍郎陈性善、大理寺丞彭与明，皆死之。平安被俘见王，曰：“淝河之战，公马不踬，何以遇我？”安大言曰：“刺殿下如拉朽耳。”王太息曰：“高皇帝好养壮士！”释之，遣还北平。自是南军益衰矣。黄子澄闻之，抚膺大恸曰：“大事去矣！吾辈万死不足赎误国之罪！”是月，上用齐泰、黄子澄谋调辽兵十万，至济南与铁铉合，以绝燕兵後。总兵杨文至直沽，遇燕将宋贵截杀，师溃，文被执，竟无一人至济南者。
五月，燕兵至泗州，守将周景初举城降燕。燕王谒祖陵，泣曰：“横罹权奸几不免矣。幸赖祖宗，得今日拜陵下！”陵下父老来见，悉赐牛酒，慰劳遣之。师抵淮，盛庸领马步兵数万，战舰数千，列淮之南岸，燕兵列北岸相对。燕王命舣舟编筏，扬旗鼓噪指麾若将渡者，南军望之，有惧色。潜遣丘福、朱能、狗儿等将骁勇数百，西行二十里，以小舟潜济，南军不之觉也。及渐近营举炮，南军骇愕，福等前奔之，南军弃甲走。庸股栗不能上马，其下掖之登舟，单舸脱去。北兵尽获其战舰，遂济淮驻南岸是日攻下盱眙，燕王乃会诸将，议所向。或欲先取凤阳，遏其援兵，乃以兵趋滁、和，集舟渡江，别遣一军西捣庐州，出安庆据长江之险。或欲以淮、扬为根本，次取高邮、通、泰以及真、扬，遂可渡江无後顾忧。燕王曰：“凤阳城守固非尽力攻取不易下，恐震惊皇陵。淮安高城深池，兵强粮足，若攻之不拔，旷日持久，援兵四集，力屈形见，非我之利。今宜乘胜直趋扬州，指仪真。两城势单弱，兵至可招之而下。既得真、扬，则淮安、凤阳人心自懈，我聚舟渡江，久则必有内变。”诸将皆顿首称善。遂以师趋扬州，遣使吴玉招谕守将王礼。
先是礼闻燕师至，谋举城降。时监察御史王彬巡江、淮，治扬州，倚任指挥崇刚练兵，缮濬城濠，昼夜不解甲，与彬共守扬州城礼既有异谋，彬与刚知之，执礼及其党系狱。有力士能举千斤，彬常以自随，燕兵飞书城中，有缚王御史降者官三品，左右惮力士莫敢缚。礼弟宗者，厚诱力士母，呼其子出。会彬解甲浴盘中，为千户徐政、张胜所缚，遂出礼於狱，开门降。庚子，燕兵至天长，礼等缚二人以献不屈，皆死。燕王遂至扬州，命礼同指挥吴庸等，谕下高邮、通、泰诸城，并集舟以备渡江。燕兵至高邮，指挥王杰降。遂克仪真，立大营於高资港仪真既破，北舟往来江上，旗鼓蔽天。京师闻北兵渐近，益危惧，遣侍中许观、修撰王叔英募兵广德诸郡，都御史练子宁募兵杭州。燕王驻师江北，朝廷六卿大臣多为自全计，求出守城，都城空虚。帝下诏罪已，遣使四出，征勤王兵。方孝孺曰：“事急矣，宜以计缓之，遣人许割地。稽延数日，东南募兵当至，长江天堑，北兵不闲舟楫，相与决战於江上，胜败未可知。”帝从之，乃以吕太后命，遣庆城郡主如燕师议和，以割地分南北为请。郡主，燕王从姊也。燕王见郡主哭，郡主亦哭。燕王问：“周、齐二王安在？”郡主言：“周王召还，未复爵；齐王仍拘囚。”燕王益悲不自胜。郡主徐申割地议，燕王曰：“凡所以来，为奸臣耳。皇考所分吾地且不能保，何望割也！但得奸臣之後，谒孝陵，朝天子求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此议盖奸臣欲缓我师，俟远方兵至耳！”郡主默然，辞归。燕王送之出，曰：“为我谢天子，吾与上至亲相爱，无他意，幸不终为奸臣所惑。更为我语诸弟妹，吾几不免，赖宗庙神灵，得至此，相见有日矣。”郡主还，具言之。帝出，语方孝孺，且问曰：“今奈何？”孝孺曰：“长江可当百万兵。江北船已遣人烧尽，北师岂能飞渡。”
宁波知府王璡、永清典史周缙，募兵勤王。
六月癸丑朔，燕王命都指挥吴庸集高邮、通、泰船於瓜州，命内官狗儿领都指挥华聚为前哨。兵至浦子口，盛庸诸将逆战，败之。燕王欲且议和北还，会高煦引北骑至，王大喜，遽起按甲，仗钺抚煦背曰：“勉之！世子多疾。”於是煦殊死战燕王率精骑直冲庸阵，庸军小却。朝廷大臣多遣使来燕军献渡江及入京城策者。帝方遣都督佥事陈瑄率舟师往援庸，瑄乃降燕。时兵部侍郎陈植督师江上，麾下谋迎降，金都督首欲叛去，植以大义责之，遂为所杀。金率众降燕，且邀赏，燕王立诛之，具棺敛植，遣官护葬於白石山。
乙卯，陈瑄具舟至江上来迎，燕王乃祭大江之神，誓师渡江，舳舻相衔，旌旗蔽空，金鼓大震，微风轻扬，长江不波。盛庸所驻海艘，列兵沿江上下二百里，皆大惊愕。师渐近岸，庸等整众以御。燕王麾诸将鼓噪先登，以精骑数百冲庸军，庸师溃，追奔数十里，庸单骑遁，余将士皆解甲降。诸将请迳薄京城，燕王曰：“镇江咽喉之地，若城守不下，往来非便。先下镇江，则彼势益危矣。”乃令来降海舟悬黄帜往来江中，镇江城中望见，惊曰：“海舟皆已降，吾将何为？”其守将童俊率众降。帝闻江上海舟暨镇江皆降，甚忧郁，徘徊殿廷间，召方孝孺问计。孝孺即班中执李景隆，请诛之，曰：“坏陛下事者，此贼也。”群臣邹公瑾等十八人，即殿前殴景隆几死请亟加诛，不听。孝孺曰：“城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足。尽撤城外居民驱入城，城外积木，皆令民运入彼无所据，其能久驻乎！”帝从之，下令军民商贾昼夜撤屋运木。盛暑中，饥渴劳苦，死者相枕藉。民惮於运木，多自纵火焚其居火连日不息。西南城崩，役兵民修筑，未竟，东北复崩，民昼夜不得息。方孝孺请令诸王分守城门，乃命谷王橞、安王楹分守都城门，遣李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐往龙潭，仍以割地讲和为辞，观虚实以待援兵。景隆、瑺至龙潭见燕王，伏地叩头而已。燕王笑曰：“勤劳公等至此，有言乎？”景隆等惶恐叩头，稍稍及割地事。燕王曰：“公等说容耶！始吾未有过举辄加之大罪，削为庶人，云：‘大义灭亲。’吾今救死不暇，何用地为！且今割地何名？皇考裂土分封吾故有地矣。此又奸臣计也。凡所以来，欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲谢罪阙下，谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节天地神明在上。”景隆、瑺还报命。帝令景隆再如师，言罪人已窜逐，候执至来献。景隆趑趄，帝令诸王与偕。既至燕王见诸王相劳苦，诸王具述帝意。燕王曰：“诸弟试谓斯言诚伪。”诸王曰：“大兄洞见矣。”燕王曰：“吾来，但欲得奸臣耳，不知其他。”遂宴诸王，遣归。帝会群臣恸哭。或劝帝且幸浙，或曰不若幸湖湘。方孝孺请坚守京城以待援，万一不利，车驾幸蜀，收集士马，以为後举。齐泰奔广德州，黄子澄奔苏州逃难，且促徵兵。时王叔英在广德募兵，无应者。子澄欲航海徵兵於外洋，不果。帝太息曰：“事出汝辈，而今皆弃我去乎！”长吁不己。
癸亥，燕先锋将刘保、华聚哨至朝阳门外。燕王虑京城完缮，四方或有勤王者，日夜为攻城计，乃命保等领先锋骑兵千余，哨至朝阳门。觇知无备，还报，燕王大喜乃整兵而进。先是，左都督徐增寿谋应燕，御史魏公冕等请诛之，不听。至是，燕兵进屯金川门，帝乃命左右ㄏ增寿至，责以大义，斩之。时谷王橞与李景隆守金川门，燕兵至，遂开门降。魏国公徐辉祖率师迎战，败绩。王驰千余骑卫周、齐二王。周王曰：“吾死矣同！”曰：“燕王之骑兵也。”乃喜，入见，拜且哭，燕王亦哭。已，并辔至金川门，下马登楼。燕王具言被谗罹祸，不得已举兵之由，与周王相劳苦。时朝廷文武俱降，来迎。帝左右唯数人，遂尽闭诸后妃宫内，纵火焚之，挈三子变服出走，仓皇复弃三子於宫门，被燕军执寘师中，帝遂逊国去。是日，茹瑺先群臣叩头劝进，文臣迎附知名者：吏部右侍郎蹇义，户部右侍郎夏原吉，兵部侍郎刘俊，右侍郎古朴、刘季篪，大理寺少卿薛嵓，翰林学士董伦，侍讲王景，修譔胡靖、李贯，编修吴溥、杨荣、杨溥，书黄淮、芮善，待诏解缙，给事中金幼孜、胡濙，吏部郎中方宾，礼部员外宋礼，国子助教王达、郑缉，吴府审理副杨士奇，桐城知县胡俨。“)