康熙二十二年秋八月，清人既得台湾，廷议欲墟其地。靖海侯将军施琅不可，疏曰：“台湾北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护。隔澎湖一大洋，水道三更。明季设水帅标于金门所，出泛至澎湖而止，水道亦有七更。台湾一地，原属化外，土番杂处，未入版图也。然其时中国之民潜至，生聚于其间者，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，芝龙就抚，将此地税与红毛，为互市之所。红毛遂联络土番，招纳内地人民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，为郑成功所攻破，盘踞其地，纠集亡命，窥伺南北。及其孙克塽，六十余年无时不仰厪宸衷。臣奉命征讨，亲历其地，备见野沃土膏，物产利溥，耕桑并耦，渔盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺水藤，糖蔗鹿皮，以及一切日用之需，无所不有。向之所少者布帛尔，兹则木棉盛出，经织不乏。且舟帆四达，丝缕踵至，饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区，而险阻之域也。一旦纳土归命，此诚天以未辟之方舆，资皇上东南之保障，永绝边海之祸患，岂人力所能致哉。夫地方既入版图，民番均属赤子，善后之计，尤宜周祥。此地若弃为荒陬，复置度外，则今台湾人居稠密繁息，农工商贾各遂其利，一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策。况以有限之船，渡无限之民，非阅数年，难以报竣。使载渡不尽，苟且塞责，则深山穷谷，窜伏潜匿，实繁有徒，和同土番，从而啸聚。假以内地之逃军流民，急则走险，纠党为患，造船制器，剽掠海滨。此所谓藉寇兵而赍盗粮，固较著也。且此地原为红毛所居，无时不在贪涎，亦必乘隙以图。一为所有，彼性狡黠，善为鼓惑。重以来贩船只，制作精坚，从来无敌于海外。若得此数千里之膏腴，必倡合党伙，窃窥边场，迫近门庭，此乃种祸。将来沿边诸省，断难晏然无虞。至时动师远征，两涉大洋，波涛不测，恐未易建成效。
如仅守澎湖而弃台湾，则澎湖孤悬海外，土地卑薄，异于台湾，远隔金、厦，岂不受制于人。是守台湾即所以固澎湖也。台、澎联为臂指，沿海水师汛防严密，各相犄角，声气关通，应援易及，可以宁息。昔日郑氏得以负抗者，以台湾为老巢，澎湖为门户，四通八达，任其所之，我之舟师往来有阻。今地方既为我得，官兵棋布，风期顺利，片帆可至，虽有奸萌，不敢复发。臣业与部臣、抚臣会议，而部臣、抚臣未履其地，弃留未决。臣阅历周详，则不敢遽议轻弃也。且海氛既靖，内地溢设之兵，尽可陆续裁减，以之分防台、澎两处。台湾设总兵一员，水师副将一员，陆师参将二员，兵八千名。澎湖设水师副将一员，兵二千名。计兵一万，足以固守，又无添兵增饷之费。其防守总兵、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，无致久任，永为成例。然当此地方初辟，正赋杂饷似宜蠲豁。现在一万之兵食，权行全给，三年后开征，可以在需。抑且寓兵于农，亦能济用，可以减省，无尽资内地之转输也。盖筹天下之形势，必求万全。台湾一地虽属外岛，实关要害，无论彼中耕种，犹能少资兵食，固当宜留。即为不毛之壤，必藉内地輓运，亦断不可弃。弃留之际，利害攸关。臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边疆。是以会议具疏之外，不避冒渎，以其利害自行详陈。“诏曰可。设府一县三，隶福建。府曰台湾，附郭亦曰台湾。南曰凤山，北曰诸罗。而澎湖置巡检，设台厦兵备道，驻府治，兼理提督、学政、按察使、司事，分泛水陆，为海疆重镇矣。十一月，雨雪，坚冰寸余。
二十三年春，文武皆就任。乃大户税亩，有田七千五百三十四甲，园一万零九百十九甲，户一万二千七百二十七，口一万六千八百二十人。琅奏请减赋，下旨再议。于是奏定上则田每甲征粟八石八斗，园四石，每丁征银四钱七分六厘，著为例。初，延平郡王成功克台