时领军王玄谟大将有威名，邑里讹言云已见诛，市道喧扰。玄谟典签包法荣者，家在东阳，兴宗故郡民也，为玄谟所信，见使至，兴宗因胃曰：“领军殊当忧惧。”法荣曰：“领军比日殆不复食，夜亦不眠，常言收已在门，不保俄顷。”兴宗曰：“领军忧惧，当为方略，那得坐待祸至。”初，玄谟旧部曲犹有三千人，废帝颇疑之，彻配监者。玄谟太息深怨，启留五百人岩山营墓，事犹未毕，少帝欲猎，又悉唤还城。岩兵在中堂，兴宗劝以此众举事，曰：“当今以领军威名，率此为朝廷唱始，事便立克。领军虽复失脚，自可乘舆处分。祸殆不测，勿失事机。君还，可白领军如此。”玄谟遣法荣报曰：“此亦未易可行，期当不泄君言。”太宗践祚，玄谟责所亲故吏郭季产、女婿韦希真等曰：“当艰难时，周旋辈无一言相扣发者。”季产曰：“蔡尚书令包法荣所道，非不会机，但大事难行尔，季产言亦何益。”玄谟有惭色。
右卫将军刘道隆为帝所宠信，专统禁兵，乘舆尝夜幸著作佐郎江斅宅，兴宗马车从道隆从车后过，兴宗谓曰：“刘公！比日思一闲写。”道隆深达此旨，掐兴宗手曰：“蔡公！勿多言。”帝每因朝宴，捶殴群臣，自骠骑大将军建安王休仁以下，侍中袁愍孙等，咸见陵曳，唯兴宗得免。顷之，太宗定大事。是夜，废帝横尸在大医阁口，兴宗谓尚书右仆射王景文曰：“此虽凶悖，要是天下之主，宜使丧礼粗足。若直如此，四海必将乘人。”
时诸方并举兵反，国家所保，唯丹阳、淮南数郡，其间诸县，或已应贼。东兵已至永世，宫省危惧，上集群臣以谋成败。兴宗曰：“今普天图逆，人有异志，宜镇之以静，以至信侍人。比者逆徒亲戚，布在宫省，若绳之以法，则土崩立至，宜明罪不相及之义。物情既定，人有战心，六军精勇，器甲犀利，以待不习之兵，其势相万耳。愿陛下勿忧。”上从之。
加游击将军，未拜，迁尚书右仆射，寻领卫尉，又领兗州大中正。太宗谓兴宗曰：“诸处未定，殷琰已复同逆。顷日人情云何？事当济不？”兴宗曰：“逆之与顺，臣无以辨。今商旅断绝，而米甚丰贱，四方云合，而人情更安，以此卜之，清荡可必。但臣之所忧，更在事后，犹羊公言既平之后，方当劳圣虑耳。”尚书褚渊以手板筑兴宗，兴宗言之不已，上曰：“如卿言。”赭圻平，函送袁顗首，敕从登南掖门楼观之，兴宗漼然流涕，上不悦。事平，封兴宗始昌县伯，食邑五百户；固让不许，封乐安县伯，邑三百户，国秩吏力，终以不受。
时殷琰据寿阳为逆，遣辅国将军刘勔攻围。四方既平，琰婴城固守，上使中书为诏譬琰，兴宗曰：“天下既定，是琰思过之日，陛下宜赐手诏数行以相私慰。今直中书为诏，彼必疑谓非真，未是所以速清方难也。”不从。琰得诏，谓刘勔诈造，果不敢降。攻战经时，久乃归顺。
先徐州刺史薛安都据彭城反，后遣使归顺。泰始二年冬，遣张永率军迎之。兴宗曰：“安都遣使归顺，此诚不虚。今宜抚之以和，即安所莅，不过须单使及咫尺书耳。若以重兵迎之，势必疑惧，或能招引北虏，为患不测。叛臣衅重，必宜翦戮，则比者所宥，亦已弘矣。况安都外据强地，密迩边关，考之国计，忧宜驯养。如其遂叛，将生旰食之忧。彭城险固，兵强将勇，围之既难，攻不可拔，疆塞之虞，二三宜虑，臣为朝廷忧之。”时张永已行，不见从。安都闻大军过淮，婴城自守，要取索虏。永战大败，又值寒雪，死者十八九，遂失淮北四州。其先见如此。初，永败问至，上在乾明殿，先召司徒建安王休仁，又召兴宗，谓休仁曰：“吾惭蔡仆射。”以败书示兴宗，曰：“我愧卿。”
三年春，出为使持节、都督郢州诸军事、安西将军、郢州刺史。坐诣尚书切论以何始真为咨议参军，初不被许，后又重陈，上怒，贬号平西将军，寻又复号。初，吴兴丘珍孙言论常侵兴宗。珍孙子景先，人才甚美