六月，河决萧县郭暖楼人字口，北支至茶城、镇口。三十五年，决单县。三十九年六月，决徐州狼矢沟。四十年九月，决徐州三山，冲缕堤二百八十丈，遥堤百七十馀丈，梨林铺以下二十里正河悉为平陆，邳、睢河水耗竭。总河都御史刘士忠开韩家坝外小渠引水，由是坝以东始通舟楫。四十二年，决灵璧陈铺。四十四年五月，复决狼矢沟，由蛤鳗、周柳诸湖入泇河，出直口，复与黄会。六月，决开封陶家店、张家湾，由会城大堤下陈留，入亳州涡河。四十七年九月，决阳武脾沙堽，由封丘、曹、单至考城，复入旧河。时朝政日驰，河臣奏报多不省。四十二年，刘士忠卒，总河阅三年不补。四十六年闰四月，始命工部侍郎王佐督河道。河防日以废坏，当事者不能有为。
天启元年，河决灵譬双沟、黄铺，由永姬湖出白洋、小河口，仍与黄会，故道湮涸。总河侍郎陈道亨役夫筑塞。时淮安霪雨连旬，黄、淮暴涨数尺，而山阳里外河及清河决口汇成巨浸，水灌淮城，民蚁城以居，舟行街市。久之始塞。三年，决徐州青田大龙口，徐、邳、灵、睢河并淤，吕梁城南隅隐，沙高平地丈许，双沟决口亦满，上下百五十里悉成平陆。四年六月，决徐州魁山堤，东北灌州城，城中水深一丈三尺，一自南门至云龙山西北大安桥入石狗湖，一由旧支河南流至邓二庄，历租沟东南以达小河，出白洋，仍与黄会。徐民苦淹溺，议集赀迁城。给事中陆文献上徐城不可迁六议。而势不得已，遂迁州治於云龙，河事置不讲矣。六年七月，河决淮安，逆入骆马湖，灌邳、宿。
崇祯二年春，河决曹县十四铺口。四月，决睢宁，至七月中，城尽圮。总河侍郎李若星请迁城避之，而开邳州坝泄水入故道，且塞曹家口匙头湾，逼水北注，以减睢宁之患。从之。四年夏，河决原武湖村铺，又决封丘荆隆口，败曹县塔儿湾大行堤。六月黄、淮交涨，海口壅塞，河决建义诸口，下灌兴化、盐城，水深二丈，村落尽漂没。逡巡逾年，始议筑塞。兴工未几，伏秋水发，黄、淮奔注，兴、盐为壑，而海潮复逆冲，坏范公堤。军民及商灶户死者无算，少壮转徙，丐江、仪、通、泰间，盗贼千百啸聚。至六年，盐城民徐瑞等言其状。帝悯之，命议罚河曹官。而是时，总河硃光祚方议开高堰三闸。淮、扬在朝者合疏言：“建义诸口未塞，民田尽沉水底。三闸一开，高、宝诸邑荡为湖海，而漕粮盐课皆害矣。高堰建闸始於万历二十三年，未几全塞。今高堰日坏，方当急议修筑，可轻言开浚乎？”帝是其言，事遂寝。又从御史吴振缨请，修宿、宁上下西北旧堤，以捍归仁。七年二月，建义决口工成，赐督漕尚书杨一鹏、总河尚书刘荣嗣银币。
八年九月，荣嗣得罪。初，荣嗣以骆马湖运道溃淤，创挽河之议，起宿迁至徐州，别凿新河，分黄水注其中，以通漕运。计工二百馀里，金钱五十万。而其所凿邳州上下，悉黄河故道，浚尺许，其下皆沙，挑掘成河，经宿沙落，河坎复平，如此者数四。迨引黄水入其中，波流迅急，沙随水下，率淤浅不可以舟。及漕舟将至，而骆马湖之溃决适平，舟人皆不愿由新河。荣嗣自往督之，欲绳以军法。有入者辄苦淤浅，弁卒多怨。巡漕御史倪於义劾其欺罔误工，南京给事中曹景参复重劾之，逮问，坐赃，父子皆瘐死。郎中胡琏分工独多，亦坐死。其后骆马湖复溃，舟行新河，无不思荣嗣功者。
当是时，河患日棘，而帝又重法惩下，李若星以修浚不力罢官，硃光祚以建义苏嘴决口逮系。六年之中，河臣三易。给事中王家彦尝切言之。光祚亦竟瘐死。而继荣嗣者周鼎修泇利运颇有功，在事五年，竟坐漕舟阻浅，用故决河防例，遣戍烟瘴。给事中沈胤培、刑部侍郎惠世扬、总河侍郎张国维各疏请宽之，乃获宥免云。
十五年，流贼围开封久，守臣谋引黄河灌之。贼侦知，预为备。乘水涨，令其党决河灌城，民尽溺死。总河侍郎张国维方奉诏赴