诏答曰：“朕不德不明，俾大臣忧疑，朕之过也。朕甚自愧，公勿以为虑。”代宗以子仪顷同患难，收复两京，礼之逾厚。时史朝义尚据洛阳，元帅雍王率师进讨，代宗欲以子仪副之，而鱼朝恩、程元振乱政，杀裴茂、来瑱，子仪既为所间，其事遂寝，乃留京师。
俄而梁崇义据襄阳叛，仆固怀恩阻兵于汾州，引回纥、吐蕃之众入寇河西。明年十月，吐蕃陷泾州，虏刺史高晖，晖遂与蕃军为乡导，引贼深入京畿，掠奉天、武功，济渭而南，缘山而东。渭北行营兵马使吕日将逆战于盩厔，自辰至酉，杀蕃军数千，然其徒多殒。贼将逼京师，君上计无所出，遽诏子仪为关内副元帅，出镇咸阳。子仪自相州不利，李光弼代掌兵柄，及征还朝廷，部曲散去。及是承诏，部下唯二十骑，强取民家畜产以助军。至咸阳，蕃军已过渭水。其日，天子避狄幸陕州。子仪闻上避狄，雪涕还京，至则车驾已发。射生将王献忠从驾，沿路遂以四百骑叛，仍逼丰王已下十王欲投于贼。子仪入开远门，遇之，诘丰王等所向，遂护送行在。子仪以三千骑傍南山，至商州，得武关防兵及六军散卒四千人，招辑亡逸，其军渐振。蕃犯京城，得故邠王守礼子广武王承宏，立帝号，假署百官。子仪遣六军兵马使张知节、乌崇福、羽林军使长孙全绪等将兵万人为前锋，营于韩公堆，盛张旗帜，鼓鞞震山谷。全绪遣禁军旧将王甫入长安，阴结少年豪侠以为内应，一日，齐击鼓于硃雀街，蕃军惶骇而去。大将李忠义先屯兵苑中，渭北节度使王仲升守朝堂。子仪以大军续进，至浐西。射生将王抚自署为京兆尹，聚兵二千人，扰乱京城，子仪召抚杀之。诏子仪权京城留守。
自西蕃入寇，车驾东幸，天下皆咎程元振，谏官屡论之。元振惧，又以子仪复立功，不欲天子还京，劝帝且都洛阳以避蕃冠，代宗然之，下诏有日。子仪闻之，因兵部侍郎张重光宣慰回，附章论奏曰：
臣闻雍州之地，古称天府，右探陇、蜀，左扼崤、函，前有终南、太华之险，后有清渭、浊河之固，神明之奥，王者所都。地方数千里，带甲十余万，兵强士勇，雄视八方，有利则出攻，无利则入守。此用武之国，非诸夏所同，秦、汉因之，卒成帝业。其后或处之而泰，去之而亡，前史所书，不唯一姓。及隋氏季末，炀帝南迁，河、洛丘墟，兵戈乱起。高祖唱义，亦先入关，惟能翦灭奸雄，底定区宇。以至于太宗、高宗之盛，中宗、玄宗之明，多在秦川，鲜居东洛。间者羯胡构乱，九服分崩，河北、河南，尽从逆命。然而先帝仗朔方之众，庆绪奔亡；陛下藉西土之师，朝义就戮。岂唯天道助顺，抑亦地形使然，此陛下所知，非臣饰说。
近因吐蕃凌逼，銮驾东巡。盖以六军之兵，素非精练，皆市肆屠沽之人，务挂虚名，苟避征赋，及驱以就战，百无一堪。亦有潜输货财，因以求免。又中官掩蔽，庶政多荒。遂令陛下振荡不安，退居陕服。斯盖关于委任失所，岂可谓秦地非良者哉！今道路云云，不知信否，咸谓陛下已有成命，将幸洛都。臣熟思其端，未见其利。夫以东周之地，久陷贼中，宫室焚烧，十不存一。百曹荒废，曾无尺椽，中间畿内，不满千户。井邑榛荆，豺狼站嗥，既乏军储，又鲜人力，东至郑、汴，达于徐方，北自覃怀，经于相土，人烟断绝，千里萧条。将何以奉万乘之牲饩，供百官之次舍？矧其土地狭厄，才数百里间，东有成皋，南有二室，险不足恃，适为战场。陛下奈何弃久安之势，从至危之策，忽社稷之计，生天下之心。臣虽至愚，窃为陛下不取。
且圣旨所虑，岂不以京畿新遭剽掠，田野空虚，恐粮食不充，国用有阙，以臣所见，深谓不然。昔卫文小国之君，诸侯之主耳，遭懿公为狄所灭，始庐于曹，衣大布之衣，冠大帛之冠，元年革车三十乘，季年三百乘，卒能恢复旧业，享无疆之休。况明明天子，躬俭节用，苟能黜素餐之吏，去冗食之官，抑竖刁、易牙之权，任蘧瑗、史之直，薄征驰力，恤隐迨鳏，委诸相以简贤任能，付老臣以练兵御侮，则黎元自理，寇盗自平，中兴之功，旬月可冀，卜年之期，永永无极矣。愿时迈顺动，回銮上都，再造邦家，唯新庶政，奉宗庙以修荐享，谒陵寝以崇孝思，臣虽陨越，死无所恨。
代宗省表，垂泣谓左右曰：“子仪用心，真社稷臣也。可亟还京师。”十一月，车驾自陕还宫，子仪伏地请罪，帝驻车劳之曰：“朕用卿不早，故及于此。”乃赐铁券，图形凌烟阁。
是时，河北副元帅仆固怀恩方顿军汾州，掠并、汾诸县以为己邑。乃以子仪兼关内河东副元帅、河中节度观察使，出镇河中。蕃戎既退，仆固怀恩部下离散。是月，怀恩子瑒主兵榆次，为帐下将张惟岳所杀，传首京师。惟岳以瑒之众归于子仪，怀恩惧，弃其母而走灵州。明年九月，以子仪守太尉，充北道邠宁、泾原、河西已东通和蕃及朔方招抚观察使，其关内河东副元帅、中书令如故。子仪以怀恩未诛，不宜让使，坚辞太尉，曰：“太尉职雄任重，窃忧非据，辄敢上闻。伏奉诏书，未允诚恳。臣畴昔之分，早知止足，今兹累请，窃惧满盈。义实由衷，事非矫饰，志之所至，敢不尽言。自兵乱已来，纪纲浸坏，时多躁竞，俗少廉隅。德薄而位尊，功微而赏厚，实繁有众，不可殚论。臣每见之，深以为念。昔范宣子让，其下皆让，栾騕为汰，不敢违也。臣诚薄劣，窃慕古人，务欲以身率先，大变浮俗，是用勤勤恳恳，愿罢此官，庶礼让兴行，由臣而致也。臣位为上相，爵为真王，参启沃之谋，受腹心之寄，恩荣已极，功业已成，寻合乞骸，保全余齿。但以冠仇在近，家国未安，臣子之心，不敢宁处。苟西戎即叙，怀恩就擒，畴昔官爵，誓无所受，必当追踪范蠡，继迹留侯。臣之鄙怀，切在于此。”优诏不许。子仪见上，感泣恳让，乃止。
十月，仆固怀恩引吐蕃、回纥、党项数十万南下，京师大恐，子仪出镇奉天。帝召子仪问御戎之计，子仪曰：“以臣所见，怀恩无能为也。”帝问其故，对曰：“怀恩虽称骁勇，素失士心，今所以能为乱者，引思归之人耳。怀恩本臣偏将，其下皆臣之部曲，臣恩信尝及之，今臣为大将，必不忍以锋刃相向，以此知其无能为也。”虏寇邠州，子仪在泾阳，子仪令长男朔方兵马使曜率师援之，与邠宁节度使白孝德闭城拒守。怀恩前锋至奉天，近城挑战，诸将请击之，子仪止之曰：“夫客兵深入，利在速战，不可争锋。彼皆吾之部曲，缓之自当携贰；若迫之，是速其战，战则胜负未可知。敢言战者斩！”坚壁待之，果不战而退。子仪自泾阳入朝，帝御安福门待之，命子仪楼上行朝见之礼，宴赐隆厚。
十一月，以子仪为尚书令，上表恳辞曰：“臣以薄劣，素乏行能，逢时扰攘，猥蒙驱策，内参朝政，外总兵权。上不能翼戴三光，下不能纠逖群慝，功微赏厚，任重恩深，覆餗之忧，实盈寤寐。臣昨所以固辞太尉，乞保余年，殊私曲临，遂见矜许。窃谓陛下已知其愿，深察其心，岂意未历旬时，复延宠命。以臣褊浅，又寡智谋，安可谬职南宫，当兹大任？况太宗昔居籓邸，尝践此官，累圣相承，旷而不置。皇太子为雍王之日，陛下以其总兵薄伐，平定关东，饮至策勋，再有斯授。岂臣末职，敢乱大伦？德薄位尊，难逃天子之责；负乘致冠，复速神明之诛。伏乞天慈，俯停新命。”答诏不允。翌日，敕所司令子仪于尚书省视事。诏宰相百僚送上，遣射生五百骑执戟翼从，自朝堂至省，赐教坊乐。子仪不受，复上表曰：
臣伏以尚书令，武德之际，太宗为之，昨沥恳上陈，请罢斯职；而陛下未垂亮察，务欲褒崇，区区微诚，益用惶惧。何则？太宗立极之主，圣德在人，自后因废此官，永代作则。陛下守文继体，固当奉而行之，岂可猥私老臣，隳厥成式，上掩陛下之德，下贻万方之非。臣虽至愚，安敢轻受？况久经兵乱，僭赏者多，一人之身，兼官数四，硃紫同色，清浊不分，“烂羊”之谣，复闻圣代。臣顷观其弊，思革其源，以逆寇犹存，未敢轻议。今元凶沮败，计日成擒，中外无虞，妖氛渐息。此陛下作法之际，审官之时，固合始于老臣，化及班列。岂可轻为此举，以乱国章？国章乱于上，则庶政隳于下，海内之政皆乱，则国家又安得永代而无患哉！陛下苟能从臣之言，俯察诚请，彼贪荣冒进者，亦将各让其所兼之官，自然天下文明，百工式叙，太平之业，可得而复也。臣诚蒙鄙，识昧古今，志之所切，实在于此。“)