二十一年，中东事棘，两江总督刘坤一督师出关，命之洞权两江。巡阅宝山、江阴、镇江炮台，易其杂劣窳败者，购泰西新式炮五十余尊、建炮台二十余座。是为江南有后膛台炮及西式炮台之始。炮台专设台官，兵属台、不属营；又设总台官，不许随时更调。是为江南炮台设专兵、专将之始。江南诸路防营素为各统将把持，有如世业；乃察南北营政废弛者，更撤寿春、苏松、狼山、徐州各镇统领，收诸路兵权归之督府。奏调冯子材率粤军防海州、朱洪章防金山，沿海屹然，恃以无恐。募德弁练江南自强军，采东西规制；广立武备、农工商、铁路、方言、军医诸学堂，遣生徒游学，设将校讲习所；筹款造船，创修江宁马路。又采上海道黄祖络议，接筑南市马路，设巡警，断外人侵入华界，以保政权。初，各国于租界外往往广辟马路，为扩充之计。之洞奏请于其马路尽处接修一路，以扼其锋；总署懵然，竟寝其议。自此，沪上租界愈辟愈广矣。
二十三年，回湖北。明年，朝议变法谋富强，下中外大臣集议。之洞疏曰：“救时必自求人才始，求才必自变科举始。四书、五经，道大义精，炳如日月，讲明五伦，范围万世；圣教之所以为圣、中华之所以为中，实在于此。初，北宋创为经义取士；明成化时，始定为八股之式。行之已五百年，文徇俗而愈卑、法积久而愈敝。今改用策论，诚足以破拘挛陈腐之习矣。然文章之体不正、命题之例不严，则国家重教之旨不显、取士之格不一，则多士之趋向不定。废时文者，恶其苛琐浮滥，不能阐发圣贤之义理也，非废四书、五经也。若不严为定式，恐策论发题，或杂采解经字句、或兼采经史他书，界限过宽，则为文者漫无遵守，徒骋词华。行之日久，必至不读四书、五经原文，背道忘本；此则圣教兴废、中华安危之本，非细故也。今日当详议者，约有数端：一曰正名。正其名曰四书义、五经义，以示复古。二曰定题。四书义书四书原文、五经义书五经原文，不得删改增减，亦不得用其义而改其词。三曰正体。以朴实说理，明白晓畅为贵。不得涂泽浮艳，作骈俪体；亦不得钩章棘句，作怪涩体。四曰徵实。准其引徵史事、博考群书；凡时文所禁忌者，悉与蠲除。五曰辟邪。若周、秦诸子之谬论，释、老二氏之妄谈，异域之方言、报馆之琐语，凡一切离经叛道之言，严加屏黜；则八股之格式虽变，而衡文之宗旨仍与真正之圣训相符。顾犹有虑者，若仍以头场为重，则二、三场虽有博通之士，仍然见遗。若趋重二、三场，其诡诞浮薄、务趋风气者，或又将邪詖异说解释四书、五经，本义全失；圣道既微，世运愈否。其始则为惑世诬民之论，其终必有犯上作乱之事；流毙尤多，为祸尤烈。今宜筹一体一贯之法，合科举、经济学堂为一事，求才不厌多门，而学术仍归一定，方为中正无弊。昔朱子当南宋国势微弱之际，愤神州之多难、惧救世之无才，屡欲改变科举；尝考“语录”中力诋时文之弊者，不一而定。而究其救科举之法，则曰更须兼他科目取人。欧阳修知谏院时，恶当时举人剽盗割裂、全不晓事之弊，亦疏请改为三场分试，每场皆有去留。头场策论合格者试二场，二场合格者试三场。其大要，曰鄙恶乖诞以渐先去少而易。考其说，颇切于今日之情事。朱子之拟兼他科目，犹今之特科经济诸门也；欧阳修之欲以策论救诗赋，犹今之欲以中西经济救时文也。窃谓宜远师朱、欧二说，随场去取；将三场先后之序互易之，而又层递取之。第一场，试中国史事、国朝政法论五道；二场，试时务策五道，专问五洲各国之政、专门之艺；三场试四书义二篇、五经义一篇。首场按中额十倍录取，二场三倍；取者始准试次场，每场发榜一次。三场完毕，如额取中。磨勘之日，于三场尤须从严；如有理词谬妄、离经叛道者，士子、考官均须黜革。大抵首场求博学、二场于博学中求通才、三场于通才中求正士，先博后约、先粗后精，既无愚闇庸陋之才，亦无偏骇狂悖之弊。始以中西经济补益之，终以四书义、五经义范围之；较之偏重时文、策论者，所得多矣。其岁、科两考生童，以此例推之：先试经古，专以史论、时务策命题；正场，试四书、五经义各一篇。抑臣更有请者，试场兼重诗赋、小楷。京官之用小楷者尤多，士人多逾中年始成进士，甫脱八股之厄、又受小楷之困，以至通籍廿年之侍从、年逾六旬之京堂，各种考试，仍然不免。夫八股犹可觇理解之浅深、诗赋亦可见文词之雅俗，小楷则有艺而无文，其损志气、耗日力、废学问，较之八股、诗赋殆有甚焉。举天下登科入仕之人才，归于疏陋软熟；以至今日，遂无以纾国家之急。今既罢去时文，则京官考试，诗赋、小楷亦祈停免；惟殿试，典礼至重，自不可废。然临轩发策，登进贤良，自宜求得正谊明道如董仲舒、直言极谏如刘蕡者而用之。断不宜以小楷为去取，一经殿试，即可据为授职之等差。朝考一场，尽可从省。通籍以后，无论翰院部堂，一应职官皆以讲求实学实政为主。至于词章书法，润色鸿业；若朝廷需用此项人员，特颁谕旨偶一行之，不为常例；略如考试南书房考试中书故事，严则止及翰、詹，宽则部属小京官皆可与考，视其原有阶品，分别授官。与三年会、殿试取士之通例，各不相涉。庶几文学、政事，两不妨矣”。又疏陈武科取士之法。略曰：“今日用兵，专恃火器。外洋各国枪炮之制，日出而益精；武学教练上法，日推而益密。然则武科取士，断宜专习火器，别定新规，然后无“所习非所用”之弊。臣详稽旧制、参考新章，谨拟一营伍、学堂、武科三司合一之法。查武场条例，武科人才取诸旗、绿各营弁兵，本系国家旧制。今旗、绿弁兵而外，又有防营弁勇；比之绿营材力较强，操练火器尤为娴熟。今武科改试枪炮，莫若即令营弁兵勇应试，最为无患于地方而有益于军旅。若令应武试者皆于武备学堂肄业，则广设学堂一时既苦难筹，而教习之员亦断不敷学堂之用。外洋定章，凡入武备学堂三年者，必须随营操练一、二年，以增阅历，断无学生而在营伍之外者。兵勇应试，名籍易考、钤束易施；所用枪炮发之本营，自然一律。将来风气渐开，华弁能充教习者渐多。各府州县筹设武备学堂禀官办理，立约束稽察章程，虽有枪炮，可无伏戎藉寇之虞。学成之后分营效用，则营伍、学生合为一贯。是整饬科举，即所以整饬营伍矣。总之，营伍应试，其利有三：外洋火器价值甚昂，平日练习需用药弹，为数尤钜。若生童惜费不购，则操练无具；若各省纷纷购买，则所费不赀，空增一绝大漏卮，亦为非计。今应试取之兵勇，则操练械药本各营应有之需；间有愿附入防营学习者，枪炮由官借用、药弹由生缴价。是曰塞漏，其利一也。我朝将材辈出，大率出于行伍。自咸丰军兴以来，其由武举、武进士呈功着称者，实属寥寥。此辈恃符武断、如虎而冠，鱼肉乡民、窝庇匪盗，各省官商士民无不以为巨患，万口一辞；徒以旧例相沿，几如附骨之疽，去之无术。究其所长者，不过粗豪膂力，幸中箭枝，不识字者十人而九。临敌之火器既未尝习、制胜之韬钤更未尝解，即使安分守法，岂能与于干城腹心之选乎？且武童旧习骑射、硬弓、刀石，亦只临场肄习无论中否，过考辄弃；于国家储材、御侮之意，毫不相涉。今若专令营弁、兵勇就试，即入武学、登武科以后，仍有本营长官钤束，无从为非；其技艺亦不至荒废。从此为地方暗减此一种违法扰害之游民，尤潜移默化之微权矣。是曰戢暴，其利二也。畴昔征讨发、捻之时，各路军营有以步卒水手，不数年而保至提镇者；海内忠勇之士，翕然向风。近年军务敉平，保案少则防军之拔擢难、文法繁则绿营之升迁尤难；虽有伟材壮志，无所得官。粮饟聊以糊口，操练视为具文；虽经按期简阅，收效终微。盖兵勇自视，不过如担夫匠役食力营生；其谨愿者，仅不为会匪、地痞而已。人既卑视兵勇，兵勇因而自卑；若望其深明敌忾同仇之大义、讲求破敌致胜之韬钤，实亦难矣。今若悬此一途以为营弁兵勇进身之阶，功名所在，则肄习自精；不待朝廷督责、将师劝勉，而各省各营皆为劲旅。是曰励军，其利三也。抑臣尤有进者，亲上死长者，强国之本原；明耻教战者，操兵之要术。当此群强凭凌，正所谓“天下危，注意将”之时。近年东西洋各国精研兵事，最重武职。其国君服提督之服，邻国之君互相赠送以将官之衔，故人人以当兵为荣、以从军为乐，以败奔为耻。王子之尊，下侪戍卒一队之长，荣若登仙；凡挂名军籍者，居乡则里党贵之、过市则路人敬之，以致弁兵之自爱声名、修饬行检，过于儒士。中国乃有“好铁不打钉、好人不当兵”之谚，稍有身家，咸所鄙弃；贵贱之分，强弱之源也。夫中国所贵者士；士之徒步而致任公卿者多矣。人之贵之，盖有由也。中国所贱者兵；兵之荷戈而流为慵丐者众矣。人之贱之，固有所也。即使不终于困饿，而三四十岁以外犹为厮养之贱卒、五十岁以外始为循资之裨将，既已纯乎暮气，岂能建立奇功？今欲重武厉兵，而积习已深，不能骤改；惟有励行伍以科举之一法，使其非由行伍不得科举、非由科举不得将官。爵禄所在，则豪杰争趋；流品既殊，则廉耻自立。将领不肯侮辱、旁人不敢轻重，从此凡为兵勇者，俨然又列士流、欣然请得大奖；夫然后世族文儒皆肯入伍，感慨渐发，人人有执干戈、卫社稷之心，奋士气、修军实，转移微权，实在于是。总考各国军政，有武学而无武科，其各等学堂以次考拔，发营录用，即是中武科、武试。从无不由学堂出身之官校，亦无不充军营校伍之学生，其法实将武营、武科二事合而为一。今日欲采择西法，莫如先自练兵始；欲学西人之练兵，莫如自开兵勇之升阶合学堂营伍始矣。若其学习老诚之法，非仅改用枪炮，遂能收效。历考外洋诸国，从无不读书、不明算、不能绘图之将弁，亦无不识字之兵丁。诚以今日战事日精、战具日巧，即一哨弁之微亦断非粗材下品所能胜任。若只考枪炮准头从容施放中靶者多，殊难去取；且凭此即授以侍卫、参、游、都、守之官，似亦太易。拟请仿马步、箭弓、刀石武经三场之制，头场试枪炮准头，兼令演试装折、运动之法；二场试各式体操及马上放枪、步下击刺之技，三场试测绘、工程、台垒、铁路、地雷、水雷与他战法等学。乡、会试格式宜较严，童试格式宜较宽，三场合较，智勇兼优，方为合格。其初入营及末弁入学堂者，酌定年限，多不得过二十五岁。盖以年力少壮，则体操及测算各事始能按程学习，颖悟易通也”。疏入，上皆俞允。于是天下言新政者嚣然而起，少年新进之士变本加厉，肆行无忌；中外执政之臣，相与侧目。之洞亦惄然忧之，乃着“劝学篇”，会通中西、权衡新旧以相救正，八月，党祸起，几酿大变。至是，其言果验。“)