众僧见他执意要去，谅留他不住，遂作别起身，回到了西湖之上，便在南北两山，欲觅一僻静之所。忽见五云山一个去处，四山围合，径曲林幽，原是古云栖寺的旧基，宋朝雍熙年间，有一大扇和尚，善能伏虎，人便称他为伏虎禅师，这寺是他创造的。天禧中，敕赐真济禅院。不料弘治七年，洪水骤发，殿字经像，尽皆漂没。莲池到此，已是隆庆六年。因爱此山岑寂，可以修行，遂孤形只钵，结个茅庵，默坐于内。一日止煨粥一餐；胸前挂一面铁牌，牌上写着：“铁若开花，方与人说。”自从莲池到了，虎狼驯伏，便有樵夫人山斫柴，传说莲池的好处，不但老虎不吃人，狗是老虎的酒，连酒杯儿也不动了。人人称异道：“又是个伏虎禅师了。”凡遇亢旱，莲池诵经祈祷，便降甘雨。人人一发说他是个活佛临凡。这些檀越施主，若大若小，争出钱粮，情愿鼎新云栖，以为永远香火。肩泥挑石，运木移砖，不一日，便成兰若。但是莲池不喜庄严屋宇，聊取安适，支阁而已，所以外无崇门，中无大殿，惟禅堂处憎众，法堂奉经律，外设放生所，内启老病堂，西建十方堂。百执事各有寮，日有警策语，依期宣说；夜有巡司，击板念佛。再有宝刀战、回耀峰，为龙虎环抱。东冈而上，有壁观峰；峰下出泉，名青龙泉，中峰之旁，有圣义泉；西岗之麓，有金液泉。三泉览引，涓洁甘芳。称为“云栖六景”，遂成偌大丛林。清规整肃，毫忽无差。自书记、知宾，茶头，饭头、库头、菜头、园头、净头等执事员役，整整有条。六时礼佛，不许妇人女子进门，为四方道场之冠。缙绅士大夫苦空僧行，礼拜连座者，人千人万。
那时莲池方才开口说法，道：“无常迅速，一心念佛。‘南无阿弥陀佛’六个字，但不要随口念过，真能旋天转地，受用不尽。若果一心不乱，自然往升西方极乐世界。”内中一个御史左宗郢便问道：“念佛得悟道否？”莲池道：“怎么得不悟？反闻闻自性，性成无上道。今反念念自性，怎么得不悟？此法极其简便直捷。那参禅喝棒，只好接引上等根器的人，凡夫俗子省得些甚么？故此念佛是广大教化法门。富贵人受用见成，正好念佛；贫穷人，家小累小，正好念佛。有子孙的，宗祀得托，正好念佛；无子孙的，孤身自在，正好念佛。若人子孝，安受供养，正好念佛；若人子逆，兔生恩爱，正好念佛；若人无病，趁身康健，正好念佛；若人有病，切近无常，正好念佛。老年人光景无多，正好念佛；少年人精力有余，正好念佛。若人处闲，心事不扰，正好念佛；若人处忙，忙里偷闲，正好念佛；若已出家，逍遥物外，正好念佛；若不出家，知是火宅，正好念佛。若人聪明，通晓净土，正好念佛；若人愚鲁，别无所能，正好念佛。若欲参禅，禅是佛心，正好念佛；若思悟道，悟须佛证，正好念佛。”左御史又问道：“念佛时必须净室庄严否？”莲池道：“不必拘牵形迹。好静的，不必敲鱼击鼓，自可寂静念佛；怕事的，不必成群做会，只消闭门念佛；识字的，不必人寺听经，只消依教念佛。千里烧香，不如安坐家堂念佛；供奉邪师，不如孝顺父母念佛；广交魔友，不如一身清净念佛；寄库来生，不如见在放生念佛；许愿保禳，不如悔过自新念佛。习学外道文书，不如一字不识念佛；无知妄谈禅理，不如老实持戒念佛；希求妖鬼灵通，不如正信因果念佛。”左御史听了，大悟而去。
莲池每见杭城大小人家多好杀生，遂举笔作“戒杀文”七则云：
一曰生日不宜杀生。哀哀父母，生我劬劳。己身始诞之辰，乃父母垂亡之日，正宜戒杀持斋，广行善事，使先亡妣考早获超升；见在椿萱，增延福寿。何得顿忘母难，杀害生灵？
二曰生子不宜杀生。无子则悲，有子则喜。不思一切禽畜，亦各爱其子。庆子生，令他子死，于心何安，夫婴孩始生，不为积福，而反杀生，不亦愚乎？
三曰祭先不宜杀生。亡者忌辰及春秋祭扫，俱当戒杀，以资冥福。夫八珍罗于前，安能起九泉之遗骨而使之食乎？杀生以祭，徒争业耳。
四曰婚礼不宜杀生。世间婚礼，自问名纳采，以至成婚，杀生不知其几。夫婚者，生人之始也。生之始而行杀，理既逆矣。且吉礼而行凶杀，亦觉不祥。
五曰宴客不宜杀生。良辰美景，贤主嘉宾，蔬食果酒，不妨清致。何须广杀生命，穷极肥甘，笙歌餍妖于杯盘，宰割冤号于砧几？嗟乎！有人心者，能不悲乎！
六曰祈攘不宜杀生。世人有疾，杀生祀神，以祈福佑，不思已之祀神，欲免死而求生也，杀他命而延我命，逆天悖理，莫甚于此矣。
七曰营生不宜杀生。世人为衣食故，或畋猎，或渔捕，或屠宰牛羊猪犬，以资生计，而我观不作此业者，亦衣亦食，未尝冻馁而死也。杀生营生，神理所殛；以杀昌裕，百无一人。种地狱之深因，受来生之恶报，莫斯为甚矣。何苦而不别求生计乎？
莲池便命书记速传此戒杀文，广行天下。复作“放生文”劝人为善。遂凿上方池放生，自作碑记于长寿庵。因有人问道：“鱼鳖无万，群聚一池，如狱囚一般，不得畅快，奈何？”莲池道：“不强如杀乎？鱼鳖聚在一池，犹坐关和尚终日坐在斗室之中，游行自在，亦未见其甚苦。”又问道：“池中一勺之水，放得几何生？”莲池道：“此为之兆也。吾具放生之心，人难道不具放生之心乎？一处放生，以至于十处、百处、千处、万处，由杭而至于南北二京，川湖江广，山陕河南，无一处不放生，则天下便成极乐国土，世上亦永无刀兵杀运之灾矣。
一日净慈寺性莲和尚请莲池讲圆觉经，在南屏五十三日，人来听经的，如山似海，只有虞德园先生与之相好。虞德园见湖心寺放生池久废，遂邀莲池踱到龙王堂，望着湖心寺，不胜叹息道：“此三潭旧迹也，今薪草堆积，都变做了草滩，岂不可惜？况西湖原是古放生池，如今渔人昼夜网捕，无刻休息，甚是可怜。何不浚复三潭，仍为放生池，却比大师上方池不更开阔么？”莲池甚嘉其言，立心要成此功德，遂恳合城缙绅士庶，并呈明当道，立取葑泥，绕寺筑埂，还插水柳为湖中之湖，专为放生而设。重建旧寺为德生堂，山门仍名湖心寺，杭严道王应乾题匾其上。择僧看守，禁止渔人，不得越界捕捉。自莲池重兴后，那放生的源源不绝，也有为生日放生的，也有为生子放生的，也有逐月初一、十五做放生会的。西湖之上，竟做了西方乐国矣。莲池复回云栖，只是闭门念佛，闲时著述些经文戒律，每每设放瑜珈施食，普济幽魂。到了万历十六年，杭州大旱，设坛祈雨的颇多，绝无一些云气，雨从何来？有人道：“近闻莲池大师道行高妙，何不去求他出来祈雨？”遂哄动了朱桥梵村的人，都来求大师祷雨。莲池道：“我又无符咒法术，晓得祈甚么雨？”众人只道他推却，一齐放声大哭，跪倒在地。莲池勉强应允，便随众出山。那些村中人只道大师怎样建坛，怎样请龙，怎样移云掩日，谁知大师绝无一些作为，只率领了众人，绕着田间，念了无数阿弥陀佛。自大师一念佛起，便有一片黑云从东北而来，行至半路，雷声隐隐的从云里响将起来。及至田内走了一周，只见那雨平倾的落了三四尺深，田禾尽活。愈信大师佛力广大。
次年潮信大发，冲倒朱桥，民人不能行走，揭衣而涉，多有溺死之人。村中欲请大师救济。忽一日，本府知府余良枢闻得云栖大师道德高妙，便欲请他主持其事，亲往云栖来见大师。只见一路山青水秀，叠嶂层峦，知非凡境。山门上一匾是“云栖”二字，旁有一对是：翠蔼封中觅路，碧峰尽处归庵。
余知府道：“真名山胜迹也。”到了寺前，有知宾接进，莲池即出相迎。进了方丈，宾主坐下，余知府开口便说：“非为别事，只因朱桥被潮汐冲塌，往来病涉，非有道之士主持其事焉能成此大功。本府欲借重和尚倡建，不知尊意何如？”莲池道：“贫僧出家人，原以济人为本，方便为门。砌路修桥，正是僧家之事。此举无论贵贱，每愿捐资八分，随缘而助，便可竣事。”知府道：“只恐功人施微，难以速成。”莲池道：“施不论多寡，但以得心为主。心力多则功成不朽。况八者，取坤士之义。以土制水，无有不成之理。”余知府道：“和尚出言平易，见解人微，真非凡人可及。”便叫门子拿拜匣来，取了一封银子，送与莲池道：“俸资八十两，稍助桥工，余仗和尚佛力。”随打轿回衙。四方好善的，闻得莲池大师兴工造桥，都来布施，立累千金，纠工筑基，每下一桩，便诵咒百遍。自起工至桥成之日，潮汐不至，以此得成其功，人皆称为神异。“)