明帝永平二年正月辛未，初祀五帝於明堂，光武帝配。五帝坐位堂上，各处其方，黄帝在未，皆如南郊之位。光武帝位在青帝之南，少退，西面。牲各一犊。帝及公卿列侯始服冠冕、衣裳、玉佩、絇屦以行事，奏乐如南郊。礼毕，登灵台，使尚书令持节诏骠骑将军、三公曰：“今令月吉日，宗祀光武皇帝於明堂，以配五帝。礼备法物，乐和八音，咏祉福，舞功德，班时令，敕群后。事毕，升灵台，望元气，吹时律，观物变。群僚藩辅，宗室子孙，众郡奉计，百蛮贡职，乌桓，濊貊咸来助祭，单于侍子、骨都侯亦皆陪位，斯固圣祖功德之所致也。朕以闇陋，奉承大业，亲执圭璧，恭祀天地。仰惟先帝受命中兴，拨乱反正，以宁天下，封泰山，建明堂，立辟雍，起灵台，恢弘大道，被之八极；而嗣子无成、康之质，群臣无吕、旦之谋，盥洗进爵、踧踖惟惭。素性顽鄙，临事益惧。其令天下自殊死以下皆赦除之。百僚师尹，其勉修厥职，顺行时令，敬若昊天，以绥兆人。”
班固《东都赋·明堂诗》：“於昭明堂，明堂孔阳。圣王宗祀，穆穆煌煌。上帝宴享，五位时序。谁其配之？世祖光武。普天率土，各以其职。猗欤缉熙，允怀多福！”
《东京赋》曰：“复庙重屋，八达九房。”薛综注曰：“八达，谓室有八窗也。堂後有九室，所以异於周制也。”王隆《汉官篇》曰：“是古者清庙茅屋。”胡广曰：“古之清庙，以茅盖屋，所以示俭也。今之明堂，茅盖之，乃加瓦其上，不忘古也。”
章帝建初三年，宗祀明堂；礼毕，登灵台，望雲物。
元和二年二月，幸泰山，柴告岱宗，进幸奉高。壬申，宗祀五帝於孝武所作汶上明堂，光武帝配，如雒阳明堂礼。癸酉，更告祀高祖、太宗、世宗、中宗、世祖、显宗於明堂，各一太牢。
安帝延光三年，东巡泰山，祀汶上明堂，如元和二年故事。顺帝即位，修奉常祀。
和帝永元五年，祀五帝於明堂，遂登灵台，望雲物。
顺帝永和元年，宗祀明堂，登灵台，改元，大赦。
汉安元年正月，宗祀明堂，大赦，改元。
灵帝初，黄门朱瑀等阴於明堂中祷皇天曰：“窦氏无道，请皇天辅帝诛之。”既杀武等，诏太官给塞具（塞，报祀也，赛通用）。
东汉制：明堂及灵台令各一人，掌守明堂、灵台，掌候日月星气，皆属太史。东汉明堂制：上圆下方（法天地），八窗、四闼（法八风、四时），九室、十二座（法九州、十二月），三十六户、七十二牖（法三十六旬，七十二候）。
魏明帝太和元年正月丁未，宗祀文帝於明堂，以配上帝，祝称“天子臣某”，齐王亦行其礼。
晋武帝太始元年二月丁丑，宗祀文皇帝於明堂，以配上帝。又议明堂宜除五帝坐，同称昊天上帝，各设一坐而已。
晋明堂，裴頠议立，只为一殿。
太康十年十月，诏复明堂五帝位。
晋初以文帝配，後复以宣帝，寻复还以文帝配，其馀无所变革。是则郊与明堂，同配、异配，参差不同矣。挚虞议以为：“汉魏故事，明堂祀五帝之神；新礼，五帝即上帝，帝即天也。明堂除五帝之位，惟祭上帝。按：仲尼称：郊祀后稷以配天，宗祀文王於明堂，以配上帝。《周礼》，祀天旅上帝，祀地旅四望。四望非地，则上帝非天，断可识矣。郊丘之祀，扫地而祭，牲用茧栗，器用陶匏，事反其始，故配以远祖；明堂之祭，备物以荐，玉牲并陈，笾豆成列，礼同人理，故配以近考。郊堂兆位，居然异体；牲牢品物，质文殊趣。且祖考同配，非谓尊严之美；三日再祀，非谓不黩之义。其非一神，亦足明矣。昔在上古，生为明王，没则配五行，故太昊配木，神农配火，少昊配金，颛顼配水，黄帝配土。此五帝者，配天之神，同兆之於四郊，报之以明堂。祀天，大裘而冕，祀五帝亦如之。或以为五精之帝，佐天育物者也。前代相因，莫之或废，晋初始从异议。庚午诏书，明堂及南郊除五帝之位，惟祀天神，新礼奉而用之。前太医令韩杨上书，宜如旧祀五帝。太康十年，诏已施用。宜定新礼，明堂及郊祀五帝如旧议。”诏从之。江左以後，未遑修建。
晋傅元制《天地郊明堂夕牲歌》一，《天地郊明堂降神歌》一，《明堂飨神歌》一。
东晋孝武帝太元十三年正月後辛，祀明堂。车服之仪，率遵汉制，出以法驾，服以衮冕（时孙耆之议：“郊以祀天，故配之以后稷；明堂祀帝，故配之以文王。由斯言之，郊为皇天之位，明堂为上帝之庙，故徐邈以配之为言，必有神主，郊为天坛，则明堂非文庙矣。”时议帝亲奉，今亲祀北郊，明年正月上辛祀昊天，次辛祀后土，後辛祀明堂）。
宋孝武大明五年，依汉汶上议，设五帝位，太祖文帝对飨。祭皇天上帝，鼎俎、彝、簋一依太庙礼。堂制但作大殿屋十二间，无古三十六户、七十二牖，文饰雕画而已（时有司奏：“伏寻明堂、辟雍，制无定文，自汉暨晋，莫之能辨。《周书》云，清庙、明堂、路寝司制。郑元注《礼》，义生於斯。诸儒又云，明堂在国之阳，丙巳之地，三里之内。晋侍中裴頠以为尊祖配天，其义明著，庙宇之制，理据未分，直可为殿，以崇严祀，其馀杂碎，一皆除之。裴頠所奏，窃谓可安。国学之南，地实丙巳，其墙宇规范，宜拟则太庙，唯十有二间，以应一周之数。”）。
齐高帝建元元年，祭五帝之神於明堂，有功德之君配，明堂制五室（时从王俭议）。
明帝崇昌元年，有司奏以武帝配（国子助教谢昙济议：“按《祭法》，禘郊祖宗，并列严祀，郑元注义，亦据兼享。宜祖宗两配，文武双祀。”左仆射王晏议：“若用郑元祖宗通称，则生有功德，况垂尊若，历代配帝，何止於二？今殷荐上帝，元属武帝，百代不毁，其文庙乎。”诏可）。
梁祀五帝於明堂，服大裘冕，樽以瓦，俎、豆以纯漆，牲以特牛，肴膳准二郊。若水土之品、蔬菜之属，宜以荐郊所无者从省。除五配，五帝行礼自东阶升，先春郊帝为始，止一献清酒，停三献及灌事（仪曹郎朱异议，祀明堂改服大裘；又以贵质，不应三献。“《礼》云：‘朝践用太樽。’郑元云：‘太樽，瓦也。’有虞氏瓦樽。此皆是宗庙，犹以质素，况在明堂，理不容象樽也。郊祀贵质，器用陶匏；宗庙贵文，诚宜雕俎。明堂之礼，於郊为文，比庙为质。请改器用纯漆，庶合文质之衷。旧仪：鬯灌求神，初献清酒，次醹终醁，礼毕，太祝取俎上祭肉，当御前以授。五帝天神，不可求之於地，二郊主祭，无授肉之礼。请停三献灌鬯及授俎之法，止於一献清酒。旧用太牢，按郊用茧栗，《诗》云祀文王於明堂，有维羊维牛。良由周监二代，其义贵文，明堂方郊，未为极质，故特用三牲。今斟酌百王，义存通典，蔬果之荐，虽符周礼，而牲牢之用，宜遵夏、殷。请自今明堂牲用特牛。”从之）。其堂制：十二年，毁宋太极殿，以其材构明堂十二间，皆准太庙。以中央六间安六天座，悉南向。东来第一青帝，五帝依次而列。又五人帝配飨在阼阶，东上，北向。大殿後为小殿五间，以为五佐室焉（帝曰：“明堂之祭五帝，则是总义；在郊之祭五帝，则是别义。宗祀所配，复应有室，若专配一室，则义非配五；若皆配五，则成五位。以理而言，明堂无室。”朱异以《月令》“天子居明堂左个、右个”，听朔之礼，既在明堂，今若无室，则於义或阙。帝又曰：“郑元义，听朔必在明堂，此则人神混淆，庄敬道废。《春秋左氏传》云：“‘介居二大国之间’。此云左、右个者，谓祀帝堂南又有小室，亦号明堂，分为三处听朔。既有三处，则有左右之义，在宫之内，明堂之外。人神有别，差无相干。”其议是非莫定，初尚未改。十二年，太常丞虞瞬复引《周礼》明堂九尺之筵，以为高下修广之数，堂崇一筵，故阶高九尺。汉家制度犹遵此礼。”於是毁宋太极殿，为明堂十二间）。
梁明堂送神諴雅一曲四言‖明堂徧歌五帝登歌五曲四言
陈祀昊天上帝、五帝於明堂，牲以太牢、粢盛六饭，鉶羹、果蔬备荐焉。武帝以德帝配，文帝以武帝配。堂制：殿屋十二间，中央六间，依前代安六座，四方帝各依其方，黄帝居坤维，而配享坐依梁法。“)