绍兴协营，设副将各官，水师一千八百七十二人，用卫所之制，设临海、观海二卫，沥海、三江二所。雍正十年，设周家路水师汛，置绍字一、二号巡船二艘。
宁波府，顺治三年，设水师营参将二人，分左右二营，水战兵四百人，守兵四百人。十四年，设宁台温水师总兵官及以下各官。康熙九年，设水师提督及左右二路总兵官，七年罢之。设总兵官一人，辖中左右水师三营，兵三千人。春秋二汛，率战船出洋巡缉。其战船之数，随时增改。顺治三年，水师左右二营，大小战船五十二艘。九年，定海镇左右二营，战船四十九艘。十四年，水师左右前后四营，战船二百二艘。康熙元年，水师前左右三营，战船一百七十三艘。九年，定海镇中左右三营，战船八十艘，增设哨船二十艘。历年裁汰，定为水艍船十二艘，犁缯船七号水艘中艍船一艘，中号犁缯船五艘，沙船七艘，双篷艍船十三艘，唬船二艘，哨船二十艘。象山城守营，设副将各官，哨船四艘，海口汛兵一百五十人，哨船十艘。雍正四年，裁存四艘。昌石营，设都司等官，汛兵五百六十五人，战船六艘。镇海营，原设定海水师左右二营。雍正二年，改设镇海营参将各官，汛兵二百三十五人，哨船八艘。
台州府，顺治十四年，设宁台总镇。十五年，改水师提督。寻改总兵。设黄岩镇标三营，水师二千七百七十五人，战哨船二十五艘。海门驻游击等官。前所驻都司等官。右营分防海洋七汛：玉环山、干江、鸡齐山、标桃屿、石塘、龙王堂、沙护。中营分防海洋六汛：郎几山、黄礁门、深门、三山、老鼠屿、川礁。左营分防海洋八汛：圣堂门、米筛门、白岱门、牛头门、靖寇门、狗头门山、茶盘山、迷江山。
温州府，顺治三年，设副将各官。十三年，改总兵官，设镇标中左右水师三营，战哨船二十二艘。中营水战兵六十五人，守兵一百五十二人，战船九艘，快哨船二艘，钓船三艘。分巡二处：一专防三盘口，水师百六十二人，战船二艘；一专防长沙海洋，水师一百二十八人，沙战船二艘。分防汛地凡七：曰霓岙、黄大岙、三盘、大门、长沙、鹿西、双排。左营水战兵六十八人，守兵一百七十三人，战船九艘，快哨船二艘。分巡二处：一专防凤山汛，一专防南龙海洋。分防汛地凡五：曰凤皇山、铜盘山、南龙山、大瞿山、白脑门。右营辖陆地汛兵。瑞安水师营，设副将各官，水战兵九十八人，守兵一百四十三人，内洋巡哨战船四艘，外洋巡哨战船五艘，快哨船四艘，钓船二艘。分巡二处：一专防北关洋，水师七十人，战船一艘；一专防官山洋，水师五十人，战船一艘。分防汛地凡六：曰北关、官山、金乡岙、琵琶山、南鹿山、四大屿。玉环水师营，设参将等官，水战兵一百四十五人，守兵二百五十四人，八桨船四艘，战船四艘，快哨船四艘。左营辖陆地汛兵。右营水师一百八十四人，战船四艘。分巡二处：一专防坎门，水师六十五人，战船一艘；一专防长屿，水师三十四人，战船一艘。内洋凡三汛：曰乌洋、梁湾、黄门。外洋一汛，曰沙头。左右营率水师一百八十四人，战船一艘，轮巡洋面。又江口水师一百八十四人，战船四艘。
雍正二年，额定四种战船：曰水艍船，曰趕缯船，曰双篷船，曰快哨船。其六桨船、八桨船，雍正七年后所增设也。
福建水师，顺治十三年，始设福建水师三千人，唬船、哨船、趕缯船、双篷船百馀艘。康熙二十四年，裁撤双篷船八十艘，以二十艘分防台湾及澎湖岛。雍正三年，于福州、漳州、台湾三处各设船厂，制造外海内河大小战船。七年，设泉州船厂，修造各提、镇、协标水师战船。福州船厂承修四十六艘。泉州船厂承修四十八艘。漳州船厂承修五十二艘。台湾船厂承修九十六艘。乾隆十六年，令三江口战船按季燂洗。三十三年，裁撤哨船五十艘。嘉庆四年，令战船悉改同安船式。五年，裁撤内地额设战船三十艘，增造米艇船三十艘，编为胜字号。七年，以福宁府陆路镇标左营改为水师左营，驻三沙海口，编新字号战船十二艘。十年，增台湾水师同安梭船三十艘，编为善字号，分设台湾协标中左右三营。十一年，增米艇八艘，编为捷字号，又增大横洋梭船二十艘，分编为集字号十艘，成字号十艘，分防内地。十三年，裁撤中号、小号梭船十七艘。十四年，增集字号、成字号大同安梭船二十艘，捷字号米艇八艘。十五年，裁撤台湾港口善字号船二十一艘，于鹿耳门增守港师船十六艘，编为知字号，增八桨快船十六艘，编为方字号。十六年，裁撤各营中号、小号梭船三十七艘。道光二年，裁撤捷字号米艇、胜字号米艇共十五艘，馀改为一、二、三号同安梭船之式。七年，裁撤台湾水师营知字号、方字号船共三十二艘，善字号船九艘，别造白底艍船三十二艘，编为顺字号十六艘，济字号十六艘，分拨台湾协标中左右三营，澎湖协标艋舺营。
其外海战船名号凡十类：曰趕缯船，曰双篷艍船，曰双篷船，曰平底哨船，曰圆底双篷船，曰白艕船，曰哨船，曰平底船，曰双篷哨船，曰平底船。内河战船名号凡九类：曰八桨船，曰六桨平底小巡船，曰花驾座船，曰八桨哨船，曰小八桨船，曰中八桨船，曰大八桨船，曰花官座船，曰哨艍船。各船水师多寡之数，以船之大小为衡。
提督标分中、左、右、前、后五营，中营战船九艘，左营八艘，右营八艘，前营十艘，后营十艘。总督标水师左营战船二艘。金门协标后改镇标，左营战船九艘，右营九艘，改镇标后，增战船二艘。海坛协标后改镇标，左营战船十艘，右营八艘。闽安协标左营战船七艘，右营七艘。福宁镇标左营战船十艘。烽火营战船十一艘。南澳镇标战船十艘。铜山营战船十一艘。台湾协标中营战船十九艘，左营十四艘，右营十六艘。澎湖协标左营战十七艘，右营十六艘，艋舺营十四艘。
广东水师，自顺治九年设官弁千人，嗣设总督标水师，驻肇庆府，分为中、左、右、前、后五营。中营二橹桨船一艘，急跳船一艘。左营桨船二艘，急跳船一艘，舢板船三艘。右营桨船二艘，急跳船二艘。前营急跳船二艘，舢板船四艘。后营桨船一艘，急跳船一艘，舢板船三艘。水师营二橹桨船十四艘，四橹桨船六艘，急跳船六艘。四会营四字号桨船三艘。新会营急跳船一艘，急跳桨船一艘，小舢板船二艘。后改肇庆城守协标，辖左右营、四会营、那扶营、永安营。以新会营改隶提标水师之顺德协。
巡抚标辖水师左右营、广州协左右营、三水营、前山营、顺德协左右营、新会左右营、增城左右营、大鹏营、永靖营。光绪二十九年，裁广东巡抚，以各营分隶提督标及广州城守协。
水师提督标，康熙元年设，驻惠州府，辖四营。嘉庆后移驻虎门，分中、左、右、前、后五营，香山协左右营，顺德协左右营，新会左右营，大鹏左右营，赤溪协左右营，清远右营，广海寨营，永靖营。凡六橹船十一艘，八橹船四艘，十橹船二艘，十二橹船二艘，米艇十一艘，捞缯船六艘，快桨船二十七艘，浅水桨船十二艘，巡船十四艘，二橹船六艘，四橹船十二艘，艍船四艘。嗣后裁广海寨营，以清远左右营隶三江口协标，以永靖营改隶抚标，又改隶城守协标，增设赤溪左右营。
南澳水师镇标，左营战船十艘，属福建省，右营趕缯船九艘，仔船六艘，八桨船二艘。澄海协，左营艍船二艘，膨仔船二艘，乌船一艘，快桨船三艘；右营趕缯船一艘，艍船二艘，仔船一艘，乌船一艘，快桨船二艘。海门营趕缯船二艘，艍船二艘，仔船四艘，快桨船四艘。达濠营艍船二艘，仔船一艘，快桨船一艘。
碣石水师镇标，康熙八年展界，分中左右三营，米艇十艘，哨船一艘。平海营，康熙元年，以惠州协右营驻平海所，雍正四年，设平海营，隶镇标，一号趕缯船一艘，二、三、四号艍船三艘，五、六、七、八号拖风船四艘，一号快船一艘。归善城守营，舢板哨船十三艘。惠来营，属陆路。潮州镇标，分中左右三营。城守营快船五艘。饶平营快船四艘。黄冈协左右营，左营哨船二艘，右营哨船二艘。“)