乙酉，命陕西巡抚孙傅庭兼总理河南。
闰四月壬寅，以熊文灿为兵部尚书兼副都御史，总理直隶、山、陕、川、湖军务，督剿流寇。时文灿新平闽寇，有威望，故有是命。
大旱。群盗盘踞江北，老回回等八营，谋避暑六安，乃散入潜山、太湖诸岭阴林樾以息马，时出抄掠。因分屯醉石岭诸路，离安庆四十里而军。
河南巡抚陈必谦罢，以常道立代之。廷议大发兵，计臣苦於无饷，兵部尚书杨嗣昌建议，因改粮为均输，以济军食，因加赋二万两。下诏有“暂累吾民一年，除此腹心大患”等语。
五月，郧、襄贼犯荆州，焚荆王坟园。
七月，以史可法为右佥都御史，巡抚安、庐、池、太等处军务，时以寇患，故创设。
丁亥，江北贼陷六合，遂围天长。
八月戊申，贼突入凤阳，掠械器而出，渡河分往河南、泗州。
十月，陕贼过天星同李自成入蜀，混天王、蠍子块随之。川兵大败混、蠍二贼於广元，斩首千级。
十一月庚寅，兵部尚书杨嗣昌请限剿寇之期，令秦抚断商南、雒南，郧抚断郧西，楚抚断常德、黄州，安庆抚断英、六，凤抚断颍、亳，应抚截潜山、太和，江西抚截黄梅、广济，东抚截徐、宿，晋抚截陕州、灵宝，保定抚扼渡延津一带。总理熊文灿提边兵，太监刘元斌提禁旅，豫抚率左良玉、陈永福等兵合剿中原。从之。
癸巳，江北贼陷灵璧。
十二月，禁军大集於襄阳，贼尽走郧西。
乙巳，以戴东旻为都御史，抚治郧阳。命洪承畴合孙庭并剿河南寇。
十一年（戊寅，一六三八）正月，总兵左良玉、陈洪范大破贼於郧西。
二月，巡按河南御史张任学改都督佥事总兵官，镇守河南。任学欲荐故丹徒县知县张放，极诋诸总兵不足恃，盛称文吏原有奇才，可以御寇，故有是命。
三月，户部主事张缙彦言：“臣任清涧知县，於兵情贼势亲见有素。盖贼之得势在流，而贼之失势在止；贼之长技在分，而贼之穷技在合；贼之乘时在秋、夏，而贼之失时在冬、春。昔大贼王嘉胤破河曲，据其城，曹文诏等夺门砍杀，而嘉胤歼。李老柴破中都，据其城，巡抚练国事督兵攻围，而老柴擒。神一元破宁塞，据其城，左光先等与战而一元死。谭雄破安塞，据其城，王承恩等攻围而谭雄诛。此皆守而不去之贼，故速死也。过天星、老回回、混十万等，所破城邑无算，官军未至，旋即奔逸。此皆流而不居之贼，故缓死也。贼入晋、豫，分头成部。自秦及汝、雒，以至江北，无处不被贼。岂贼真有数十百万，盖分股以披其党，牵掣我兵，故见多也。前总督陈奇瑜，驱天下之贼尽入汉中，出栈道关，正可一鼓而灭。乃以招安致败，不可复收。古人以八日而平贼数万者，利其合也。夏、秋之间，刍粮尽在场圃，足供士马之资。冬、春非破城攻堡，不能得食，官兵促之则尤易，故时有利有不利也。今若欲破贼，惟在乱其所长而使之短，破其所得而使之失。直截以攻之，分番两军，一追一驻，贼当之必破矣。贼党虽众，大都观望，其先倡者，不过一二支，故尽一股则论赏，不必事平汇叙。纵一股则论罚，不许报级塞责。贼不望风而靡，未之有也。”上是之。
四月丙申，夺总督洪承畴尚书爵，仍以侍郎总督，总兵左光先、曹变蛟并夺五级，限五月尽贼。
六月，逮湖广巡抚余应桂，以方孔照代之。
八月，总督洪承畴报陕西贼剿降略尽，命出关向河南、湖广。
癸卯，江北贼陷睢宁。曹操会群盗过天星、托天王、十反王、整齐王、小秦王、混世王、整十万、革里眼於陕州，遂南走内乡、淅川，犯襄阳。九月庚申，熊文灿次於襄阳。
甲子，遣副将龙在田邀击革里眼、射塌天於双沟，大破之，老回回等俱东奔枣阳。诸军追逐数十里，斩首六千级，夺其牛马骡万头，群盗披靡四逸。曹操独留内、淅山中，势孤，守险自保。文灿檄良玉、洪范进兵淅川，招安群贼。
十月，京师戒严，召孙傅庭於陕西，召洪承畴於三边。於是承畴、傅庭率诸将合兵五万，先後出潼关入援。曹操闻之，谓为剿已也，率九营从郧阳浅渚乱流而涉，突走均州，叩太和山提督太监李维政乞抚。维政为言於文灿，文灿乃檄止诸军。曹操九营俱就抚，文灿上言请贷其罪。令诸将宴曹操於迎恩官署，授操为游击将军，供亿甚备。曹操名罗汝才。
庚戌，以丁启睿为都御史，巡抚陕西。罗汝才既抚，分屯群贼於房、竹，保障四邑，自言：“不愿受署为官，并不愿食饷，愿为百姓耕田此中而已。”文灿一切为羁縻，檄汝才解散胁从诸众，简骁壮从征立功。汝才不听，因与郧、均诸邑居民分地错壤而居。时张献忠亦就抚，屯谷城，汝才遥与为声援。抚治郧阳戴东旻奏曰：“曹操、过天星十数大寇，近以理臣襄阳之捷，回、革东逸，曹操就抚，分插其众於郧、均诸邑，不从解散之令，且曰：‘愿为百姓耕田。’此目前盗铃之说耳。张献忠入据谷城，屡檄不前，将俟民间田熟，分其夏秋之粮，稍不遂意，干戈遂起。荆、襄重地，今数省大寇环聚二三百里，羽翼已成，将有不可言者。然各贼尽聚郧地，四面合围，有釜鱼穽兽之势。以理臣各镇现在兵马，再令督臣发秦兵，由兴安驰赴，协同扫荡，渠魁授首，胁从尽散，此实荡平之机也。”
十二月，改洪承畴蓟辽总督，孙傅庭保定总督。傅庭以失聪辞，上不许。寻逮傅庭系狱。
十二年（己卯，一六三九）正月癸未，巡抚河南常道立削藉，以纵寇渡河也。以李仙风代之。
二月，左良玉大破河南贼飞虎刘国能於许州，国能降。老回回既东奔，请降於监军孔贞会，未决，革里眼、射塌天等东走，合於混十万，分掠信阳、光山。
三月，群盗集於固始东北，阻河。河上之兵严守，不得渡，群盗乃趋六安，息马茶山以避夏。
庚午，逮河南总兵张任学。左良玉大败河南贼於内乡，上闻其步兵淫掠，责之。
四月戊子，抚治郧阳戴东旻免，以王鳌永代之。
辛卯，左良玉再破射塌天、老回回、改世王於河南之镇城。射塌天乞抚，连营百里，夺民二麦以自给。良玉遣人谕止之，不听。
戊申，良玉率副将陈永福、金声桓会兵压贼垒，贼仓卒接战，诸大军击之，斩首二千七百。贼退保山险，良玉遣降将刘国能招之。
庚戌，射塌天李万庆率其众四千，解甲诣内乡城下，降於良玉。良玉言於文灿。文灿署国能为守备，其党散去七千余人。贼渡淮走光山，或走黄州境，革里眼走商城。
六月，张献忠复叛於谷城，罗汝才九营并起应之。
七月，二贼合於房县。左良玉追及之，大败而还，良玉失其符印，事闻，革文灿任，仍视事；降良玉职，戴罪杀贼。安庆巡抚史可法以忧归。初，文灿与大学士杨嗣昌深相结纳，嗣昌冀文灿成功，以结上知。文灿既偾，嗣昌内不自安，请督师南讨，上甚慰劳之。
八月壬戌，命大学士嗣昌以兵部尚书督师讨贼，赐尚方剑，并督师辅臣银印，给帑金四万，赏功牌千五百，蟒紵绯绢各五百。
九月丁卯，嗣昌陛辞，上宴於平台後殿。上手觞嗣昌三爵，赐诗，勒诗於各文庙。嗣昌南征，会兵十万，本折色银二百余万两。
十月，嗣昌至襄阳，入熊文灿军中。诏逮文灿入京，论死，弃西市。
丙子，拜左良玉为平贼将军。良玉所部多降将，嗣昌谓可倚以办贼，为请於上，故有是命。
老回回、革里眼、左金王南营四股合二万人，分屯英、霍、潜、太诸山寨，突犯安庆、桐城诸路。辽将黄得功、川将杜先春屡战却贼，贼每避两军。贼多购蕲、黄人为间，或携药囊蓍蔡为医卜，或谈青乌姑布星家言，或缁流黄冠，或为乞丐戏术，分布江、皖诸境，觇虚实，时时突出焚掠，相持逾年，毒流四境。
是年，两京、河南、山东、山西旱饥。
十三年（庚辰，一六四〇）正月乙丑，逮湖广巡抚方孔照，命宋一鹤代之。
闰正月，督师嗣昌奏辟永州推官万元吉为军前监纪，从之。
二月甲子，给杨嗣昌万金，赐斗牛服，又赐海骝马一，枣骝马一，金鞍二。嗣昌驻襄阳，调兵会剿，以陕西兴安一路失期，斩其监军殷太白。
辛未，罗汝才掠信阳，寻陷光州。
三月丙申，嗣昌次荆门，立大剿营，以新募湖南杀手二千人隶之。更以戏下骑兵为上将营，新抚降丁皆隶焉，以副将猛如虎将之。“)