哲宗立，韩维言：“镇在仁宗时，首启建储之议，未尝以语人，人亦莫为言者。”具以十九疏上之。拜端明殿学士，起提举中太一宫兼侍读，且欲以为门下侍郎。镇雅不欲起，从孙祖禹亦劝止之，遂固辞，改提举崇福宫。祖禹谒告归省，诏赐以龙茶，存劳甚渥。复告老，以银青光禄大夫再致仕，累封蜀郡公。
镇于乐尤注意，自谓得古法，独主房庶以律生尺之说。司马光谓不然，往复论难，凡数万言。初，仁宗命李照改定大乐，下王朴乐三律。皇祐中，又诏胡瑗等考正。神宗时诏镇与刘几定之。镇曰：“定乐当先正律。”神宗曰：“然，虽有师旷之聪，不以六律不能正五音。”镇作律尺、龠合、升斗、豆区、鬴斛，欲图上之，又乞访求真黍，以定黄钟。而刘几即用李照乐，加用四清声而奏乐成。诏罢局，赐赍有加。镇曰：“此刘几乐也，臣何与焉。”至是，乃请太府铜为之，逾年而成，比李照乐下一律有奇。帝及太皇太后御延和殿，召执政同阅视，赐诏嘉奖。下之太常，诏三省、侍从、台阁之臣，皆往观焉。镇时已属疾，乐奏三日而薨，年八十一。赠金紫光禄大夫，谥曰忠文。
镇平生与司马光相得甚欢，议论如出一口，且约生则互为传，死则作铭。光生为《镇传》，服其勇决；镇复铭光墓云：“熙宁奸朋淫纵，险诐憸猾，赖神宗洞察于中。”其辞峭峻。光子康属苏轼书之，轼曰：“轼不辞书，惧非三家福。”乃易他铭。
镇清白坦夷，遇人必以诚，恭俭慎默，口不言人过。临大节，决大议，色和而语壮，常欲继之以死，虽在万乘前，无所屈。笃于行义，奏补先族人而后子孙，乡人有不克婚葬者，辄为主之。兄鎡，卒于陇城，无子，闻其有遗腹子在外，镇时未仕，徒步求之两蜀间，二年乃得之，曰：“吾兄异于人，体有四乳，则儿亦必然。”已而果然，名曰百常。少受学于乡先生庞直温，直温子昉卒于京师，镇娶其女为孙妇，养其妻子终身。
其学本《六经》，口不道佛、老、申、韩之说。契丹、高丽皆传诵其文。少时赋《长啸》，却胡骑，晚使辽，人相目曰：此“长啸公”也。兄子百禄亦使辽，辽人首问镇安否。
百禄字子功，镇兄锴之子也。第进士，又举才识兼茂科。时治平水灾，大臣方议濮礼，百禄对策曰：“简宗庙、废祭祀，则水不润下。昔汉哀尊共皇，河南、颍川大水；孝安尊德皇，京师、郡国二十九大水。盖大宗隆，小宗杀；宗庙重，私祀轻。今宜杀而隆，宜轻而重，是悖先王之礼。礼一悖，则人心失而天意睽，变异所由起也。”对入三等。
熙宁中，邓绾举为御史，辞不就。提点江东、利、梓路刑狱，加直集贤院。利州武守周永懿以贿败，百禄请复至道故事，用文吏领兵，以辖边界，从之。熊本治泸蛮事，有夷酋力屈请降，裨将贾昌言欲杀以为功，百禄谕之不听，往谓本曰：“杀降不祥，活千人者封子孙。奈何容骄将横境内乎？”本矍然，即檄止之。
七年，召知谏院。属岁旱，请讲求急务，收还法令之未便者，以救将死之民。论手实法曰：“造薄手实，许令告匿。户令虽有手实之文，而未尝行。盖谓使人自占，必不以实告，而明许告讦，人将为仇。然则礼、义、廉、耻之风衰矣。”五路置三十七将，专督所部兵，至许辟置布衣参军谋。百禄察其中，或以恩泽市，或以败收，或未历边方，或起于群盗，疏列其亡状者十四人，请仍旧制，将佐颛教阅，余付之州县，事多施行。
与徐禧治李士宁狱，奏士宁荧惑童妇，致不轨生心，罪死不赦。禧右士宁，以为无罪。执政主禧，贬百禄监宿州酒。元丰末，入为司门吏部郎中、起居郎。
哲宗立，迁中书舍人。司马光复差役法，患吏受赇，欲加流配。百禄固争曰：“民今日执事，受谢于人，明日罢役，则以财赂人。苟绳以重典，黥面赭衣必将充塞道路。”光悟曰：“微君言，吾不悉也。”遂已。
元祐元年，为刑部侍郎。诸郡以故斗杀情可矜者请谳，法官曰：“宜贷。”光曰：“杀人不死，法废矣。”百禄曰：“谓之杀人，则可；若制刑以为无足疑，原情以为无足悯，则不可。今概之死，则二杀之科，自是遂无足疑悯者矣。”时又诏天下狱不当谳而辄谳者抵罪。有司重于请，至枉情以求合法。百禄曰：“熙宁之法，非可疑可悯而谳者免驳勘，元丰则刊之，近则有奏劾之诏，故官吏畏避，不惮论杀。”因条五年死贷之数以闻。门下省犹驳正当贷者，又例在有司者还中书，百禄又争之，后悉从其请。
改吏部侍郎。议者欲汰胥吏，吕大防趣废其半，百禄曰：“不可。废半则失职者众，不若以渐消之，自今阙吏勿补，不数岁，减斯过半矣。”不听。
都水王孝先议回河故道，大防意向之，命百禄行视。百禄以东流高仰，而河势顺下，不可回，即驰奏所以然之状，且取神宗诏令勿塞故道者并上之。大防犹谓：“大河东流，中国之险限。今塘泺既坏，界河淤浅，河且北注矣。”百禄言：“塘泺有限寇之名，无御寇之实。借使河徙而北，敌始有下流之忧，乃吾之利也。先帝明诏具在，奈何妄动摇之。”乃止。
俄兼侍读，进翰林学士。为帝言分别邪正之目，凡导人主以某事者为公正，某事者为奸邪，以类相反，凡二十余条。愿概斯事以观其情，则邪正分矣。
以龙图阁学士知开封府。勤于民事，狱无系囚。僚吏欲以圄空闻，百禄曰：“千里之畿，无一人之狱，此至尊之仁，非尹功也。”不许。经数月，复为翰林学士，拜中书侍郎。是岁郊祀，议合祭天地，礼官以“昊天有成命”为言。百禄曰：“此三代之礼，奈何复欲合祭乎？‘成命’之颂，祀天祭地，均歌此诗，亦如春夏祈谷而歌《噫嘻》，亦岂为一祭哉？”争久不决，质于帝前。宰相曰：“百禄之言，礼经也；今日之用，权制也。陛下始郊见，宜以并事天地为恭。”于是合祭。
熙河范育言：“阿里骨酷暴且病，温溪心八族皆思内附，可以计纳。”百禄曰：“中国以信抚四夷，阿里骨未有过，溪心虚实未可知，无衅而动，非策也。”又请进筑纳迷等三城，百禄曰：“是皆良田，为必争之地，我既城之，若贼骑时出，我何以耕？后虽欲弃之，为费已甚，亦不能矣。”帝皆从之。右仆射苏颂坐稽留除书免，百禄以同省罢为资政殿学士、知河中，徙河阳、河南。薨，年六十五，赠银青光禄大夫。
子祖述，监颍州酒税，摄狱掾，阅具狱，活两死囚，州人以为神。知巩县，凿南山导水入洛，县无水患，文彦博称其能。以父堕党籍，监中岳庙。久之，通判泾州。知台州，奏罢黄甘、葛蕈之贡。主管西京御史台。靖康多难，避地至汝州。汝守赵子栎邀与共守，于是旁郡尽陷，汝独全。累官朝议大夫，卒。从弟祖禹。
祖禹字淳甫，一字梦得。其生也，母梦一伟丈夫被金甲入寝室，曰：“吾汉将军邓禹。”既寤，犹见之，遂以为名。幼孤，叔祖镇抚育如己子。祖禹自以既孤，每岁时亲宾庆集，惨怛若无所容，闭门读书，未尝预人事。既至京师，所与交游，皆一时闻人。镇器之曰：“此儿，天下士也。”
进士甲科。从司马光编修《资治通鉴》，在洛十五年，不事进取。书成，光荐为秘书省正字。时王安石当国，尤爱重之。王安国与祖禹友善，尝谕安石意，竟不往谒。富弼致仕居洛，素严毅，杜门罕与人接，待祖禹独厚；疾笃，召授以密疏，大抵论安石误国及新法之害，言极愤切。弼薨，人皆以为不可奏，祖禹卒上之。
神宗崩，祖禹上疏论丧服之制曰：“先王制礼，君服同于父，皆斩衰三年，盖恐为人臣者不以父事其君。自汉以来，不惟人臣无服，人君遂不为三年之丧。国朝自祖宗以来，外廷虽用易月之制，宫中实行三年服。君服如古典，而臣下犹依汉制，故十二日而小祥，期而又小祥，二十四日而大祥，再期而又大祥。既以日为之，又以月为之，此礼之无据者也。古者再期而大祥，中月而禫。禫，祭之名，非服之色。今乃为之惨服三日然后禫，此礼之不经者也。服既除，至葬又服之，祔庙后即吉，才八月而遽纯吉，无所不佩，此又礼之无渐者也。朔望，群臣朝服以造殡宫，是以吉服临丧；人主衰服在上，是以先帝之服为人主之私丧，此二者皆礼之所不安也。”“)