冬十月丙子，进张居正左柱国太傅，仍加伯爵。敕曰：“先生亲受先朝顾命，辅朕冲年。今四海昇平，实赖匡弼。精忠大勋，言不能殚。惟我祖宗列圣，佑尔子孙，与国咸休。钦哉！”居正固辞伯爵，许之。
山东抚按劾昌邑知县孙鸣凤贪贿。上怒甚，欲遣逮。张居正曰：“贪人固当尽治，但故事俱下台讯。”上曰：“然。鸣凤之婪，乃出进士乎？”居正曰：“此人惟恃进士，故尔恣肆。若乙科明经，尚有畏忌。今後用人，但问功能，不可拘资格。”上深然之。
十二月，上御文华殿，举袍示辅臣曰：“此何色也？”居正以为青。上曰：“紫也，久而色渝。”居正曰：“紫易渝。昔皇祖不尚袨服，御衣敝甚始易，享国长久，未必不由此。愿皇上以皇祖为法，节一衣，民间有数十人得其暖者；轻一衣，民间有数十人受其寒者，不可不念也。”时左右亦言民穷，至鬻妻子应上供。上深然之。
五年（丁丑，一五七七）春正月庚午，上御文华殿。大学士张居正言：“殿之东堂，祀伏羲以下数圣君，皇上所当法也。法古圣，惟在省览章奏。日阅一二，讲明国事，则他年躬揽万机无难矣。”上嘉纳之。
五月戊申，谕修慈庆、慈宁南宫。张居正言：“两宫於万历二年落成，今壮丽如故，足以娱圣母。乃欲坏其已成，更加藻饰，非所急也。请辍工。”从之。
岭西罗旁平。罗旁据山海间，惊江急峡，岩壑险绝，诸瑶窟穴其中，前代不入版籍。国初，甫一定之。世宗朝，诸瑶转相寇掠，不可扑灭。督抚殷正茂既讨平惠、潮寇，上疏言罗旁当诛。廷议不能决。居正毅然言当诛，举兵部尚书凌云翼，请赐玺书，属之讨贼。云翼濒行，居正谓之曰：“虽鞭之长，不及马腹。即今两广诸瑶，虽所在都有，然乘间窃发，要当审所缓急耳。”云翼既至，部诸路兵号三十万，八道并进。克木衣山，破诸峒五百六十有四，俘斩四万二千有奇，拓地数百里，置郡县。捷闻，赐赉有差。先是，四方多草窃，有司秘不以闻。张居正特严其禁。匿盗者，虽循吏必黜。得盗即报决。有司凛凛，盗亦衰止。闰八月丁亥，上视朝。张居正因言：“近因阴雨，朝讲暂辍。恐中外不知，谓皇上勤学渐不如初。愿日慎一日，非有他事及风雨不得辍。”上深然之。
九月，上谕停刑，盖慈圣太后以大婚期近也。居正上言：“春生秋杀，天道所以运行；雨露霜雪，万物因之发育。明王奉若天道，刑赏予夺，皆奉天意以行事。若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑赏失中，惨舒异用矣。且臣近详阅所开诸犯，皆逆天悖理，其所戕害，含冤蓄愤。圣主明王不为一泄，彼以其怨恨冤苦之气郁而不散，或上蒸为妖沴氛祲之变，下或致凶荒疫疠之疾，则其为害又不止一人一家也。请俟明年吉典告成，然後概免一年。”从之。
己卯，张居正父丧讣至，上以手谕宣慰，视粥止哭，络绎道路，又与三宫赙赠甚厚，然亦无意留之。所善同年李幼孜等倡夺情之说，於是居正惑之，乃外乞守制，示意冯保，使勉留焉。
冬十月，居正再上疏乞终制，不允。乃请在官守制，不造朝，许之。居正既父丧夺情，吉服视事。编修吴中行、检讨赵用贤因星变陈言。刑部员外艾穆、主事沈思孝合疏言“居正忘亲贪位”，居正大怒。时大宗伯马自强曲为营解，居正跪而以一手捻须曰：“公饶我，公饶我！”掌院学士王锡爵迳造丧次，为之解。居正曰：“圣怒不可测。”锡爵曰：“即圣怒，亦为公。”语未讫，居正屈膝於地，举手索刃作刎颈状曰：“尔杀我，尔杀我。”锡爵大惊，趋出。
十月二十二日，中行等四人同时受杖。中行、用贤即日驱出国门，人不敢候视。许文穆方以庶子充日讲，鎸玉杯一，曰：“斑斑者何？卞生泪。英英者何？蔺生气。追追琢琢永成器。”以赠中行。鎸犀杯一，曰：“文羊一角，其理沈黝。不惜剖心，宁辞碎首。黄流在中，为君子寿。”以赠用贤。穆、思孝复加镣锁，且禁狱。越三日，始佥解发戍，为更惨毒。时邹元标观政刑部，愤甚，视四人杖毕而疏上。越三日，受杖，谪戍贵州都匀卫。
罢吏部尚书张瀚。先是，瀚为南京工部尚书，廷推吏部，瀚名第三。以居正言，上越次用之。居正以为德，希瀚报。夺情议起，遂邀中旨，属瀚留居正。居正亦自牍，风之使留已。瀚若不喻其意者，谓：“政府奔丧，当以殊典恤之，宗伯事也，何关吏部？”居正乃令所善客说瀚。瀚不听，又不欲显居其名，乃偕三尚书密晤居正，动以微言。居正大不悦，於是有诏切责瀚，谓瀚奉谕不复，无人臣礼。是时，廷臣争惴栗，各倡保留之议。瀚拊膺太息曰：“三纲沦矣！”居正益怒，嗾台省劾之，以为昏耄，勒令致仕。
丙午，上戒谕群臣曰：“奸臣小人，藐朕冲年，忌惮元辅。乃借纲常之说，肆为诬论。欲使朕孤立於上，得以任意自恣。兹已薄处，如或党奸怀邪，必罪不宥。”时言夺情者得罪，都人士皆愤怒。作谤书悬长安门，谓居正且反。上闻之，故宣谕於朝，谤议稍息。己而召居正於平台，慰谕甚至，即日入直。初，居正丧次，凡阁中事，令吏齎奏就拟处分。手诏称元辅，称太师，称先生，皆尽古师臣之礼。
十一月癸丑朔，以星变考察群臣。始张居正自矫饰，虽或任情，而英敏善断，中外群誉之，居正亦自负不世出。迨刘台论居正得罪，志意渐恣。至是，益知天下不见与，思威权劫之矣。
令天下度田。国初，天下土田八百五十万顷。至後渐减，岁久滋伪。豪民有田不赋，贫民曲输为累。民穷逃亡，故额顿减。张居正请料田，凡庄田、民田、职田，荡地、牧地，皆就疆理无有隐。其挠法者，下诏切责之。
六年（戊寅，一五七八）春正月，将举大婚，首辅张居正充纳采问名副使。给事中李涞疏言：“居正有服制，不宜与执事，乞改命。”上不允。以圣母谕谕居正，遂从吉。
三月甲寅，张居正乞归治葬，许之。辞朝，上召见於平台，劳谕之曰：“朕不能舍先生，恐重伤先生怀，是以忍而允所请。虽然，国事至重，朕将焉依！”居正奏言：“皇上大婚之後，宜撙节爱养，留心万机。”因伏地而哭。上亦为之哽咽堕泪，曰：“先生虽行，国事尚宜留心。”乃赐银印，曰“帝赉忠良”，令得密封言事。进辞两宫，各赐赆金，慰谕有加。
庚辰，辽东再奏大捷，上归功张居正，使使驰谕，俾定爵赏以闻。召趣还朝，居正以母老，俟秋上道。命锦衣归驰趣之。六月乙未，张居正还朝，上召见於文华西室。问沿途所见，稼穑何如？民生何如？边事何如？居正对甚悉。上大悦，赐休沐十日。
十二月，命纂《宗藩要例书》，颁示诸王。先是，世宗朝公族繁盛，国用困竭，以故颇知损抑。至是，居正等念诸藩裁削，非天子亲亲意，乃略举事例未当者十一条，请敕礼官集议，着为令。诸藩於是感激亲上，而厚薄亲疏有体矣。
七年（己卯，一五七九）二月，上患疹，慈圣太后命僧於戒坛设法度众。张居正上言：“戒坛奉皇祖之命，禁止至今。以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而後为福哉！”事遂寝。
二月，河工成。先是，淮安有水患，河决入淮。淮势不敌，淮扬咸为巨浸，直逼泗洲，患近陵寝。上以问张居正，因上言：“故河道都御史潘季驯可使。”乃降玺书，即其家拜都御史，使持节治河。一切假以便宜久任，帑藏不问出入。诸奉行不及事者，下诏狱鞫治之。於是当事者日夜焦劳，盖踰年而堤成，转漕无患。
三月，上疹愈，征光禄寺十万金。张居正上言：“财赋有限，费用无穷。使积贮空虚，不幸有四方水旱之灾，疆场意外之变，可为寒心。此後望力加撙节，若再征金，臣等不敢奉诏矣。”时上渐备六宫，太仓所储，屡有宣进。居正上户部所进御览钱粮数目，请置之坐隅，时赐省览，量入为出。因言：“万历初年，所入四百三十五万有奇。六年，所入仅三百五十五万有奇，则已少八十余万矣。五年，岁出四百四十九万有奇，则已多四十余万矣。夫岁出则浮於前，岁入则损於前，此不可不留心也。《王制》量入为出，计三年之出，必有一年之余而後可。况财用止有此数，设法巧取，不能增多。惟加意撙节，则用自足。”上嘉纳之。“)