帝悉以天下章奏付刘瑾。瑾时杂构戏玩娱帝，候帝娱，则多上章奏，请省决，帝曰：“吾安用尔为？而一烦朕！”瑾由是自决政。瑾初亦送内阁拟旨，但秉笔者逆探瑾意为之。其事大者，令堂候宫至瑾处请明，然後下笔。後瑾竟自於私宅拟行，多出松江人张文冕手。张文冕者，故市侩。尝犯法，南京兵部尚书何鉴捕置之理，亡匿附瑾，瑾倚之。府部等衙门官禀公事，日候瑾门，自科道部属以下皆长跪。大小官奉命出外及还京者，朝见毕，必赴瑾见辞以为常。惟瑾自建白本，则送内阁拟旨，东阳等必极为称美，有曰“尔刚明正直，为国除弊”等语，识者鄙之。刘瑾使禁直指挥点视六科官，辰入酉出，毋离其次。
二年（丁卯，一五〇七）春正月，刘瑾矫旨枷尚宝卿顾璇、副使姚祥於长安左、右门外，郎中张玮於张家湾，俱以违例乘轿为东厂所发也。时瑾遣逻卒，伺韩文於途，无所得。遇璇等，遂以其事上。已而以大学士李东阳疏营救甚力，瑾不得已，乃滨死而後释之，各坐谪戍。
闰正月，刘瑾矫诏令吏、兵二部，凡进退文武官，先於瑾处详议。两京都察院各道有奏章，必先呈堂禀详，然後上闻。二月，以都御史曹元巡抚陕西。元故与刘瑾亲，遂用之。
刘瑾矫诏遣科道查盘天下军民府库，其存留者，皆令解京。郡县积储，为之空匮。
三月，刘瑾矫诏榜奸党於朝堂，颁示天下，略曰：“朕以幼冲嗣位，惟赖廷臣辅弼其不逮。岂意去岁奸臣王岳、范亨、徐智窃弄威福，颠倒是非，私与大学士刘健、谢迁，尚书韩文、杨守随、林瀚，都御史张敷华、戴珊，郎中李梦阳，主事王守仁、王纶、孙磐、黄昭，简讨刘瑞，给事中汤礼敬、陈霆、徐昂、陶谐、刘（艹洍）、艾洪、吕翀、任惠、李光翰、戴铣、徐蕃、牧相、徐暹、张良弼、葛嵩、赵仕贤、御史陈琳、贡安甫、史良佐、曹闵、王弘、任讷、李熙、王蕃、葛浩、陆昆、张鸣凤、萧乾元、姚学礼、黄昭道、蒋钦、薄彦徽、潘镗、王良臣、赵佑、何天衢、徐珏、杨璋、熊卓、朱廷声、刘玉递相交通，彼此穿凿，各反侧不安，因自陈休致。其敕内有名者，吏部查令致仕，毋俟恶稔，追悔难及。”是日朝罢，令廷臣跪金水桥南听诏。
刘瑾矫诏京官养病三年不赴部者，革为民；未久者，严限赴京听选。瑾知科道等官忤已者，养病避祸，故严禁锢之。
夏四月，刘瑾矫诏令内阁撰敕，天下镇守太监得预刑名政事。其最为害者，河南镇守廖堂，剥取民财，辇送数十万於京师。毕贞者，初差天津取海鲜，後请敕自山东沿海达於苏、松、浙江、福建，所至括民财，凌辱官司莫敢言者。故事，六部奏准，备事由送内阁请敕书，未有不由六部，内阁自出敕者。瑾付内阁创为之，东阳等不能执奏，唯唯而已。
逮南京巡抚、右副都御史艾璞下狱。先是，魏国公徐俌与无锡民家争田，璞归田於民。俌赂刘瑾，差官覆勘。使者乘瑾风旨，悉以其田予勋戚，且劾璞前勘非是。瑾矫旨逮赴诏狱讯之，璞不屈，曰：“此实民田也。”瑾怒，棰之几死，数日方苏，谪海南。
罢礼部尚书李杰。时晋府镇国将军袁槏赂刘瑾，求封郡王，杰持不与，曰：“皇帝祖训无载也。”瑾矫旨许之，而勒令杰罢去，复起前礼部尚书张升代之。升初以忤瑾致仕，已而复不合，罢。宁王宸濠厚赂刘瑾请复其先世已革护卫，瑾矫旨与之。
刘瑾等诬逮工科给事陶谐，廷杖落职为民。谐前後上疏戒逸游，远谗佞，停止不急工作，差官卖咸织造，皆直指群奸欺蔽之罪，瑾等以是大恨之。已而复以他事逮之理，捃摭百端，终不屈，杖戍肃州卫。
五月，以讲官詹事杨廷和为南京户部右侍郎，学士刘忠为南京礼部右侍郎。旧事，御经筵毕，必献规谏语。是日，廷和、忠直讲既罢，上谓刘瑾曰：“经筵讲官耳！何多词？”刘忠与廷和皆旧东宫官，奏曰：“二人当令南京去。”遂有是迁。时南部无缺，皆添注。虽升之，实远之也。忠谓廷和曰：“此行须别瑾否？”廷和曰：“瑾所为如此，不可再见之，人知必以我辈交瑾矣。”忠深然之。廷和乃以蜀锦辞瑾，瑾曰：“刘先生不足我耶？”遂厚廷和而疏忠。时刘宇为中枢，托保国公家人朱瀛者，交通刘瑾，日数往来。兵部郎中杨廷仪，廷和弟也。每俟瀛出，必招入私署，留坐款语。四司官有不附宇者，瀛必言於瑾，令外补。廷仪独谄谀宇。廷仪能文，宇章奏皆廷仪为之。
吏部推总督两广右都御史熊绣掌南京都察院事，刘瑾矫诏令致仕。绣在兵部，结怨中贵。至两广，供应裁革，日唯廪给数升而已。瑾使人踪迹，其人叹息而去，瑾竟不能害。致仕归之日，虽纸笔药饵，一无所取。
六月，给事中许天锡手具登闻鼓状，力陈时弊，怀中不敢奏，自经屋梁死。天锡在弘治中素言事，有气节。时给事中郄夔覆视榆林功次，瑾私人冒功多，夔难所纪叙，亦自经死。给事中周钥使还，当赂瑾，无所借资，自刎桃源舟次。
刘瑾议革天下提学官，吏部尚书许进谓提学作育人材之本，执奏不可，止之。太监李荣传旨：“御马太监谷大用父奉、御用太监张永父友俱升锦衣卫指挥使。”寻俱进都督同知。此内臣父兄授官之始。
秋八月，钦天监五官监候杨源奏：“自正德二年以来，火星入太微垣帝座之前，或东或西，往来不一。”劝上思患预防，意盖指刘瑾也。瑾大怒，曰：“源何官，亦学为忠臣耶！”矫旨逮送锦衣卫，杖三十，谪戍肃州，至怀庆卒，妻度氏斩芦荻覆屍，葬於驿後。源父御史瑄以劾曹、石谪戍岭外，犹幸生还。源忠直不愧其父，而身遂不免，朝野悲之。
刘瑾改其侄婿纳粟监生曹谧为千户，起其妹夫致仕礼部司务孙聪赞画大同军务。冬十月，南京户部尚书杨廷和入朝，命改廷和为户部尚书，兼文渊阁大学士。南京尚书入阁，自廷和始。
起张采复为文选司郎中。采美丰仪，先为文选郎，与焦芳相得，给事中刘（艹洍）劾归。至是，芳荐采於刘瑾。采，故瑾乡人。谒朝数日後，始往见瑾，瑾喜迎，笑曰：“好乡里。外官多不知事，朝後即来。乡里迟来，最得也。”时许进议调验封郎中石确於文选，疏已入，而瑾欲复用采，迫进追回用石确疏，以采易之。寻复以采为右佥都御史。而合水韩鼎者，亦由瑾升户部侍郎，与采同廷谢。鼎先谢老不任，拜起，又吃吃不能致词，谷、张辈屏後群笑之。瑾甚愧，曰：“且看此人！”既谢，皆叹曰：“好男子，此不负所举矣！”采归过瑾，瑾设酒肴预待，曰：“非都宪，我为老韩愧死矣！”相得益欢。
十一月，刘瑾矫诏革天下巡抚。始遣科道查盘各边刍粮。刘瑾素知边方召商中纳积弊，遣科道官三年一次查盘。回奏内有粮粗粃草浥烂者，瑾矫旨逮系各巡抚及管粮郎中下狱。既至，锁扭押至所任地方，勒令加倍赔偿。凡各商人纳过粮草，未给价银，皆没官不给。由是商贾困弊，边储日乏。刘瑾矫诏裁革天下按察司兵备官。
十二月，逮顺天府丞赵璜下诏狱，斥为民。璜任济南知府，裁抑镇抚中贵，故瑾恨之。巡抚四川都御史刘缨谓蜀水恶，请开通巫山道，可自彝陵达夔州。旨未下，遂开道。瑾矫旨械缨下诏狱，廷臣论救，释之。
三年（戊辰，一五〇八）春正月，刘瑾令朝觐官，每布政司纳银二万两。考察朝觐官，既上奏，翰林学士吴俨家故富，刘瑾尝有所求，俨不与，御史杨南金者，都御史刘宇廷挞之，不堪辱，养病去，瑾矫旨缀奏尾，曰：“学士俨，帏幙莫不修，其致仕。御史南金，无病欺诈，其为民。”逮李梦阳下锦衣卫狱，寻释之。梦阳代韩文草疏，瑾已谪出之，犹未释也，复罗以他事，械至京下狱，将置之死。时翰林修撰康海与梦阳同有才名，各自负不相下。瑾慕海，常欲招致门下，而海不往。瑾恒先施，海辄瞷间亡答之，竟不一见。至是，梦阳客左氏者，诣狱语梦阳曰：“子殆无生路矣！惟康子可以解之。”梦阳曰：“吾与康子素不相下，今死生之际始托之，宁不愧於心乎？”左曰：“不谓李子而为匹夫之谅也！”强之再，梦阳乃以片纸书数字，曰：“对山救我，唯对山为能救我。”对山者，海别号也。左持书诣海，海曰：“是诚在我，我岂吝恶人之见，而不为良友一避咎也！”遂诣瑾。瑾大喜，延置上座。海曰：“昔唐玄宗任高力士，宠冠群臣，目为李白脱靴。公能之乎？”瑾曰：“即当为先生役。”海曰：“不然。今李梦阳高於李白，而公曾不为之援，奈何欲为白脱靴哉！”瑾曰：“此朝廷事。今闻命，当为先生图之。”海遂解带与之饮，达曙别去。梦阳由是得释，而海与瑾往复，竟罹清议矣。“)