庆历初，吕夷简老病，在相位，天下事积成抏弊。元昊盗边，陕右师老兵顿，天子忧之。一日，夷简罢相。夏竦为枢密使，既除复罢。而更用杜衍，又范仲淹、富弼、韩琦同时擢执政，收揽一时名士，增谏官员，修首在选中，擢太常丞、知谏院。修力□时事，屡请责执政以时所可为者。于是仁宗开天章阁，给二府笔札，令具所以施行条上。其后下诏劝农桑，兴学校，抑侥幸，修之发明居多。是时执政，皆修素所厚善，而修所言事一意径行，不以形迹嫌疑顾避。天下之士知其立朝有本末，质行正直，众颇推许。小人自此侧目，而党人之论兴矣。初，石介作《庆历圣德诗》，言进贤退奸之难，其指以美杜衍等进而竦见黜也。竦既怀不满，因与其党造为党论，目仲淹、衍及修为党人。修乃上《朋党论》，其大略言：“小人无朋，惟君子则有之。如《书》曰‘受有臣亿万，惟亿万心。周有臣三千，惟一心’。纣亿万人各异心，可谓无朋矣，而纣因以亡。武王之臣三千人，可谓大朋矣，而周用以兴。盖君子之朋虽多而不厌故也。”擢同修起居注，阅月，拜右正言、知制诰。于是为党论者恶修擿语其情状，使内侍蓝元震密上疏，言“范仲淹、欧阳修、尹洙、余靖，前日蔡襄谓之‘四贤’，斥去未几，复还。四人得志，遂引襄为同列，以爵禄为私惠，胶固朋党，转相汲引，不过三二年，布满要路，则误朝迷国，谁敢有言”。仁宗不听。
会被旨使河东。自陕西兵兴，刍粮久不继，言者屡请废麟州。修请移兵就食于滨河诸堡，使缓急不失应援，平时可省馈运，麟州以故不废。又建言忻、代州、岢岚、火山军，故时并边皆民田，潘美患虏入寇，乃使民内徙，空其地，自后虏人盗耕不已。请益募民赋田入租，岁可得谷数百万斛给边，仍计顷出丁为兵，不者，他日尽为虏所有矣。从之。
会保州兵叛，出修为龙图阁直学士、河北都转运使。仁宗面谕曰：“勿为久计，有事第言之。”修对以：“谏官乃得风闻，今在外，使事有指，越职罪也。”仁宗曰：“事苟宜闻，岂可以中外为辞？”尝上疏言：“今杜衍、韩琦、范仲淹、富弼相继罢去，天下皆知其有可用之贤，而不闻其有可罢之罪。自古小人败事，其说不远。欲广陷良善，则指为朋党；欲动摇大臣，则诬以专权。盖去一善人而众善人尚在，则未为小人之利，欲尽去之，则善人少过，难一一求瑕，唯是指以为朋，则可尽逐。至如自古大臣，被主知而蒙信任，则难以他事动摇，惟有专权是上之所恶，方可倾之。夫正士在朝，群邪所忌；谋臣不用，敌国之福。今此四人一旦罢去，而使群邪相贺于内，四夷相贺于外，臣所以为陛下惜之也。”于是为党论者愈益忌之。初，修妹适张龟正，卒，无子而有女。女实前妻所生，甫四岁，以无所归，其母携养于外氏，及笄，修以嫁族兄之子晟。会张氏与奴奸，事下开封狱，狱吏因附致其言以及修。诏以户部判官苏安世、内侍王昭明杂治之，卒无状。乃坐用张氏奁中物买田立欧阳氏券，左迁知制诰、知滁州。久之，迁起居舍人、知扬州，徙颍州。复龙图阁直学士、知应天府，以母忧去。既免丧，入见，修老矣，发白。仁宗恻然，问在外几年，今年几何，恩意甚渥，命判流内铨。小人恐修复用，乃伪为修奏乞汰内侍挟威令为奸利者，宦者人人忿怨，杨永德者阴以言中修，出知同州。仁宗悟，留刊修《唐书》，为翰林学士，加史馆修撰，勾当三班院，改侍读学士、知蔡州。未行，复为翰林学士，判太常寺。时文士以磔裂怪僻相尚，修知贡举，深革其敝，前在高第者尽黜之，务求平淡典要，举子皆造言谤之。已而文亦卒变。
拜右谏议大夫，判尚书礼部，又判秘阁秘书省，加兼侍读，辞不受。同修玉牒，兼龙图阁学士，权知开封府，以给事中罢，同提举诸司库务，改群牧使。《唐书》成，拜礼部侍郎，为枢密副使。尝因水灾，凡再上疏请立皇子，言甚激切。未几，参知政事，与韩琦等协定大议，立英宗。已而英宗力辞宗正之命，修进曰：“宗室不领职事，今忽有此除，天下皆知陛下将以为嗣也，不若遂正其名。且宗正诰敕付阁门，故得不受；若立为皇子，则止降一诏书，大事定矣，不可辞也。”仁宗以为然，遂下诏。
及英宗以疾未亲政事，慈圣光献太后垂帘，修与二三大臣主国论，每帘前奏事，或执政聚议，有未可，修未尝不抗是非力争。台谏官至政事堂论事，事虽非己出，同列未及启口，而修已直折其短。以至士大夫建明利害及所祈请，前此执政多媕阿，不明白是非，至修必一二数之，曰某事可行，某事不可行，用是怨诽者益多。英宗尝面称修曰：“性直不避众怨。”修亦尝称诵故相王曾之言曰：“恩欲归己，怨使谁当？”及上即位，御史蒋之奇言修帷箔事，连其长子妇吴氏。修杜门，请付有司按治。先是修妻之从弟薛宗孺坐举官被劾，内冀会赦免，而修乃言不可以臣故侥幸，乞特不原。以故宗孺坐免官，怨修，因构为无根之言欲以污辱之。会刘瑾亦素仇家，乃腾其谤，以语中丞彭思永，思永以语之奇。之奇始以私议濮王事与修合，而修特荐为御史，时方患众论指目为奸邪，及得此，因亟持以自解。于是诏诘语所从来，之奇言得之思永，以与瑾同乡，故力抵以为风闻。上为其辞穷，降思永知黄州，之奇监道州酒。遣中使手诏慰安修，修遂称疾，力乞解机务，以观文殿学士、刑部尚书知亳州。时修年六十，乃连六表乞致仕，不从。迁兵部尚书、知青州。修尝荐王安石于朝，及安石执政，助神宗有为，修不悦。常平法下，乃以擅止散青苗钱，诏释其罪，除检校太保、宣徽南院使，判太原府，三辞不受。徙知蔡州，以老病乞骸骨，章数上，乃为观文殿学士、太子少师致仕。卒年六十六，赠太子太师。太常初谥曰“文”，常秩曰“修有定策之功，请加以‘忠’”，乃谥曰“文忠”。
初，英宗即位，追赠宗室尊属，至濮安懿王，中书以本朝未有故事，请付有司详议。英宗谦恭重其事，诏须大祥后议之。后乃诏礼官与待制以上详议，而有司以为王当称伯，改封大国，朝廷以典礼未正，再下尚书省集议，而皇太后手书以议事诘责执政。于是手诏权罢议，令有司博求典故以闻。御史吕诲等弹奏修首开邪议，琦、公亮、概附会不正，请如有司议。修论本生之亲改称皇伯，历考前世，皆无典据；进封大国，则又礼无加爵之理。已而皇太后出手书曰：“濮安懿王及谯国太夫人王氏、襄国太夫人韩氏、仙游县君任氏，可令皇帝称亲。仍尊濮安懿王为皇，三夫人并称后。”是日手诏，欲遵太后手书称亲，而不敢当追崇之典。诲及范纯仁、傅尧俞、赵瞻、赵鼎论列不已。英宗问执政当如何？修对曰：“御史以为理难并立，若以臣等有罪，即留御史；若非罪，则惟圣旨是听。”英宗乃令出御史。其后修著《濮议》，引《丧服记》曰：“‘为人后者，为其父母报。’报者，齐衰期也。谓之降服，亲不可降，降者，降其外物尔，丧服是也。其必降者，示有所屈也，以其承大宗之重，尊祖而为之屈尔，屈于此以伸于彼也。生莫重于父母，而为之屈者，以见承大宗者亦重，此以义制者也。父子之道，天性也。临之以大义，有可以降其外物，而本之于至仁，则不可绝其天性。绝人道而灭天理，此不仁者之或不为也。故圣人制服，为降三年为期，而不没其父母之名，以见服可降而名不可没也。此以仁存心者也。”又曰：“今议者欲以为人后之故，使一旦反视父母若未尝生我者，其绝之已甚矣。使其真绝之欤，是非人情也；迫于义而伪绝之欤，是仁义者教人为伪也。”所议大略如此。
国朝接唐、五代末流，文章专以声病对偶为工，剽剥故事，雕刻破碎，甚者若俳优之辞。如杨亿、刘筠辈，其学博矣，然其文亦不能自拔于流俗，反吹波扬澜，助其气势，一时慕效谓其文为昆体。时韩愈文，人尚未知读也，修始年十五六，于邻家壁角破簏中得本，学之。后独能摆弃时俗故步，与刘向、班固、韩愈、柳宗元争驰逐。是时，尹洙与修亦皆以古文倡率学者，然洙材下，人莫之与。至修文一出，天下士皆向慕，为之唯恐不及，一时文章大变，庶几乎西汉之盛者，由修发之。然至论《易》，则以《系辞》非孔子之言，论《周礼》，则疑非周公所作，是以君子之爱其文者，犹叹息于斯焉。“)