熹宗天启元年（辛酉，一六二一）九月，四川永宁宣抚使奢崇明叛。奢氏，倮猡种也。洪武中归附，命为宣抚司，世守其土。数传至奢崇周，无子，奢崇明以族人得立。崇明性阴鸷，佯为恭顺，凡有徵调，罔不应命，人渐狎之。子奢寅，有逆志，负韰倮招纳亡命。时以边事急，征四方兵，崇明遂上疏请提兵三万赴援，遣其将樊龙、樊虎以兵至重庆。四川巡抚徐可求点核，汰其老弱发饷，饷复弗继，龙等遂鼓众反。龙走马舞槊，直刺可求，可求死，遂一拥而上，道臣孙好古、骆日升、李继周，知府章文炳，同知王世科、熊嗣先，推官王三宅，知县段高选，总兵黄守魁、王守忠，参将万金、王登爵等皆死之。原任巩昌同知董尽伦闻变，帅众入城杀贼，遇伏死。募兵科臣明时举、台臣李达、通判王天运俱负伤踰墙遁。时土兵数千，列江岸，城内炮震，城外应之。贼遂据重庆，分兵一扼夔州水口，一踞綦江、遵义，一踞泸州，一截川西栈道，全蜀震动。
奢崇明陷遵义。时遵义道臣李仙品、参将万金督兵援辽，俱赴重庆，城中守备空虚。奢崇明同其子寅帅众奄至遵义，署府通判袁任先期委城遁。贼乘势焚劫，纳溪、泸州、江安等城，兴文、永川、长宁、荣昌、隆昌、壁山皆空。贼攻合州、江津，知州翁登彦、知县周礼嘉悉力扞御，破走之。陷兴文，知县张振德不屈，率妻子赴火死。石砫宣抚司掌印女官秦良玉勤王。秦氏世为宣抚司，良玉兄秦邦屏、邦翰援辽力战死。弟秦民屏重伤突围出，得归。时蔺贼厚遗秦氏求其助，良玉斩使留银，率所部精兵万余，同弟民屏、侄秦翼明等卷甲疾趋，潜度重庆，营於南坪关，扼贼归路。遣兵夜袭两河，烧其船以阻贼，泛舟东下。自率大兵沿江而上，水陆并进。又留兵一千，多张旗帜，护守忠州等地方，以为犄角之势。移文夔州，设兵防瞿塘，为上下声援。
十月，贼逼成都，时泸、叙诸郡邑瓦解，柙木、龙泉诸隘口俱失，贼乘势向成都，指挥冉世洪、雷安世、瞿英、周邦泰、张恺帅众拒之。邦泰先至资阳，遇贼不战，降。冉世洪等至九泉，贼驻兵山上，据高临下，众寡不敌，我兵陷阵，世洪、安世、英俱死之，张恺走免。贼兵进薄城下，悬旌僭号，四面夹攻。城内仅有镇远营七百人，调到松潘、茂州、龙安兵一千五百余人。御史薛敷政、左布政使朱燮元登陴而守。初，燮元方以辑瑞就道，蜀王出国门，与百姓遮留之。燮元慷慨自誓，贼薄城，燮元使土司坤汝常乘贼，指挥常恭等火炮助之，贼稍却，斩贼先锋一人。次日，贼数千人，障革裹竹牌进，矢石不得近，燮元命架七星炮，火箭火砖冲击之，杀数百人。至暮，贼拥钩梯数千，攀城欲上，燮元戒士卒第放炮礌石，亡哗。迟明，贼积屍陵城下。时冬，濠水涸，贼帅降民，持篾束薪，载濠土垒如山，上架蓬荜，形类行屋，以避铳石。伏弩仰射，城中垂帘蔽矢石。燮元夜缒壮士，持刍涂膏，杀守者纵火。火举山ㄨ，贼大阻。燮元又遣人决都江堰水至濠，濠满，贼乃治桥，得少息。因缉获城中与贼通者二百人，悬其首陴上。贼又於城四面立望楼，高与城等。燮元曰：“贼设了望，必四出剽掠，其中虚。”遂命死士五百人，突出击之。贼果无备，斩其三将，烧楼而还。当是时，诸道援兵相继至，十二月二十四日复安岳县，二十八日复乐至县，与贼战於倒流镇、石桥、永清铺，俱有斩获。各路兵或转战得至城下，或溃败去。秦良玉兵三千亦至。然贼兵亦日益增，无退意。贼围城八十余日，岁且尽，城中人伏腊不祭，王正不贺。贼城外日发诸人塚墓，城上望见皆泣。会有俘民脱归者，言贼旦夕须旱船一决胜负。
二年（壬戌，一六二二）春正月，贼数千自林中大噪而出，视之有物如舟，高丈许，长五百尺，楼数重，簟茀左右板如平地。一人披发仗剑，上载羽旗，中数百人，各挟机弩毒矢，牛数百头运石毂行，旁翼两云楼如左右广，俯视城中，老幼妇女皆哭。燮元曰：“此吕公交车也。破之非驳石不可。”驳石者，巨木为杆柱，置轴柱间，转索运杆，千钧之石飞击如弹丸，贼舟不得近。燮元复募敢死士，以大炮击牛，中其当轭者，牛骇返走，乘势纵击败之，然城中亦力竭矣。裨将刘养鲲言有诸生范祖文、邹尉陷贼中，遣孔之谭来约。贼将罗乾象欲自拔效用，燮元即遣之谭复往，至则与乾象俱来。燮元方卧戍楼，呼与饮，乾象衷甲佩刀，燮元不之疑，就榻呼同卧，酣寝达旦。乾象感激，誓以死报，许之，缒而出，後贼营举动，纤悉无不知者，乾象之力也。踰数日，又使牙将周斯盛诈降，质其来，设伏待之。崇明果自至。甫悬一人上，松潘守兵不知，大噪。崇明走，伏起，获其从骑数人。崇明跳身免，乃谋远遁。燮元侦知，造水牌数百面，投锦江顺流而下，令有司沉舟斩筏，断桥梁，严兵以待。贼夜半果逸，乾象等内变，贼营四面火起。崇明父子拔营走，乾象等皆来归。成都围凡百有二日而解。贼渡泸归重庆。事闻，以燮元为巡抚。
三月，罗乾象复江安。
四月，官兵复新都。初，奢贼据新都，缮城积粟为守计，因克安岳，攻保宁，声言直取潼关，人心震动，安绵副使刘芬谦、湖广监军杨述程合兵攻之。兵至牛头镇，贼以骑数千、步万人来援。秦良玉、谭大孝等夹击败之，遂复新都。贼退入兰州，复遵义府。时有湄潭叛民王伦引贼焚掠。湄潭为川、贵险要。都司陈一龙追至水西境，降之。诸军进驻遵义。时惟重庆尚为贼巢。
五月，诸军进逼重庆。初，奢崇明父子据泸、汭，倚樊龙为声援，龙盘踞重庆，已九阅月。重庆，古渝州地也，三面临江，春水泛涨，一望弥漫不可渡。其出入必经之要道，惟佛图关至二郎关一路。贼自通远门城濠至二郎关，连营十有七，宿精兵数万。监军副使丘志充、杨述程，总兵杜文焕帅兵进攻之，再战，几入其垒。翌日，文焕帅参将杨克顺等直抵贼营，石砫宣抚官秦民屏率部兵绕出其後，贼惊败，遂连复佛图、二郎二关，杀贼三千余人，积屍深沟，两岸俱平，乘胜进逼重庆。二十七日，以计擒贼首樊龙、张彤、何若海等三十一人，遂克之。
六月，川师复泸州。
七月，遵义复陷。贵州水西土目安邦彦叛。邦彦，安尧臣别枝也。安尧臣冒陇姓，并陇地，受抚，得袭兄强臣世职。尧臣死，妻奢社辉、子安位幼，邦彦挟之反。时四十八马头与头目安邦俊、鲁连、安若山、陈其愚、陈万典等，蠭起和之。都司杨明廷以三千人败没於毕节。参将尹启易等自乌撒奔回沾益，炎方、松林皆不守，平夷卫亦为贼党李贤所破。贼围普安、安南。云南都司李天常帅兵四千救之。贼将罗应奎伪降，诱至迭水铺，伏发，全军皆没。於是交水、曲靖、武定、寻甸、嵩明之间，骚然苦兵矣。贼分遣王伦、石胜俸下瓮安，袭偏、沅以断我军。伦等，杨应龙余孽也。洪边土司宋万化纠苗仲九股，据龙里，邦彦自统蜀贼苗仲数万，进围贵州。自二月初九日薄城下，造云梯，制滚厢，筑墩台，百计攻城。抚臣李澐、按臣史永安悉力御之。贼沿山札营，四面伏路把截，以断城中出入，尽掘环城坟墓，杀掠甚惨。置木栅垒户墙，鸟雀不能飞渡。镇将张彦芳将兵二万赴援，隔龙里不得进。贵州总兵杨愈懋、推官郭象仪与贼战於江门白杵营，死之。
安邦彦破乌撒卫，指挥管良相死之。先是，水西未叛，良相与李澐曰：“奢氏反，安必继之。黔中无兵饷，猝然有变，计将安出？宜招兵万人，积二年谷，用许成名将之，以观其变。”澐以力不能，止。後良相以祖母病乞假去，泣而曰：“乌撒孤城，且与安效良相仇，水西有难，祸必首及。良相只身无子，愿以死报国。乞图长策，保此一方。”澐亦泣。良相去，甫一月而难起。乌撒首被贼破，良相自缢死。
巡抚都御史王三善进兵平越。时平越所陈兵止万余人，副总兵徐时逢、参将范仲仁不相能。仲仁先进，遇贼於瓮城河，战不利，时逢拥兵不救，遂大败，诸将马一龙、白自强等歼焉。各处声援俱绝，贵阳围益困。城东隅有山冈，与城齐，贼踞其上，作厢楼，官兵设计烧之，火三昼夜不绝。城中粮久乏，将士病不能战。巡按史永安上疏诋王三善，大声疾呼。“)