六年，授翰林院侍讲，转侍读；晋右春坊右庶子，充日讲起居注官。八月，转左。上以俄使布策将来，饬廷臣统筹全局。之洞疏陈前此七失及讲法、备法之要。九月，曾纪泽要布策回俄订议。之洞恐议约不慎，全局受亏；乃上疏曰：“俄使为我追回，若不开诚决计、速为定局，令其挟忿重来，是怒敌国也。既无分别轻重、简约易行之策，又无不畏决裂、准备一战之语，徒令使臣吐茹不得、刚柔皆非，是窘使臣也。然使臣多执成见，但论界务、不争商务，若不予限制、不授机宜，必致逞臆率定，一翻不能再翻，是误国事也。今曾纪泽再议，必承该使臣五条上文而言。查原议五条，本有难解。内祗索还伊犁全境一条为要，务为实争；其余已属次等，措词又甚浮游。如领事暂缓一条，即言“暂”字，终归必设，是名争而实不争也。如天山两路不全免税一条，将来新疆各城但纳税一两处，即为如约，是争其所不必争也。如塔、喀边界派员议定一条，空言议定，并未言分界限以何处，是竟以不争强称为争也。如哈、巴、古三城一处留货一条，尤为屑琐，本非十八条之一，是虽争尚不如不争也。试思伯都讷、西安、汉中既许通商，张家口既许设栈，内地近畿畅行无阻，而于关外沙漠计较留货之区，亦颠倒之甚矣。
大抵曾纪泽之意，既苦俄人强横、又复偏执己见，于最要者止争伊犁全境一条，而以四条或不关紧要、或并非实争者搪塞充数，名为五、实止一耳。虽俄人概允，我已大失便宜。况布策追回，譬如贾人出门，我后招之使返，必须增价无疑；可知曾纪泽此次必至降格相就。据彼外部来文，伊犁割地，俄志甚坚；即使布策十分通融，极之准改其四、亦必不允其一。然则，伊犁全境终不可得矣。夫曾纪泽即有五条，不权轻重之上文失言于前日，又有总署八月八日“漫无限制”之电寄横亘于胸中，将来转圜结局，不过新疆俄商稍有一多处纳税而已。夫以中外大局扰攘近一年、徵调半天下，九重怨、群臣争，再遣行人、六下廷议，而究竟止归于争得边外区区一两处税银而止。以言实，则大伤；以言名，则不正。天下万世，将谓之何？臣谓彼既有不强概允一言，正可就此与之力争要着。此时必宜速敕曾纪泽扫除前文，从新另议；注意重务，专力筹商。除其他各条应由使臣相机辩驳外，窃谓西、汉通商一节，尤为大利、大害之所关。臣上年十二月第一疏已经备陈，而大学士左宗棠覆奏疏中病国、病官、病商、病民诸说，尤为详尽。至于目前维持，臣已两疏陈有减税、招商，中、俄两利之策。此时与俄人辩论，但当以华商生计为言。盖新疆贾贩本皆西商，今准俄贸易、准俄免税，则山西、甘肃数省之商民于关外已无所获，何忍并此而夺之？查张家口、恰克图一路旧有茶商二十八家，利息丰盛；自咸丰季年俄商盛行，存者止三家耳。西、汉若引入俄商，吾民生计尚堪设想哉？捐关外之利予俄商、留关内之利予华民，可谓极宽、极让、极和、极平；俄人于他条所得已多，于此条亦复有利，何至决裂？就令敌国不顾情理，使臣何忍不一启口乎？尝读同治六年九月故大学士曾国藩覆奏豫筹条约疏有云：“总就小民生计，与之切实理论；自有颠扑不破之道。如果洋人争辩不休，尽可告以即使京师勉强应允，臣等在外亦必以全力争回；即使臣工应允，而中国亿万小民穷极思变与彼为仇，亦断非中国官员所能禁止。中国之王大臣为中国之百姓请命，不患无辞置辩。甚至因此决裂，而我以救民生而动兵，并非争虚仪而开衅；上可以对天地列圣、下可以对薄海苍生，中无所惧、后无所悔”等语；又云：“害我百姓生计，当竭力相争。不设抵制之词、不用严峻之语，但以诚意动之，始终不可移易；彼知理直不可夺、众怒不可犯，或者至诚所感，易就范围”等语。纵枢臣以臣为书生之见，独不思左宗棠固尝连篇累牍而上陈乎？纵使臣以臣为不晓洋务，独不思其父曾国藩固尝痛心切齿而力争乎？伏请敕取左宗棠、曾国藩两疏上呈御览，令诸臣等一再思之！至如松花江行船一条，曾纪泽本有提开缓议之说；即不能争，亦当姑置勿议，免致说断，无可转移。如伊犁全境一条，即不能争，亦当与俄人婉商，酌分南境，为中国留一南通八城之路，免致弃伊犁孤城为绝地。如领事一条，则乌里雅苏台、科布多两处尤要。我之防兵稀少，一设洋官，数千里蒙古尽为彼用。即不能全争，亦当择此切迫老实力阻止，免致以一“暂”字，自伏祸胎；即或智穷势迫，此三端必不能争，而西、汉一节，断不可让。闻曾纪泽之意，目前着重专在伊犁全境；然臣谓万一彼此相持、和议难成，中国可为商民生计而兴兵，亦不值为伊犁属地而决裂。轻重之权，此亦易晓者也。窃谓事势至此，补救将穷。限期一展，不能再展；敌使一追，不能再追。枢臣因惶惑而全无定衡、使臣执己见而不度利害，使臣既以当争者为不必争，枢臣又不肯筹一审敌情、箝敌口之法以指授使臣，则虽争、亦如不争！若再不乘此数日未定之转关，力争此一线实在之利害，臣不知枢臣、使臣谆谆渎请颁国书、释崇厚、结五案、展限期，卑逊包荒无微不至，所为者果何事也！臣诚迂陋，亦知相时势；谅使臣独以区区愚诚，所见不敢不争、有言不敢不尽。惟圣明垂察焉“。乃又附陈西防、东防、津防、选将、筹兵之事，且言”即使俄人与我无衅，而以后朝鲜之防势不能已，尤冀庙谟广运，于东防将士，早为筹画周密，以固陪京。目前应急之计，止可徵调南军；若计久长，则关外征防，总以选练北将、北兵为上，南兵断不相宜“。识者尤服其老成先见云。之洞前后疏凡七、八上，卒改前约，还伊犁。
七年，升侍讲学士；疏陈御倭、御俄事宜。六月，擢内阁学士，兼礼部侍郎衔。以星变，奏陈修政之要，曰用人、曰言路、曰武备、曰禁卫四端。又以封疆重寄，未可虚悬，请定疆臣，以安边圉。
十一月，授山西巡抚。山西当大祲后，民物凋敝，度支益艰。之洞至，考究一切利病源委，首劾护理巡抚藩司葆亨、代理布政使冀宁道王定安虐民縻费、诛求属吏诸款，纠治吞振之官十数员，举廉明者五人。疏言：”国之元气，在户口蕃息、田野垦辟、政事有纲纪、经赋无侵盗，而聚歛、吝啬不与焉；民之元气，在官吏无苛扰、四民无游惰，而末富、奸利不与焉；官之元气，在官项无亏累、上司无诛求、贤否不颠倒、功过有黑白，而滥恩、曲法不与焉。晋省历年以来，公私困穷，几乎无以自立；物力空匮、人才艰难，上官政出多门、属吏愍不畏法，民习颓惰以蹙其生、士气衰微而废其学，军律日即荡弛、吏胥敢于为奸；譬如尫羸之躯，而复为百病诸创之所攻削，固非表里兼治不可。晋省要务，约有二十事：责垦荒、清善后、省差徭、除累粮、储仓谷、禁莺粟，务本以养民也；减公费、裁摊捐，养廉以课吏也；结交代、核库款、杜吏奸、理厘金、救盐法，去蠹以理财也；开地利、惠工商，辅农以兴利也；培学校，重士以善俗也；纾饟力、练主兵、遏盗萌、修边政，固圉以图强也。凡此，皆儒术经常之规，绝不敢为功利操切之计。其前八事，谨于此次分别陈请办理；其余，容详加规画，陆续奏陈“。时议者多持莺粟不宜禁之说，复上疏力陈其害：仿天津立戒烟局，延医购药，官生将卒勒限自新，以明赏罚。泽潞、平盂等处旧有土铁出洋之禁，为奏开之；并除民间岁输官铁、潞紬之累。设局清厘道光至光绪数十年库款，积弊一清。之洞尝欲开垦边外七厅蒙地，为兴屯练兵之计；适擢粤督，未竟其事。继者踵其法，大举兴办，实之洞首倡之也。初，户部函咨各省议增京官津贴。之洞以其数太少，请增之；并请筹政府言官公费。且云山西虽褊小，愿视大省。户部既不肯加，而又以此项津贴改充京饟；之洞力阻之。谓此事关系人才、吏道，断不可废；朝令夕更，亦非政体。如必提充京饟，请愿照数别筹为京官津贴；权其轻重，所得为多。疏入，执政愧之，不果行。”)