八年夏四月，联兵犯大沽，连陷前路砲台。帝命科尔沁亲王僧格林沁率师赴天津防剿，京师戒严。帝命大学士桂良、吏部尚书花沙纳赴天津查办，复起用耆英偕往。耆英至，往谒英使，不得见，擅自回京，赐自尽。英有里国太者，嘉应州人也，世仰食外洋，随英公使额尔金为行营参赞。闻桂良至，即持所定新议五十六条，要桂良允许，桂良辞之。津民愤，与英人斗，擒里国太将杀之。桂良、谭廷襄恐误抚局，亟遣人释里国太，送回舟。时廷臣交章请罢抚议，以疆事棘，不得已，始命桂良等与定和约五十六款。六月，遣桂良、花沙纳巡视江苏，筹议诸国通商税则。冬十月，定通商税则。时英人以条约许增设长江海口商埠，欲先察看沿江形势。定约后，即遣水师、领事以轮船入江，溯流至汉口，逾月而返。
是年，议通商善后事。时各国来天津换约，均因桂良原议，改由北塘海口入。独英船先抵天津海口，俄人继之，突背前约，闯入大沽口。直隶总督恆福遣人持约往，令改道，不听。九年夏五月，英船十馀艘驶至滩心。越日，竖红旗挑战，拽倒港口铁钅巢、铁椿，遂逼砲台，开砲轰击。时僧格林沁防海口，开砲应之，沈毁其数船。英人复以步队接战，又败之。十年夏六月，复犯天津海口，直隶提督乐善守北岸砲台，拒战，中砲死。时僧格林沁尚守南岸砲台。诏罢兵议抚，乃自天津退军张家湾，英遂乘势陷天津。寻复遣僧格林沁进军通州。帝仍命大学士桂良往天津议抚。桂良抵津，牒洋人商和局。英公使额尔金、参赞巴夏里请增军费及在天津通商，并请各国公使带兵入京换约。桂良以闻，严旨拒绝，仍命僧格林沁等守通州。
八月，英人犯通州，帝命怡亲王载垣赴通议款。时桂良及军机大臣穆廕皆在，英使额尔金遣其参赞巴夏里入城议和，请循天津原议，并约法使会商。翼日，宴于东狱庙。巴夏里起曰：“今日之约，须面见大皇帝，以昭诚信。”又曰：“远方慕义，欲观光上国久矣，请以军容入。”王愤其语不逊，密商僧格林沁，擒送京师，兵端复作。时帝適秋狝，自行在诏以恭亲王奕为全权大臣，守京师，并诏南军入援。时团防大臣、大学士周祖培，尚书陈孚恩等议筹办团练城守事。恭亲王、桂良驻城外，而英师已薄城下，焚圆明园。英人请开安定门入与恭亲王面议和，乃约以次日定和议，而释巴夏里于狱，遣恆祺送归。九月，和议成，增偿兵费八百万，并开天津商埠，复以广东九龙司地与英人。是年，用里国太帮办税务。
十一年春二月，英人始立汉口、九江市埠，均设洋关。九月，总署因与英使卜鲁士议暂订长江通商章程十二款，纳税章程五款。是月，交还广东省城。卜鲁士始驻京。同治元年，粤贼陷苏、松、常、太各城，各国惧扰上海商务，谋自卫。英水师提督何伯随法、美攻剿，复青浦、宁波诸处。捷闻，嘉奖。九月，与英人续订长江通商章程。二年春，以英将戈登统常胜军，权授江苏总兵。四年秋七月，英交还大沽砲台。
五年春正月，与英人议立招工章程。七年十二月，台湾英领事吉必勋因运樟脑被阻，牵及教堂，洋将茄当踞营署，杀伤兵勇，焚烧军火局库，索取兵费。事闻，诘英使，久之，始将吉必勋撤任。未几，英兵船在潮州，又有毁烧民房、杀死民人事，几酿变。八年九月，与英换新约，英使阿礼国请朝觐，不许。九年，请办电线、铁路，不许。既而请设水底电线于中国通商各口，许之。十年，请开琼州商埠。先是同治七年修新约，英使阿礼国允将琼州停止通商，以易温州。至是，英使威妥玛与法、俄、美、布各国咸以为请，允仍开琼州。十二年，穆宗亲政，始觐见。初因觐见礼节中外不同，各国议数月不决，英持尤力，至是始以鞠躬代拜跪，惟易三鞠躬为五，号为加礼。
光绪元年正月乙卯，英繙译官马嘉理被戕于云南。先是马嘉理奉其使臣威妥玛命，以总署护照赴缅甸迎探路员副将柏郎等，偕行至云南腾越属蛮允土司地被戕。时岑毓英以巡抚兼署总督。威妥玛疑之，声言将派兵自办。帝派湖广总督李瀚章赴滇查办。威妥玛遂出京赴上海，于是有命李鸿章、丁日昌会同商议之举。威妥玛至津见李鸿章，以六事相要，鸿章拒之。政府派前兵部侍郎郭嵩焘使英，威妥玛亦欲拒议。又驻沪英商租上海、吴淞间地敷设铁轨，行驶火车，总督沈葆桢以英人筑路租界外，违约，饬停工。至是，威妥玛遣其汉文正使梅辉立赴沪商办，鸿章乃与约，令英商停工，而中国以原价购回自办。初上海既通商，租界内仍有釐捐局，专收华商未完半税之货。至是，威妥玛欲尽去釐捐局，界内中国不得设局徵收釐税，鸿章请政府勿许。
二年五月，谕：“马嘉理案，叠经王大臣与英使威妥玛辩论未洽，命李鸿章商办早结。”六月，命鸿章为全权大臣，赴烟台，与威妥玛会商，相持者逾月，议始定。七月，鸿章奏称：“臣抵烟台，威妥玛坚求将全案人证解京覆讯，其注意尤在岑毓英主使。臣与反复驳辨，適俄、德、美、法、日、奥六国使臣及英、德水师提督均集烟台，往来谈宴，因于万寿圣节，邀请列国公使、提督至公所燕饮庆贺，情谊联洽。翌日，威使始允另议办法，将条款送臣查核。其昭雪滇案六条，皆总理衙门已经应允，惟偿款银数未定。其优待使臣三条：一，京外两国官员会晤，礼节仪制互异，欲订以免争端；一，通商各口会审案件；一，中外办案观审，两条可合并参看。观审一节，亦经总署于八条内允行。至通商事务原议七条：一，通商各口，请定不应抽收洋货釐金之界，并欲在沿海、沿江、沿湖地面，添设口岸；一，请添口岸，分作三项，以重庆、宜昌、温州、芜湖、北海五处为领事官驻扎，湖口、沙市、水东三处为税务司分驻，安庆、大通、武穴、陆溪口、岳州、玛斯六处为轮船上下客商货物；一，洋药准在新关并纳税釐；一，洋货半税单，请定划一款式，华、洋商人均准领单，洋商运土货出口，商定防弊章程；一，洋货运回外国，订明存票年限；一，香港会定巡船收税章程；一，各口未定租界，请再议订。以上如洋药釐税由新关并徵，既免偷漏，亦可随时加增；土货报单严定章程，冀免影射冒骗诸弊；香港妥议收税办法，均尚于中国课饷有益。其馀亦与条约不背。英使又拟明年派员赴西藏探路，请给护照，因不便附入滇案、优待、通商三端之内，故列为专条。免定口界、添设口岸两事，反覆争论，乃允免定口界，仅于租界免抽洋货釐金，且指明洋货、土货仍可抽收。将来洋药加徵，稍资拨补，似于大局无甚妨碍。至添口岸一节，总署已允宜昌、温州、北海三处，赫德续请添芜湖口，亦经奏准。今仍坚持前议，准添四口，作为领事官驻扎处所。其重庆派英员驻寓，总署已于八条内议准，未便即作口岸，声明俟轮船能上驶时，再行议办。至沿江不通商口岸上下客商货物一节，自长江开码头后，轮船随处停泊，载人运物，因未明定章程，碍难禁阻。英使既必欲议准，似不在停泊处所之多寡，要在口岸内地之分明。臣今与订‘上下货物，皆用民船起卸，仍照内地定章，除洋货税单查验免釐外，有报单之土货，只准上船，不准卸卖，其馀应完税釐，由地方官一律妥办’等语，是与民船载货查收釐金者一律，只须各地方关卡员役查察严密耳。英使先请湖口等九处，臣与釐定广东之水东系沿海地方，不准骤开此禁，岳州距江稍远，不准绕越行走，姑允沿江之大通、安庆、湖口、武穴、陆溪口、沙市六处，轮船可暂停泊，悉照内地抽徵章程。臣复与德国使臣巴兰德议及德国修约添口，即照英国议定办理。威妥玛请半年后，开办口岸租界，免洋货釐，洋药并纳釐税，须与各国会商，再行开办，因准另为一条。至派员赴西藏探路一节，条约既准游历，亦无阻止之理。臣于原议内由总理衙门、驻藏大臣查度情形字样，届时应由总理衙门妥慎筹酌。迨至诸议就绪，商及滇案偿款。英使谓去冬专为此事，调来飞游帮大兵船四只，保护商民，计船费已近百万。臣谓两国并未失和，无认偿兵费之例，嘱其定数。英使谓吴淞铁路正滋口舌，如臣能调停主持，彼即担代，仍照原议作二十万，遂定议。因于二十六日，将所缮会议条款华、洋文四分，彼此画押盖印互换。至滇边通商，威使面称拟暂缓开办，求于结案谕旨之末，豫为声明。”疏入，报闻。鸿章仍回直督本任。约成互换，是为烟台条约。约分三端：一曰昭雪滇案，二曰优待往来，三曰通商事务。又另议专案一条。是年，遣候补五品京堂刘锡鸿持玺书往英，为践约惋惜滇案也。“)