现在市行政会已忍无可忍了。最高权力机关——两百人的大行政会召开了。他们要求开除加尔文和其他反抗行政当局的传教士。公民大会在一五三八年四月二十三日召开。大会以压倒多数通过，免去那些造反的传教士们的职务，并限令他们在三天之内离开本城，在过去的十八个月中，加尔文曾咒骂过如此之多的日内瓦自由市民，驱逐他们，判决他们流放，而现在却轮到他自己了。
加尔文企图通过风潮来攫取日内瓦权力的第一次尝试失败了。但在独裁者的一生中，挫折不过是暂时的。事实上，那样一种失败，对爬到某一授予全权高位的人，几乎是必要的。在一开始就戏剧性的失败了，那才引人注目。对主要的革命家来说，放逐、监禁、取缔，从来不会有碍他们的声望，反而对他们有所禆益。一个被群众偶像化了的人，首先得是一个受难者。受到可恶制度的迫害，就能为人民的领袖造成心理上的先决条件，随之而来的是群众全心全意的支持。想要成为领袖者所受到的考验越多，大众就越有可能把他当作具有象征意义的领袖。对于要担任领导角色的政治家来说，没有比诸如转入地下更必要了，因为短暂的不露面，会使他的形象传奇化。名声将把他的个性藏在灿烂的云彩和壮观的光环里。当他从光环中浮现时，他能够满足大众百倍的期望。不劳他采取行动，一种气氛就能够形成。正是在流亡中，许多杰出之士才赢得了权威。那是只有那些有影响的、鼓舞了信心的人们才能行使的。凯撤在高卢，拿破仑在埃及，加里波的在南美，列宁在乌拉尔，都由于本人不在，变得比他们留着更强有力。加尔文也是这样。
当驱逐批准时，加尔文的一切好象都已经完结了。他的组织被破坏，他的成果被粉碎。除了一个对强加于秩序的狂热意志的回忆和寥寥可数可以相信的朋友之外，什么都没有留下。然而，正象那些在危险的时刻，具有能避免妥协，躲入暗处的人一样，他的继任者们和他的放手们，由于犯了和他过去所犯同样的错误而帮助了加尔文。当加尔文和法里尔这样个性有特殊魅力的人被撤职以后，市行政当局发现，很难骗到一、二个有奴性的传教士，因为他们担心果断行动可能使他们自己失去人心。他们准备放松而不是收紧缰绳。由那样的人占领布道台，那曾经由加尔文有力推动过的日内瓦的宗教改革立即陷于停滞，自由市民们在信仰方面混乱不堪，不知道什么是对的，什么是错的。这样，被禁止的天主教会的成员重新慢慢地恢复勇气，而且努力通过精明的中间人，重新为罗马天主教征服日内瓦。情况十分紧急，而且越来越紧急。渐渐地，那些改革者们，因曾把加尔文想得太苛刻和太严格，而感到不安。他们自问：无论如何，铁的教规毕竟比迫在眉睫的混乱更为需要。越来越多的自由市民，他们中间有些人过去曾经积极反对过加尔文，现在力主把他召回。市行政当局最后认为，除按公众的意见办理外，别无他法。加尔文所收到的第一批信息和函件，不外乎是谨慎地提一些问题，但他们立即清楚地急切地要那位传教士回来，这一请求由于热切的呼吁而得到了加强。市行政当局不再在信中称他为“先生”，而称他为加尔文大师，恳求他回来拯救他们摆脱困境。最后，困惑的委员们谄媚地写信恳求“他们的好兄弟和过去的朋友”恢复传教士的公职，写这公文的那些人宣称他们“决心不遗余力地支持他，直到他满意为止”。
假如加尔文是一个不足道的、满足于廉价胜利的人，他当然会对两年以前把他放逐出来，而现在恳求他回去的城市感到满意，但渴求攫取全部权力的他，是永远不会容忍折中办法的。在这神圣的事业里，加尔文不被个人虚荣所动。他要的是权力，他个人权力的胜利。他不愿浪费片刻，让他的工作被任何世俗的权力所干扰。如果他回日内瓦，那么，那里只有一个法令有效，那就是约翰·加尔文的法令。
一直到日内瓦缚住双手，向加尔文卑躬屈膝，自愿臣服，他才答应在一个满意的地位上进行谈判。由于战术上的原因，他故作轻蔑之态，拒绝了这些急切的开价。“我愿死一百次，也不愿重蹈早期痛苦的斗争，”他写信给法里尔说。他不愿向他的敌手跨出一步。最后，市行政当局跪在加尔文面前，用隐喻恳求他回来，以致连他最接近的朋友法里尔也不耐烦了，他写道：“难道你还要等石子也哭喊着要你回来？”但加尔文坚持自己的立场直到日内瓦无条件投降为止。最后，市行政委员们宣誓接受“忏悔”，并按照他的意志建立必要的“教规”；他们写信到斯特拉斯堡城当局，要求城里的教徒兄弟们把这一责无旁贷的人让给他们；日内瓦在整个世界并在他面前丢尽了面子，加尔文终算让了步，他宣称，假定给予他绝对权力的话，他准备接受他原来的职务。
就这样，象一个被征服的城市迎接征服者入城一样，日内瓦迎接了加尔文，并尽一切可能缓解他的不高兴，为使加尔文的要求可能在事先得到承认，过去严格的法令又迅速地重新强制执行了。小市行政会弄到一处合适的、带有花园的、装修得非常漂亮的房子给加尔文。现在他的来到已是众望所归了。圣皮埃尔大教堂的布道台重新进行了翻造，以便加尔文可以更有效地传道，可以让每一参加仪式的人都看得到他本人。荣誉接踵而来，在加尔文离开斯特拉斯堡前，一名使者从日内瓦启程，在半路上欢迎他并带去城市的祝福。自由市民出钱，将他的家属隆重地接来。最后，在九月十三日，一辆旅行四轮马车开到科纳文门。群众聚集起来以盛会迎接这归来的流亡者，在欢迎声中，加尔文进了城。现在日内瓦已在他的手中了，他要象一个陶工塑造粘土那样不停地工作，直到他按自己的思维模式改变这个城市为止。从这一刻起，加尔文同日内瓦就成为两个不可分离的概念：加尔文和日内瓦，精神和形式，造物主和芸芸众生。“)