闰四月，知制诰沈括上《熙宁奉元历》。初，仁宗朝用《崇天历》，至治平初，司天监周琮改撰《明天历》行之，至熙宁元年七月望夜将旦，月食东方，与历不协，乃诏更造新历。括言淮南人卫朴通历法，诏朴改造。神《明天历》朔减二刻。历成行之，至绍圣初，又改历。赐大理寺丞欧阳发进士出身。发，修之子也。上问修所为《五代史》何，王安石曰：“臣方读数册，其文辞多不合义理。”上曰：“责以义理，则修止于如此。每卷后论说皆称“呜呼”，是事事皆可叹嗟。”
五月丙寅，命辅臣祷雨于天地、宗庙、社稷。
六月辛卯朔，上批：“闻淮南旱甚，其令转运司委州军长吏祷名山灵祠。”辛丑，都官员外郎刘师旦言：“今九域图自大中祥符六年修定，至今六十余年。乞选有地理学者重修。”
更赐名曰《九域志》。王安石上《诗》，《书》，《周礼》义序，诏付国子监，置之三经解之首。先是，安石撰《诗序》称颂上德，以文王为比。上曰：“以朕比文王，恐为天下后世笑。卿言当为人法，恐如此非是。”安石言：“称颂上德以为比于文王，诚无所悔。”上曰：“朕岂不自知？须当改之，但言解经之意足矣。”遂改撰以进，上乃颁行之。司徒兼侍中、判相州韩琦薨。前一夕，大星陨州治，枥马皆惊。上自为碑文载琦大节，又篆其首曰“两朝顾命定策元勋之碑”，谥忠献。
秋八月庚寅朔，司天监言：日当食。云阴微雨，不见。庚戌，韩绛罢知许州。绛居相位，数与吕惠卿异议。王安石复入，论政愈驳。数称疾，固求罢，而有是命。
冬十月，崇政殿说书吕升卿权发遣江南西路转运副使。上既决意罢惠卿政事，故先出升卿。先是，御史蔡承禧奏：“臣累言参知政事吕惠卿奸邪不法。”是日手诏：“参知政事吕惠卿不能以公灭私，为国司直，可守本官知陈州。”庚子，权三司使章惇知湖州。先是，御史中丞邓绾言：“惠卿执政逾年，所立朋党不一。然与惠卿同恶相济，无如章惇。今惠卿虽已斥逐，而尚留惇在朝廷，亦犹病四体而止治其一边，粪除一堂而尚存秽之半也。”于是罢惇三司使，以本官出守。丁未，彗不见。自始出至没凡十二日。丁巳，富弼言：“臣近日忽闻别降手诏，许中外臣寮直言朝政之阙失。洛城士庶欢呼鼓舞，喧于道路。推是而往，则天下之人无不慰悦矣。去年久旱，陛下曾降手诏，许臣寮上封论事。人方喜悦，日俟朝廷施设，而不知何人上累圣德，遽成反汗，于是天下大失所望。臣愿陛下尽取群奏，不遗疏贱，万机之暇，一一亲阅，择其众说所合者断在不惑，力赐施行，则人心悦服，天道助顺。天人相应，立致太平，岂复有灾眚出见而上骇圣虑哉？”张方平言：“新法行已六年，事之利害，非一二可悉。人为天地心，天地之变，人心实为之，故和气不应，灾异荐作，顾其事必有未协于民者矣。法既未协，事须必改。若又惮改，人将不堪，此臣所以为陛下痛心疾首，一夕而九兴也。”
十一月癸未，右谏议大夫宋敏求为知制诰，陈襄为枢密直学士。先是，知制诰邓润甫言：“近者群臣专尚告讦，此非国家之义。宜登用敦厚之人，以变风俗。”上嘉纳之。居数日，敏求及襄有是命。丙戌，先是，王安石以疾居家，上遣中使劳问，又命辅臣即其家议事。
时有不附新法者，安石欲深罪之，上不可，安石争之曰：“不然法不行。”上曰：“闻民间亦颇苦新法。”安石曰：“祁寒署雨，民犹怨咨，此岂足恤也？”上曰：“岂若祁寒暑雨之怨亦无耶？”安石不悦，退而属疾。上遣使慰勉之，乃出。其党为安石谋曰：“今不取门下士，上素所不喜者暴而用之，则权轻，将有窥人间隙者矣。”安石从之。上亦喜安石之出，凡所进拟皆听，安石由是权益重。
十二月辛亥，王安石上再撰《诗，关雎》义解。诏并前改定诸诗序解付国子监镂板施行。
癸丑，诏：“安南世受王爵，而乃攻犯城邑，杀伤吏民，干国之纪，刑兹无赦。已差赵卨充安南道行营马步军都总管，须时兴师，水陆兼进。天示助顺，既兆布新之样；人知侮亡，咸怀敌忾之气。”时交趾所破城邑，即为露布揭之衢路，言中国作青苗、助役之法穷困生民，今出兵欲相拯济。安石怒，故自草此诏。
丙辰熙宁九年春正月己卯，是日，交贼陷邕州。苏缄曰：“吾义不死贼手。”乃还州廨，阖门，命其家三十六人皆先死，藏之于坎。纵火自焚。缄愤沈起、刘彝致寇，彝又坐视城覆不救，乃列起、彝罪榜于市，冀达朝廷。邕人为缄立祠，岁时祷之。
二月丁亥朔，判太原府郭逵为安南道行营马步军都总管、招讨使兼荆湖广南路宣抚使，改赵卨为副使。始吴充与安石争伐交趾利害，安石言：“必可龋”充谓得之无益。上竟用安石言。广南西路经略司以苏缄死事闻，诏赠缄奉国军节度使，谥忠勇，以其子前桂州司户参军子元为西头供奉官、阁门祗候，赐对便殿。上曰：“昔唐张巡以许远守睢阳，蔽捍江淮。
较之卿父，未为远过也。”
三月甲戌，御集英殿，赐进士王铎以下并明经、诸科及第、出身、同学究出身总五百九十六人。铎，邵武人也。戊寅，赐新及第进士等钱五百千、诸科钱二百千，造小录等。
夏四月，上与辅臣论营阵法，以谓“为将者少知将兵之理，且如八军、六军皆大将居中。
大将譬夫心也，诸军则四体也。运其心智，以身使臂，使指攻其左则右救，攻其右则左救，前后亦然，则兵何由败也？”
五月丙寅，诏复分两浙为二路。明年五月，复有诏合为一路，盖以财赋不可分故也。
六月，安石既与惠卿交恶，令徐禧、王古等按华亭狱，不得惠卿罪，更使周辅按之。安石子雱切责练亨甫、吕嘉问，亨甫、嘉问共议取邓绾等所条惠卿事，杂他书下制狱。堂吏遽告惠卿于陈，惠卿即自诉，且讼绾及安石。上以示安石，安石归而问雱，雱乃言其情，安石始咎雱，而嘉问等相继得罪。安石由是愧上，数求去。上待安石自是意亦稍衰矣。天章阁待制王雱卒。手诏即其家上雱所撰《论语》、《孟子义》。雱性刻深喜杀，常称商君以为豪杰之士，每劝安石诛不用命大臣，而安石不从也。及与惠卿交恶，使人告发吕氏奸利事，皆自雱发之。
秋七月庚申，上批：“自关以西，秋稼颇有顺成之望。近忽生蝗蝻虸蚄，可令监司速分定州军往来督趣官吏，打扑净尽以闻。”
八月，宣徽南院使、判应天府张方平言：“司农寺近降新制，应祠庙，许依坊场河渡募人承买，收取净利。管下阏伯庙、微子庙，阏伯主祀太火，火为国家盛德所乘；微子开国于宋，亦本朝受命建号所因。又有双庙，乃唐张巡、许远以孤城死贼。欲乞朝廷不责此三庙，以称国家严恭典礼追尚前烈之意。”上批：“司农寺鬻天下祠庙，辱国黩神，此为甚者。可速令更不施行。”
冬十月丙戌，上批：“体问得前日小雨，于农事亦小有济，宜且择日赛谢。”戊子，上批：“权御史中丞邓绾操心颇僻，赋性奸回，论事荐人，不循分守。可落学士、中丞。以兵部郎中知虢州。”壬辰，诏崇文院校书兼中书户房习学公事练亨甫身备宰属，与言事官交通，罢为漳州军事判官。先是，王安石言：“闻御史中丞邓绾尝为臣子弟营官，及荐臣子婿可用，又为臣求赐第宅。兼绾近举御史二人，寻却乞不施行。闻其一人彭汝励者尝与练亨甫相失，绾听亨甫游说，故乞别举官。绾岂可令执法在论思之地？亨甫亦不当留备宰属。”故有是命。
初，绾以附会安石居言职。及安石与吕惠卿之党相倾，绾皆极力奏劾之。上益厌安石所为，绾惧安石去而失势，屡留之于上。亨甫谄事安石子雱以进。至是乃斥。丙午，左仆射兼门下侍郎、平章事王安石罢为镇南军节度使、同平章事、判江宁府。安石之再入也，多称病求去。及子雱死，力请解机务。上亦滋厌安石所为，故有是命。枢密使、工部侍郎吴充依前官平章事。充在西府，数乘间言安石政事不便，上以其中立无私，故相之。知成都府冯京为给事中、知枢密院事。先是，吕惠卿悉出安石前后私书手笔奏之，其一云：“勿令齐年知。”齐年者，谓京也，与安石同岁，在中书多异议，故云。又其一云：“勿令上知。”由是上以安石为欺，故复用京。“)