二十三年十一月，俄以德占胶州湾为口实，命西伯利亚舰队入旅顺口，要求租借旅顺、大连二港，且求筑造自哈尔滨至旅顺之铁道权。十二月，俄以兵入金州城徵收钱粮，阻之，不省。乡民聚众抗拒，俄人遂于貔口枪毙华民数十。奉天将军依克唐阿以闻，命出使大臣杨儒迅与俄人商办，议久不决。俄皇谓许景澄曰：“俄船借泊，一为胶事，二为度冬，三为助华防护他国占据。”景澄再与商，不应。二十四年二月，命许景澄专论旅、大俄船借泊及黄海铁路事，俄以德既占胶州，各国均有所索，俄未便不租旅、大。又铁路请中国许东省公司自鸭绿江至牛庄一带水口择宜通接，限三月初六日订约，过期俄即自行办理，词甚决绝。既而俄提督率兵登岸，张接管旅、大示，限中国官吏交金州城。中国再与交涉，俄始允兵屯城外。遂订约，将旅顺口及大连湾暨附近水面租与俄。已画押遣员分勘，将军伊克唐阿以“附近”二字太宽泛，电总署力争，谓金西、金东各岛，离岸一二十里、三四十里不等，谓之“附近”尚可，至索山以南庙兒七岛，近者三四十里，远者二百馀里，在山东登莱海面，非辽东所属，不得谓之“附近”。争之再三，俄请将庙群岛作为隙地，免他国占据。总署告以中国但可允认不让与他国享用并通商等利益，不能允作隙地，致损主权。俄人又请允许立字不设砲台、不驻兵。总署仍与力驳，不省。久之，始允照中国议，删去“作为隙地”及“不设砲台”等语；复于专条庙群岛下增缮“不归租界之内”字，而金州东海海阳、五蟒二岛仍租俄。
七月，出使大臣许景澄、杨儒与东省铁路公司续订合同。初，中、俄会订条约，原许东省铁路公司由某站起至大连湾，或酌量至辽东半岛营口、鸭绿江中间沿海较便地方，筑一枝路，未行。至是与议，许景澄与俄外部商明枝路末处在大连湾海口，不在辽东半岛沿海别处，列入专条订合同。俄人嗣以造路首重运料，拟照原合同所许各陆路转运之事，订定暂筑通海口枝路暨行船办法，并自行开采煤矿木植等事。许景澄等以原合同第一款，载明中国在铁路交界设关，照通商税则减三分之一，此系指陆路而言，今大连湾海口开作商埠，货物来往内地，竟援减徵税，恐牛庄、津海两关必致掣碍。至内地与租地交界，视中俄两国交界有别，设关处所亦须变通，拟改定专款。俄人尚欲并开各矿产，拒之，并议限制转运开采各事。又商加全路工竣年限，俾暂筑枝路届期照拆。凡七款：一，枝路名东省铁路南满洲枝路；二，造路需用料件，许公司用轮船及别船树公司旗，驶行辽河并枝河及营口并隙地各海口，运卸料件；三，公司为运载料件粮草便捷起见，许由南路暂筑枝路至营口及隙地海口，惟造路工竣，全路通行贸易后，应将枝路拆去，不得逾八年；四，许公司采伐在官树株，每株由总监工与地方官酌定缴费，惟盛京御用产物，暨关系风水，不得损动，并许公司所过开采煤矿，亦由总监工与地方官酌定，计斤纳税；五，俄可在租地内自酌税则，中国可在交界徵收货物从租界运入内地，或由内地运往租地之税，照海关进出口税则无增减，并允俄在大连湾设关，委公司代徵，别遣文官驻扎为税关委员；六，许公司自备行海商船，照各国通商例，如有亏折，与中国无涉，应照原合同十二条价买及归还期限办理；七，造路方向所过地方，应俟总监工勘定，由公司或北京代办人与铁路总办公司商定。复定铁路经过奉天，应绕避陵寝，俄允绕距三十里，遂画押。
二十五年，盛京将军文兴等遣知府福培、同知涂景涛与俄员倭高格伊林思齐等，勘分旅大租界。俄员拟先从租地北界西岸亚当湾起勘。福培等以中国舆图无亚当湾地名，应照总署电，亚当即普兰店之文为凭，当从普兰店西海湾之马虎岛起。俄员以续约明言西从亚当湾北起，无普兰店字，坚不允改。遂从北界西岸起，次第立碑，至大海滨，凡三十有一碑，北刻汉文，南镌俄国字母。复立小碑八，以数目为号。界线由西至东，长九十八里馀九十四弓。界既定，与俄员会议分界专条，又将所绘界图，用华、俄文註明，画押盖印，互换后，分呈俄使及总署批定完结。初由李鸿章、张廕桓与俄使巴布罗福订此约于北京，至是，命王文韶、许景澄加押。
时中国欲自造山海关至营口枝路，英欲投资。俄使牒总署，谓借用外国资本，与续约相背。俄人又以东省铁路将兴工，拟在北京设东省铁路俄文学堂，招中国学生学习俄国语言文字，以备铁路调遣之用。许之。是年，俄以辽东租借地为“关东省”。
二十六年，拳匪乱，各国联军入北京，俄乘势以兵占东三省，藉口防马贼、保铁路。初，奉天土匪先攻俄铁道警卫兵，乱兵烧天主教堂，破毁铁岭铁道，掠洋库；旋攻辽阳铁道，俄铁道员咸退去，同时黑龙江亦砲击俄船。俄闻警，遣军分道进攻，由瑷珲、三姓、宁古塔、珲春进据奉天，乃迫将军增祺订奉天交地约，拟在东三省驻兵，政赋官兵均归俄管辖。时朝廷以庆亲王、李鸿章为全权与各国议款，并命驻俄钦使杨儒为全权大臣，与俄商办接收东三省事。杨儒与争论久，始允作废。而俄人别出约稿相要，张之洞等连电力争，遂暂停议。
二十七年七月，各国和议成，李鸿章乃手拟四事：一，归地；二，撤兵；三，俄国在东三省，除指定铁路公司地段，不再增兵；四，交还铁路，偿以费用。与俄使开议于北京。讲未成而鸿章卒，王文韶继之。二十八年三月，订约四条。
四月，俄人强占科布多所属阿拉克别克河，参赞大臣瑞洵以闻，命外务部商办，不得要领。七月，铁路公司与华俄道胜银行订立正太铁路借款及行车合同，又与俄续订接线展限合同。九月，交还关外铁路及撤退锦州辽河西南部之俄军，是为第一期撤兵。至翌年三月第二期，金州、牛庄、辽阳、奉天、铁岭、开原、长春、吉林、宁古塔、珲春、阿拉楚喀、哈尔滨驻扎之俄兵仍不如期撤退，俄代理北京公使布拉穆损向外务部新要求七款，拒之，俄使撤回要求案。会俄使雷萨尔复任，复提新议五款，宣言东省撤兵，断不能无条件，纵因此事与日本开战，亦所不顾。
三十年，日、俄开战，中国守中立。是年，俄造东三省铁路成，又改定中俄接线续约，议照伦敦万国公会所订条例各减价。三十一年，日本战胜，旅顺、大连租借权移归日本，俄专力于东清铁道。于是有哈尔滨行政权之交涉。哈尔滨为东清铁道中心地，初祗俄人住居。自三十一年开放为通商口岸，各国次第置领事，按中国各商埠办法，中国有行政权。乃俄人谓哈尔滨行政权当归诸东清铁道会社，中国拒之。既而俄领事霍尔哇拖忽布东清铁道市制，凡居住哈尔滨市内中外人民，悉课租税。命东三省总督徐世昌与俄人交涉，不洽。宣统元年，俄领事赴北京与外务部议，外务部尚书梁敦彦与霍尔哇拖议设自治会于东清铁道界内，以保中国主权，亦不违反东清铁道会社诸条约，遂议结。而松花江航权之议又起。
初，中俄条约所指之松花江，系指黑龙江下流而言，未许在内地松花江通航也。俄谓咸丰八年、光绪七年所结条约，系指松花江全部而言。至是，命滨江关道施肇基与俄领事开议，俄人仍执旧约为词。中国以日、俄订立朴资茅斯约，已将中、俄在松花江独得行船之权利让出，旧约不適用。相与辩论不决。既而俄人又欲干预中国管理船舶之权，及防疫并给发专照等事，复严拒之。俄人仍执全江贸易自由，不认商埠、内地之区别，又以江路与陆路为一类，不与海路并论，久之始就范。明年缔约：一，满洲界内之松花江，许各国自由航行；二，船泊税依所载货物重量收纳；三，两国国境各百里之消费货各免税；四，穀物税比从来减三分之一；五，内地输出货在松花江税关照例纳税。此约成，于是各国得航行于松花江内，而北满之局势一变。时中国与俄订东省铁路公议会大纲，俄人以中国开放商埠，与东清铁路地段性质不同，东清铁路地段内有完全行政之权，意在于东清铁路界内施行其行政权。政府以俄侵越主权，严拒之。并通告各国曰：“东清铁路合同首段即载明中政府与华俄道胜银行合夥开设生意，曰‘合夥开设生意’，明系商务之性质，与行政上之权限丝毫不得侵越。乃俄引此合同第六条为据，谓有‘由公司一手经理’字样为完全行政之权，不知其一手经理，即合同所指铁路工程实在必需之地段，而公司经理之权限，不得越出铁路应办之事，绝无可推移到行政地位。又宣统元年中、俄两国所订东省铁路界内公议会大纲条款，自第一条以至第五条，均系声明铁路界内中国主权不得稍有损失。又光绪三十一年俄、日在美国议定条约，第三条载明俄、日两国政府统行归还中国全满洲完全专主治理之权。又俄政府声明俄国在满洲并无地方上利益或优先及独得让与之件，致侵害中国主权，或违背机会均等主义。岂能强解商务合同，并以未经中国明认宣布之言为依据，而转将两国之约废弃不论耶？”俄人屈于词，乃定议。“)