六年（丙寅，一六二六）春，水西苗老虎、阿引等，杀贼酋奢寅来降。苗老虎随侍奢寅有年，着巴乃寅骑引马卒，李老松乃寅看茶卒，与寅同居聂舌坝上。寅妻在箐林山上，相去二三里。奢崇明居克仲坝，相距三百余里。寅子阿甫年七岁，一女嫁芒部。时水西约二月三路兴兵，一攻云南，一攻遵义，奢寅专攻永宁。寅素性凶淫，附过夷人妻女有姿色者强奸之，富於财者勒索其镪，不遂辄死，以此部下多往镇雄、芒部逃生。其麾下人阿引等故尝受抚臣朱燮元金钱，令图寅，与总兵利瓦伊新歃血，密谋举事。寅微觉，缚阿引拷掠之，以利刃穿其左足一昼夜，阿引至死不承，乃释之。阿引因勾合苗老虎、李明山等同谋。适奢寅与其下痛饮酣歌，登牀而寝。老虎佯与寅盖絮，见寅睡方鼾，持刀砍其胸，寅大呼，李明山复助砍，身死肠出。明山刀折，伪总兵等阑入，苗老虎走，直往箐中擒寅妻，妻已闻变逃矣。贼党追苗老虎等甚急，至一碗水，遇官兵，乃降。
二月，安邦彦率众数万渡江，与我兵大战数日。总理鲁钦力御之，抵暮，贼兵益众，而我兵因子月无饷，乘夜皆溃，鲁钦自刭死。贼烧劫麻姑孙官堡，苗仲复助逆，贵州三十里之外，樵苏不行，城中大震。巡抚王瑊、巡按傅宗龙先遣王国祯等攻河沙坝猡鬼，尽俘之，广顺、定番、青岩、白纳一带，苗蛮为之夺气。继遣张云鹏逆邦彦於赵官堡，小战二日，大战二日，所杀伤者甚众。水内、水外之贼，奔走溃归，道路复通。
总督朱燮元以父丧归。加偏沅巡抚闵梦得总督，从中调度，控制五省。夏，黔兵攻匀哈、长田一带诸苗。黔中四面苗仲，而最狡悍者，无如匀哈。安邦彦初叛，围龙里、新添，皆籍其众。至是，数出没劫掠清平、新添地方，饷道为梗。平越知府会同都司张云鹏率兵攻摆沙大寨。摆沙居寨之中，距平越百余里，乘夜由间道掩袭破之。贼遁入箐，其中米积如山。次日，搜百里大山，移营牛场箐、保文鸾，攻瓮、岳等寨，复攻都匀城西南仲贼，八路会兵入箐，各有斩获。复攻江时、户西、高平、养古数十寨，斩首二千余级，扫荡二百余里。
七年（丁卯，一六二七）春，参将杨明辉奉命宣谕安位，令擒献首恶，为安邦彦所杀。
怀宗崇祯元年（戊辰，一六二八）秋九月，诏起朱燮元仍总督贵、湖、云、川、广五省军务。
二年（己巳，一六二九）夏六月初，大方东倚播，北倚蔺，相为犄角。後播、蔺既平，贼惟恃乌撒为援，而毕节为四裔交通处。先是，王三善由贵阳陆广入大方。陆广至大方，百七十里，皆猡鬼巢窟，前可冲我，後可包我，左右可冲击我，三善卒以失地利陷。天启间，燮元建议滇兵出沾益，遏安效良应援，而别布天生桥、寻甸等，以绝其走。蜀兵临毕节，扼其交通四裔之路，而别出龙场岩後，以夺其险。黔兵由普定渡思腊河，迳趋彦巢，而陆广、鸭池捣其虚，粤西出泗城，分兵策应，然後帅大军由遵义鼓行而前。寻以忧去，未及用。总督闵梦得继之，亦以贵州抵大方路险，而贼惟恃毕节一路外通，用兵宜从永宁始。自永宁而普市，而摩泥，而赤水，百五十里皆坦途。赤水有城郭可凭而守，宜结营於此。渐进渐逼四十里为白岩，六十里为层台，又六十里为毕节。毕节至大方不及六十里，贼必并力来御，须以重兵扼之，断其四走之路。然後遵义、贵阳克期并进，亦不果用。至是，燮元再莅黔，乃激滇兵下乌撒，蜀兵出永宁、毕节，扼各路要害，而亲帅大军驻陆广，逼大方。
八月，奢崇明号大梁王，安邦彦号四裔大长老，歹费、小阿、乌继、阿鲜怯等各号元帅，悉力趋永宁，先犯赤水，谍知之。燮元授意守将许成名佯北，诱贼深入，度贼已抵永宁，分遣林兆鼎从三岔入，王国祯从陆广入，刘养鲲从遵义入，邦彦分兵四应，力不支，罗乾象复以奇兵绕出其背，急击之，贼大惊溃。崇明、邦彦等皆被创，汉兵斩其首献，燮元不欲穷兵，乃移檄安位赦其罪，许其归附。而位竖子不能自决，其群下复谋合溃兵拒我。
燮元乃大会诸将曰：“水西多山险，丛箐篁，蛮烟僰雨，莫辨昼夜，深入难出，以此多败。当与诸君扼其要害，四面迭攻，渐次荡除，使贼乏粮，将自毙。”於是焚蒙翳，剔岩穴，截溪流，发劲卒，驰骋百余里，或斩樵牧，或焚积聚，暮还归屯。贼益不能测，凡百余日，所得首功万余级，生口数万。每得向导，辄发窖粟就食，而贼饥甚。刘养鲲遣其客入大方，烧其宫室，悬榜而出。安位大恐，乞降。与约四事：一贬爵，一削水外六目之地归朝廷，一献杀王巡抚者首，一开毕节等驿路。安位皆受命，遂率土目纳款。燮元为奏请，诏许之。乃条陈便宜九事：“不设郡县，置军卫，不易其俗，土汉相安。便一。地益垦辟，聚落日烦，经界既正，土目不得以民不耕地渐侵轶。便二。黔地瘠，仰给於外，今自食其土，省转输之劳。便三。国用方匮，出太府金币劳诸将不足，以爵酬之爵轻，不若以地，於国无损。便四。既许世其土，各自立家，经久远，永为折冲。便五。大小相维，轻重相制，无事易以安，有事易以定。便六。训农治兵，耀武河上，使贼日备我。便七。从兵民便，愿耕者给之，且耕且戍，卫所自实，无勾军之累。便八。军耕抵饷，民耕输粮，以屯课耕，不拘其籍；以耕聚人，不世其伍，使各乐其业。便九。”上可其奏。
九年（丙子，一六三六），朱燮元遣兵诛摆金、两江、巴香、狼坝、火烘五洞叛苗，悉平之，水西势益孤。又通上下六卫，并清平、偏镇四卫道路，凡一千六百余里，设亭障，置游徼，以便往来。滇中沐氏土舍普名声乱，燮元奉命移兵讨平之，名声伏诛。
十年（丁丑，一六三七），水西安位死，无嗣，族属争立，朝议欲乘其弊郡县之。燮元上书谏，乃止。燮元遂传檄土目，谕以威德。诸部争纳土，献重器。燮元召将吏议，以为众建土司，使其势少力分，则易制。各欲保土地，传子孙，则不敢为逆。乃上奏曰：“臣按西南之境，皆荒服也。杨氏反播，奢氏反蔺，安氏反水西。而滇之定番，弹丸小州，为长官司者十有七，二三百年未闻有反者，非他司好逆而定番忠顺也。盖地大者跋扈之资，而势弱者保世之策也。今臣分水西之壤，授诸渠长及有功汉人，咸俾世守。凡其俗虐政苛敛，一切除之，使参用汉法，可为长久计。”制曰：“可。”西南遂底定焉。
谷应泰曰：
天启中，奢崇明以猓猡种据重庆，安邦彦以水西酋反贵州，盖苗俗叛服不常，乃其天性。而两家者，又倚为唇齿，时通姻娅，所谓同功一体之人也。乃谋乱之初，则奢先而安继；穷追之日，则奢败而安亡。覆辙相寻，合若符契，小丑坠宗，於人何尤焉。以予观奢崇明阴鸷有谋，其子寅招纳亡命，一举而全蜀震动，剽锐莫当，宜非邦彦所敢望也。然而邦彦之师，尚堪持久，而崇明之众，旋即挫衄。又往往降於水西，投於安部者，则以安之地大而力盛也。奢酋窃发，止蜀道一隅。而安酋转战，西通巴、棘，南压滇、黔，又合乌沾、安南诸部落，绵亘长驱，动摇数省，此之不戢，真江、楚之深忧也。以故恢荡之功，亦以平安为首，平奢次之。平奢者，秦良玉之夜袭两河，杜文焕之佛图夺垒，卢元卿之红崖积仗，其功不可泯也。平安者，王三善之奋斩十万，秦衍祚、侯良柱之夜拔三寨，张云鹏之八路进兵，许成名之三方深入，其功更不可泯也。乃崇明、邦彦同时阵歼，奢寅淫横，内自相图，既平五洞叛傜，又开清平四卫，新设亭障，增置游徼者，凡一千六百余里。虽汉之楼船十道，西通冉駹，其盛不能及也。然其时发踪指示，出奇无穷，多出於督臣朱燮元之方略。论者以固守成都，荡灭群妖，招降安位，为燮元功不世出。而不知善後抚绥，分裂其地，使南人不复反者，皆燮元之长算也。善乎燮元之疏曰：“今分水西之壤，授诸渠长，及有功汉臣，咸俾世守。盖地大者跋扈之资，而势弱者保世之策也。”昔主父偃令宗室得分王子弟，而藩服益削，则知众建土司而少其力者，其真驭远之良规欤！“)