太祖洪武三年春正月癸巳，上以王保保为西北边患，命右丞相信国公徐达为征虏大将军，浙江行省平章李文忠为左副将军，都督冯胜为右副将军，御史大夫邓愈为左副将军，汤和为右副将军，往征沙漠。上问诸将曰：“元主迟留塞外，王保保近以孤军犯我兰州，其志欲侥幸尺寸之利，不灭不已。卿等出师，当何先？”诸将皆曰：“保保之寇边者，以元主之犹在也。若以师直取元主，则保保失势，可不战而降。”上曰：“王保保方以兵临边，今舍彼而取元主，是忘近而趋远，失缓急之宜，非计之善。吾意欲分兵二道：一令大将军自潼关出西安，捣定西，以取王保保；一令左副将军出居庸，入沙漠，以追元主，使彼此自救，不暇应援。元主远居沙漠，不意吾师之至，如狐豚之遇猛虎，取之必矣。事有一举而两得者，此是也。”诸将皆曰：“善。”遂受命而行。
二月，北平守御华云龙克云州，获元平章火儿忽答、右丞哈海等。大同指挥金朝兴克东胜州，获元平章荆麟等。大同都督同知汪兴祖克武州、朔州，获元知院马广等。
夏四月，大将军徐达率师出安定。初，达师至平西，王保保退屯车道岘，达遣左副将军邓愈立栅逼之。至是，出安定，驻沈儿峪口，与王保保隔深沟而垒，一日数战。王保保发兵千余人，出间道，从东山下，潜劫东南垒，一军皆惊。左丞胡德济仓卒不知所出，达率亲兵击之，斩东南垒赵指挥及将校数人以徇，军中股栗。明日，整众出战，诸军争奋，遂大败保保兵於川北乱塚间，擒元郯王、文济王及国公阎思孝、平章韩札儿、虎林赤、严奉先、李景昌、察罕不花等官一千八百六十五人，将校士卒八万四千五百余人，获马万五千二百八十余匹，骆驼驴骡杂畜称是。保保仅与其妻子数人从古城北遁去，至黄河，得流木以渡，遂由宁夏奔和林。都督郭英追至宁夏，不及而还。保保至和林，元嗣主爱猷识理达腊复任以事。徐达以胡德济失律，械送京师，上念其旧劳，特赦之。仍遣使谕达曰：“将军欲效卫青不斩苏建，独不见穰苴之待庄贾乎？胡左丞失律，正当就军中戮之。今归之朝廷，朝廷必议其功过。彼常守信州，救诸全，皆有功，不忍即加诛。惧将军缘此缓其军法，是用遣使即军中谕意。”
五月丁酉，左副将军李文忠、左丞赵庸师出野狐岭，擒元平章祝真，进败元太尉蛮子、平章沙不丁朵耳只八刺等於白海之骆驼山。遂次开平，元平章尚都罕等降。都督孙兴祖率燕山右卫指挥平定、大兴左卫指挥庞禋，兵次三不刺川，遇元兵力战，皆没於五郎口。海宁卫指挥副使孙虎率兵至落马河，及元太尉买驴战，死之。
癸卯，李文忠克应昌。文忠率师趋应昌，未至百余里，获元骑问之，知四月二十八日庚申君已殂。文忠督兵兼程而进，遇元兵，一战败之。追至应昌，围其城，获元主孙买的里八刺并后、妃、宫人、诸王、省院达官、士卒等，宋代玉玺、金宝一十五，宣和殿玉图书一、玉册二，镇国玉带、玉斧各一，及驼马牛羊无算，惟太子爱猷识理达腊与数十骑遁去。文忠率精骑追之，至北庆州，不及而还。道兴州，降其兵民三万七千人，至红罗山，又降其兵民万六千余人。捷闻至京师，百官称贺，上命礼部榜示，凡经仕元者不与。又以庚申君不战而奔，克知天命，諡曰顺帝。上又自为祭文曰：“生死废兴，非一时之偶然，乃天地之定数。古之圣贤，於是四者一或临之，不为之变，何也？盖知天命而不惑者也。君之祖宗，昔起沙漠，弯弓矢，入我中国，横行天下，九彝八蛮，尽皆归之，非天命不至此。及君之父子，正当垂衣守成之时，而盗生汝、颍，华夏骚然，号令不行，以致失国。此人事欤？天道欤？朕於其时，非有三军六师以威天下，乃代君家而为民主，亦莫非天命也。曩者，君王沙漠，朕主中国。君与群臣乃固执不移，致边警数兴。今闻君没於沙漠，朕用恻然。特遣人致吊，奠以牲醴，以享尔灵，尔其鉴之！”
六月，李文忠遣人送俘获元诸王买的里八刺等及其宝册至京师，省臣杨宪等请以买的里八刺献俘於庙，宝册令百官具朝服进。上曰：“宝册贮之库，不必进也。古者虽有献俘之礼，武王伐殷，曾用之乎？”宪对曰：“武王事殆不可知，唐太宗尝行之。”上曰：“太宗是待王世充，若遇隋之子孙，恐不行此礼。元人入主中国，百年之内，生齿甚繁，家给人足，朕之祖先亦预享其太平。虽古有献俘之礼，不忍加之，只令服本俗衣以朝。朝毕，赐以中国衣冠，就令谢恩。”复谓宪曰：“故国之妃，朝於君者，元有此礼，不必效之，亦令衣本俗衣，於中宫朝见。见毕，赐中国之服，亦令谢恩。”
乙亥，买的里八刺朝见奉天殿，其母及妃朝见坤宁宫，俱赐以中国服，及赐第宅於龙山，封买的里八刺为崇礼侯。
丁丑，颁平定沙漠诏於天下，仍遣使齎诏谕安南、高丽、占城。是日，百官表贺，上谕之曰：“当元之季，君则晏安，臣则跋扈，国用不经，徵敛日促，天怒人怨，盗贼蠭起，天下己非元有矣。朕取天下於群雄，非取天下於元氏。向使元君克畏天命，不自暇逸，其臣各尽乃职，罔敢骄奢，天下豪杰其得乘隙而起耶！”遣使诏谕元宗室部落臣民。
元宗室四大王初遁入静乐岢岚山中，结寨自固。至是，率众寇武州，太原指挥程桂等击败之。追至龙尾庄，四大王遁走，获其三大王脱忽的帖木儿送京师。
乙酉，左副将军邓愈招谕吐番，元陕西行省吐番宣慰使何锁南普诣军门降，镇西武靖王卜纳刺亦以吐番诸部来降。追元豫王至西黄河，抵黑松林，杀阿撒秃乾。於是河州以西，甘朵、乌思藏等部皆来归，征哨极甘肃西北数千里始还。九月，命指挥韦正守河州。正初至河州，城邑空虚，人骨山积，将士见之，咸欲弃去。正语之曰：“正受命率公等出镇边陲，当不避艰险，报国恩。今既至此，无故弃去，一旦遂生戎心，其谁御之？吾与若等死亡无地，妻孥不得相保，毋宁死於王事乎！”於是众感激如命。正日夜抚循军民，河州遂为乐土。
冬十一月壬辰，大将军徐达、左副将军李文忠等还至龙江，车驾出劳於江上。
四年春正月，命魏国公徐达往北平训练军士，缮治城池，给守边将士衣。
二月甲戌，元辽阳守将平章刘益降。先是，遣断事黄俦诏谕辽阳诸处官民帅众归附，益遂以辽东州郡地图并籍兵马钱粮之数，遣右丞董遵、佥院杨贤奉表来降。诏置辽东卫指挥使司，以益为指挥同知。未几，元平章洪保保、马彦翬共谋杀益。张良佐、房暠复擒彦翬杀之，保保走纳哈出营，辽东之众因推良佐、翬权卫事。至是，良佐以闻，并遣使贡马，上元所授印章、宣敕、金牌，献贼杀刘益逆党，仍上其事於中书省曰：“本卫地方辽远，僻处海隅。肘腋之间，皆为敌境。元平章高家奴固守辽阳山寨，知院哈刺张屯驻沈阳古城。开元则有丞相也速之兵，金山则有太尉纳哈出之众，彼此相依，互为声援。今洪保保逃往其营，必有构兵之衅。乞留断事吴立镇抚军民，先将逆党八丹、知院僧儿械送京师。”诏以良佐、暠为辽东卫指挥佥事。
魏国公徐达徙北平山後之民三万五千八百户散处卫府，籍为军者给衣食，籍为民者给田以耕，凡已降而内徙者三万四千五十六户。寻命达自北平往山西操练士马。
秋七月，辽东卫奏元纳哈出据金山为边患，遣黄俦齎书谕之曰：“比者元纲解纽，红巾起於汝、颍，群盗遍於中原，僭名号者继出。小明王称帝於亳，徐真一称帝於蕲，陈友谅称帝於九江，张士诚称王於姑苏，明玉珍称帝於西蜀。拥兵数万，割据中原，垂二十年。朕本淮民，为群雄所逼，集众渡江，与将军会於太平，比待他俘，特加礼遇。且知将军为名家，特释北归，今又十七年矣。朕见群雄无成，遣兵四出，北平中原，南定闽、粤，东取方氏，西收巴蜀，四帝一王，皆为俘馘，元君奔亡，华夏悉定，此天命非人力也。近闻将军居金山，大张威令。吾兵亦守辽左，与将军旌旗相望。将军若能遣使通问贡献，姑容就彼顺其水草，自守一方。不然，大厦将倾，非一木可支，衅之後先，惟将军自思之。”俦至金山，纳哈出拘留不还。“)