枢密院，秩从一品，掌天下兵甲机密之务。凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之。世祖中统四年，置枢密副使二员，佥书枢密事一员。至元七年，置同知枢密院事一员，院判一员。二十八年，始置知院一员，增院判一员，又以中书平章商量院事。大德十年，增置知院二员，同知五员，副枢五员，佥院五员，同佥三员，院判二员。至大三年，知院七员，同知二员，副枢二员，佥院一员，同佥一员，院判二员，革去议事平章。延祐四年，以分镇北边，增知院一员。五年，增同知一员。后定置知院六员，从一品；同知四员，正二品；副枢二员，从二品；佥院二员，正三品；同佥二员，正四品；院判二员，正五品；参议二员，正五品；经历二员，从五品；都事四员，正七品；承发兼照磨二员，正八品；架阁库管勾一员，正九品；同管勾一员，从九品；掾史二十四人，译史一十四人，通事三人，司印二人，宣使一十九人，铨写二人，蒙古书写二人，典吏一十七人，院医二人。
客省使，秩从五品。大使二员，副使二员。至元十四年，置大使一员。十六年，增一员。二十一年，置副使一员。延祐五年，增一员。天历元年，又增一员。寻定置大使二员，从五品；副使二员，从六品；令史二人。
断事官，秩正三品，掌处决军府之狱讼。至元元年，始置断事官二员。八年，增二员。十九年，又增一员。二十年，又增二员。大德十一年，又增四员。皇庆元年，省二员。后定置断事官八员，正三品；经历一员，从七品；令史六人，译史一人，通事、知印、奏差、典吏各一人。
行枢密院。国初有征伐之事，则置行枢密院。大征伐，则止曰行院。为一方一事而设，则称某处行枢密院，或与行省代设，事已则罢。
西川行枢密院，中统四年始置，设官二员，管四川军民课税交钞、打捕鹰房人匠，及各投下应管公事，节制官吏诸色人等，并军官迁授征进等事。始置于成都。至元十年，又于重庆别置东川行枢密院，设官一员。十三年，并为一院，寻复分东川行院。十六年，罢两川行院。二十八年，复立四川行院于成都。
江南行枢密院。至元十年，罢河南省统军司、汉军都元帅、山东行院，置荆湖等路行院，设官三员；淮西行院，设官二员。掌调度军马之事。十二年，罢行院。十九年，诏于杨州、岳州俱立行院，各设官五员。二十一年，立沿江行院。二十二年，立江西行院，马军戍江州，步军戍抚州。二十八年，徙岳州行院于鄂州，徙江淮行院于建康，其后行院悉并归行省。
甘肃行枢密院。至大四年，置行院于甘州，为甘肃等处行枢密院，设官四员，提调西路军马。后以甘肃省丞相提调，遂罢行院。
河南行枢密院，致和元年分置，专管调遣之事。天历元年罢。
岭北行枢密院，天历二年置。知院一员，同知二员，副枢一员，佥院二员，同佥一员，院判二员，经历一员，都事二员，蒙古必阇赤四人，掾史二人，怯里马赤一人，知印一人，宣使四人。掌边庭军务，凡大小事宜，悉从裁决。
右卫，秩正三品。中统三年，初置武卫。至元元年，改为侍卫。八年，改为左、右、中三卫，掌宿卫扈从，兼屯田。国有大事，则调度之。二十年，增都指挥使一员、副都指挥使一员。二十一年，置佥事二员。大德十一年，增都指挥使二员、副都指挥使一员。至大元年，增都指挥使三员、副都指挥使一员。四年，省都指挥使五员、副都指挥使二员。后定置都指挥使三员，正三品；副都指挥使二员，从三品；佥事二员，正四品；经历二员，从七品；知事二员，照磨一员，俱从八品；令史七人，译史、通事、知印各一人。又其属十有五：
镇抚所，镇抚二员。
行军千户所十，秩正五品。达鲁花赤十员，副达鲁花赤十员，千户十员，副千户十员，弹压二十员，百户二百员，知事十员。
弩军千户所一，秩正五品。达鲁花赤一员，千户一员，弹压二员，百户十员。
屯田左右千户所二，秩正五品。达鲁花赤二员，千户二员，弹压二员，百户四十员。
教官二，蒙古字教授一员，儒学教授一员。掌诸屯卫行伍耕战之暇，使之习学国字，通晓书记。初由枢府选举，后归吏部。
左卫，秩正三品。至元八年，以侍卫改置。掌宿卫扈从，兼屯田。国有大事，则调度之。是年，增副指挥使一员。十六年，增副都指挥使一员。二十年，置佥事一员。二十二年，增佥事一员。二十四年，省都指挥使、副都指挥使一员。大德十一年，增都指挥使五员、副都指挥使二员、佥事二员。至大四年，省都指挥使六员、副都指挥使二员。其后定制，卫官：都指挥使二员，正三品；副都指挥使二员，从三品；佥事二员，正四品；经历二员，从七品；知事二员，照磨一员，俱从八品；令史七人，译史、通事、知印各一人。其属十有五：
镇抚所，镇抚二员。
行军千户所凡十，秩正五品。达鲁花赤十员，副达鲁花赤十员，千户十员，副千户十员，弹压二十员，百户二百员，知事十员。
弩军千户所一，秩正五品。达鲁花赤一员，千户一员，弹压二员，百户十员。
屯田左右千户所二，秩正五品。达鲁花赤一员，千户二员，弹压二员，百户四十员。
教官二，蒙古字教授一员，儒学教授一员。
中卫，秩正三品。至元八年，以侍卫改置。掌宿卫扈从，兼营屯田。国有大事，则调度之。是年，置都指挥使一员、副都指挥使一员。二十年，增副都指挥使一员。二十一年，置佥事二员。二十三年，增都指挥使一员。大德十一年，增都指挥使二员、副使三员。至大元年，增都指挥使一员。四年，省都指挥使三员、副都指挥使三员。其后定置都指挥使三员，正三品；副都指挥使二员，从三品；佥事二员，正四品；经历二员，从七品；知事二员，承发架阁照磨一员，俱从八品；令史七人，译史、通事、知印各一人。其属十有五：
镇抚所，镇抚二员。
行军千户所十，秩正五品。达鲁花赤十员，副达鲁花赤十员，千户十员，副千户十员，弹压二十员，百户二百员，知事十员。
弩军千户一，秩正五品。达鲁花赤一员，千户一员，弹压二员，百户十员。
屯田左右千户所二，秩正五品。达鲁花赤二员，千户二员，弹压二员，百户四十员。
教官二，蒙古字教授一员，儒学教授一员。
前卫，秩正三品。至元十六年，以侍卫亲军创置前、后二卫。掌宿卫扈从，兼营屯田。国有大事，则调度之。是年，置都指挥使一员、副都指挥使二员。十八年，增都指挥使二员。二十年，置佥事一员。大德十一年，增都指挥使五员、副都指挥使一员、佥事三员。至大四年，省都指挥使五员、副都指挥使一员、佥事三员。后定置卫官，都指挥使三员，正三品；副都指挥使二员，从三品；佥事二员，正四品；经历一员，从七品；知事二员，承发架阁照磨一员，俱从八品；令史七人，译史、通事、知印各一人。又其属十有七：
镇抚所，镇抚二员。
行军千户所十，秩正五品。达鲁花赤十员，副达鲁花赤十员，千户十员，副千户十员，弹压二十员，百户二百员。
弩军千户一，秩正五品。达鲁花赤一员，千户一员，弹压二员，百户十员。
屯田千户所二，秩正五品。达鲁花赤二员，千户二员，弹压二员，百户四十员。
门尉二，平则门尉一员，顺承门尉一员。
教官二，蒙古字教授一员，儒学教授一员。
后卫，秩正三品。至元十六年，以侍卫亲军创置。掌宿卫扈从，兼营屯田。国有大事，则调度之。是年，置都指挥使二员、副都指挥使二员，后增设副都指挥使一员。十八年，增都指挥使二员。二十年，置佥事二员。大德十一年，增都指挥使五员、副都指挥使一员、佥事二员。至大四年，省都指挥使五员、副指挥使二员、佥事二员。后定置都指挥使三员，正三品；副都指挥使二员，从三品；佥事二员，正四品；经历二员，从七品；知事二员，照磨一员，俱从八品；令史七人，译史二人，知印一人，通事二人。其属十有四：
镇抚所，镇抚二员。“)