塞维特斯从狱中逃出几个月内，踪迹杳然。直到八月的一天，他骑了一匹租赁的马进入日内瓦，在罗斯出现，在此之前我们不可能了解这被追猎的人忍受了何等艰辛；我们也不可能查明为什么塞维特斯会恶煞星当头竟到日内瓦寻求避难所。他是打算住一宵，继续坐船穿过湖上逃亡吗？或者，既然通信已经无效，他是希望同他最大的敌人通过私人谈话实现和解吗？或者，他日内瓦之行是那些神经过度紧张的病人特征性的一项愚蠢行为吗？那些身处绝境的人随随便便地、不认真对待危险的现象是司空见惯了。我们不知道。也许我们永远不会知道。官方报告对日内瓦发生了什么事讳莫如深，也没有解释，为什么塞维特斯会到只能指望从加尔文身上得到最坏结果的地方去。
但是那不幸的流亡者甚至作出了更愚蠢、更富有挑战性的事。他到日内瓦的当天，一五五三年八月十三日星期日早晨，参加了圣皮挨尔大教堂的礼拜，当时所有加尔文派教徒都在那里聆听加尔文布道。加尔文是认识塞维特斯的，因为很久以前两人都在巴黎求学。对这样的行动，无法作合理的解释，除非是因为某些神秘的冲动；某种就象毒蛇的牺牲品因受蛊惑自行走向毁灭一样。
在一个人人皆为密探的城市里，陌生人不可避免地会引起所有人的注意。加尔文一眼看出那贪食的狼正混在他虔诚的羊群中，于是不动声色地对他的奴才们下命令。塞维特斯刚离开教堂就被逮捕。一小时内他就被锁了起来。这一逮捕既违反国际法，也违反世界各地所普遍接受的好客的习俗。除非在日内瓦犯了法，塞维特斯不属那城市裁判权管辖。他是一个外国人，一个西班牙人，刚刚到达，没有犯罪足以构成被捕。他的书的完稿和付印都在域外，他异端的观点未能加害于任何虔诚的日内瓦人。此外，一个“上帝旨意的传道者”在没有对一个人提出控告时，没有权力下令对一个人加以逮捕和戴上镣铐，从任何角度看待这一事件，加尔文逮捕塞维特斯是一桩不能容忍的独裁行为，它公开蔑视法律和条约，只有拿破仑逮捕和杀害达克·廷因才能与之相比，在这一案件中，就和那一案件一样。逮捕之后不是进行正常合法的审讯，而是非法杀人。
在没有对他提出任何控告的情况下，塞维特斯被捕入狱了。当然接下去就一定要捏造一个罪名。让那个曾教唆逮捕塞维特斯的人（加尔文自己承认“受我怂恿”）来担任塞维特斯案件的原告岂不合乎逻辑？但日内瓦法律是值得称道的，它不鼓励告密者。法律规定，任何控告别人犯罪的自由市民也要被拘留，直到他能证明他的控告是正确时才能获释。因此，加尔文如果控告塞维特斯，就把自己摆在听凭法庭发落的地步。这位日内瓦的神学独裁者不欣赏这一前景。如果市行政会宣布塞维特斯无罪，如果加尔文由于提出了一个查无实据的控告而被继续关押的话，他就会处在一个倒霉的位置上。这对他的威望是何等的打击，这对于他的对手是何等的胜利。加尔文一向是讲策略的，他指派了他的秘书——或厨子——尼克拉斯·德·封丹担任这吃力不讨好的原告。可尊敬的尼克拉斯在递交了一份罗列了二十三条罪状的诉状（一份自然由加尔文搜集罗列的文件）之后，默默地替代其主子进了监狱。这是一幕可怕的悲剧演出前的一出开锣喜剧：在严重违反法律之后，把事件合法地装扮起来。塞维特斯被审讯时，向他大声宣读了包括各项罪状的起诉书。塞维特斯的口答冷静锋利，因为长期的监禁并没有破坏掉他的能力。他逐点反驳了指控。例如，在回答他在著作里攻击加尔文的指控时，塞维特斯宣称，这是搞错了，因为攻击是加尔文一方开的头，而塞维特斯所做的只不过回答加尔文并非一贯正确罢了。如果加尔文控告他顽固地坚持某个论点，他可以回答说，加尔文的顽固并不亚于他。加尔文和他之间的所有差别，是对某些神学事务的观点不同。这些与世俗的法庭一无关系。如果加尔文依然逮捕他的话，这纯粹是出于恶意。新教的领袖早已向罗马法庭控告了他，如果这个上帝的传教士得逞的话，他（塞维特斯）早就被烧死了。
塞维特斯论点的合法性是如此的不容置疑，以致于市行政会的总的基调对他非常有利。看来很可能除一纸放逐的命令外，不会有更严酷的决定了。但加尔文听到了事情将对塞维特斯有利的风声。他害怕他的受害者最后会滑掉。八月十六日，那独裁者在市行政会上出现，不介入的伪装就此结束。他露出了真相，不再否认他是塞维特斯的起诉人。他以“这样，被告可以更好地认错”为借口，请求市行政会休会，去参加以后的审讯程序。伽尔文真正的目的显然是希望强行施加影响以防止受害者逃脱。
从加尔文独断独行地对被告与法庭进行干涉这一刻起，塞维特斯的案子就输定了。加尔文，一个训练有素的逻辑学家和一个有学问的法理学家，远比他的仆人德·封丹更能击中所指控的要害。塞维特斯的信心动摇了。那西班牙人明显地泄气了，他的仇敌现在坐在法官们中间，向他提出一个又一个的问题；加尔文冷酷、严厉，假装不动声色，那要置被告于毁灭的铁定的决心使塞维特斯觉得冷到骨髓。这失去保护的人渐渐变得烦躁、神经质、放肆、悲哀和恼怒。他不是平静地坚持他的合法立场，不是坚持作为一个外国人，除非破坏了日内瓦的法律，否则不受本城司法裁判权的管辖。他听任加尔文诱使他将话题转到是否背叛了神学的争论上来，这样就为控告他为异端提供了大量的证明。因为，甚至他的一个论点，诸如魔鬼同样是上帝的物质的一部分，就足以使那些虔诚的市行政委员们震颤。当塞维特斯哲学上的虚荣心当众受到侮辱，他在这些最棘手的和最危险的问题上就使用了最宣言不讳的措词；他忘记了市行政委员们不是能干的神学家，而在他们之前毫不相干地对真理进行了阐述。他非凡的辩才，急于要进行争论，使法官们都怀疑起他来了。这个外国人眼睛发光，双拳紧捏，对新教教会的教义吹毛求疵。他们越来越倾向于加尔文的观点：他肯定是一个危险的精神秩序的破坏者，很可能是不可药救的异端。对他进行彻底的审讯，不管怎么说总是一件好事。法庭决定他须继续关押，却释放了原告尼克拉斯·德·封丹。加尔文达到了日的，他很快活地写信给一个朋友：“我希望他将被处死刑。”
为什么加尔文那样急切地要判处塞维特斯极刑呢？为什么他不能满足于比较有节制的胜利，象放逐他的敌人出境或诸如此类的侮辱呢？加尔文憎恨卡斯特利奥和一切反对他独裁的人并不亚于塞维特斯。他憎恶其它一切用不同于他所倡导的方法去教育别人的尝试。憎恨是此人暴虐气质的本能。因此，如果他特别恼怒塞维持斯，并希望在这特殊时刻采取极端措施，那么他的动机不是出于私人的而是政治上的。他权威的叛逆，这个米圭尔·塞维特斯要成为加尔文正教的另一敌手的替罪羊。此人，以前的天主教多明我会的修士希罗尼马斯，波尔塞克，加尔文也曾试图作为一个异端而加以消灭，但使他极为恼火的是波尔塞克竞滑过去了。波尔塞克是受到日内瓦上层显贵普遍尊敬的私人医生，曾经使用伊拉兹马斯用于反对路德的论点，公开攻击加尔文教诲中最薄弱最脆弱的环节——宿命论的僵死教条。上帝，作为一切善行的本源，会有意地、心甘情愿地促成人类去干那些最卑劣的勾当：宣布这两个人（路德和伊拉兹马斯）都是“异端”，这是决不可能的。大家都知道伊拉兹马斯的论点怎样激怒了路德，那宗教改革最著名的斗士的；这位骂人的大师是怎样滔滔不绝地、放肆地辱骂那年长的圣人的。但即使粗暴、坏脾气和极端如路德，依然通过引证逻辑上的理由来反对伊拉兹马斯，从来没有想到过因向他的宿命论教义挑战而强拉伊拉兹马斯到一个世俗的法庭。加尔文以他的一贯正确狂，把每一个敌手都当作异端来对待。在他看来，反对他的宗教教义就等于叛国。因此，他不是以神学观点来答复波尔塞克，而是把他的批评者打入监狱。“)