治承元年五月五日，延历寺的天台座主明云大僧正被取消参加朝廷法会的资格，又派藏人为特使，到延历寺收回寄放在那里的如意轮观音像，并撤销了他的天皇护持僧职务；检非违使厅也派使者对明云大僧正进行审问，指斥他是这次抬神舆、冲宫禁的罪魁祸首。据说在加贺国有座主的私人地产，国司师高曾经予以没收，因为有了这种宿怨，所以明云大僧正和僧众商议，抬出神舆去争讼。这件事给朝廷带来了麻烦，西光法师父子又在法皇面前大进谗言，后白河法皇遂大为震怒。外边纷纷传说要对祸首严加惩办。明云知道法皇对他不满，便奉还了印钥，辞去了座主之职。同月十一日鸟羽天皇的第七皇子觉快法亲王被任命为天台座主，他是青莲院大僧正行玄的弟子。同一天，原座主明云正式解职，检非违使派去二个人，对明云的住所进行监视，在他的井上加封，灶中泼水，使其遭受断水停炊的苦难。后传闻僧众又要大举进京，京里又起了一番波动。
同月十八日，太政大臣以下公卿十三人应召进宫，在议政殿评议前座主的罪行。八条中纳言藤原长方，那时还是左大辨兼宰相，位在末座。他上前说道：“依照明法博士的判决书，应判死罪减一等，处以流放。但是，明云大僧正显密兼修，净行持戒，献《大乘妙经》于朝廷，奉菩萨净戒于法皇，是圣上的经师和戒师。如果判以重罪，大概有违佛菩萨慈悲之意，因此，还应该仔细斟酌一番。”他直言不讳地陈述了意见。在座的公卿都表示同意，但法皇盛怒未息，坚持定为远流。太政入道清盛公也进宫来，想为此劝谏一番，但法皇以伤风为由，不予召见，于是入道公就怏怏不乐地退了出来。僧侣获罪，照例要收回度牒，使其还俗，因此明云座主就改用了俗名，称为大纳言大辅藤井松枝。
这位明云大僧正是村上天皇的七皇子，具平亲王的六代孙，久我大纳言显通卿的儿子。他的确是举世无双的大德，天下第一的高僧，深受君臣上下人等的尊敬，并兼任天王寺和六胜寺的别当。但阴阳寮的长官安倍泰亲曾指责他说：“学识那么渊博的高僧却取名为明云，真是难以理解，上面日月同放光辉，底下却有云翳遮掩。”仁安元年二月二十日，明云被任命为天台座主。三月十五日举行仪式，座主登山叩拜中堂的本尊，当他打开中堂的宝藏时，在各种各样的宝物中发现了一个一尺见方的箱子，用白布包着。一生不犯戒律的座主打开看时，见里面有黄表纸的书一卷。其中有传教大师写下的未来座主的名单。他看到写着自己名字的地方，便不再往下看了，按照惯例，应当卷好收起来，明云当然便照办了。象他这样尊贵的人，前世的宿孽也难于幸免，真是可悲的事。
五月二十一日，定下流放地点为伊豆国。人们虽然多方调解，但因西光父子一味大进谗言，终于决定了流放之刑。到了放逐出京的日子，押送的差人便前往白河僧院催行，僧正洒泪出了僧院，移居于粟田口附近一切经谷的一座草庵里。山门的僧众一致认为：“我们的最大敌人就是西光父子。”于是将他们父子的名字写下来，放在根本中堂内十二神将之一金毗罗大将的左脚底下踩着，并且大声诅咒道：“十二神将，七千夜叉，请即刻结束了西光父子的命吧！”这情形实在可怕。
同月二十三日，明云从一切经谷的草庵动身，前往流放地了。过去担任要职的大僧正，现在却被差役押解着，限令当天离开京城，过了逢坂关，向东走去，明云这时内心的悲伤是可以想见的。到了大津的打出滨，回头望去，比睿山的文殊楼顶端依稀可见，僧正不待看第二眼，便已热泪盈眶了。山门里有不少大德高僧，却只有当时身为僧都的澄宪法印与明云依依惜别，特地伴送他到粟津，才告别回去。僧正被他的深厚情意感动，特将秘藏心中的一心三观血脉相承的奥旨传授给他。这是由释迦佛尊、波罗奈国的马鸣菩萨、南天竺的龙树菩萨依次传下来的。日本国是远离