神宗万历二十一年（癸巳，一五九三）二月，京察竣。
三月己未，刑科给事中刘道隆论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨於庭，台省交谪。而吏部曲为解，仅议一职方主事袁黄非体。上责吏部回奏，尚书孙鑨言：“淳熙臣乡人，安贫好学，非有先容之助。於庭任西事有功，尚书石星亦言之，臣不忍以功为罪。且既命议覆，自有异同。惟各原其心，求归於当。若知其无罪，以科、道之言而去之。昧心欺君，臣不能为。”上以不引罪，夺俸三月，考功郎中赵南星鎸三秩调外，淳熙等并罢。刘道隆以不指名，亦夺俸。鑨乞休，不许。鑨复奏曰：“人臣之罪，莫大於专权，国家之祸，莫烈於朋党。夫权者，人主之操柄，人臣所司谓之职掌。吏部以用人为职，进退去留属焉，然必请旨而後行，则权固有在，不可得专也。今以留二庶僚为专权，则无往非端矣。以留二京职为结党，则无往非党矣。臣任使不效，徒洁身而去，俾专权结党之说终不明於世，将来者且以臣为口实，又大罪也。”因请乞骸骨归。先是，内计去留，先白阁臣。鑨及南星力矫之，王锡爵不悦。鑨既被谴，都察院左佥都御史王汝训，通政使魏允贞，大理寺少卿曾乾亨，礼部郎中於孔兼，员外郎陈泰来，主事顾允成、张纳陛、贾岩，国子助教薛敷教俱论救。礼部郎中何乔远、主事洪启睿复合疏言之。孔兼、允成、敷教俱谪外。
甲子，礼部员外郎陈泰来疏曰：“臣通籍十七年，四历京察。部权自高拱、张居正以来，尚书惟张瀚、严清，选郎惟孙鑨、陈有年颇能自立，余则唯唯呐呐，滥觞於杨魏，而扫地於刘希孟、谢廷宷。今复借拾遗荧惑圣怒，即去时之故智，将来必挈权以阿阁臣，而後为不专权；必植党以附阁臣，而後为不结党。”上怒，降泰来。
癸未，左都御史李世达请宥泰来等。不听。南星、淳熙、於庭、黄各削籍。
四月辛丑，吏部尚书孙鑨罢。
九月，吏部右侍郎赵用贤罢。先是，用贤为检讨，生女三月，中书舍人吴之佳约以币。及用贤谏张居正夺情削籍，之佳为御史，过吴门，用贤往饯，不为礼，因反币，终字女蒋氏。之佳子镇亦他娶，不相及也。用贤负气节，素不为王锡爵所善。镇讼之，罢用贤，之佳亦降。户部郎中杨应宿议赵用贤绝婚非是。行人高攀龙申救，得罪诸臣，语侵阁臣，指应宿为谄谀，应宿遂吁攀龙，并及吏部文选郎刘四科、赵南星、顾宪成等。锡爵封应宿疏上。
闰十一月甲午，行人高攀龙上言：“大臣则孙鑨、李世达、赵用贤去，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、薛敷教、张纳陛、於孔兼、贾岩斥。近李桢、曾乾亨复乞归，选司孟孔鲤又削籍矣。中外不曰辅臣不附已，则曰近侍不利用正人。果谓出於圣怒，则诸臣自化鲤而外，未见忤旨，何以皆至罢斥也？皇上有去邪之果断，而左右反得行其媢嫉之私，皇上有容言之盛心，而臣下反遗以拒谏之诮，为圣德累不小。”
丙申，都察院左都御史孙丕核“杨应宿激而嫚骂，高攀龙疏而易言”。命降应宿湖广按察司经历，攀龙揭阳县典史。仍谕建言诸臣：“时事艰难，不求理财、足兵、实政，乃诬造是非。部院公论所出，今後务持平核实。”
二十二年（甲午，一五九四）正月丁亥，吏部推阁臣王家屏、沈鲤、陈有年、沈一贯，左都御史孙丕扬，吏部右侍郎邓以赞，少詹事冯琦。不允。初，阁臣王家屏以谏册储罢归。至是，上谕有“不拘资品，堪任阁臣”语，吏部遂以家屏等名上。上览不怿，下旨诘责，以宰相奉特简，不得专擅。吏部尚书陈有年争之，以为塚宰总宪廷推，自有故事，王家屏为相有名，若宰相不廷推，将来恐开快捷方式，因乞骸骨。上命驰驿还籍，以孙丕扬代之。
辛卯，以沈一贯、陈於陛为礼部尚书兼东阁大学士，直文渊阁。调文选中顾宪成。给事中卢明陬、逯中立先後疏救，上益怒。宪成削籍，谪明陬、中立按察司知事。
甲午，礼部郎中何乔远，奏救宪成，谪广西布政司经历。先是，国本论起，言者皆以“早建元良”为请。政府惟王家屏与言者合，力请不允，放归。申时行、王锡爵皆婉转调护，而心亦以言者为多事。锡爵尝语宪成曰：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必欲反之。”宪成曰：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳！”遂不合。然时行性宽平，所斥必旋加拔擢。一贯既入相，以才自许，不为人下。宪成既谪归，讲学於东林，故杨时书院也。孙丕扬、邹元标、赵南星之流，蹇谔自负，与政府每相持。附一贯者，科、道亦有人。而宪成讲学，天下趋之。一贯持权求胜，受黜者身去而名益高。此东林、浙党所自始也。其後更相倾轧，垂五十年。
二十三年（乙未，一五九五）秋七月己卯，巡按直隶御史赵文炳劾吏部文选郎中蒋时馨幸进鬻爵。下廷议，尚书孙丕扬代时馨辨。
丙戌，时馨削籍。时馨贪黩，初知新喻，调嘉鱼，迁南京大理寺评事。故为敝衣冠，从邹元标讲学，历考功、文选二司。及被劾，请廷质。且曰：“戎政、兵部左侍郎沈思孝庇浙江海道丁此吕，避察不得，又求少宰不得，遂同谕德刘应秋、大理右少卿江柬之等，诋李三才授赵文炳冀陷太宰而代之。”上怒其渎辨。甲午，逮故浙江海道副使丁此吕。蒋时馨既斥，孙丕扬为衅由此吕，沈思孝以此吕建言不宜察。丕扬遂上此吕访单，贪婪赃迹，虽建言无幸脱理。命逮下狱。对簿之日承服，朱砂牀具等累累。丕扬遂与思孝交恶矣。
八月，沈思孝言：“孙丕扬庇属负国。”丕扬乞休，不允。
十一月丁丑，工部员外郎岳元声言：“言官攻言官，大臣攻大臣，不若俱罢之。”
二十四年（丙申，一五九六）八月癸亥，大学士张位乞罢，不许。时吏部尚书孙丕扬乞休，疏二十上。言：“权官坐谋，鹰犬效力，义难再留。”以位党丁此吕、沈思孝也。上责丕扬无大臣体，宜协恭毋相抵牾。
闰八月，吏部尚书孙丕扬、右都御史兼兵部侍郎沈思孝罢。
二十七年（己亥，一五九九）五月丁巳，以光禄寺卿李三才为都察院右佥都御史，巡抚凤阳。
二十九年（辛丑，一五九九）九月戊午，礼部尚书兼翰林院学士沈鲤、朱赓兼东阁大学士，值文渊阁。时廷推九人，上已点朱国祚、冯琦，而沈一贯密揭二臣年未及艾，曷少需之，先爰立老成者。赓得入。鲤先任礼部，与申时行左，请告，上不许。吏科都给事中陈与郊因疏劾鲤，鲤求去益力。上私语曰：“沈尚书不晓我意。”遂有是命。
三十一年（癸卯，一六〇三）夏四月，楚王华奎与宗人华走氐等相讦，章下礼部。初，楚恭王隆庆初，废疾薨，遗腹宫人胡氏孳生子华奎、华璧。或云：内官郭纶，以族人如綍奴产子寿儿，及弟如言妾子尤金梅所出，并入宫，长为华奎，次华璧。仪宾汪若泉尝讦奏，事下抚、按。王妃坚持之，乃寝。华奎既嗣楚，华璧封宣化王。华走氐素强御，忤王。走氐妻又如言女，知其详。走氐遂盟宗人二十九人入奏：“楚先王风痹，不能御内，乃令宫婢胡氏诈为身。临蓐时，抱妃兄王如言子为华奎，又抱妃族王如綍舍人王玉子为华璧，皆出於妻恭人王氏口。王氏，如言女，故知之。二孽皆不宜冒爵。”章入，通政司沈子木持未上。
六月，楚王劾宗人疏亦至。事下部。礼部右侍郎郭正域曰：“王奏华走氐事易竟。华走氐奏王非恭王子，乱皇家世系，事难竟。楚王袭封二十年，何至今始发？而又发於女子骨肉之间？王论华走氐一人，而二十九人同攻王。果有真见，出真情否？王假，则华走氐当别论；王真，则华走氐罪不胜诛。”沈一贯以亲王不当勘，但当体访。正域曰：“正域江夏人，一有偏徇，祸且不测。非勘则楚王迹不白，各宗罪不定。王迹勘，各宗罪，不勘，人於何服！”时正域右宗人，而辅臣沈鲤又右正域。户部尚书赵世卿、仓场尚书谢杰、祭酒黄汝良皆谓王非假。一时阁、部互相龃龉。给事中姚文蔚劾郭正域故王护卫中人，修怨谋陷王。都察院右都御史温纯劾御史於永清、给事姚文蔚，刺及沈一贯。
九月己巳，刑科都给事中杨应文、给事中钱梦臯各劾郭正域，梦臯并及次辅沈鲤。俱不报。上卒以王为真，而正域罢去。寻楚府东安王英燧、武冈王华增、江夏王华暄等，请复勘假王，不听。时票楚事皆朱赓，二沈引嫌不出。“)