三月丁巳，御集英殿试进士。己巳，赐进士李常宁等二十有四人及第，二百九十六人出身，一百八十有八人同出身。诸科、明经七十有三人，各赐本科及第、出身、同出身有差。甲戌，荐赐新释褐进士钱百万、酒五百壶为期集费。
夏四月辛巳，右仆射吕公著为司空、同平章军国事，仍一月三赴经筵，二日一朝，因至都堂议事；吕大防为左仆射，范纯仁为右仆射兼中书侍郎。制词，学士苏轼所草也。是夕，轼对于内东门小殿，既承旨。太皇太后忽宣谕轼曰：“内翰何以至此？”轼曰：“遭遇陛下。”曰：“不关老身事，亦不关官家事，此是神宗皇帝之意。当其饮食而停箸看文字，则内人必曰：“此苏轼文字也。”神宗忽时称曰：“奇才，奇才！”但未及用学士而上仙尔。”轼哭失声，太皇太后与上左右皆泣，已而命坐赐茶，曰：“内翰直须尽心事官家，以报先帝知遇。”轼拜而出，撤金莲烛送归院。壬午，孙固守门下侍郎，刘挚守中书侍郎，王存守尚书左丞，安焘为右光禄大夫、依前知枢密院事，胡宗愈为中大夫、守尚书右丞，赵瞻为枢密直学士、签书枢密院事。甲申，韩川、刘安世进对，太皇太后问：“近日差除如何？”安世等曰：“朝廷用人皆协舆望，惟胡宗愈，公议以为未允耳。”癸丑，范祖禹言：“臣不侍经席已逾两月。昔唐宪宗不对学士两月，李绛奏曰：“为臣等窃禄偷安之计则便矣，其如陛下何？”陛下如好学，则天下之君子皆欣慕，愿立于朝，以直道事陛下，辅助德业而致太平矣。陛下如不好学，则天下之小人皆动其心，欲立于朝，以邪谄事陛下，窃取富贵而专权利矣。”
五月。初，胡宗愈除尚书右丞，王觌疏：“宗愈自为御史中丞，论事建言多出私意，与苏轼、孔文仲各以亲旧相为比周。”内批：“王觌论列不当，落谏议大夫，与外任差遣。”翼日，吕公著言：“今来若止为论列胡宗愈便行责降，必未协众情，未敢行下。”后二日，公著与大防、纯仁再论于帘前，太皇太后意犹未解。纯仁退而上疏曰：“侧闻圣训以谓“朋党甚多，宜早施行，恐于卿等不便。”以臣愚见，朝廷本无朋党，只是善恶邪正各以类分。陛下既用善人，则匪人皆忧难进，遂以善人之相称举者皆指以为朋党，所有先降贬谪王觌文字，臣未敢签书。”监察御史赵挺之言：“王觌因言执政而罢，朝论以觌任职，皆为觌贺。”杨康国奏：“一二年来，陛下略不优假言路，去年遂张舜民，今岁又罢王觌，皆缘论及执政，而岁岁逐谏官御史。伏望追寝罢觌之命。”
六月，刘安世言：“臣三次论奏胡宗愈操行污下，毁灭廉耻，诚不足以辅佐人主，参预国论。乞特行罢免。”
秋七月庚戌，日至酉初一刻，赤如赭。壬戌，诏：“应大臣奏举馆职，并依条召试除授。
其朝廷特除，不用此令。”先是，刘安世言：“祖宗定天下，首辟儒馆，以育人材，处于英俊之地，而厉其名节，观以古今之书而开其聪明。近岁以来，浸轻其选，或缘世赏，或以军功，或酬聚敛之能，或徇权贵之荐，未尝较试，遂贴职名。”又言：“今陛下过听臣言，追复旧制，而继云“其朝廷特除者不在此限”，则是名为更张，弊原尚在。欲乞自转运使以上资序特除者得不用此制，度能塞侥幸之门，重馆职之眩”
八月庚子〔2〕，刘安世言：“臣伏见祖宗以来，执政大臣亲戚、子弟未尝敢授内外华要之职。自王安石秉政以后，尽废累圣之制，专用亲党，务快私意。在位之臣，犹袭故态；子弟亲戚，布满要津，此最当今大患也。愿出此章，遍示三省，俾不废祖宗之法。”中书舍人曾肇言：“七月，内批钱珏特差勾当牛羊司；八月，内批刘言特添差勾当翰林司。臣伏见太皇太后陛下、皇帝陛下杜绝清谒，裁抑恩幸，而近日以来，颇有干求内降特与差遣者。窃恐侥幸之人转相扳援，谨并录上仁宗朝缘内降戒饬诏书事迹凡八条，别为一通。伏乞置之坐右，少助省览。”
九月戊申，苏轼言：“臣今日迩英进读宝训，及太宗皇帝每见时和岁丰、雨雪应时辄喜不自胜，举酒以属群臣；又是日荧惑与日同度，太史奏言当旱，既而雨足岁丰。臣读至此，因进言：水旱虽天意，然人君修德，可以转灾为福。”丁卯，上御集英殿，试贤良方正能直言极谏科谢悰，已赐悰进士出身，除初等职官。刘安世言：“近见悰申尚书省辞免新命状乃云“所有敕命，未敢抵授”。以“祗”为“抵”，以“受”为“授”。昔唐之省中有“伏猎侍郎”，为严挺之所讥而罢。陛下初复制举，岂容有“抵授贤良”乎？”
冬十月，御史翟思等言：“清心莫如省事，省事莫如省官。盖事省则可以省吏，吏省则可以省禄，禄省则可以省费。以今天下之事，其烦简多寡，盖无以异于官制以前。然昔以一官治之者，今析之为四五；昔以一吏主之者，今增而为六七。愿朝廷参考古制，以救今弊。”
十一月，刘安世言：“屡见近臣连名荐士，多为捷径，容使躁求，人怀觊觎，何所不至？”
诏自今臣寮特有荐举，毋得列衔闻奏。
十二月甲午，郓州州学教授周穜罢归吏部，用刘安世、苏轼言也。安世言：“伏见周穜上书，乞以故相王安石配享神宗皇帝。穜以疏远微贱之臣，怀奸邪观望之志，陵蔑公议，妄论典礼。伏望重行窜殛，以明好恶。”轼言：“臣忝备侍从，谬于知人。至引此人，以污学校。谨自劾以待罪。”
闰十二月，诏颁《元枯敕令格式》。范镇卒。甲辰，京西北路管押范镇所定铸成律十二编钟、十二铸钟、一尺、一斛、一响石，为编磬十二、特磬一、箫、笛、埙、篪、巢笙、和笙各二，较景祐中李照所定，又下一律有奇，并书及图法上进。诏送太常寺，令尚书礼部、太常寺参定以闻；诏范镇与一子有官人升一任差遣，制造人等第支赐。诏下，镇已卒。产部尚书韩忠彦、侍郎苏辙、韩宗道言：“本部近编成《元祐会计录》。大抵一岁天下所收钱谷金银币帛等物，未足以支一岁之出。臣等愿明敕本部，随事看详，量加裁损。二圣以身率之，大臣以身先之，则谁不信伏？”贴黄：“乞降朝旨，令本部裁减浮费。前后所减三十余事，率皆浮费之小者，已约及二十余万贯。”诏户部取索应干财用，除诸班、诸军料钱衣粮、赏给特支依旧外，其余浮费，并行裁省，节次以闻。御史中丞李常言：“先帝以人吏无禄为不足以责其廉，遂重其罚而禄之。向已命官核实汰冗。请督责成书。”诏门下中书后省疾速立法。甲寅，太皇太后诏曰：“吾今自以眇身率先天下，今后每遇圣节、大礼、生辰，合得亲属恩泽，并四分减一。皇太后、太妃准此。”
己巳元祐四年春正月甲申，左司谏韩川为集贤校理、权发遣棣州，以数言胡宗愈不听故也。己亥，诏罢回河及修减水河。
二月甲辰，司空、同平章军国事吕公著卒，赠太师、申国公，谥正献。公著识虑深敏，量闳而学粹，苟便于国，不以私利害动其心。与人至诚，不事表襮，其好士乐善出于天性，士大夫有以人物为意者，必问其所知，与其所闻相参核，以待上求。神宗尝谓执政曰：“吕公著之于人才，其言不欺，如权衡之称物。”上前议政事尽诚去饰，博取众人之善以为善，至其所当守，毅然不可回夺也。壬戌，御迩英殿，召讲读官讲《尚书》，读宝训。司马康讲《洪范》至“义用三德”，上问曰：“只此三德，为更有德？”康对曰：“皋陶所陈有九德，如柔而立、刚而塞、强而毅之类是也。”先是，上恭默未言，起居舍人王岩叟喜，闻德音，因欲风谏，退而上言：“陛下既能审而问之，必能体而行之。三德者，人君之大本，得之则治，失之则乱，不可须臾去者也。三数虽少，推而广之，足以尽天下之要。陛下诚能用以修己安人，则尧舜三代之盛可坐致也。”己巳，知邓州蔡确为观文殿大学士，余如故。
三月甲戌，苏颂等奏：撰进汉唐故事，分门增修。诏以《迩英要览》为名。刘安世言：“自去年四月以后，凡十八次疏论列胡宗愈罪状，未睹施行。”又以状申三省，乞将所奏请付外施行。己卯，尚书右丞胡宗愈为资政殿学士、知陈州。详定制造水运浑仪所奏：“宋以火德王天下，所造浑仪，其名水运，甚非吉兆。”诏以元祐浑天仪象为名。刘安世言：“去冬迄春，雨雪愆期，夏苗将槁，秋种未布。伏望特罢宴乐，以示闵雨之意。”丁亥，诏罢春宴。苏轼为龙图阁学士、知杭州〔3〕，从轼请也。既逾月，轼言：“臣近以臂疾坚乞一郡，但谓朝廷哀怜衰疾，许从私便。及出朝参，乃闻近日台官论奏臣罪状甚多，而陛下不肯降出。伏望圣慈尽将台谏官章疏降付有司，今尽理根治，所贵天下晓然知臣有罪无罪，不是陛下屈法庇臣，则虽死无所恨矣。夫君子之所重者，名节也，故有舍生取义、杀身成仁、可杀不可辱之语。而爵位利禄，盖古者有志之士所谓鸿毛敝屣也。人臣知此轻重，然后可与事君父。”辛卯午时，有流星出自东北方，向西北方急流，至浊没。“)