十四年四月，前回回科秋官正吴明炫言：“臣祖默河亦里等十八姓，本西域人，自隋开皇己未抱其学重译来朝，授为日官。一千五十九年，专司星宿行度吉凶，每年推算太阴五星凌犯，天象占验，日月交食，即以臣科白本进呈为定例。顺治三年，本监掌印汤若望令臣科凡日月交食及太阴五星凌犯、天象占验俱不必奏进。臣查若望所推七政，水星二、八月皆伏不见，今水星二月二十九日仍见东方，又八月二十四日夕见，关系象占，不敢不据实上闻。乞复立回回科，以存绝学。”奏下所司。时新安□官生杨光先叩阍进摘谬论，纠汤若望新法之谬，且言：“时宪书有‘依西洋新法’五字尤不合。”又进选择议，纠若望选荣亲王葬期用洪范五行，山向、日月俱犯忌杀。
康熙三年十二月，礼部议“时宪书面‘依西洋新法’五字拟改‘奏准’二字”，从之。四年，议政王等言：每日百刻，新法改为九十六刻；二十八宿次序，汤若望将觜、参二宿改易前后；又将四馀删去紫□，俱不合。其选择不用正五行，用洪范五行，以致山向、日月俱犯忌杀，事犯重大，将汤若望及科官等分别拟凌迟斩决。敕汤若望从宽免死，时宪科李祖白等五人俱处斩。于是复用大统旧术，以杨光先掌监务，光先抗疏屡辞，不允。光先于推步之学本不深，唐熙七年，谓明年当闰十二月，寻知其误，自行检举，而时宪书已颁行，乃谕天下停止闰月云。是年监副吴明烜言：“古法差谬，五官正暨回回科所进各不同，立加校正。”下礼部议。礼部覆奏：“五官正戈继文等所算七政金水二星差错太甚，主簿陈聿新所推七政未经测验，亦有差错，监副吴明烜所推七政与天象相近，理应颁行，仍令监臣同四科官，每日昼测晷景以定节气，夜测月五星以定行度。”从之。
十一月，西人南怀仁言所颁各法不合天象，乃召南怀仁、利类思、安文思及监官马祐、杨光先、吴明烜等至东华门，大学士李霨传谕：“授时乃国家要政，尔等勿挟宿仇，以己为是，以彼为非。是者当遵用，非者当更改，务期归于至善。”十二月，南怀仁劾吴明烜所造康熙八年七政时宪书纠谬，下王大臣、九卿、科道会议，议政王等言：“乞派大臣同南怀仁等测验。”乃遣图海、李霨等二十人赴观象台测验。八年二月，议政王等议覆：“图海等赴观象台测验，南怀仁所言皆合，吴明烜所言皆谬，问监正马祐等，亦言南怀仁所算实与天象合。窃思百刻虽行之已久，但南怀仁九十六刻之法既合天象，自应颁用。又南怀仁言罗□、计都、月孛系推算所用，故载于七政之后，其紫□星无用处，不应造入。应自康熙九年为始，用九十六刻之历”，时明烜言“臣祗知天文，不知历法”，光先言“臣不知历法，惟知历理”。光先语尤不逊，褫职。三月，授南怀仁钦天监监副。先是监官依古法推算，康熙八年十二月应置闰，南怀仁言雨水为正月中气，是月二十九日值雨水，即为康熙九年正月，不应置闰，置闰当在明年二月。监官多直怀仁，从其言，改闰九年二月，于是大统、回回两法俱废，专用西洋法，如顺治之初。八月，南怀仁劾杨光先诬陷汤若望叛逆，议政王等议“汤若望应复通微教师，照原品赐恤，杨光先应反坐”。敕“免议”。
十三年二月，新造仪象志告成，南怀仁加太常寺卿衔。十四年二月，谕监副安泰从何君锡学古历法。十五年二月，钦天监奏五月朔日食，监副安泰依古法算，应食五分六十秒，南怀仁新法只应食二十微三分秒之一。至期登台测验，酉正食甚，将及一分，戌初刻复圆，古法所推分数失之甚远，而新法亦不甚合。南怀仁曰：“此清蒙气之所为，蒙气能映小为大故也。”
十七年七月，钦天监进呈康熙永年表三十二卷。二十二年十月，监臣推算盛京九十度表告成。初，南怀仁奏：“各省北极高度不同，其交合之时刻食分俱不等，全凭各省之九十度表推算。向来不知盛京北极高度，即用京师之九十度表，今测得盛京北极比京师高二度，请依其高度推算九十度表。”从之。至是，以盛京九十度表进呈，谕“永远遵守”云。
四十一年十月，大学士李光地以宣城贡生梅文鼎历学疑问三卷进呈，上曰：“朕留心历算多年，此事朕能决其是非。”乃亲加批点还之，事具梅文鼎传。文鼎论中、西二法之同异曰：“今之用新历也，乃兼用其长，以补旧法之未备，非尽废古法而从新法术也。夫西历之同乎中法者，不止一端。其言五星之最高加减也，即中法之盈缩历也，在太阴，则迟疾历也。其言五星之岁轮也，即中法之段目也。其言恆星东行也，即中法之岁差也。其言节气之以日躔过宫也，即中法之定气也。其言各省真节气不同也，即中法之里差也。但中法言盈缩迟疾，而西说以最高最卑明其故；中法言段目，而西说以岁轮明其故；中法言岁差，而西说以恆星东行明其故。是则中历所言者当然之运，而西历所推者其所以然之理，此其可取者也。若夫定气里差，中历原有其法，但不以法历耳，非古无而今始有也。西历始有者，则五星之纬度是也。中历之纬度，惟太阳、太阴有之，而五星则未有及之者。今西历之五星有交点、有纬行，亦如太阳太阴之详明，是则中历缺陷之大端，得西法以补其未备矣。夫于中法之同，亦既有以明其所以然之故，而于中法之未备者，又有以补其缺，于是吾之积候者，得彼说而益信，而彼说之若难信者，亦因吾之积候而有以知其不诬，虽圣人复起，亦在所兼收而并取矣。”
五十年十月，上谕大学士等：“天文历法，朕素留心，西法大端不误，但分刻度数之间，积久不能无差。今年夏至，钦天监奏午正三刻，朕细测日景，是午初三刻九分。此时稍有舛错，恐数十年后所差愈甚。犹之钱粮，微尘秒忽，虽属无几，而总计之，便积少成多，此事实有证验，非比书生论说可以虚词塞责也。”又谕礼部考取效力算法人员，临轩亲试，取顾琮等四十二人。五十一年五月，驾幸避暑山庄，徵梅文鼎之孙梅□成诣行在。先是命苏州府教授陈厚耀，钦天监五官正何君锡之子何国柱、国宗，官学生明安图，原任钦天监监副成德，皆扈从侍直，上亲临提命，许其问难如师弟子。及徵□成至，奏对称旨，遂与厚耀等同直内廷。五十二年五月，修律吕、算法诸书，以诚亲王允祉、皇十五子允烜、皇十六子允禄充承旨纂修，何国宗、梅□成充汇编，陈厚耀、魏廷珍、王兰生、方苞等充分校。所纂之书，每日进呈，上亲加改正焉。
五十三年四月，谕诚亲王允祉等：“古历规模甚好，但其数目岁久不合，今修书宜依古历规模，用今之数目算之。”十月，又谕：“北极高度、黄赤距度最为紧要，著于澹宁居后逐日测量。”乃制象限仪，仪径五尺，范铜为之，昼测日度，夜测勾陈帝星。又制中表、正表、倒表各二，俱高四尺，中表测日中心，正表、倒表测日上下边之景。惟六表所得日景尾数多参差不合。海□成言：“表高景澹，尾数难真，自古患之。昔郭守敬为铜表，端挟二龙，举横梁至四十尺，因其景虚澹，创为景符以取实影。其制以铜叶博二寸，长加博之二，中穿一窍若针芥然，以方木为趺，一端设机轴，令可开阖。稽其一端，使其针斜倚，北高南下，往来迁就于虚影之中。窍达日光，仅如黍米，隐然见横梁于其中。”乃仿元史郭守敬制造景符六，如法用之，影尾数始毫末不爽。测得申昜春园北极高三十九度五十九分三十秒，比京师观象台高四分三十秒，黄赤大距二十三度二十九分，比旧测减二分云。十一月，诚亲王允祉等言：“郭守敬造授时术，遣人二十七处分测，故能密合。今除申昜春园及观象台逐日测验外，如福建、广东、云南、四川、陕西、河南、江南、浙江八省，于里差尤为较著，请遣人逐日测量，得其真数，庶几东西南北里差及日天半径，皆有实据。”从之。
五十八年二月，以推算人不敷用，敕礼部录送蒙养斋考试，取傅明安等二十八人，命在修书处行走。六十年，御制算法书成，赐名数理精蕴。谕：“此书赐梅文鼎一部，命悉心校对。”遣其孙梅□成赍书赐之。六十一年六月，历书稿成，并律吕、算法，共为律历渊源一百卷：一曰历象考成上、下编，一曰律吕精义上、下编，续编，一曰数理精蕴上、下编。雍正元年，颁历象考成于钦天监，是为康熙甲子元法。自雍正四年为始，造时宪书一遵历象考成之法。又议准其御制之书，无庸钦天监治理，其治历法之西洋人授为监正。八年六月，监正明安图言：“日月行度，积久渐差，法须旋改，始能密合。臣等遵御制历象考成推算时宪，据监正戴进贤、监副徐懋德推测，觉有微差。于本月初一日日食，臣等公同测验，实测与推算分数不合，乞敕下戴进贤、徐懋德详加校定修理。”从之。十年四月，修日躔、月离表成。“)