未几，同知枢密院事。有欲复肉刑者，议取死囚试劓、刖，公著曰：“试之不死，则肉刑遂行矣。”乃止。夏人幽其主，将大举讨之。公著曰：“问罪之师，当先择帅，苟未得人，不如勿举。”及兵兴，秦、晋民力大困，大臣不敢言，公著数白其害。
元丰五年，以疾丐去位，除资政殿学士、定州安抚使。俄永乐城陷，帝临朝叹曰：“边民疲弊如此，独吕公著为朕言之耳。”徙扬州，加大学士。将立太子，帝谓辅臣，当以吕公著、司马光为师傅。
哲宗即位，以侍读还朝。太皇太后遣使迎，问所欲言，公著曰：“先帝本意，以宽省民力为先。而建议者以变法侵民为务，与己异者一切斥去，故日久而弊愈深，法行而民愈困。诚得中正之士，讲求天下利病，协力而为之，宜不难矣。”至则上言曰：“人君初即位，当正始以示天下，修德以安百姓。修德之要，莫先于学。学有缉熙于光明，则日新以底至治者，学之力也。谨昧死陈十事，曰畏天、爱民、修身、讲学、任贤、纳谏、薄敛、省刑、去奢、无逸。”又乞备置谏员，以开言路。拜尚书左丞、门下侍郎。
元祐元年，拜尚书右仆射兼中书侍郎。三省并建，中书独为取旨之地。乃请事于三省者，与执政同进呈，取旨而各行之。又执政官率数日一聚政事堂，事多决于其长，同列莫得预。至是，始命日集，遂为定制。与司马光同心辅政，推本先帝之志，凡欲革而未暇与革而未定者，一一举行之。民欢呼鼓舞，咸以为便。光薨，独当国，除吏皆一时之选。时科举罢词赋，专用王安石经义，且杂以释氏之说。凡士子自一语上，非新义不得用，学者至不诵正经，唯窃安石之书以干进，精熟者转上第，故科举益弊。公著始令禁主司不得出题老、庄书，举子不得以申、韩、佛书为学，经义参用古今诸儒说，毋得专取王氏。复贤良方正科。
右司谏贾易以言事讦直诋大臣，将峻责，公著以为言，止罢知怀州。退谓同列曰：“谏官所论，得失未足言。顾主上春秋方盛，虑异明有进谀说惑乱者，正赖左右争臣耳，不可豫使人主轻厌言者也。”众莫不叹服。
吐蕃首领鬼章青宜结久为洮、河患，闻朝廷弭兵省戍，阴与夏人合谋复取熙、岷。公著白遣军器丞游师雄以便宜谕诸将，不逾月，生致于阙下。
帝宴近臣于资善堂，出所书唐人诗分赐。公著乃集所讲书要语明白、切于治道者，凡百篇进之，以备游意翰墨，为圣学之助。
三年四月，恳辞位，拜司空、同平章军国事。宋兴以来，宰相以三公平章重事者四人，而公著与父居其二，士艳其荣。诏建第于东府之南，启北扉，以便执政会议。凡三省、枢密院之职，皆得总理。间日一朝，因至都堂，其出不以时，盖异礼也。
明年二月薨，年七十二。太皇太后见辅臣泣曰：“邦国不幸，司马相公既亡，吕司空复逝。”痛闵久之。帝亦悲感，即诣其家临奠，赐金帛万。赠太师、申国公，谥曰正献，御笔碑首曰“纯诚厚德”。
公著自少讲学，即以治心养性为本，平居无疾言遽色，于声利纷华，泊然无所好。暑不挥扇，寒不亲火，简重清静，盖天禀然。其识虑深敏，量闳而学粹，遇事善决，苟便于国，不以私利害动其心。与人交，出于至诚，好德乐善，见士大夫以人物为意者，必问其所知与其所闻，参互考实，以达于上。每议政事，博取众善以为善，至所当守，则毅然不回夺。神宗尝言其于人材不欺，如权衡之称物。尤能避远声迹，不以知人自处。
始与王安石善，安石兄事之，安石博辩骋辞，人莫敢与亢，公著独以精识约言服之。安石尝曰：“疵吝每不自胜，一诣长者，即废然而反，所谓使人之意消者，于晦叔见之。”又谓人曰：“晦叔为相，吾辈可以言仕矣。”后安石得志，意其必助己，而数用公议，列其过失，以故交情不终。于讲说尤精，语约而理尽。司马光曰：“每闻晦叔讲，便觉己语为烦。”其为名流所敬如此。
绍圣元年，章惇为相，以翟思、张商英、周秩居言路，论公著更熙、丰法度，削赠谥，毁所赐碑，再贬建武军节度副使、昌化军司户参军。徽宗立，追复太子太保。蔡京擅政，复降左光禄大夫，入党籍，寻复银青光禄大夫。绍兴初，悉还赠谥。子希哲、希纯。
希哲字原明，少从焦千之、孙复、石介、胡瑗学，复从程颢、程颐、张载游，闻见由是益广。以荫入官，父友王安石劝其勿事科举，以侥幸利禄，遂绝意进取。安石为政，将置其子雱于讲官，以希哲有贤名，欲先用之。希哲辞曰：“辱公相知久，万一从仕，将不免异同，则畴昔相与之意尽矣。”安石乃止。
公著作相，二弟已官省寺，希哲独滞管库，久乃判登闻鼓院，力辞。公著叹曰：“当世善士，吾收拾略尽，尔独以吾故置不试，命也夫！”希哲母贤明有法度，闻公著言，笑曰：“是亦未知其子矣。”
终公著丧，始为兵部员外郎。范祖禹，其妹婿也，言于哲宗曰：“希哲经术操行，宜备劝讲，其父常称为不欺暗室。臣以妇兄之故，不敢称荐，今方将引去，窃谓无嫌。”诏以为崇政殿说书。其劝导人主以修身为本，修身以正心诚意为主。其言曰：“心正意诚，则身修而天下化。若身不能修，虽左右之人且不能谕，况天下乎？”
擢右司谏，辞，未听，私语祖禹曰：“若不得请，当以杨畏、来之邵为首。”既而不拜。会绍圣党论起，御史刘拯论其进不由科第，以秘阁校理知怀州。中书舍人林希又言：“吕大防由公著援引，故进希哲以酬私恩。凡大防辈欺君卖国，皆公著为之倡；而公著之恶，则希哲导成之，岂宜污华职。”于是但守本秩，俄分司南京，居和州。
徽宗初，召为秘书少监，或以为太峻，改光禄少卿。希哲力请外，以直秘阁知曹州。旋遭崇宁党祸，夺职知相州，徙邢州。罢为宫祠。羁寓淮、泗间，十余年卒。
希哲乐易简俭，有至行，晚年名益重，远近皆师尊之。子好问，有传。
希纯字子进，登第，为太常博士。元祐祀明堂，将用皇祐故事，并飨天地百神，皆以祖宗配。希纯言：“皇祐之礼，事不经见，嘉祐既已厘正。至元丰中，但以英宗配上帝，悉罢从祀群神，得严父之义，请循其式。”从之。
历宗正、太常、秘书丞。哲宗议纳后，希纯请考三代昏礼，参祖宗之制，博访令族，参求德配。凡世俗所谓勘婚之书，浅陋不经，且一切屏绝，以防附会。迁著作郎，以父讳不拜。擢起居舍人，权太常少卿。
宣仁太后崩，希纯虑奸人乘间进说摇主听，即上疏曰：“自元祐初年，太皇听断，所用之人皆宿有时望，所行之事皆人所愿行。唯是过恶得罪之徒，日伺变故，捭阖规利，今必以更改神宗法度为说。臣以为先帝之功烈，万世莫掩。间有数事，为小人所误，势虽颇有损益，在于圣德，固无所亏。且英宗、神宗何尝不改真宗、仁宗之政，亦岂尽用庆祖、太宗之法乎？小人既误先帝，复欲误陛下，不可不察。”未几，拜中书舍人、同修国史。
内侍梁从政、刘惟简除内省押班，希纯以亲政之始，首录二人，无以示天下，持不行。由是阉寺侧目，或于庭中指以相示曰：“此缴还二押班词头者也。”
章惇既相，出为宝文阁待制、知亳州。谏官张商英憾希纯，攻之力。又以外亲嫌，连徙睦州、归州。自京东而之浙西，自浙西而上三峡，名为易地，实困之也。公著追贬，希纯亦以屯田员外郎分司南京，居金州。又责舒州团练副使，道州安置。建中靖国元年，还为待制、知瀛州。徽宗闻其名，数称之。曾布忌希纯，因其请觐，未及见，亟以边，遽趣遣之。俄改颍州，入崇宁党籍。卒，年六十。
论曰：公著父子俱位至宰相，俱以司空平章军国事，虽汉之韦、平，唐之苏、李，荣盛孰加焉。夷简多智数，公著则一切持正，以应天下之务，呜呼贤哉。其论人才，如权衡之称物，故一时贤士，收拾略尽。司马光疾甚，谆谆焉以国事为托，当时廷臣，莫公著若也审矣。追考其平生事业，盖守成之良相也。然知子之贤而不能荐，殆犹未免于避嫌，而有愧于从祖云。希哲、希纯世济其美，然皆隐于崇宁党祸，何君子之不幸欤！“)