卡斯特利奥就上述控告为自己进行辩护是很容易的吗？博登斯丁的热心过了头，他控告卡斯特利奥的罪状竟是矛盾百出，其荒谬是很明显的。何况在巴塞尔，每个人都知道卡斯特利奥为人无可指责。结果被告不是象塞维特斯那样，立即被逮捕、锁上链、坐进牢、被粗暴地对待，而是作为一个大学教授，应传到评议会对指控进行答辩。
他宣称（事实如此）原告博登斯丁是一个被利用的稻草人。他坚持加尔文和德·贝齐是这一控告的真正教唆者，必须亲自出庭。“由于他们如此恶毒地攻击我，我真诚地请求你们给我为自己辩护的机会。如果加尔文和德·贝齐行为诚实，让他们出庭来证明他们控告我所犯的罪行吧。如果他们相信自己做对了，就没有理由害怕巴塞尔的法庭。因为，他们轻而易举地就在整个世界面前攻击了我……我知道，我的原告人是有权有势的，但上帝同样是非凡的，他对人审判不因人的地位而异。我知道自己是一个无名之辈，地位低微，比较不为人知。但上帝注视着低微者，如果低微者的鲜血因不公正而流出，他会要求赎罪的。我承认法庭的裁判权。我宣告，如果我犯了任何一条被控的罪行，我当用头颅作抵。”
面对如此坦率的要求，加尔文和贝齐不愿照办。他们不出席巴塞尔大学的评议会。看来这恶毒的控告将归于失败了。但卡斯特利奥的敌人们却突然得到意外帮助。出现了一些事情灾难性地支持了怀疑别人是异端的人，他们认为将卡斯特利奥与异教徒联系起来对己有利。一件怪事被揭发了。有一个富有的外国人，表面上出身贵族，在巴塞尔行政区宾宁根的别墅住了二十多年。人们都知道他是琼·达·布鲁格斯。他在资产阶级圈子里深受敬爱。他死于一五五六年，巴塞尔人倾城出动参加了大规模的葬礼。灵柩安放在圣·伦纳德大教堂的地下室。很多年过去了，一个几乎不可信的消息开始流传。它断言这卓越的外国人不是贵族或商人，而是一个不名誉和被剥夺了公民权的大异端，《奇书》一书的作者大卫·乔里斯。当屠杀再洗礼教徒时，他神秘地从佛兰德失踪了。当巴塞尔人听到，他们在此人生前死后都给予如此殊荣的，却是一个真正信仰的敌人！在大为羞愧之余，为赎回他们对骗子的好客和信任，当局庄严地审判了那早已死去的罪犯。异端的尸体被挖掘，腐烂的碎片在广场的断头台上悬挂了几天。之后，连同一大批异端著作，在巴塞尔市场焚烧了。数千观众目击了那可厌的场面。在这中间，当然有卡斯特利奥，他和大学里其他的教授们并肩站在一起。试想象一下他的感受吧。大卫．乔里斯在流亡巴塞尔期间，同卡斯特利奥结成了亲密的友谊。他们曾共同携手，试图救助塞维特斯。看来乔里斯是马蒂纳斯．贝利奥《论异端》匿名作者的一员。这一点多半已可肯定，卡斯特利奥从来不曾相信过那宾宁根别墅的居民会是普通的商人，象那流亡者自称的那样。他必定从一开始就知道自称是琼·德·布鲁格斯的真姓实名。无论如何，在实际生活中和在著作中都表现出宽容的卡斯特利奥是永远不会扮演告密者角色的，也不会拒绝向一个人伸出友谊之手，虽然乔里斯已被全世界的教会和地方当局所驱逐。
卡斯特利奥和那最臭名昭彰的再洗礼教徒可疑关系的被揭露，在一个不适当的时候支持了加尔文主义者的告发。很明显，卡斯特利奥事实上是某个大异端教徒的保护人和恩主，那么为什么他不会是所有异端的保护人呢？祸不单行，与此同时有人提出证明，说卡斯特利奥同另一邪恶的异端伯纳迪诺·奥基诺过从密切。此人一度是天主教方济各会的修士和卡浦金斯的代理主教，因布道而在全意大利享有声誉。奥基诺被宗教法庭革出教门，亡命瑞士。但即使在那儿，在他成为改革教会的牧师以后，也因其观点的进步性质而引起了惊诧。特别是他最后的一本书《三十次对话》包括了对《圣经》的一种解释，是在新教徒世界被当作为渎神的。因为伯纳迪诺·奥基诺引用了摩西律，认为多妻制（虽然他还不敢建议）在理论上是可以接受的，而且《圣经》是认可的。
这一本书是卡斯特利奥从意大利文译为拉丁文的。它采纳了上述诽谤性的论点，表达了其它许多正统教会认为是不能容认的观点。这异端论文是以拉丁文形式付印的，因此，卡斯特利奥无疑要对扩散那最“可憎”的观点负责。对奥基诺已经提出了诉讼，在当前的情况下，翻译者自然而然地被当作是同伙，该受到与那意大利作者同样的谴责。就这样，加尔文和德·贝齐不间断地含糊地指出，卡斯特利奥是最危险异端的中心。这一断言，因卡斯特利奥和大卫·乔里斯、伯纳迪诺，奥基诺亲密关系的被揭露而被大为肯定。不能再指望巴塞尔大学会继续对这样的人伸出保护之手。卡斯特利奥的案件在审判开始前就已经输掉。
一个提倡宗教宽容的新教徒，能指望从当时主张不宽容的人那里得到什么呢？卡斯特利奥从他的朋友伯纳迪诺·奥基诺的下场想必该知道了——虽则后者直到卡斯特利奥去世，他的罪还没有受够。奥基诺一度是从意大利到苏黎世避难的牧师。他被苏黎世驱逐出境，当局甚至不同意他延期的恳求。他已七十六岁，贫困，新近丧妻，但没有人怜悯他的不幸。虔诚的神学家们乐意让他携带着他无辜的孩子们重新流亡。时值隆冬，山路积雪。他的敌手们认为情况越坏越好。如果那不幸的老人死于路边，他们会感到高兴。喔，他总得在世界的什么角落找一个栖身之所。那些放逐他的狂徒们决定在路上设置种种困难，免得好心人过份向他和他的孩子们供应温暖和庇护所。他们赶在他前头写信，警告那些好心的基督教徒，要将这样一个不幸的人拒之门外。他一定要受到象麻疯病患者那样的待遇。年老的学者象一个乞丐似的离开瑞士。在雪中挣扎上路。夜宿厩棚。他掉头向北，横穿德国到纽伦堡。那里的新教徒们也对他进行了警告，但允许他住一段时间。他最后的希望是能在波兰找到一些好心人，能给他和他的孩子们以生计和庇护所。但即在波兰，不宽容分子对他也太过份了。他逃到摩拉维亚，在一五六四和一五六五年之交，在赤贫中死去。他象乞丐一样被埋葬在一个被遗忘的坟地里。
卡斯特利奥开始知道他的朋友奥基诺所遭受的长期苦难中的较早一段，他知道自己也可能会有同样的下场。他将作为异端而被审讯。他本人唯一的罪行是太仁慈。在如此普遍不人道的时代里，他不能期望人道，又不能期待同情。塞维特斯的保护人也有可能遭到塞维特斯同样的命运。十六世纪的不宽容已把扼杀者的手卡在最危险的人——主张宽容的使徒的喉咙上了。
但是，很幸运，那些狂徒们所盼望的至高无上的胜利——亲眼看到塞巴斯蒂安·卡斯特利奥在监狱里，在流放中或在火刑柱上毁灭，却未偿所愿。死亡把卡斯特利奥从残酷的敌人手中拯救了出来。由于长期过劳他强健的体格被损坏了。他已无力去抵抗那么多的忧患，那么大的激动了。一直到最后，他勇敢地，虽然是徒劳地作战着——在大学里，在书斋里，他一直继续斗争。最后他被迫卧床。他得了不能控制的呕吐症，直到他负荷过重的心脏停止跳动为止。一五六三年十二月二十九日，塞巴斯蒂安·卡斯特利奥逝世，卒年四十八岁。诚如一个同情他的朋友在一切都过去以后所说的那样：“靠上帝赐助，把他侥幸地从敌人的魔爪下夺了回来。”
他的死结束了那场诽谤的战役。他的同胞们最后终于认识到，在保卫巴塞尔市最高尚的人方面，他们是何等的不热情，但一切都为时已晚了。他财产之少说明了这伟大的学者是何等的贫穷，屋子里没有留下一小块银器碎片。他的朋友们得提供丧葬费，代他还清零星债务，扶养他的孩子们。就象作为无耻的异端控告一事的补偿那样，卡斯特利奥的葬礼是道德的胜利。在他被控告为异端以后，那些胆怯地避之唯恐不迭的人，现在急于要表明他们是何等爱他和尊敬他。葬礼中灵车后面紧跟着大学里所有的成员，灵枢由学生们扛到教堂，葬在地下室。三百个学生捐款立了一块墓碑，上面镌了这样的铭词：
“献给我们著名的导师，感谢他渊博的知识和纪念他纯洁的一生。”“)