至治元年，诏议增广庙制。三年，别建大殿一十五间于今庙前，用今庙为寝殿，中三间通为一室，余十间各为一室，东西两旁际墙各留一间，以为夹室。室皆东西横阔二丈，南北入深六间，每间二丈。宫城南展后，凿新井二于殿南，作亭。东南隅、西南隅角楼，南神门、东西神门，馔幕殿、省馔殿、献官百执事斋室，中南门、齐班、雅乐库、神厨、祠祭等局，皆南徙。建大次殿三间于宫城之西北，东西棂星门亦南徙。东西棂星门之内，卤簿房四所，通五十间。
神主：至元三年，始命太保刘秉忠考古制为之，高一尺二寸，上顶圜径二寸八分，四厢合剡一寸一分。上下四方穿，中央通孔，径九分，以光漆题尊谥于背上。匮趺底盖俱方。底自下而上，盖从上而下。底齐趺，方一尺，厚三寸。皆准元祐古尺图。主及匮趺皆用栗木，匮趺并用玄漆，设祏室以安奉。帝主用曲几，黄罗帕覆之。后主用直几，红罗帕覆之；祏室，每室红锦厚褥一，紫锦薄褥一，黄罗复帐一，龟背红帘一，缘以黄罗带饰。六年十二月十八日，国师奉旨造木质金表牌位十有六，亦号神主。设大榻金椅位，置祏室前。帝位于右，后位于左，题号其面，笼以销金绛纱，其制如椟。
祝有二：祝册，亲祀用之。制以竹，每副二十有四简，贯以红绒绦。面用胶粉涂饰，背饰以绛金绮。藏以楠木缕金云龙匣。涂金锁钥，韬以红锦囊，蒙以销金云龙绛罗覆。拟撰祝文、书祝、读祝，皆翰林词臣掌之。至大二年亲祀，竹册长一尺二寸，广一寸二分，厚三分。至治二年正月亲祀，竹册八副，每册二十有四简，长一尺一寸，广一寸，厚一分二厘。
祝版，摄祀用之，制以楸木，长二尺四寸，广一尺二寸，厚一分。其面背饰以精洁楮纸。
祝文，至元时，享于太祖室，称孝孙嗣皇帝臣某；睿宗室，称孝子嗣皇帝臣某。天历时，享自太祖至裕宗四室，皆称孝曾孙嗣皇帝臣某；顺宗室，称孝孙嗣皇帝臣某；成宗至英宗三室，皆称嗣皇帝臣某；武宗室，称孝子嗣皇帝臣某。
币：以白缯为之，每段长一丈八尺。
牲齐庶品：大祀，马一，用色纯者，有副；牛一，其角握，其色赤，有副；羊，其色白；豕，其色黑；鹿。凡马、牛、羊、豕、鹿牲体，每室七盘，单室五盘。太羹，每室三登；和羹，每室三铏。笾之实，每室十有二品；豆之实，每室十有二品。凡祀，先期命贵臣率猎师取鲜麞鹿兔，以供脯□醓醢。稻粱为饭，每室二簠；黍稷为饭，每室二簋。彝尊之实，每室十有一。明水玄酒，用阴监取水于月，与井水同，鬯用郁金为之。五齐三酒，醖于光禄寺。膟膋萧蒿，至元十八年五月弗用，后遂废。茅香以缩酒，至元十七年，始用沅州麻阳县包茅。天鹅、野马、塔剌不花、其状如貛。
野鸡、鸧、黄羊、胡寨兒、其状如鸠。
湩乳、葡萄酒，以国礼割奠，皆列室用之。羊一，豕一，笾之实二栗、鹿脯，豆之实二菁菹、鹿□，簠之实黍，簋之实稷，爵尊之实酒，皆七祀位各用之。荐新鲔、野彘，孟春用之。雁、天鹅，仲春用之。葑韭、鸭鸡卵，季春用之。冰、羔羊，孟夏用之。樱桃、竹笋、蒲笋、羊，仲夏用之。瓜、豚、大麦饭、小麦面，季夏用之。雏鸡，孟秋用之。菱芡、栗、黄鼠，仲秋用之。梨、枣、黍、粱、鹚老，季秋用之。芝麻、兔、鹿、稻米饭，孟冬用之。麕、野马，仲冬用之。鲤、黄羊、塔剌不花，季冬用之。至大元年春正月，皇太子言荐新增用影堂品物，羊羔、炙鱼、馒头、饣其子、西域汤饼、圜米粥、砂糖饭羹，每月用以配荐。
祭器：笾十有二，冪以青巾，巾绘彩云。豆十有四，一实毛血，一实膟膋。登三，铏三，有柶。簠二，簋二，有匕箸。俎七，以载牲体，皆有鼎。后以盘贮牲体，盘置俎上，鼎不用。香案一。销金绛罗衣。银香鼎一，银香奁一，茅苴盘一，实以沙。已上并陈室内。燎炉一，实以炭。篚一，实以萧蒿黍稷。祝案一，紫罗衣，置祝文于上，销金绛罗覆之。鸡彝一，有舟；鸟彝一，有舟，加勺；春夏用之。斝彝一，有舟；黄彝一，有舟，加勺；秋冬用之。虎彝一，有舟；蜼彝一，有舟，加勺；特祭用之。凡鸡彝、斝彝、虎彝以实明水，鸟彝、黄彝、蜼彝以实鬯。牺尊二，象尊二，春夏用之。著尊二，壶尊二，秋冬用之。太尊二，山尊二，特祭用之。尊皆有坫勺，冪以白布巾，巾绘黼文。著尊二，山罍二，皆有坫加冪。已上并陈室外。壶尊二，太尊二，山罍四，皆有坫加冪，藉以莞席，并陈殿下，北向西上，设而不酌，每室皆同。通廊御香案一，销金黄罗衣，银香奁一，贮御祝香，销金帕覆之，并陈殿中央。罍洗所罍二，洗二，一以供爵涤，一以供盥洁。篚二，实以璋瓚巾、涂金银爵。七祀神位，笾二，豆二，簠一，簋一，俎一，爵一有坫，香案一，沙池一，壶尊二有坫加冪，七祀皆同。罍一、洗一、篚一，中统以来，杂金、宋祭器而用之。至治初，始造新器于江浙行省，其旧器悉置几阁。
亲祀时享仪，其目有八：
一曰斋戒。前祀七日，皇帝散斋四日于别殿，治事如故，不作乐，停奏刑名事，不行刑罚。致斋三日，惟专心祀事，其二日于大明殿，一日于大次。致斋前一日，尚舍监设御幄于大明殿西序，东向。致斋之日质明，诸卫勒所部屯列。昼漏下一刻，通事舍人引侍享执事文武四品以上官，俱公服诣别殿奉迎。二刻，侍中版奏请中严，皇帝服通天冠、绛纱袍。三刻，侍中版奏外办，皇帝结佩出别殿，乘舆，华盖伞扇侍卫如常仪，奉引至大明殿御幄，东向坐，侍臣夹侍如常。一刻顷，侍中前跪奏言请降就斋，俯伏兴。皇帝降座入室，侍享执事官各还所司，宿卫者如常。凡应祀官受誓戒于中书省。散斋四日，致斋三日。光禄卿鉴取明水、火。火以供爨，水以实尊。
二曰陈设。祀前三日，尚舍监陈大次于西神门外道北，南向。设小次于西阶西，东向。设版位于西神门内，横街南，东向。设饮福位于太室尊彝所，稍东，西向。设黄道裀褥于大次前，至西神门，至小次版位西阶及殿门之外。设御洗位于御板位东，稍北，北向。设亚终献位于西神门内御板位稍南，东向。以北为上，罍洗在其东北。设亚终献饮福位于御饮福位后，稍南，西向。陈设八宝黄罗案于西阶西，随地之宜。设享官宫县乐、省牲位、诸执事公卿御史位，并如常仪。殿上下及各室，设簠、簋、笾、豆、尊、罍、彝、斝等器，并如常仪。
三曰车驾出宫。祀前一日，所司备法驾卤簿于崇天门外，太仆卿率其属备玉辂于大明门外。千牛将军执刀于辂前，北向。其日质明，诸侍享执事官，先诣太庙祀所。诸侍臣直卫及导驾官于致斋殿前，左右分班立。通事舍人引侍中跪奏请中严，俯伏兴。皇帝服通天冠、绛纱袍。少顷，侍中版奏外办，皇帝出斋室，即御座。群臣起居讫，尚辇进舆，侍中奏请皇帝升舆。皇帝升舆，华盖伞扇侍卫如常仪。导驾官前导至大明门外，侍中进当舆前，跪奏请皇帝降舆升辂。皇帝升辂，太仆执御，导驾官分左右步导。门下侍郎进当辂前，跪奏请车驾进发。车驾动，称警跸。千牛将军夹而趋至崇天门外，门下侍郎跪奏请车驾少驻，敕众官上马。侍中承旨退，称曰“制可”。门下侍郎退，传制称众官上马。赞者承传敕众官上马。上马讫，门下侍郎奏请敕车右升，侍中前承制，退称曰“制可”。千牛将军升讫，门下侍郎奏请车驾进发。车驾动，称警跸。符宝郎奉八宝与殿中监部从在黄钺内，教坊乐前引，鼓吹不振作。将至太庙，礼直官引诸侍享执事官于庙门外，左右立班，奉迎驾至庙门，回辂南向。将军降立于辂左，侍中于辂前奏称侍中臣某请皇帝降辂，步入庙门。皇帝降辂，导驾官前导，皇帝步入庙门稍西。侍中奏请皇帝升舆，尚辇奉舆，华盖伞扇如常仪。皇帝乘舆至大次，侍中奏请皇帝降舆入就大次。皇帝入就次，帘降，宿卫如式，尚食进膳如仪。礼仪使以祝版奏御署讫，奉出，太庙令受之，各奠于坫，置各室祝案上。通事舍人承旨，敕众官各还斋次。
四曰省牲器。祀前一日未后三刻，廪牺令丞、太官令丞、太祝以牲就位。礼直官引太常卿、光禄卿丞、监祭礼等官就位。礼直官请太常、监祭、监礼由东神门北偏门入，升自东阶。每位视涤祭器，司尊彝举冪曰“洁”。俱毕，降自东阶，由东神门北偏门出，复位，立定。礼直官稍前曰“请省牲”，引太常卿视牲，退复位。次引廪牺令出班，巡牲一匝，西向折身曰“充”。诸太祝巡牲一匝，上一员出班西向折身曰“腯”毕，俱复位。蒙古巫祝致词讫，礼直官稍前曰“请诣省馔位”，引太常卿、光禄卿、监祭、监礼、光禄丞、大官令丞诣省馔位，东西相向立定，以北为上。礼直官引太常卿诣馔殿内省馔。视馔讫，礼直官引太常卿还斋所。次引廪牺令丞、诸太祝以次牵牲诣厨，授太官令。次引光禄卿丞、监祭、监礼诣厨省鼎镬，视涤溉讫，各还斋所。太官令帅宰人以鸾刀割牲，祝史各取毛血，每位共实一豆，以肝洗于郁鬯及取膟膋，每位共实一豆，置于各位。馔室内，庖人烹牲。“)