议既上，帝颇以韩维之说为是，而王安石以维言夹室在右为尊、与固言禘祫僖祖居东向之说为非理，帝亦然。又问前代郊配与宗祀明堂之礼，安石以尊僖祖为始祖，则郊祀当以配天，若宗祀明堂，则太祖、太宗当迭配帝；又疑明堂以英宗配天，与僖祖为始祖之说。遂下礼官详定。
同判太常寺兼礼仪事张师颜、同知礼院张裕梁寿等议曰：“昔者商、周之兴，本於契、稷，故奉之为太祖。後世受命之君，功业特起，不因前代，则亲庙迭毁，身自为祖。郑康成云‘夏五庙无太祖，自禹与二昭二穆而已’，唐张荐云‘夏后以禹始封，遂为不迁之祖’，是也。若始封世近，上有亲庙，则拟祖上迁，而太祖不毁。魏祖武帝则处士迭毁，唐祖景帝则洪农迭毁，此前世祖其始封之君，以法契、稷之明例也。唐韩愈有言：‘事异商、周，礼从而变。’晋琅琊王德文曰：‘七庙之义，自由德厚流光，飨祀及远，非是为太祖申尊祖之祀。’其说是也。《礼》，天子七庙，而太祖之远近不可以必，故但云三昭三穆与太祖之庙而七，未尝言亲庙之首必为始祖也。国家以僖祖亲尽而祧之，奉景祐之诏，以太祖皇帝为帝者之祖，是合於礼矣。国初，张昭、任澈之徒不能远推隆极之制，因缘近比请建四庙，遂使天子之礼下同诸侯。若使庙数备六，则更当上推两世，而僖祖次在第三，亦未可谓之始祖也。谨按建隆四年亲郊，崇配不及僖祖。开国以来，大祭虚其东向，斯乃祖宗已行之意也。请略仿《周官》守祧之制，筑别庙以藏僖祖神主，大祭之岁，祀於其室。太庙则一依旧制，虚东向之位。郊配之礼，则仍其旧。”
同知太常礼院苏梲请：“即景灵圣祖之宫祔安僖祖，即与唐祔献、懿二祖於兴圣、德明庙，礼意无异。”同判礼仪事周孟阳、同知太常礼院宋充国、礼院检详文字杨杰议：“《玉牒》帝系自僖祖而上，世次莫知，则僖祖为始祖无疑，宜以僖祖配感生帝。其旧制以祖宗配侑并无更易，人情礼意莫不为顺。”同判太常寺兼礼仪事章衡请：“尊僖祖为始祖，而次祧顺祖，以合子为父屈之义。推僖祖侑感生之祀，而罢宣祖配位，以合祖以孙尊之义，馀且如旧制。”帝以群议纷纭，不能决而冯京欲以太祖正东向之位，安石力主元绛等初议，遂从之。帝问：“配天孰从？”安石曰：“宣祖见配感生帝，欲改以僖祖配。”帝然之。於是请奉僖祖神主为太庙始祖，迁顺祖神主藏之夹室，孟春祀感生帝，以僖祖配。诏下太常礼院详定仪注。安石本议欲以僖祖配天，帝不许，故更以配感生帝。
元丰元年，详定郊庙礼文所言：“古者父子异宫，祖祢异庙，今之庙制，与古不侔。”遂图上八庙异宫之制，以始祖居中，分昭穆为左右。自北而南，僖祖为始祖；翼祖、太祖、太宗、仁宗为穆，在右；宣祖、真宗、为昭，在左皆南面北上。诏详定本朝可行典礼，陆佃、张儘所议昭穆之位各不同（佃、儘详议见朱子《论古今庙制》条下）。诏俟庙制成日取旨。
晦庵尝言太祖昭穆庙制一事，千五六百年无人整理，且以为神宗尝讨论旧典，将复古制，而惜其未及营建。愚以为後王之失礼者，岂独庙制一事？而庙制之说，自汉以来诸儒讲究非不详明，而卒不能复古制者，盖有由矣。如天子七庙，三昭、三穆并太祖之庙而七。太祖百世不迁一昭、一穆，为宗亦如之，馀则亲尽迭毁。其制：则外为都宫，内各有寝庙，别有门垣。太祖在北，东向。左昭、右穆以次而南。夫人而能知之也。然此乃殷、周之制，殷以契为太祖，而成汤及三宗则为有功德不毁之庙。周以稷为太祖，而文、武则为有功德不毁之庙，其馀则亲尽而毁。夫契、稷皆有大功於生民，以此受封，传世至於汤、武，受命兴王，推其所自，本於稷、契，故奉之以为太祖，举无异词。若後之有天下者，则皆功业特起，不因前代，然既即帝位，必以天子之礼事其祖考。如汉之太公，晋之征西、豫章，唐之宣、懿、景、元，宋之僖、顺、翼、宣，皆帝者之祖宗，享七庙之严奉可也。若推以为太祖而比之稷、契，则固不侔矣。是以韦元成、刘歆诸人讲论庙制备矣，而终不能复殷、周之制者，盖太祖之位未定故也。古之祫祭，盖奉太祖与毁庙、未毁庙之主而合祀之。其制：则太祖东向，左昭、右穆以次为位而祭之。然唐世以景帝为太祖（唐公李丙高祖父），当中、睿间，则景帝世近，在三昭三穆之内，故禘祫则虚东向之位，而太祖列於昭穆。至代宗以後，景帝方居第一室，禘祫得以正位。然献、懿二祖（景帝之祖父）亲尽已毁，而禘祫则合祭。故当时建议者，请景帝禘祫之时暂居昭穆，屈已以奉祖宗，而以献祖东向。然则唐世之祫祭，如太祖东乡之位，其始也虚之，其末也则景、献二帝迭处之矣。然祭祀乃一时之礼，虚其位可也，迭处其位亦可也。宗庙有百世之规，既立太祖之庙，不可复虚，既入太祖之庙，不可复迁。姑以熙宁之事言之，当时以僖祖为太祖，而自翼祖以下至英宗为三昭三穆是矣。然僖祖本无功德，非宋所以兴，而肇造区夏光启後裔者，艺祖、太宗也。今僖祖为百世不迁之太祖，而艺祖、太宗则亲尽而毁之，可乎？藉曰以二祖同文、武世室亦百世不毁，然周之文、武，其功德未尝居后稷之右，今以僖祖为太祖，而艺祖、太宗仅同世室，终不足以厌人心。盖宋太祖之庙非艺祖不足以当之，而神宗之世才及五代，以艺祖为太祖，则七庙未可立也。汉以来崛起而有天下者，必合以天子之礼事其祖考，於是尊为始祖，或推以配天，固不容论其功业之有无也。逮其传世既久，子孙相承，则自当以建邦启土创业垂统者为太祖，而创业者所祖之祖，固未可以言百世不迁矣。盖後世太祖之位，随世而迁，太祖之议，世各异论，不能如殷契周稷之定於有天下之初，而後世子孙竟无以易也。然则历代所以不能复殷、周七庙之制者，非不知古礼也，正以追尊之祖无一人可以拟稷、契者，是以太祖之议难决，而太祖之位未定故耳。
三年，详定礼文所言：“古者宗庙为石室以藏主，谓之宗祏。夫妇一体，同几共牢。一室之中，有左主、右主之别，正庙之主，各藏庙室西壁之中；迁庙之主，藏於太祖太室北壁之中，其坎去地六尺一寸。今太庙藏主之室，帝后异处，迁主仍藏西夹室，求之於礼，有所未合。请新庙既成，并遵古制。”从之。
六年，诏太祖孝惠皇后孝章皇后、太宗淑德皇后、真宗章怀皇后自别庙升祔太庙。详见《后妃庙门》。
哲宗元祐元年，礼部太常寺言：“有天下者事七世，嘉祐诏书定七世八室之制。今神宗皇帝崇祔有日，僖祖皇帝为始祖，万世不迁，翼祖皇帝在七世之外，於世次当祧。先皇帝神主祔於太庙第八室。翼祖皇帝、简穆皇后刘氏神主，依唐故事祧藏於西夹室，置西壁石室中，列於顺祖皇帝、惠明皇后之次。自英宗皇帝上至宣祖皇帝以次升迁，其祧藏之主，每遇祫享，即如典礼。”从之。
绍圣元年，祔宣仁圣烈皇后神主於太庙。
元符三年五月（时徽宗已即位），礼部太常寺言：“晋成帝时，宗庙十室，至康帝以成帝之弟承统，不迁京兆府君，始增一室为十一室，合於温峤等诸儒全七世之议。考之历代，於礼为宜。今哲宗升祔，宜如晋成帝故事，於太庙殿增一室，候庙成日，神主祔弟九室。”诏下侍从、秘书省长贰参议，乃权祔於太庙夹室。
权知开封府吴居厚等议曰：“以兄弟为世，则亲亲之恩未尽，而庙食已毁，宜如礼部太常寺所请太庙增一室。”翰林学士承旨蔡京议曰：“哲宗嗣神宗皇帝大统，父子相承，自当为世。今若不祧远祖，不以哲宗为世，则三昭四穆与太祖之庙而入。宜深考载籍，迁祔如礼。”吏部侍郎陆佃黄裳、刑部侍郎郭知章、中书舍人曾肇、枢密都承旨范纯礼议曰：“国朝自僖祖而下始备七世，故英宗祔庙，则迁顺祖，神宗祔庙，则迁翼祖。今哲宗皇帝於神宗，父子也，如礼官所议，更增一室，则庙中当有八世况唐文宗即位则迁肃宗，以敬宗为一世，故事不远。将来哲宗皇帝祔庙，当以神宗为昭，上迁宣祖，以合古三昭三穆之义。”诏如礼官所议。先是，李清臣为礼部尚书，首建增室之议，侍郎赵挺之等和之。会清臣为门下侍郎，论者多从其议，惟曾肇等议异，而蔡京别议与肇同。二议既上，清臣辩说甚力，帝讫从之。“)