浑都海知京兆有备，遂渡河西趋甘州，阿蓝答儿复自和林率兵应之，又使纽邻兄宿敦为书招其弟。于是成都帅百家奴，兴元帅忙古台，青居帅汪惟正、钦察，俱遣使言，人心危惧，事不可测。希宪遣使谕之，两川诸将夙惮宪威名，皆从命。时朝议欲弃两川，退保兴元，希宪奏曰：“四川已定，无故自堕成功，后悔不及。”帝即拜希宪中书右丞、行秦蜀中书省事。浑都海、阿蓝答儿合军而东，诸将朱利，河西大震。会亲王合丹及汪惟良、八春等合兵，复战，大败之，俘斩略尽，枭二叛首于京兆市。事闻，帝大奖这，曰：“希宪真男子也。”进拜平章政事，赐宅一区，时希宪年甫三十云。
希宪奏：四川降民皆散处山谷，宜申敕军吏禁止俘掠，违者千户以下与犯人同罪。又禁诸人无贩易生口，由是四川遂安，降者益众。又罢解盐户所摘军，及京兆诸处无籍户戍灵州屯田者，以宽民力。饮察获宋张炳震、王政二人，以母老，愿赐矜放，希宪皆遣之。因为书与宋四川制置使余玠，谕以天道人事。玠得书感愧，不复轻动。巩昌帅府言，镇戎州有谋叛者，连引四百余人。希宪详推之，惟诛首恶五人。宋将刘整以泸州降，尽系前降宋者数百人待报。希宪奏释之，且致书宰相，待整以思，当得其死力。宋将家属之在北者，希宪岁给资粮，仕于宋者，子弟得越界省其父母，人皆感之。
招括北京诸郡牛马以济河西，希宪奏曰：“关中凋瘵已极，岁赋不，不堪此役。”奏入，特复二年。
希宪父布鲁海牙为顺德等路宣抚使，入朝面奏曰：“臣子希宪误蒙奖拔，恩谕其分，且事多专，辄恐开后衅。”帝曰：“朕欲大用希宪久矣，第难地代者。卿勿疑惧。”
李璮反，事连王文统。平章赵璧素忌希宪勋名，因言：“文统为张易、廉希宪荐引，遂至大用。且关中形胜之地，希宪得民心，有商挺，赵良弼为之辅。此事宜关圣虑。”帝曰：“希宪自幼事朕，朕知其心。挺、良弼皆正士，何虎焉。”蜀怜人费寅为同知兴元府事，后坐法当死，会赦免。希宪恶其为剑用。寅乃为飞语，谮希宪因李璮叛，亦治兵，潜蓄异志。帝惑之，命中书丞南合代希宪行省，且复验其事，卒无实。诏希宪还京师，陛见，奏曰：“方关陕叛乱，川蜀未宁，川蜀未宁，事急星火，臣随宜行事，不谋佐贰，罪止在臣，臣请逮系有司。”帝抚御床曰：“当时之言，天知之，朕知之，卿何罪！”慰谕良久。进拜中书平章政事。
一日夜半，召希宪入禁中，从容道藩邸旧事，因及赵璧所言。希宪曰：“昔攻鄂时，贾似道作木栅环城，一夕而成，陛下顾扈从诸臣曰：吾安得如似道者用之。刘秉忠、张易进曰：“山东王文统，才智士也，今为李璮幕僚。诏问臣，臣对；亦闻之，实未尝识其人。”帝意始释。
希宪在中书，振举纲维，综核名实，冗滥，裁抑伐幸，当时翕然称治。又建言：“国家自开创以来，凡纳土及始命之臣，咸令世守，至今将六十年，州县长吏皆其皂僮奴，宜更张之，使考课黜陟。”乃议行迁转法。
至元元年，丁母忧，率亲族行西丧礼，勺饮不入口者三日，恸则呕血，不能起，寝臣草土，庐于墓侧。宰执以忧制未定，欲劝之出。既至，闻号痛声，竟不忍言。未几，有诏夺情起复，希宪虽不敢违命，然出则素服从事，入必缞绖。及丧父，亦如之。
奸臣阿事马领左右碚，专总财赋。会其党相攻，帝命中书推覆，众畏其权，莫敢问。希宪穷治其事，以状闻。杖阿合马，罢所领归有司。帝谕希宪曰：“吏废法而贪，民朱业而逃，工不给用，财不赡费，先朝患此久矣。自卿等为相，朕无此忧。”对曰：“陛下圣犹舜，臣等未能以皋陶、稷、契之道，辅佐太平，实力溺职。今日小康，未足多也”因论及魏徵，对曰：“忠臣、良臣，何代无之。顾人主用不用尔。”有内侍传旨内朝堂，言某事当尔。希宪曰：“此阉宦预政之渐，不可启也。”遂入奏，杖之。
言者论丞相史天泽，亲党布列中外，威权日盛。诏罢天泽政事，使待鞫问。希宪进曰：“天泽事陛下久，知天泽深者，无如陛下。陛下以其可付大事，用为辅相，小人一旦有言，陛下当察其心迹，果有肆横不者乎？今日信臣，故臣敢进言。他日有论臣者，臣亦遭疑矣。臣等备员政府，陛下之疑信若此，何敢自保，天泽既罢亦当罢臣。”帝良久曰：“卿且退朕思之。”明日，帝召谕希宪，事遂解。
又论四川帅钦察者，帝敕中书遣使诛之。明日，希宪复奏。帝怒曰：“尚尔迟回耶！”对曰：“钦察大帅，以一小人言诛之，民心必骇，宜逮至京师，与论者廷对，然后明其罪于天下，诛之未晚。”诏遣使乾按问，事竟无实，钦察得免。
希宪每奏议帝前，论事激切无少回异。帝曰：“卿昔事朕王府，多所容受。今为天子臣，乃尔木强耶！”希宪对曰：“王府事轻，天下事重，一或面从，天下将受其害，臣蜚不自爱也。”
方士请炼大丹，敕中书给所需。希宪以秦、汉故事奏，且曰：“尧、舜之寿，不国大丹也。”帝曰：“然。”遂却之。时方尊礼国师，帝命希宪受戒。对曰：“臣受孔子戒矣。”帝曰：“孔子亦有戒耶？”对曰：“为臣当忠，为子当孝。孔子之戒，如是而已。
五年，始建御史台，继设各道提刑按察司。时阿合马专总财利，乃曰：“庶务责成诸路，钱谷付之转运，今如此绳治，事何由办？”希宪曰：“立台察，古制也，内则弹劾奸邪，外则访求民瘼，裨益国政，无大于此。若去之，使上下专瓷贪暴，事岂可集耶！阿合马不能对。七年，诏释京师系囚。西域人匿赞马丁用事先朝，资累巨万，为怨家所告，系大都狱，既释之矣，时希宪在告，实不预其事。是秋，车驾还自上都，怨家诉于帝，希宪取堂判补署之，曰：“天威莫测，岂可幸其不署以苟免耶。”希宪入见，以诏书为言。帝曰：“诏释囚耳，岂有诏释匿赞马丁耶？”对曰：“不释匿赞马丁，臣等亦未闻有此诏。”帝怒曰：“汝等号称读书，临事乃尔宜得何罪？”对曰：“臣等忝为宰相，有罪当罢退。”宰相，有罪当罢退。”帝曰：“但从汝言。”即与左丞相耶律铸同罢，时至七年也。一日，帝问侍臣：“希宪居家何为？”侍臣以读书对，帝曰：“读书固朕所教，然读之而不肯用，多读何为？”意责其不复求进也。阿合马因谗之曰：“希宪日与妻子宴乐尔。”帝变色曰：“希宪清贫，何从宴设？”希宪有疾，帝遣医诊视，医言须用沙糖。时沙糖最难得，家人求于外。阿合马与之二斤，且致密意。希宪却之曰：“使此物果能活人，吾终不以奸人所与服之也。”帝闻而赐之。右丞相安童奏希宪行省河西。帝曰：“河西诸王分地，希宪执法严，于朕意尚不肯曲从，岂听诸王命者。”会嗣国王头辇哥镇辽阳，言者谧其扰民不便。十一年，诏起希宪为北京行省平章政事，肩舆入辞，赐坐，帝温谕良久，且曰：“辽户不下数万诸王、附马分地所彼皆素知卿，故命卿往，体朕此意可也。”故事：亲王使者传令旨，官立听。希宪至，始革正之。
有西域人自称驸马，营于城外，系富民，诬其祖父尝贷息钱，索偿甚急。民诉之行省，希宪命收捕之。其人怒，每次马入省堂，坐榻上。希宪命扌座下跑，而问之曰：“法无私狱，汝何人，敢擅系良民。”令械之。其人惶惧求哀，国王亦为之请，乃令其待对。遂夜遁。俄诏头辇哥归国，希宪独行省事。朝廷降钞买马六千五百，希宪遣买于东州，得羡余马千三百。希宪曰：“上之，则若自炫。”即与他郡不及者，以其直还官。长公主及驸马入朝，纵猎，发民牛车，载其所获，征求费至万五千贯。希宪宴公主，从者怨饮食不及希宪曰：“我天子宰相，非汝庖人。”驸马怒起立，希宪面责之曰：“驸马畋猎，非国制也。费民财不资，我已驰奏矣。”驸马惊，入告公主。公主，饮希宪酒，曰：“从者扰民，吾不知也。请以钞万五千贯还敛民之直，幸勿遣使者。”自是贵人皆莫敢纵。
十二年，右丞阿里海牙下江陵，图地形上于朝，请命重臣开府镇之。帝急召希宪还，使行省荆南，赐坐，谕曰：“荆南入我版籍，欲使新附者感恩，未来者向化，且令宋人知我朝有臣如此，亦足以戢其心。南土卑湿，开卿非宜，今以大事付托，度卿不辞。”赐田以养居者，马五十以给从者。希宪曰：“臣每惧才识浅近，不能胜大任，何敢辞疾。然敢辞新赐。”复有诏，令希宪承制度三品以下官。“)