十二年（甲申，一五八四），上从辽府次妃王氏奏请，籍没张居正家，其产不及严嵩二十分之一。株连颇多，荆、川骚动。上曰：“辽府废革，既奉先帝宸断，又无应继之人，着推举亲枝，以本爵奉祀，仍准王归葬。原封抱养子述玺，准依亲居住，给兴庶粮二百石，本折中半支。王氏从厚，援徽府例赡养。张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪。私占废辽地亩，假以丈量遮饰，骚动海内。专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当斲棺戮屍，念效劳有年，姑免尽法。伊属张居易、张嗣修、张顺、张书，俱令烟瘴地面充军。”
谷应泰曰：
闻之《虞书》良弼，义取协恭；《秦誓》介臣，都无他技。盖下吏奉职，乃在才具，而端揆裁物，则在度量；卿贰奔奏，不越章程，而宰相坐论，必资道术也。矧承平之相，与创制异；冲人之相，与长君异。周公以惇大告成王，韩琦以才偏贬公着。凡以养蒙作圣，不专在於宣之综核，明之察察耳。世称张居正相业，誉者或许其乾略，毁者仅恶其专恣。然予以皆非事实，真知居正者也。考居正大节，特倾危陗刻，忘生背死之徒耳。而其他缘饰以儒术，炫耀以智数，譬之杨子艾墙高基下，阳处父华而不实。求其论思密勿之地，表帅百寮之间，此实难矣。
方夫穆宗凴几，显帝冲龄，居正、拱、仪同受顾命，而内臣冯保窃丛於侧。斯时逐刁之议未行，吊让之谋潜固。卖交附璫，漏言市重。彼商鞅之因景监，相如之藉缪贤。揆之结主，固如是乎？卒之会极传宣，新郑被斥。而冯保以快已之怨者，即以酬次辅之恩。居正以去保之疾者，还以固纶扉之宠。鬻权夸毗，若互市然。及乎九龄远引，颐浩外徙，始乃宫府交通，更唱迭和。冯倚执政则言路无忧，张恃中涓即主恩罔替。以故扇殿清暑，铺毡御寒，居正所蒙，壹皆媚璫之力也。至於犯跸具狱，词连拱奴，谋发宰臣，风生内侍，苟非天变见於上，公议格於下，则上官黠诈，立碎奉车，易之飞文，赤诛魏氏。居正之包藏祸心，倾危同列，真狗彘不食其余矣。若夫父丧夺情，太阿不释，李幼孜倡之於外，冯保应之於内。而居正貌乞持服，心冀慰留，无鲁伯禽之东郊不启，蹈翟方进之脱衰视事。语云：“求忠於孝。”又云：“移孝作忠。”居正其无人心者乎？何相倍之戾也！矧乃三月归葬，六月还朝。宰我之意，惟在短丧；曹瞒之心，恐失兵柄。而且吴中行、赵用贤俱以星变陈言，艾穆、沈思孝、邹元标各以忘亲入告，乃复横被锁镣，咸加杖戍。又且论死刘台，瘦毙士期。锡爵以刎颈惊奔，张瀚以拊膺被斥。虽王巨君之芟除忤恨，梁将军之收拷太史，淫刑以逞，不是过也。又况懋修、敬修，非列巍科，则跻清秩。是岂向、歆之学冠於汉廷，抑亦京、縧之派相援宋室乎？盖至身死踰年，辽妃诉阙。而东园秘器，甫赐泉门；缇骑金吾，旋围府第。匪汉元亏师傅之恩，亦田蚡贻灭族之衅也。
乃论者以居正之为相也，进《四书经解》而圣学修明，进《皇陵碑》、《帝鉴图》而治具克举，请词林入直而清燕无荒，请宫费裁省而国用以裕，任曾省吾、刘显而都蛮悉平，用李成梁、戚继光而边陲坐拓，厥罪虽彰，功亦不泯焉然。予以居正救时似姚崇，褊礉则似赵普，专政似霍光，刚鸷则类安石。假令天假之年，长辔获骋，则吏道杂而多端，治术疵而不醇。斯岂贞观之房、杜，而元佑之司马乎？更可异者，自居正以钱谷为考成，而神宗中叶大启矿税。居正以名法为科条，而神宗末造丛脞万机。呜呼！手实之祸，萌自催科，申、商之後，流为清静，则犹居正之贻患也。“)