七月，倭从釜山移西生浦，送回王子陪臣。时我师久暴露，闻撤，势难久羁。宋应昌乃请戍全罗、庆尚。议留刘綎川兵五千，吴惟忠、骆尚志南兵二千六百，合蓟、辽共万六千人，听刘綎分布庆尚之大丘。而兵部尚书石星一意主款，谓留兵转饷非策。应昌师老无成功，亦愿弛责。然策倭多诈，恐兵撤变生。己而命沈惟敬复入倭营，促谢表。急图竣役，乃并撤吴惟忠等兵，止留綎兵防守。
谕朝鲜世子临海君珲居全庆督师，以顾养谦督辽左。
九月，兵部主事曾伟芳言：“倭款亦去，不款亦去。款亦来，不款亦来。盖关白大众已还，行长留待。知我兵未撤，不能以一矢相加遗也。欲归报关白，卷土重来，则风帆不利，正苦冬寒。故曰：款亦去，不款亦去。沈惟敬前倭营讲购，咸安、晋州随陷，而欲恃款，冀来年不攻，则速之款者，速之来耳。故曰：款亦来，不款亦来。为今日计，宜令朝鲜自为守，吊死问孤，练兵积粟，以图自强。”章下部。
十月，总督顾养谦力主撤兵，许之。因疏请封贡，上命九卿、科、道会议。时御史杨绍程奏：“臣考之太祖时，屡却倭贡，虑至深远。永乐间，或一朝贡，渐不如约。自是稔窥内地，频入寇掠。至嘉靖晚年，而东土受祸更烈。岂非封贡为厉阶耶？今关白谬为恭谨，奉表请封之後，我能闭关拒绝乎？中国之衅，必自此始矣。且关白弑主篡国，正天讨之所必加。彼国之人，方欲食其肉而寝处其皮，特劫於威，而未敢动耳。我中国以礼义统御百蛮，而顾令此篡逆之辈叨天朝之名号耶！宜急止封议，敕朝鲜练兵以守之，我兵撤还境上以待之，关白可计日而败也。”是时，廷臣礼部郎中何乔远、科道赵完璧、王德完、逯中立、徐观澜、顾龙、陈维芝、唐一鹏等，交章止封。而蓟辽都御史韩取善亦疏：“倭情未定，请罢封贡。”兵部尚书石星恐不能羁縻关白，甚张皇，终主封贡不已。
二十二年（甲午，一五九四）八月，总督顾养谦奏讲贡之说。贡道宜定宁波，关白宜封为日本王。请择才力武臣为使，谕行长部倭尽归，与封贡如约。
九月，朝鲜国王李昖疏请许贡保国。上乃切责群臣阻挠封贡，追褫御史郭实等，诏小西飞入朝。时改总督侍郎孙矿新受事，倭使抵京，石星优遇如王公。小西飞等殊扬扬，过阙不下。既集多官面译，要以三事：一、勒倭尽归巢；一、既封不与贡；一、誓无犯朝鲜。倭俱听从，以闻。上复谕於左阙，语加周复，大略如枢部意。
十二月，封议定，命临淮侯李宗城充正使，以都指挥杨方亨副之，同沈惟敬往日本。时礼部议：“日本旧有王，未知存亡。关白或另拟二字，或即以所居岛封之。行长以下，量授指挥衔。”上竟准日本王号，给金印。行长授都督佥事。适谍报熊川岛倭船三十六号，业起行归，石星遂谓封事必可成矣。
二十三年（乙未，一五九五）春正月，辽东都御史李化龙疏倭六可疑、五可虑，谓：“倭不识汉字，恐中间两相欺绐，请从礼部量封秀吉顺化王。罢遣沈惟敬，增募水兵。而清正素不服关白，与行长不相能，可用鲁连谕燕将计间之。”时封使已发，竟不从。
二十四年（丙申，一五九六）春正月，先是，东封之使，久怀观望。至是，始抵釜山。而沈惟敬诡云演礼，同行长先渡海，私奉秀吉蟒玉、翼善冠及地图、《武经》。又驱壮马三百南戈崖，骑从阴献秀吉，取阿里马女，与倭合。李宗城纨絝子，经行之营，所在索货无厌。次对马岛，太守仪智夜饰美女二三人，更番纳行帷中，宗城安之。倭酋数请渡海，不允。仪智妻，行长女也。宗城闻其美，并欲淫之。智怒，不许。适谢周梓侄隆与宗城争道，宗城欲杀之。隆诛其左右，以倭将行刺，宗城惧，弃玺书夜遁。比明失路，自缢於树，追者解之，遂奔庆州。副使杨方亨闻於朝。上震怒，逮问宗城，议战守。会方亨复揭倭情无变，正使自为奸人误耳。上以方亨充使，加惟敬神机营衔副之。廷臣交章请罢封。上切责，下御史曹学程於理，立限渡海。於是惟敬益舞智揣摩，玩大司马股掌矣。
三月，工部郎中岳元声参石星，力主封事有三辱、四耻、五恨、五难。疏入，谪为民。
九月，杨方亨、沈惟敬奉册如日本。平秀吉斋沐三日，郊迎节使，受封，行五拜、三叩头、山呼礼。礼毕，款使者备至。朝鲜王议遣光海君致贺。己而听嬖臣李德馨言，使州判奉白土紬为贺。秀吉怒，语惟敬曰：“若不思二子、三大臣、三都、八道，悉遵天朝约付还。今以卑官微物来贺，辱小邦耶？辱天朝耶？”惟敬慰谕之。秀吉曰：“今留石曼子兵於彼，候天子处分，然後撤还。”翼日，具货物数百种，奉贡遣使，齎表文二通，随册使渡海。至朝鲜，廷议遣使於朝鲜取表文进验。其一谢恩，其一乞天子处分朝鲜。廷议以为饰说云。
二十五年（丁酉，一五九七）春正月，石星请自往朝鲜谕两国就盟罢兵。不许。
二月，再议东征。时封事已坏，而杨方亨诡报“去年从釜山渡海，倭於大版受封，即回和泉州”。然倭责朝鲜三子不往，谢礼又微，仍留釜山如故。谢表後时不发，方亨徒手归。至是，沈惟敬始投表文，案验潦草，前折用丰臣图书，不奉正朔，无人臣礼。而宽奠副总兵马楝报“清正等拥二百艘，屯机张营”，方亨始直吐本末，委罪惟敬，并石星前後手书，进呈御览。上大怒，命逮石星、惟敬按问。以兵部尚书邢玠总督蓟辽。改麻贵为备倭大将军，经理朝鲜。佥都御史杨镐驻天津，申警备。杨汝南、丁应泰赞画军前。
五月，邢玠至辽。行长建楼，清正布种，岛倭窖水，索朝鲜地图，玠遂决意用兵。麻贵望鸭绿东发，所统兵仅万七千人，请济师。玠以朝鲜兵惟闲水战，乃疏请募兵川、浙，并调蓟、辽、宣、大、山，陕兵及福建、吴淞水兵，刘綎督川、汉兵六千七百听剿。贵密报候宣、大兵到，乘倭未备，竟掩釜山，则行长擒，清正走。玠以为奇计，乃檄杨元屯南原，吴惟忠屯忠州。
大学士张位请屯田开城、平壤，以资军兴。朝鲜恐中国吞并，以硗确为辞，议遂寝。
六月，倭数千艘先後渡海，分泊釜山、加德、安骨、安窟，放丸如雨，歼朝鲜郡守安弘国。已复往来竹岛，渐逼梁山、熊川。沈惟敬率营兵二百，出入釜山。经略邢玠阳为慰藉，檄杨元袭执之，缚至贵营。惟敬执而倭向导始绝。
七月，倭夺梁山、三浪，遂入庆州，侵闲山。夜袭恭山岛，统制元均风靡，遂失闲山要害。闲山岛在朝鲜西海口，右障南原，为全罗外藩。一失守则沿海无备，天津、登莱皆可扬帆而至。而我水兵三千，甫抵旅顺。闲山破，经略檄守王京西之汉江、大同江，扼倭西下，兼防运道。
八月，清正围南原，乘夜猝攻。守将杨元闻倭至，惊起帐中，乘城跣足而遁。辽人卫杨元西奔，时全州有陈愚衷，忠州有吴惟忠各扼要。而全州去南原仅百里，相犄角。南原告急，愚衷懦不发兵。闻已破，州民争弃城走。麻贵急遣游击牛伯英赴援，与愚衷合兵屯公州。倭遂犯全罗，逼王京。王京为朝鲜八道之中，东隘为鸟岭、忠州，西隘为南原、全州，道相通。自二城失，东西皆倭，我兵单弱，因退守王京，依险汉江。麻贵请於玠，欲弃王京，退守鸭绿江。海防使萧应宫以为不可，自平壤兼程趋王京止之。麻贵发兵守稷山，朝鲜亦调都体察使李元翼由鸟岭出忠清道，遮贼锋。玠既身赴王京，人心始定。玠召参军李应试问计，应试请问朝廷主画云何？玠曰：“阳战阴和，阳剿阴抚。政府八字密画，无泄也。”应试曰：“然则易耳。倭叛，以处分绝望，其不敢杀杨元，犹望处分也。直使人谕之曰‘沈惟敬不死’，则退矣。”因请使李大谏於行长、冯仲缨於清正，玠从之。
下石星於法司，并沈惟敬俱坐大辟。
九月，倭至汉江，杨镐遣张贞明持惟敬手书，往责其动兵，有乖静俟处分之实。行长、正成亦尤清正轻举，乃退屯井邑，离王京六百里。清正亦屯退庆尚，离王京四百里。贞明反至中途，为人所刺死。麻贵遂报青山、稷山大捷。萧应宫具揭上曰：“倭以惟敬手书而退，青山、稷山并未接战，何得言功！”玠、镐怒，遂劾应宫恇怯，不亲解惟敬。并逮。“)