十三年，有司请择爽垲之地，仿景灵宫旧规随宜建置，俟告成有日，迎还列圣晬容奉安新庙，庶几四孟躬行献礼。乃诏度地筑宫为三殿，圣祖居前，宣祖至徽宗居中，元天太圣后及昭宪而下二十一后居後。七月，新宫成，上亲诣行礼。十月，遣官自温州奉迎神御至，上乃诣天章阁西殿告迁徽宗及显恭、显肃二后神御并奉安焉。
掌宫内侍七人，道士十人，吏卒二百七十六人。上元结灯楼，寒食设秋千，七夕设摩〈日侯〉罗帘幕，岁时一易。岁时酌献二百四十羊。凡帝后忌辰，通用僧道四七人作法事。十八年，增建道院。後又以韩世忠赐第增筑天兴殿五楹、中殿七楹、後殿十有七楹，斋殿、进食殿皆备。遇孟享，皇帝斋於内殿，行事官斋於本司。其日质明，皇帝先诣圣祖位前，三上香、进茶、三进酒；次诣宣祖位前，又次诣太祖、太宗至於徽宗位前，并如上仪。次日，皇帝诣元天大圣后，次诣昭宪皇后至显肃皇后位前，行礼并如前殿、後殿之仪。
自渡江後，行在靡有定所，神御奉安他州，朝献则遣官分诣。至绍兴十二年，和议成，驻跸临安，始备太庙原庙之制。
《建炎以来朝野杂记》：自休兵後，太祖创册宝殿，凡帝后宝册洎郊庙金玉礼器皆藏焉。始时令太常寺官一员季点，然第省阅文历而已。乾道五年春，因有盗窃礼器者，中书门下始奏令每季取索赤历点检足备，用印封锁，具有无损失申省（二月己丑降旨）。庆元五年夏，太常寺奏太庙遗失皇后金宝二，命大理寺治之（六月庚寅降旨）。既而庙之卫卒赴有司自首，坐狱死。盖故事册宝，以中人领其工作，及盗去凿而售之，中乃铁胎也，繇是事败。自後朝廷益谨其事，月以察官、礼官、中官各一员检视，谓之点宝。礼器中瑶爵、玉瓒二事绝佳，人间所未见。其他圭壁，大抵多水浆色也。册宝中惟昭慈圣宪皇后谥册以象牙，馀皆珉玉。又有徽宗皇帝谥宝，玉色尤温粹。
十五年，诏仿东都旧制，创钦先孝思殿於崇政殿之东，凡朔望节序生辰，上皆亲酌献行香，用家人礼。
《建炎以来朝野杂记》：国朝宗庙之制，太庙以奉神主，一岁五享，朔祭而月荐新。五享以宗室诸主、朔祭以太常卿行事景灵宫，以奉塑像。岁四孟享，上亲行之。帝后大忌，则宰相率百官行香，僧道士作法事，而后妃六宫，亦皆继往天章阁以奉画像。时节朔望、帝后生辰日皆遍荐之，内臣行事。钦先孝思殿亦奉神御，上日焚香。而诸陵之上宫，亦有御容，时节酌献，如天章阁。每岁寒食及十月朔，宗室、内人各往朝拜。春秋二仲，太常行园陵。季秋，监察御史检视太庙之祭以俎豆，景灵宫用牙盘，而天章阁等以常馔，用家人之礼云。迄今不改。
十六年，太常寺言：“契勘在京庙制，每室东设户，西设牖，西墙作祏室，藏祖宗帝后神主。又有东西夹室，其夹室止设户。见今行在太庙，系随宜修盖，未曾安设祏室。今既创行修盖，即合体仿在京庙制同殿异室修盖，及将殿东西作两夹室，其两夹室止设户。十一室，即依庙制设户牖。其殿南北深七丈，每室於西壁从北以南一丈二尺，作厚墙，随宜安设祏室。其西夹室亦合设祏室，藏顺祖室神主。”诏从之，乃广太庙。
工部侍郎兼太常少卿王普言：“谨案《春秋公羊》说，曰‘主藏庙室西壁中，以备火灾’。《左氏》说，曰‘主祏於宗庙’，言庙有祏室，以藏神主。汉仪藏主於西墙壁坎中，去地六尺一寸，盖坎即祏室也，非特备灾，亦神道尚幽之义。然则古者庙必有主，主必有祏。郑原繁曰‘先君威公命我先人典司宗祏’，此诸侯庙主之祏也。卫孔悝使宰反祏於西圃，此大夫庙主之祏也。《开宝通礼》别庙时享孝明、孝惠皇后，享日，宫闱令入室开坎，奉出神主置於座。《政和五礼·时享别庙仪》，享日，祠祭官赞奉神主，宫闱令於祏室中，奉惠恭皇后神主於神幄，启椟，设於座，至送神乐立，祠祭官赞奉神主入祏室，宫闱令纳神主於椟，捧入祏室。然则本朝故事，别庙后主亦有祏室，自艺祖至徽宗未之有改也。昨绍兴五年，祖宗后神主至自温州始建太庙，才为屋五间，後稍增至七间，皆有殿而无室，但置神主并椟於案上，以帐帱之，每遇祭享，则就案启椟而荐献於前，其草创如此。十二年，祔懿节皇后，乃建别庙，亦如太庙之草创也。十六年，新造礼器告成，诏增笾、豆、簠、簋之数，悉依典礼。而太庙殿上迫狭不能容之，於是始作新庙，凡十三间。除东西夹室之外，为十一室，各开户牖，安祏室於西墙，略仿京师庙制。惟别庙一位，祭器不多，遂且仍旧，以至於今，此有司因循之过也。兹追册皇后将祔於懿节之次，既修别庙，分为二室，当各置祏室，如累朝故事。”诏从之。
董芬、王普议，当以艺祖为太祖，正东向之位。事见《禘祫门》。
《建炎以来朝野杂记》：太庙自仁宗以来，皆祀七世。崇宁初，蔡京秉政，始取王肃说，谓二祧在七世之外，乃建九庙，奉翼祖、宣祖，咸归本室焉。然王莽已营九庙，唐明皇又用之，非始於蔡京也。绍兴中，徽宗祔庙，以与哲宗同为一世，故无所祧及升祔。钦宗始祧翼祖，高宗与钦宗同为一世，亦不祧，由是淳熙末年，太庙祀九世十二室。及阜陵复土，赵子直为政，遂祧僖、宣二祖而祔孝宗。时朱元晦在经筵，独以九庙为正，子直不从，元晦议遂格。及光宗祔庙复不祧。今又祀九世矣。
绍熙五年闰十月（时宁宗已即位），诏别建四祖殿於太庙大殿之西，奉祧主僖、顺、翼、宣四祖神主，岁令礼官荐献。
宋朝自太祖追王僖、顺、翼、宣四祖以来，每遇禘祫，祖宗以昭穆相对，而虚东乡之位。王安石用事，以为僖祖以上世次不可知，则僖祖之有庙与后稷疑无以异。当时诸儒韩绛辈辩之，不从。时程颐为布衣，为人言亦以安石之言为是。熙宁八年夏，禘於太庙，以僖祖东向，自是无敢议者。绍兴後，董弅、王普、尤袤俱请正太祖东乡之位，未克行。先是，英宗祔庙巳祧顺祖，至钦宗祔庙又祧翼祖，及高宗升祔，遂为九世十二室。至是孝宗将升祔，赵汝愚当国，欲并祧僖、宣二祖，事下侍从、台谏、礼官议。於是吏部尚书郑侨等请祧二祖，而正太祖东乡之位。诸儒如楼钥、陈傅良辈，皆以为可。诏从之。
侨等寻又奏请立僖祖别庙，以顺、懿、宣三祖祔藏。时朱熹在讲筵，独入议状，条其不可者四，大略云：“准吏部尚书牒，集议四祖祧主宜有所归者。今详群议虽多，而皆有可疑。若曰藏之夹室，则是以祖宗之主下藏於子孙之夹室，至於祫祭，设幄於夹室之前，则亦不得谓之祫。欲别立一庙，则丧事即远，有毁无立。欲藏之天兴殿，则宗庙、原庙不可相杂。议者皆知其不安，特以其心急欲尊奉太祖三年一祫时暂东乡之故，不知其实无益於太祖之尊，而徒使僖祖、太祖两庙威灵，相与争校强弱於冥冥之中。并使四祖之神疑於受摈，徬徨踯躅，莫知所归，令人痛伤，不能自已。今但以太祖当日追尊帝号之令而默推之，则知今日太祖在天之灵，必有所不忍而不敢当矣。又况僖祖祧主迁於治平不过数年，神宗皇帝复奉以为始祖，己为得礼之正而合於人心，所谓‘有其举之，莫敢废者’乎。”又言：“当以僖祖为始祖，如周之后稷，太祖如周之文王，太宗如周之武王，与仁祖之庙，皆万世不祧；仁宗为昭，英宗为穆，与真宗主并藏西夹室；神宗为昭，哲宗为穆，徽宗为昭，钦宗为穆，高宗为昭，孝宗为穆，而高宗之庙，亦万世不祧。若未能然，则奉僖祖居第一室，太祖居第二室，太宗居第三室。太祖、太宗仍共为一世，自真宗以下至於孝宗，凡九世十二室。”贴黄云：“续蒐访得元祐大儒程颐之说，以为太祖以上有僖、顺、翼、宣。先尝以僖祧之矣，介甫议‘以为不当祧，顺以下祧可也’。或难以僖祖无功业。或谓灵芝无根，醴泉无源，物岂有无本而生者，今日天下基本，盖出於此人，安得为无功业？故朝廷复立僖祖庙为得礼。安石所见终是高於世俗之儒。熹窃详颐之议论素与王安石不同，至论此事则深服之，足以见义理人心之所同，固有不约而合者。又司马光、韩维之徒皆是大贤，人所敬信，其议偶不出此，而安石乃以变乱穿凿得罪於公议，故欲坚守二贤之说，并安石所当取者而尽废之，今以程颐之说考之，则是非可判矣。”“)