夏四月，兵科给事中宋学显，贵州道御史张盛美俱例转湖广、河南参议。抚宁侯朱国弼劾温体仁，私左都御史唐世济，逐学显、盛美。上不听。又劾体仁受霍维华赂，令唐世济发端。上慰谕体仁，夺国弼侯爵，世济亦戍边。
六月，大学士温体仁引疾免，赐金币，遣行人吴本泰护归。体仁在事，诸臣攻者无虚日。体仁与举朝为仇，其庇私党排异己，未尝有迹，但因事图之，使若发自上者，而主炳阴为所假，上竟不之疑。
八月，以薛国观为礼部左侍郎兼东阁大学士。
十月，定东宫官属。右谕德项煜、编修杨廷麟让左谕德黄道周。阁臣以道周意见偏，上疏有“不如郑鄤”之语。寝之。刑科给事中冯元飈言：“道周忠足以动圣鉴，而不能得执政之心，恐天下後世有以议阁臣之得失也。”不听。已而道周疏劾杨嗣昌夺情，谪外。
十一年（戊寅，一六三八）八月，南京户科给事张焜芳论前巡盐两淮御史史（上范下土）侵帑三十余万。命逮（上范下土）下刑部。先是，巡盐御史张锡命忧去，遗课二十一万。（上范下土）挕事，尽入其家。检讨杨士聪攻之，（上范下土）诿橐锡命。时锡命前卒，子沆奏辨，大学士钱士升拟旨罪（上范下土）。王应熊曰：“史太仆大有才，未易撄也。”拟上，上果不听。至是，（上范下土）复奏辨，又发张焜芳朋党状，焜芳夺官。
十二年（己卯，一六三九）六月，以左懋第、袁恺、阴润、蔺刚中、范士髦为给事中，詹时雨、李近右、汪承诏、张绪论、杨四重为试监察御史，吴昌时等并各部主事。昌时首选吏部。疏上，上自手定先後，示不测。昌时谓薛国观所为，恨之。
八月，故庶吉士郑鄤磔於市。先是，中书舍人许曦讦奏鄤不孝渎伦，与温体仁疏合。法司定罪拟辟，上命加等。鄤初选庶吉士，有直谏声，文震孟、黄道周皆与之游。当时欲借鄤以倾震孟、道周，谳驳逾重。而鄤居乡多不法，遂罹惨祸。
十三年（庚辰，一六四〇）夏四月，巡抚江西右佥都御史解学龙，荐举布政司都事黄道周。上以道周党邪乱政，学龙徇私，俱逮下理，廷杖论戍。户部主事叶廷秀请宽之，并杖削籍。监生涂仲吉上言：“黄道周通籍二十载，半居坟庐。稽古着书，一生学力，止知君亲。虽言尝过戆，而志实忠纯。今喘息仅存，犹读书不倦。此臣不为道周惜，而为皇上天下万世惜也。昔唐太宗恨魏徵之面折，至欲杀而终不果。汉武帝恶汲黯之直谏，虽远出而实优容。皇上欲远法尧、舜，奈何出汉、唐主下！断不宜以党人轻议学行才品之臣也。”通政司格之不上，仲吉并劾通政使施邦曜遏抑言路，再救道周。上怒，下狱杖之，论戍。
六月，大学士薛国观免。初，国观以温体仁援，得入阁。同官六人皆罢，独国观秉政至首辅，上颇向用之。至是，因拟谕失旨，下五府、九卿议处致仕。刑科给事中袁恺再疏劾之，言：“国观纳贿有据。”并及尚书傅永淳、侍郎蔡奕琛等。遂下镇抚司讯。初，上召国观，语及朝士婪贿。对曰：“使厂、卫得人，朝士何敢黩货！”东厂太监王化民在侧，汗出浃背。於是专侦其阴事，以及於败。国观既削籍，吏部尚书傅永淳、南京吏部尚书朱继祚并免。下左副都御史叶有声於狱，以通贿国观也。时株连颇众。
十二月，国观奏辨。不听，命入京即讯。
十四年（辛巳，一六四一）春正月，故大学士薛国观奏辨刑科给事中袁恺诬劾，出於礼部主事吴昌时之意。上不听。
夏四月，召前大学士周延儒、张至发、贺逢圣入朝。至发辞不出，逢圣不久以病归。初，延儒既罢，丹阳监生贺顺、虞城侯氏，共敛金，属太监曹化淳等营复相。至是，得召用，主事吴昌时之力居多，延儒德之。
六月，故刑部右侍郎蔡奕琛在系上言：“去夏六月，同邑诸生倪襄，贽於庶吉士张溥之门，归语知县丁煌，夸溥大力，可立致人祸福，因言及臣旦夕必逮。未几，而王陛彦果劾臣矣。一里居庶常，结党昭权，阴握黜陟之柄，岂不异哉！”上令丁煌指证，下倪襄於狱。既而奕琛亦劾张溥，并及故礼部侍郎钱谦益。
八月辛亥，故大学士薛国观赐死，诛中书舍人王陛彦，各籍其家。初，国观以王陛彦通赂免官，命伺其邸，则王陛彦至，执下狱。陛彦为吴昌时甥，临刑呼曰：“此舅氏所作，我若有言，即累名教矣。”时国观事发於东厂，佥云昌时实启其机。
十二月甲子，戌黄道周、解学龙。初，刑部尚书刘泽深拟道周瘴戍，再奏不允。因上言：“道周之罪，前两疏已严矣。至此，惟有论死。死生之际，臣不敢不慎也。自来论死诸臣，非封疆则贪酷，未有以建言诛者。今以此加道周，道周无封疆贪酷之失，而有建言蒙戮之名。於道周得矣，非我皇上覆载之量也。且皇上所疑者党耳，党者见诸行事。道周具疏空言，一二臣工，始未尝不相与也。今且短之，继而斥之，乌有所谓党，而烦朝廷之大法耶！去年行刑时，忽奉旨停免。今皇上岂有积恨於道周，万一转圜动念，而臣已论定，噬脐何及？敢仍以原拟上。”上从之。
十五年（壬午，一六四二）夏四月，宥马士英，起兵部左侍郎兼右佥都御史，提督凤阳。士英初抚宣大，以总监王坤论罪。至是，故太常少卿阮大铖为营救，得起用。
八月，召还黄道周，仍任少詹事。时周延儒承上眷最深，凡上怒莫能回，延儒能谈言微中。先是，道周在狱，人谓必不可救。延儒以微词解之，得减放。至是，上偶言及岳飞，事叹曰：“安得将如岳飞者而用之？”延儒曰：“岳飞自是名将。然其破金人事，史或多溢辞。即如黄道周之为人，传之史册，不免曰其不用也，天下惜之。”上默然。甫还宫，即传旨复官。
十六年（癸未，一六四三）三月，改礼部仪制主事吴昌时为吏部文选主事，署郎中事。昌时好结纳，通司礼太监王化民等，欲转铨司。吏部尚书郑三俊尝以问乡人徐石麒，答曰：“君子也。”石麒遂荐於上。盖石麒畏昌时机深，故誉之，而三俊不知。
例转给事中范士髦等四人，御史陈荩等六人。故事，例转科一道二，文选主事吴昌时特广其数，意胁台、省，为驱除地也。
夏四月，河南道御史祀彪佳劾吴昌时紊制弄权。山东道御史徐殿臣、贺登选各疏参之。
五月，吏部尚书郑三俊以荐吴昌时引咎罢，大学士周延儒放归。给事中郝絅复劾吏部郎中吴昌时、礼部郎中周仲琏“窃权附势，纳贿行私。内阁票拟机密，每事先知。总之，延儒天下之罪人，而昌时、仲琏又延儒之罪人”。御史蒋拱宸、何纶交劾之。
七月乙卯，上自讯昌时於中左门，拷掠至折胫乃止。征延儒听勘，延儒先荐大学士王应熊，途中密语，令先抵京。上遣缇骑趋延儒入，侦知之。罢应熊，寻诛昌时，赐延儒死。初，延儒再召时，庶吉士张溥、马世奇以公论感动之，故其所举措，尽反前事。向之所排，更援而进之，上亦虚已以听。溥既没，世奇远权势不入都。延儒左右，皆昌时辈，以至於败。
倪元路曰：
自神祖中叶以来，三四十年间，朝廷之局凡三变。其始天子静摄，听臣工群类之自战，而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败。其既阉寺擅权，宵人处必胜之地，正人亦戢心搏志，而甘处不胜，不敢复言战。宵人亦不曰战，直曰禽馘之耳。然其时正人虽婴祸患，其心愈益喜，曰：“吾君子也。”其後魁柄已振，握照虚公，百尔臣工，皆怵然不敢穷战，而阴制以谋。故其时气战者败，谋战者胜，谋阳者败，谋阴者胜。凡明主所箝键以绳贪人者，宵人皆借之以穽正人。其正人既祸败，即无可自解，曰：“吾君子。”其宵人亦不靳归名君子，而但使其无救於祸败。宵人正人，皆以不敢言党而党愈炽，党愈炽而国是不可问矣。究之借以朋比，斥为伪学，窜逐禁锢，殆无虚日。予以世患无真品望，不患无真经济耳！所谓道德事功，垂之竹帛，贞之珉石，盖槩乎未有睹也。嗟乎！此後世之所以衰也。“)