建炎初，即行在置国子监，立博士二员，以随幸之士三十六人为监生。绍兴八年，叶綝上书请建学，而廷臣皆以兵兴饣贵运为辞。十三年，兵事稍宁，始建太学，置祭酒、司业各一员，博士三员，正、录各一员，养士七百人：上舍生三十员，内舍生百员，外舍生五百七十员。凡诸道住本州学满一年，三试中选，不犯第三等以上罚，或不住学而曾两预释奠及齿于乡饮酒者，听充弟子员。每岁春秋两试之，旋命一岁一补，于是多士云集，至分场试之。俄又诏三年一试，增至千员，中选者皆给绫纸赞词以宠之。每科场四取其一。
自外舍有月校，而公试入等曰内舍；自内舍有月校，而舍试入等曰上舍；凡升上舍者，皆直赴廷对。二十七年，立定制：春季放补，遇省试年改用孟夏。
旧，太学遇覃恩无免解法，孝宗始创行之。在朝清要官，许牒期亲子弟作待补国子，别号考校。如太学生遇有期亲任清要官，更为国子生，不预校定、升补及差职事，惟得赴公、私试，科举则混试焉。
淳熙中，命诸生暇日习射，以斗力为等差，比类公、私试，别理分数。自中兴以来，四力之士，有本贯在学公据，皆得就补。帝始加限节，命诸路州军以解试终场人数为准，其荐贡不尽者，令百取六人赴太学，谓之“待补生”；其住本学及游学之类，一切禁止。元丰旧制，内舍生校定，分优、平二等。优等再赴舍试，又入优，则谓之两优释褐，中选者即命以京秩，除学官。至是，始令先注职官，代还，注职事官，恩例视进士第二人。旧校定岁额五六分为优选者，增为十分矣。
光宗初，公试始令附省场别院。绍熙三年，礼部侍郎倪思请复混补法，命两省、台谏杂议可否。于是吏部尚书赵汝愚等合奏曰：“国家恢儒右文，京师、郡县皆有学，庆历以后，文物彬彬。中兴以来，建太学于行都，行贡举于诸郡，然奔竟之风胜，而忠信之俗微。亦惟荣辱升沉，不由学校；德行道艺，取决糊名；工雕篆之文，无进修之志；视庠序如传舍，目师儒如路人；季考月书，尽成文具。今请重教官之选，假守贰之权；仿舍法以育材，因大比以取士；考终场之数，定所贡之员；期以次年，试于太学。其诸州教养、课试、升贡之法，下有司条上。”思议遂寝。四年，诏国子监试中、上等小学生，比类诸州待补中选之额，放补一次。
宁宗庆元、嘉定中，始两行混补。于是增外舍生为千四百员，内舍校定，不系上舍试年分，以八分为优等。又以国子生员多伪滥，命行在职事官期亲、厘务官子孙乃得试补。嘉定十四年，诏自今待补百人取三人。旧法，自外舍升内舍，虽有校试，必公试合格，乃许升补。盖私试皆学官自考，而公试则降敕差官。至是，岁终许取外舍生校最优者一人升内舍。
理宗复百取六人之制。绍定二年，以待补生自外方来参斋者，间有鬻帖伪冒之弊。遂命中选之人，召升朝保官二员批书印纸，仍命州郡守倅结罪保明，比照字迹无伪，方许帘引注籍；犯者治罪，罚及保官。五年，以省试下第及待补生之群试于有司者，有请托贿求之弊，学官考文，有亲故交通之私，命今后两学补试，并从庙堂临时选差，即令入院；凡用度，则用国子监供给学官事例。未几，监察御史何处久又言：“宜遵旧制，以武学、宗学补试，并就两学于大院排日引试，有亲嫌人依避房法。且士子试卷颇多，考官颇少，期日既迫，费用不敷。”乃增给用度，仍添差考官五员。宝祐元年，复命分路取放补试员数，以免远方士子道路往来之费及都城壅并之患。三年，复试于京师。
度宗咸淳二年正月，幸太学，谒先圣，礼成，推恩三学：前廊与免省试，内舍、上舍及已免省试者与升甲；起居学生与泛免一次，内该曾经两幸人与补上州文学，如愿在学者听。其在籍诸生，地远不及趁赴起居者，三学申请乞并行泛免一次，命特从之。凡诸生升舍在幸学之前者，方许陈乞恩例。七年