哲宗立，擢右正言。吕公著执政，祖禹以婿嫌辞，改祠部员外郎，又辞。除著作佐郎、修《神宗实录》检讨，迁著作郎兼侍讲。
神宗既祥，祖禹上疏宣仁后曰：“今即吉方始，服御一新，奢俭之端，皆由此起。凡可以荡心悦目者，不宜有加于旧。皇帝圣性未定，睹俭则俭，睹奢则奢，所以训导成德者，动宜有法。今闻奉宸库取珠，户部用金，其数至多，恐增加无已，愿止于未然。崇俭敦朴，辅养圣性，使目不视靡曼之色，耳不听淫哇之声，非礼勿言，非礼勿动，则学问日益，圣德日隆，此宗社无疆之福。”故事，服除当开乐置宴，祖禹以为因除服而开乐设宴，则似除服而庆贺，非君子不得已而除之之意，不可。
夏暑权罢讲，祖禹言：“陛下今日之学与不学，系他日治乱。如好学，则天下君子欣慕，愿立于朝，以直道事陛下，辅佐德业，而致太平；不学，则小人皆动其心，务为邪谄，以窃富贵。且凡人之进学，莫不于少时，今圣质日长，数年之后，恐不得如今日之专，窃为陛下惜也。”迁起居郎，又召试中书舍人，皆不拜。吕公著薨，召拜右谏议大夫。首上疏论人主正心修身之要，乞太皇太后日以天下之勤劳、万民之疾苦、群臣之邪正、政事之得失，开导上心，晓然存之于中，使异日众说不能惑，小人不能进。
蔡确既得罪，祖禹言：“自乾兴以来，不窜逐大臣六十余年，一旦行之，流传四方，无不震耸。确去相已久，朝廷多非其党，间有偏见异论者，若一切以为党确去之，惧刑罚失中，而人情不安也。”
蔡京镇蜀，祖禹言：“京小有才，非端良之士。如使守成都，其还，当使执政，不宜崇长。”时大臣欲于新旧法中有所创立。祖禹以为：“朝廷既察王安石之法为非，但当复祖宗之旧，若出于新旧之间，两用而兼存之，纪纲坏矣。”迁给事中。
吴中大水，诏出米百万斛、缗钱二十万振救。谏官谓诉灾者为妄，乞加验考。祖禹封还其章，云：“国家根本，仰给东南。今一方赤子，呼天赴诉，开口仰哺，以脱朝夕之急。奏灾虽小过实，正当略而不问。若稍施惩谴，恐后无复敢言者矣。”
兼国史院修撰，为礼部侍郎。论择监司守令曰：“祖宗分天下为十八路，置转运使、提点刑狱，收乡长、镇将之权悉归于县，收县之权归于州，州之权归于监司，监司之权归于朝廷。上下相维，轻重相制，建置之道，最为合宜。监司付以一路，守臣付以一州，令宰付以一县，皆与天子分土而治，其可不择乎？祖宗尝有考课之法，专察诸路监司，置簿于中书，以稽其要。今宜委吏部尚书，取当为州者，条别功状以上三省，三省召而察之，苟其人可任，则以次表用之。至官，则令监司考其课绩，终岁之后，可以校优劣而施黜陟焉。如此则得人必多，监司、郡守得人，县令不才，非所患也。”
闻禁中觅乳媪，祖禹以帝年十四，非近女色之时，上疏劝进德爱身，又乞宣仁后保护上躬，言甚切至。既而宣仁谕祖禹，以外议皆虚传，祖禹复上疏曰：“臣言皇帝进德爱身，宜常以为戒。太皇太后保护上躬，亦愿因而勿忘。今外议虽虚，亦足为先事之戒。臣侍经左右，有闻于道路，实怀私忧，是以不敢避妄言之罪。凡事言于未然，则诚为过；及其已然，则又无所及，言之何益？陛下宁受未然之言，勿使臣等有无及之悔。”拜翰林学士，以叔百禄在中书，改侍讲学士。百禄去，复为之。范氏自镇至祖禹，比三世居禁林，士论荣慕。
宣仁太后崩，中外议论汹汹，人怀顾望，在位者畏惧，莫敢发言。祖禹虑小人乘间害政，乃奏曰：“陛下方揽庶政，延见群臣，此国家隆替之本，社稷安危之机，生民休戚之端，君子小人进退消长之际，天命人心去就离合之时也，可不畏哉？先后有大功于宗社，有大德于生灵，九年之间，始终如一。然群小怨恨，亦为不少，必将以改先帝之政、逐先帝之臣为言，以事离间，不可不察也。先后因天下人心，变而更化。既改其法，则作法之人有罪当退，亦顺众言而逐之。是皆上负先帝，下负万民，天下之所仇疾而欲去之者也，岂有憎恶于其间哉？惟辨析是非，深拒邪说，有以奸言惑听者，付之典刑，痛惩一人，以警群慝，则贴然无事矣。此等既误先帝，又欲误陛下，天下之事，岂堪小人再破坏邪？”初，苏轼约俱上章论列，谏草已具，见祖禹疏，遂附名同奏，曰：“公之文，经世之文也。”竟不复出其稿。
祖禹又言：“陛下承六世之遗烈，当思天下者祖宗之天下，人民者祖宗之人民，百官者祖宗之百官，府库者祖宗之府库。一言一动，如临之在上，质之在傍，则可以长享天下之奉。先后以大公至正为心，罢安石、惠卿所造新法，而行祖宗旧政。故社稷危而复安，人心离而复合，乃至辽主亦戒其臣勿生事曰：“南朝专行仁宗之政矣。‘外夷之情如此，中国之人心可知。先后日夜苦心劳力，为陛下立太平之基。愿守之以静，恭己以临之，虚心以处之，则群臣邪正，万事是非，皆了然于圣心矣。小人之情专为私，故不便于公；专为邪，故不便于正；专好动，故不便于静。惟陛下痛心疾首，以为刻骨之戒。“章累上，不报。
忽有旨召内臣十余人，祖禹言：“陛下亲政以来，四海倾耳，未闻访一贤臣，而所召者乃先内侍，必谓陛下私于近习，望即赐追改。”因请对，曰：“熙宁之初，王安石、吕惠卿造立新法，悉变祖宗之政，多引小人以误国，勋旧之臣屏弃不用，忠正之士相继远引。又用兵开边，结怨外夷，天下愁苦，百姓流徙。赖先帝觉悟，罢逐两人，而所引群小，已布满中外，不可复去。蔡确连起大狱，王韶创取熙河，章惇开五溪，沈起扰交管，沈括、徐禧、俞充、种谔兴造西事，兵民死伤皆不下二十万。先帝临朝悼悔，以谓朝廷不得不任其咎。以至吴居厚行铁冶之法于京东，王子京行茶法于福建，蹇周辅行盐法于江西，李稷、陆师闵行茶法、市易于西川，刘定教保甲于河北，民皆愁痛嗟怨，比屋思乱。赖陛下与先后起而救之，天下之民，如解倒县。惟是向来所斥逐之人，窥伺事变，妄意陛下不以修改法度为是，如得至左右，必进奸言。万一过听而复用之，臣恐国家自此陵迟，不复振矣。”又论：“汉、唐之亡，皆由宦官。自熙宁、元丰间，李宪、王中正、宋用臣辈用事总兵，权势震灼。中正兼干四路，口敕募兵，州郡不敢违，师徒冻馁，死亡最多；宪陈再举之策，致永乐摧陷；用臣兴土木之工，无时休息，罔市井之微利，为国敛怨。此三人者，虽加诛戮，未足以谢百姓。宪虽已亡，而中正、用臣尚在，今召内臣十人，而宪、中正之子皆在其中。二人既入，则中正、用臣必将复用，愿陛下念之。”
时绍述之论已兴，有相章惇意。祖禹力言惇不可用，不见从，遂请外。上且欲大用，而内外梗之者甚众，乃以龙图阁学士知陕州。言者论祖禹修《实录》诋诬，又摭其谏禁中雇乳媪事，连贬武安军节度副使、昭州别驾，安置永州、贺州，又徙宾、化而卒，年五十八祖禹平居恂恂，口不言人过。至遇事，则别白是非，不少借隐。在迩英守经据正，献纳尤多。尝讲《尚书》至“内作色荒，外作禽荒”六语，拱手再诵，却立云：“愿陛下留听。”帝首肯再三，乃退。每当讲前夕，必正衣冠，俨如在上侧，命子弟侍，先按讲其说。开列古义，参之时事，言简而当，无一长语，义理明白，粲然成文。苏轼称为讲官第一。
祖禹尝进《唐鉴》十二卷，《帝学》八卷，《仁宗政典》六卷。而《唐鉴》深明唐三百年治乱，学者尊之，目为“唐鉴公”云。建炎二年，追复龙图阁学士。子冲，绍兴中仕至翰林侍读学士，《儒林》有传。
论曰：熙宁、元丰之际，天下贤士大夫望以为相者，镇与司马光二人，至称之曰君实、景仁，不敢有所轩轾。光思济斯民，卒任天下之重；镇嶷然如山，确乎其不可拔。君子之道，或出或处，易地则皆然，未易以功名优劣论也。百禄受学于镇，故其议论操修，粹然一出于正。祖禹长于劝讲，平生论谏，不啻数十万言。其开陈治道，区别邪正，辨释事宜，平易明白，洞见底蕴，虽贾谊、陆贽不是过云。“)