十月，赐贫民米布。
十一月，左都御史刘宗周上言六事：“曰建道揆。京师首善之地，先臣冯从吾立首善书院，臣请亟复之，以昭圣明致治之本。曰贞法守。高皇帝读老氏‘民不畏死，奈何以死惧之’，立焚锦衣刑具，请一切狱词专听法司，不必下锦衣。曰崇国体。大臣自三品而上，犯罪者宜令九卿、科、道会详之後，乃付司寇，司寇议辟，始得收系，此於戮辱之中，不忘礼遇之意。曰清伏奸。凡禁地匿名文书，请一切立毁。曰惩官邪。京师士大夫与外官交际，愈多愈巧，臣必为风闻弹劾之，惟祈严断。曰饬吏治。今吏治之败，无如催科火耗，词讼赎锾，已复为常例矣。至於营升谢荐，巡方御史尤甚。臣请以风宪受赃之律，为回道考察第一义。”上是之。
召考选官时敏等而问兵食，即注官，俱补给事中。初，敏令固始县，转主事。因礼部主事吴昌时通周延儒，自奏固始御寇，求考选，得首对。上面注御史。敏出语人曰：“安能以兽补向人乎？”是夕延儒揭入，改给事中。
周延儒荐大学士王应熊。延儒知外渐有异议，故以自代，盖资其强狠为援也。上从之，命召应熊。已而延儒败，上知其非。入朝陛见，请老，许之，赐金币还。
发帑金十万资饷。
闰十一月，诏曰：“比者灾害频仍，干戈扰攘，宵旰靡宁，皆朕不德所致也。自今日始，朕敬於宫中默告上帝，戴罪视事，以赎罪戾。惟二祖旧制，每日朝毕，勋戚文武诸司等奏事者，赴弘政门报名候召。”下礼科给事中姜采於理。先是，上戒谕言官，又时有匿名书二十四气之说，隐诋朝士。采言：“皇上修省罪已，又致诫言官，唯视言官独重，故望之独切。若云‘代人规卸’，安敢谓尽无其事。臣独展转而不得其故，皇上何所闻而云然乎？如诽语腾谤，必大奸巨憝，恶言官而思中之，谓不重其罪，不能激皇上之怒，箝言官之口，後将争效寒蝉，壅闭天听，谁为皇上言之哉！”上怒，立置狱。
甲子，召廷臣於中左门，问御敌及用督抚之宜。左都御史刘宗周曰：“使贪使诈，此最误事。为督抚者，须先极廉。”上曰：“亦须论才。”宗周退，御史杨若桥举西洋人汤若望演习火器。刘宗周进曰：“唐、宋以前，用兵未闻火器，自有火器，辄依为劲，误专在此。”上色不怿，曰：“火器终为中国之长技。”命宗周退。群臣以次对，上色解。宗周又进，请释姜采、熊开元，云：“厂卫不可轻信，是朝廷有私刑也。”上遽怒，仰视屋梁曰：“东厂锦衣卫俱为朝廷，何公何私？”宗周抗论不屈。左副都御史金光宸言宗周无他意。上益怒，责宗周，免冠谢，徐起退。先是，行人右司副熊开元求独对，召入德政殿，请屏阁臣。周延儒求退不许。开元所奏，大抵摘延儒之失，命补牍。明日，奏劾延儒：“以释累囚，蠲宿逋，起废籍，奉行德意。自谓有裨於圣德，有功於人才，孰敢起而攻之？愿皇上遍召群臣，问延儒贤否，即以所论贤否，定其人之贤否。於是察吏安民，诛凶除暴，天下之治，端在於此。若皇上不加体察，一时将吏狃於贿赂，虽失地丧师，皆得无罪，谁复为皇上捐躯报国哉！”上怒，下镇抚司诘主使。周延儒引退，手敕慰留。初，开元出朝，礼部仪制司主事吴昌时力沮之，虽补牍未敢尽。在狱列款具奏，镇抚司格不以闻。寻廷杖姜采、熊开元，仍下镇抚司，刘宗周削籍，金光宸降调。吏部尚书郑三俊、刑剖尚书徐石麒各疏救，不听。贡士祝渊奏宽宗周，下渊於刑部狱。吏科都给事中吴麟徵等疏救采、开元，不听。徐石麒罢，以采、开元竟具狱，不廷讯也。开元至十七年始释狱，采戍边。
刑科给事中陈燕翼上言：“兵饷匮乏，朝廷无刚正之臣，利口获进，陛下设厂卫，即因厂卫为介绍；托近侍，即因近侍为援引。陛下筹兵措饷不遗余力，而此辈平日所辇输以得官者，皆陛下之兵，所满载而候代者，即陛下之饷也。陛下深居法宫，左右大臣发愤改图，庶几挽积习而强国本。”
十六年（癸未，一六四三）三月，免直隶、山东残破州县去年田租。夏四月，释轻系。
五月己亥，召巡抚保定右佥都御史徐标入对。标曰：“臣自江、淮来数千里，见城陷处固荡然一空，即有完城，仅余四壁。蓬蒿满路，鸡犬无声，曾未遇一耕者。土地人民，如今有几，皇上亦何以致治乎？”上欷歔泣下。标又曰：“须严边防，天下以边疆为门户，门户固，则堂奥安。其要更莫若修内治，重守令。守令贤，则政简刑清而盗自息。”上曰：“诸臣不实心任事，以至於此，皆朕之罪。”标又言车战、垦田，上善之。标四月己卯受事，辛卯陛见，赐金币。至是复召，盖上闵畿民，欲得其详也。
五月，进修撰魏藻德为礼部右侍郎兼东阁大学士。阅京营刀甲车矛於观德殿。命勋武臣子习骑射。
六月戊辰，召廷臣及桐城诸生蒋臣於中左门。臣前保举，户部尚书倪元璐荐为户部司务，其言钞法曰：“经费之条，银钱钞三分用之。纳银卖钞者，以九钱七分为一金。民间不用，以违法论。不出五年，天下之金钱尽归内帑矣。”吏科给事中马嘉植疏争之。
诏除河南五年被陷地方税粮。其省直残破州县，自十六年为始，一切三饷杂赋俱蠲免。
己卯，召山东武德道兵备佥事雷演祚入朝。先是，总督范志完在山东纵兵淫掠，演祚面奏之，上命逮讯。
七月己亥，召演祚及志完面质於中左门。问志完兵淫掠，又金银鞍数千两，马百匹行贿京师状。演祚历历有指。因召问演祚云：“尔所言称功颂德遍於班联者谁也？”曰：“周延儒招权纳贿，如起废、清狱、蠲租。自以为功，考选科道，尽收门下。凡求总兵、巡抚，必先通贿幕客董廷献，然後得之。”上怒，即命逮廷献。又问志完：“鞍马何所馈？”志完谢无有，且曰：“是日臣在大王庄。副总兵贾芳名等御敌，乘大风却之。”上斥其妄，问御史吴履中：“尔在天津察志完云何？”履中对如演祚言，寻诛志完。
以史可法为南京兵部尚书。发帑金四十万，贮富新仓，出陈纳新，毋得轻重。出千金资太医院疗疫。时京师自春徂秋，大疫，死亡略尽。又出金二万，下巡城御史收殡。
八月，谕入觐官荐将才，令兵部汇上，并廷臣所举堪督、抚、总、副者。时所用多夸诞，虽三尺不贷，而嗜进不已。
九月，谕廷臣：“凡失事定罪，战守定赏，俱限十日奏，余犯矜疑，可速结，毋淹留。朕久服澣衣，减膳，各衙门裁节事宜，各条对。”擢山东漕储副使方岳贡为左副都御史。岳贡上言四事：“清言路以收人心，定推迁以养廉耻，责吏治於荒残，储将才於部伍。”上是之。寻进岳贡东阁大学士。
冬十月，谕有司赎锾，其留额积谷外，俱充饷。括民间废铜铸钱。上自用铜锡木器，屏金银，命文武诸臣各崇省约，士庶不得衣锦绣珠玉。免怀来、桐城田租。
十一月，谕臣民助饷立功者录之。
十二月，诛吏部文选郎中吴昌时，以事连前大学士周延儒，赐死。
谷应泰曰：
呜呼！自古未有端居深念，旰食宵衣，不迩声色，不殖货利，而驯致败亡，几与暴君昏主同失而均贬者。则以化导鲜术，贪浊之风成於下，股肱乏材，孤立之形见於上。夫是以欲安而得危，图治而得乱也。考之怀宗以汉昭嗣服之年，膺唐尧继见之历，手剪貂璫，人赓玉烛，咸五登三，将在是矣。而无如神祖倦勤，王纲解纽，熹宗拱手，魁柄潜移。譬之汉遭灵帝以还，周自赧王之後，斯真儒生流涕而指陈，圣哲驰骛而不足矣。
然而怀宗之图治，与其所以致乱，揆之事实，盖亦各不相掩焉。方其大东罢贡，便殿停香，记注重珥言之臣，寒暑御文华之讲，进监司而问民疾苦，重宰执而尊礼宾师，以至素服论囚，蠲逋弭乱，罪己则辍减音乐，赈饥则屡发帑金，於凡爱民勤政，发奸摘伏，此则愍帝之图治也。及其御寇警则军兴费烦，急征傜则闾阎告病，以至破资格而官方愈乱，禁苞苴而文网愈密，恶私交而下滋告讦，尚名实而吏多苛察，於凡举措听荧，贞邪淆混，此则愍帝之致乱也。然其时亦未尝无深识之士，不二心之臣。强项批鳞，呼号入告，如弭乱有近功之虑，匡时多救过之忧，批龙鳞则制实八策，攀殿槛则应诏一言。而究之贾生恸哭，无救突薪，索靖衔悲，自然荆棘。无他，九关之虎豹格於中间，而文具之积弊泽不下究也。
虽然，吾有疑焉。周藉旧基，天命未改，秦得中主，二世不亡。以怀宗之殚虑竭精，勤求民瘼，英察类汉明，猜忌则优於唐德，综核近孝宣，偏听则异於宋神，斯固治世足以奋烈，而乱世足以救亡者。独奈何皇舆扫迹，天禄陨坠，相报盖若斯之酷耶？是岂炎精害气，必难返於夷庚，抑亦荣公贿风，定欲摧其倾轸也？语云：“始於宫邻，成於金虎。”怀宗之遇则然，而议者欲与暴君昏主同失而均贬，则皆吠声之论矣，予无取焉。“)