北海镇标及城守营，康熙初年设。二十三年，改设龙门水师协标，分左右二营，左营水师八百二十三人，右营八百十一人，共大米艇三艘，中米艇四艘，小米艇一艘，捞缯船三艘，艍船一艘。乾隆二十年后，实存趕缯船二艘，艍船四艘，拖风船一艘，快马船三艘。旧辖有硇州营，大小战船二十七艘，后改隶高廉水师镇标。
高廉镇标阳江营，嘉庆十五年，以南韶连镇标左翼兵移驻阳江，设阳江镇标，左营大米艇五艘，捞缯船二艘，右营大米艇三艘，捞缯船一艘，后改隶高廉镇标。电白营双篷艍船七艘。吴川营外海双篷艍船二艘，外海拖风船三艘，桨船二艘。硇州营旧为乾体营，大战船十三艘，龙艇六艘，哨船五艘。康熙四十二年，改为硇州营，存趕缯船三艘，艍船六艘，拖风船十二艘，外海双篷船四艘，快桨船七艘。东山营大米艇一艘，捞缯船二艘。
雷琼镇标，康熙二十七年设，分左右二营，趕缯船二艘，艍船六艘，快哨船六艘。雍正间，增快哨船十艘。嘉庆十五年，改称水师营，左营水师八百七十六人，右营水师八百八十八人。海安营，康熙初年，设副将各官。八年，改设游击，隶镇标，大小哨船凡二十艘。白鸽寨营，顺治初年，设参将各官，大小哨船九艘。康熙间裁撤，存哨船三艘。海口营，嘉庆十五年，设水师协标，左营水师四百九十二人，右营四百八十五人，后改参将，并左右营为一营。崖州水师协标，中营属陆路，右营水师一、二、三号拖风哨船三艘，四、五、六号艍船三艘。
又广东驻防八旗营水师，乾隆十年，设领催等三十人，水师四百七十人，分左右二营，匠役十二人，教习副工兵百人。
广西水师，旧设驻柳州，后移驻龙州。康熙二十一年，以梧州地居两广之中，扼三江之要，分额设弁兵之半，于浔、南一带，设哨船巡防。其后惟梧州、浔州、平乐、南宁、庆远各府有经制水师，为数无多。
至光绪初年，以漓江、左江、右江水程绵亘，盗贼充斥，设水师五营。嗣因饷绌，并为三营。旋增募勇丁，凡巡哨船一百四十艘，兵丁一千三百馀人。仍苦不敷分布，乃复设水师五军，以水程之长短，定师船之多少。自桂林府至平乐府，为中军汛地，设将领四人，巡船四十艘，兵五百人。自梧州府至浔州府，为前军汛地，设将领二人，巡船二十艘，兵三百五十二人。自太平府至南宁府，为左军汛地，设将领三人，巡船三十艘，兵三百七十六人。自庆远府至武宣，为右军汛地，设将领四人，拨车扒船四艘，巡船三十六艘，兵五百三十六人。自南宁府至百色等河面，为后军汛地，设将领三人，扒船八艘，巡船二十艘，兵四百二十四人。此光绪季年之制也。
其旧设水师弁兵船数列后：梧州府水师三营，设副将各官，水师千人，塘船十三艘，快船六艘，舢板船三十八艘。庆远府协标左营，兼辖水师哨船二艘。平乐府水师哨船四十七艘。广运营八桨哨船七艘，柳兵哨船七艘。大亮营八桨哨船一艘，柳兵哨船一艘。大定营八桨哨船一艘，柳兵哨船二艘。足滩营柳兵哨船十二艘。浔州府左营，兼辖来宾江口水师哨船，勒马汛水师哨船。南宁府隆安县水塘十八处，哨船十五艘，水师一百四十人，横州水塘二十处，哨船三艘，水师三十四人。永淳县水塘九处，哨船一艘，水师十人。
湖北水师，武昌府城守营，旧有水师营，设守备以下各官。乾隆二年，拨入汉阳营，任江、汉巡防之责。武昌省城，存城守营内河巡哨船五艘，下游道士洑营巡江船三艘。汉阳城守营兼辖水师营，战船三艘，虎战船一艘，汉川虎战船二艘。黄州协营，巡江船三艘。蕲州城守营，巡江船二艘。荆州水师营，设守备以下各官，战船二十五艘，巡江船二艘。宜昌府水师，顺治十三年设彝陵镇，辖水师前后二营。康熙十九年，改为彝陵水师协标。乾隆元年，改为宜昌镇标，仍设水师前后二营，战船三十艘，小船十一艘。经粤寇之乱，旧制无存。同治间，设长江水师。其属湖北省者，为汉阳水师镇标，辖汉阳营、田镇营、簰洲营、巴河营。其战船、兵额，与各省长江水师同制。
江西水师，清初设九江镇标水师营，南湖水师营、鄱湖水师营，唬船二十艘，分防水巡，各营设塘船一艘。康熙元年，改九江镇标为九江协标，水师七百七十三人，增设沙船三十艘，水汛巡哨船十七艘。乾隆间，实存沙船八艘，唬船二十三艘。后改为城守营。同治八年，裁撤城守营。其南湖水师营、鄱湖水师营，自设长江水师后，亦皆裁撤。长江水师之属于江西省者，为湖口水师镇标，辖湖口营、吴城营、饶州营、华阳营、安庆营，战船、兵额，与各省长江水师同制。
安徽省水师，安庆镇标、寿春镇标及游兵营、泗州营，均有战船。顺治初年，安庆镇标游兵营隶操江巡抚标。康熙元年，改隶江南总督标。泗州营旧隶江南提督标，后改隶安徽巡抚标。安庆镇标，分防怀宁、桐城、望江、东流、贵池、铜陵及江西彭泽县等处，大唬船一艘，小唬船二十二艘。游兵营，分防和州、无为、含山、铜城、繁昌、芜湖、当涂等处及江苏之江宁县，大唬船一艘，小唬船二十七艘。寿春镇标，颍州营哨船二艘，泗州营扒唬船四艘。经粤寇之乱，师船尽毁。同治间，设长江水师，属安徽省者，为长江提督标中营，驻太平府，辖裕溪营、芜湖营、大通营、金陵营，战船、兵额，与各省长江水师同制。
湖南水师，清初设辰州、洞庭二营。康熙二十八年，裁辰州水师，改设岳州水师营，归岳州营参将兼辖，设守备各官，头舵战兵六十八人，水步战兵六十五人，水守兵一百四十八人，分防岳州府城及东西湖、上下江二汛。自雍正至嘉庆，迭有增减，存头舵战兵三十四人，水步战兵三十九人，水守兵一百四十二人，战船十八艘。
洞庭水师营，原设洞庭协标。嘉庆二年，以洞庭副将、都司移驻常德，改常德为协。以常德游击、守备移驻洞庭，改洞庭协为水师营，设游击各官，战兵一百九人，守兵四百三十六人，战船十二艘，分防小船、游巡小船各十艘，分驻龙阳县及东西湖各汛。承平日久，将弁兵丁，咸居陆地，船敝不修，旧制浸废。
咸丰三年，曾国籓治水师于湖南，造船练兵，以长龙船、舢板船尤为便利。粤寇定后，至同治八年，裁撤水勇，设长江水师。在湖南境者，设岳州镇标四营，为岳州营、沅江营、荆州协标营、陆溪营。原设之岳州水师，归并岳州城守营。原设洞庭水师，归并龙阳城守营。
咸丰军兴以后，常于省城驻水师二营，湘潭驻水师一营，衡州驻水师一营，益阳县则由省城拨师船驻防，常德驻水师一营，辰州驻一营，靖州之洪江驻一营，澧州则由常德拨师船驻防，又于岳州、安乡合驻水师一营，不在经制水师之列，而分地驻巡，参错布置，实与经制水师相辅云。
长江水师，道光季年，各省内河水师及沿江水师，船多朽敝，值操练之期，虚衍仪式。粤寇东犯，无以制之。咸丰三年，江忠源始建制舰练兵之议。四年，命侍郎曾国籓治水师于衡州，造拖罟、快解、长龙、舢板各船，惟舢板船尤为轻捷制胜，长龙船次之。大率水师一营，设长龙船一、二艘，舢板船或十馀艘，或二十馀艘，以拖罟船、快解船守营，不以出战。其后水师日增，悉废拖罟、快蟹旧式之船，专以舢板船摧敌。任彭玉麟、杨岳斌为水师统帅，循长江转战东下，克名城以百计，踣巨憝于金陵。
同治三年，东南底定，曾国籓、彭玉麟以江防重要，疏请设立长江经制水师。简授长江水师提督一人，得专摺奏事，隶两江、湖广总督节制，率提标五营驻安徽太平府。每岁于所辖湖南、湖北、江西、安徽、江南五省江面巡阅。设岳州、汉阳、瓜洲、湖口四总兵官。每镇标各统水师四营，惟湖口镇标五营，以狼山镇标水师二营并隶之，凡二十四营。总兵及参将、游击，于收泊战舰处所立汛建署，为营汛治事之地。以船为家，不得在署常居。都司、守备各官以至兵丁，不得陆居。
总兵座船三艘，督阵舢板二艘，亲兵十二人。副将座船二艘，督阵舢板一艘，长龙二艘，亲兵十二人。游击座船二艘，督阵舢板一艘，长龙一艘，亲兵十二人。都司二人，各座船一艘，长龙一艘。守备二人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。四哨千总八人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。四哨把总九人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。四哨外委十一人，各座船一艘，舢板一艘，飞划一艘。又外委一人，管带督阵舢板，有座船一艘，无舢板。战船之大者，每艘或设兵二十人，为舵兵一人，头兵一人，砲兵二人，桨兵十六人；或设兵二十五人，为舵兵一人，舱兵一人，头兵一人，砲兵四人，桨兵十八人。舢板船每艘设兵十四人。“)