光绪元年八月，日本署公使郑永宁牒中国，请补正前约。李鸿章令津、沪两道详议，复将各条逐加查核，因致总署云：“通商章程第二十八款，进出口税未便一例，及日本进口税则第八十三条（毛曷）布类，又日入至日出不准开封锁舱，应行更正补载等事，可以照准。但换定之约，不便改写，祗可由总署另给照覆，附刊章程之后。至鸦片严定罚款一条，彼国既有各国贸易通例，或可权宜照办，无须补列。查曾国籓预筹日本议约奏内亦云，彼国严禁传教与鸦片，中国犯者即由中国驻员惩办，或解回本省审办，而郑署使照会末段，华民归彼地方官照料，是中国遣理事官一端，实有难再从缓之势。查横滨、长崎、神户三处华民最多，总理事官驻最要之口，各口即选各帮公正司事，俾为副理事官，遇事妥商办理，实与中外大局有裨，应主持早办。”总署亦以为然。会日使议改章，欲于鸦片进口照西例加倍严罚，李鸿章亦援西例与争。议久不决。
是秋，日本派使臣带兵船往朝鲜攻毁砲台，以朝鲜砲击日船，特遣森有礼为驻华公使，要求总署发给护照，派人前往，又欲代递文信。总署坚拒。李鸿章谓宜由总署致书朝鲜政府，劝其以礼接待，或更遣使赴日本报聘，辨明开砲轰船原委，以释疑怨，为息事宁人之计。总署即派办理大臣往问朝鲜政府。朝鲜政府颇不原与日本通商往来，而日使森有礼往谒李鸿章，则以高丽非中国属邦为词。因提出条件三：一，高丽以后接待日本使臣；一，日本或有被风船只，代为照料；一，商船测量海礁，不要计较。鸿章答以高丽系中国属国。事既显违条约，中国岂能不问，森使急求与高丽通好，鸿章请徐之。
二年八月，始命直隶候补道许钤身出使日本，拟设理事、副理事各员。日使森有礼诣李鸿章，谓中国商民向由日本地方官管理。中国若派领事官前往，恐日本不肯承认。鸿章答以同治十年修好条规第八条云，两国指定各口，彼此均可设理事官。兹照约选派理事，日本何能不认？日本自订约后，在上海、厦门、天津设立领事，中国无不照约招待。彼此一例，何能稍有区别？森使乃不复言。
是年，日本屯兵琉球。福建巡抚丁日昌以琉球距台北鸡笼，水程不过千里，请统筹全局以防窥伺，报可。三年三月，日本因内乱，来借士乃得枪子百万，政府以十万应之。五月，琉球国王密遣陪臣赍咨赴闽，诉日本阻贡物。闽浙总督何璟等以闻，并出使日本大臣何如璋。如璋乃往日本外务寺岛宗则商议，并照会其外务卿，延不答覆。五年正月，日人驱遣琉球官员之在日本者，令回琉球，并派内务大丞松田往琉球，废琉球为郡县，并令改用纪元。如璋函报总署，复亲往见其内务卿伊藤博文及外务卿，皆不得要领。时有美前总统格兰忒者，游历来华，又将有日本之行。鸿章因以琉球事相讬，格兰忒慨然以调处自任。及至日本，以琉球各岛本分三部，商拟将中部归球立君复国，中、东两国各设领事保护，其南部近台湾，为中国属地，割隶中国，北部近萨摩岛，为日本属地，割隶日本，冀可息事。而日本总称琉球为己属国，改球为县，系其内政。格兰忒请另派大员会商。李鸿章因达总署，请照会日本外务省，请其另派大员来华会商。而日本则欲中国另派大员前往东京，或如光绪二年在烟台会议。李鸿章执不许。
会俄因废约事，与中国肇衅。詹事府左庶子张之洞奏：“俄人恃日本为后路，宜速联络日本。所议商务，可允者早允，但得彼国两不相助，俄事自沮。”政府得奏，因徇日使户玑之请，以南部宫古、八重山二岛归中国，而加入内地通商照各国利益均霑之条。户玑又以本国现与西洋各国商议增加关税、管辖商民两事，美国已允，请一并加入条约。总署以日本既与各国商议，俟日本与各国订定后，再彼此酌议，暂不并加入约。已定议矣，而右庶子陈宝琛以俄事垂定，球案不宜遽结，日约不可轻许上言。两江总督刘坤一、出使日本大臣黎庶昌、内阁学士黄体芳各有建议，皆不果行。八年十二月，李鸿章复与总署议球案，欲就前议中国封贡议结，仍不决。
十年九月，日本公使榎本武扬请于登州、牛庄二口运豆饼。政府以非条约所有。李鸿章谓：“同治元年总署徇英使之请，暂弛豆禁，而已开竟难禁止。同治八年，沪上洋商雇用轮船径从牛庄装豆运往长崎，当经总署饬总税司查禁议罚，不果。以后豆石渐多流入东洋，旋值中、日订约，其时豆禁开已十年。日使援例为请，但允以通商别口买运，至登、牛两处，仍坚持不许。榎使所请，仅豆饼一项。中日通商章程载明年限届满，两国方可会商酌改。今尚未订改期，若婉辞以缓，至重修商办，似无不可。如仍哓渎，应予通融，声明原约其馀各款照旧信守，庶于羁縻之中，仍寓限制之义。”
会朝鲜乱，日本进兵，以保护使馆为名，又以中国兵枪伤日本兵为口实，十一年正月，派参议伊藤博文为全权大臣，来华议事，并递国书，进谒李鸿章。初日本敕书内有“议办前日案件，妥商善后方法”之语，李鸿章以为隐括朝案宗旨。伊藤开议要求三事：一，撤回华军；二，议处统将；三，偿恤难民。鸿章以撤兵一节尚可商议，议处统将、偿恤难民，力争不许。函致总署，谓议处、偿血卩两层，纵不能悉如所请，须求酌允其一。但我军入宫保护，名正言顺，交战亦非得已，断无再加惩处之理。伊藤强请三事皆允，鸿章只允撤兵，并要同撤，伊藤亦允。吴大澂拟四条，送交伊藤：一，一同撤兵；二，练兵各营，须有中国教习武弁若干人，定立年限，年满再行撤回；三，以后朝鲜与日本商民争端，日本派员查办，不得带兵，中国亦然；四，朝鲜如有内乱，朝王若请中国派兵，自与日本无涉，事定亦即撤兵，不再留防。伊藤不以为然，自出所拟条款：一，议定将来中、日两国永不派兵驻朝；二，前约款仍与中、日两国战时之权无干，若他国与朝鲜或有战争，或朝鲜有叛乱，亦不在前条之例；三，将来在朝鲜如有中、日两国交涉，或一国与朝鲜交涉，两国各派员商办；四，朝鲜教练兵士，宜由朝鲜选他国武弁一员或数员教练；五，两国驻朝兵，于画押盖印后四个月限尽撤。鸿章以伊藤所拟五条，意在将来彼此永不派兵驻朝，辨駮不允。旋奉旨：“撤兵可允，永不派兵不可允；至教练兵士一节，亦须言定两国均不派员为要。”鸿章奉旨后，与伊藤会议，因议将前五条改为三条：一，议定两国撤兵日期；二，中、日均勿派员在朝教练；三，朝鲜若有变乱重大事件，两国或一国要派兵，应先互行文知照。遂定议，而于议处、偿恤仍不许。惟因当时日兵实被我军击败伤亡，鸿章因牒日本致惋惜，并自行文戒饬官兵，以明出自己意，与国家不相干涉。三月初四日，立约画押，是为中日天津会议专条。
十二年五月，日本公使盐田议修约，李鸿章以为宜缓，因致总署，谓：“日廷现与欧、美各国改约，应俟彼商定后，我再与议，庶可将西国所订各款参酌办理。又球案亦当并商妥结，免致彼此久存芥蒂。请总署酌夺。”旋因长崎兵捕互斗案出，暂置未议，而琉球遂属于日，不复议及矣。
十三年正月，盐田因崎案已结，请催修约，总署仍令李鸿章核覆。鸿章谓：“原约分修好条规、通商章程为二。条规首段声明彼此信守，历久弗渝。通商章程第三十二款则声明现定章程十年重修。是章程可会商酌改，条规并无可改之说。至通商章程，大致本与西约无甚悬殊。惟第十四、五款，不准日人运洋货入内地、赴内地买土货，为最要关键。当时伊藤与柳原前光为此两款力争，鸿章坚持不改。今日稿第一款内，一曰遵守彼国通商章程，再曰遵守清国与各与国所缔通商章程，固寓一体均霑之意，实欲将十四、五款删除，关系甚大，请缓议。”时日本伊藤博文新秉政，仍欲中国派全权商议，卒不果。
二十年三月，朝鲜东学党乱作，乞援于中国，中国派兵前往，日本旋亦以兵往。李鸿章电驻日公使汪凤藻，与日本政府抗议，日仍陆续出兵。及事平，驻韩道员袁世凯牒日本驻韩公使大鸟圭介，援约同时撤兵。日本外务省提出三项：一，中、日两国兵协同平定韩国内乱；二，乱定后，两国各设委员于京城，监督财政及吏治；三，募集公债，以为朝鲜改革经费。总署电令汪凤藻答覆，略谓朝鲜内政，应由朝鲜自由改革，不应干预。日本政府覆凤藻，谓朝鲜缺独立资格，日本为邻邦交谊，不能不代谋救济。既又提出二条件，谓无论中国政府赞成提案与否，日本军队决不撤回。中国主撤兵再议，日本则要求议定再撤兵，持久不下。“)