太湖营沙船、快船、巴唬船共三十二艘，后改为太湖协标，设副将以下各官。
常州营巡船二十九艘。
江阴营唬船二艘，巡船七艘。
靖江营唬船二艘。
杨舍营巡船二艘。
镇江城守营，顺治十五年，设镇守苏、松水师总兵官，分中、左、右水师三营，各设沙船九艘，趕缯船五艘，寻改为参将等官，设巡船二十三艘。
江南督标游兵营，顺治初年，隶操江巡抚标下，设游击以下各官，大唬船一艘，小唬船二十七艘。康熙元年，裁并入督标。
奇兵营，顺治初年，随操江巡抚赴安徽省驻防，改为太平右营，设游击以下各官。康熙元年，裁并入安庆营。
瓜洲营，顺治二年，设守备以下各官，专防江北水汛，唬船八艘。康熙元年，改为参将，并入江南督标。十一年，改为瓜洲城守备，唬船八艘。其各县分防水师，宝应汛船十五艘，氾水汛船十四艘，永安汛船二十三艘，高邮汛船十六艘，江都汛船十四艘。
淮安庙湾营，顺治初年，设游击以下各官，沙船五艘，唬船四艘。
佃湖营，雍正九年，由庙湾营分防，设都司以下各官，沙船三艘，巡船四艘，唬船一艘，内河巡哨船一艘。
营城营，顺治三年，设守备以下各官，唬船四艘，小巡船四艘。乾隆十一年，改为唬船一艘，巡海哨船二艘，三号四号沙船二艘，小巡船四艘。
小关营，雍正十一年，由盐城营分防，设都司以下各官，沙船二艘，唬船一艘，快船一艘。
海州营，顺治四年，设游击以下各官，小巡船五艘。康熙三年，并入东海营，增设沙唬船十艘。
东海营，顺治初年，设守备以下各官。十八年裁撤。康熙十八年复设。其分防汛地，鹰游内外洋汛船二艘，大浦汛商船二艘，海头汛唬船一艘，临洪口汛哨船二艘，高公岛汛沙船一艘。
江苏抚标左右营，顺治四年，设参将以下各官，左营巡船十艘，右营巡船十艘。
苏州城守营，顺治四年，设参将以下各官，巡船五十八艘。
平望营，顺治三年，设游击以下各官，巡船十七艘。初隶提督标，乾隆以后，改隶巡抚标，巡船二十艘。
福山营，自提督标分防，设游击以下各官，其沙船四艘，巡船六艘，官渡船四艘，船数仍如曩制。道光间，以海疆要地，改为镇标，设总兵以下各官，分为中、左、右三营。
淞北营，原隶督标内河水师，同治十一年，改隶江南提标水师，增设副将以下各官，仿长江水师之制，设舢板船十六艘。
淞南营，同治十一年，改隶里河淞北协标，增设游击以下各官，仿长江水师之制，设舢板船、座船凡三十七艘。
江北狼山镇标，顺治十八年，设总兵以下各官。分中、左、右三营。中营趕缯船一艘，沙船一艘，唬船三艘，渡船五艘。左营趕缯船一艘，沙船二艘，唬船三艘，渡船六艘。右营趕缯船六艘，沙船一艘，唬船四艘，渡船三艘。
泰州营，顺治二年，设游击以下各官，趕缯船二艘，沙船二艘。
掘港营，顺治三年，设守备以下各官，唬船三艘。
康熙二十三年，以京口将军标下沙船二十二艘，唬船十八艘，隶狼山镇标，为海口巡防水师。二十八年，以战船四艘，仍拨归京口。四十八年，改为中、左、右三营。中营趕缯船三艘，沙船二艘。左营趕缯船三艘，沙船三艘。右营趕缯船四艘，沙船二艘，唬船四艘。雍正十年，实存大小水师船二十二艘。十三年，右营增小哨沙船一艘。同治五年，增设绥通、绥海二营，隶长江水师提督。
江南福山镇标，道光二十三年，设总兵以下各官，分中、左、右三营，以旧有之福山营水师为福中营，苏松奇兵营水师为福左营，杨厙水师为福右营。中营旧设巡船十五艘，日久朽坏无存，以沙船四艘增换阔头舢板船五艘，左营设大小舢板船八艘，右营设大小舢板船五艘。同治九年，改定营制，以中营并入左右营，以左营原辖之海门属西半洋沙等汛，隶通州营，以左营分中左右三哨，分驾巡船十二艘，出巡洋面，以右营驻防陆路各汛。
太湖水师，始于雍正间。太湖连跨苏州、常州、湖州之境，为全吴巨浸。湖中风浪与江海异，故巡湖水师，船制亦殊。其卫所巡司则以巡船，水师则以哨船。雍正二年，设太湖营游击、千总、把总各一人。五年，以大钱汛口为浙江省濒湖要道，增守备、千总各一人，把总三人，战守水兵原额千人，历年裁并，实存水战兵一百八十六人，守兵四百七十二人，分防各处：甪头汛兵一百八十五人，沙快船五艘；西山汛兵六十九人，沙快船二艘；浙江乌程汛兵一百九十七人，沙快船九艘；伍浦汛兵六十九人，快巡船九艘；南浦汛兵一百七人，快巡船九艘。七年，以沙船六艘为湖中大汛巡防，其馀改小号巡船二十艘，巡缉支河小港。九年，分水师为左右二营，左营守备驻简村，列汛凡六，当震泽县界。千总一人，驻鲇鱼口，列汛十有二，当吴县、吴江、震泽界。把总二人：一驻东山，列汛凡八，当吴县界；一驻吴江，列汛凡八，当吴江、震泽界。右营守备驻周铁桥，列汛凡六，当宜兴、阳湖界。千总一人，驻马山，列汛十有四，当常州、无锡、阳湖界。把总二人：一驻鼋山，列汛凡七，当吴县界；一驻凤川，列汛凡七，当宜兴、荆溪界。乾隆间，设副将以下各官，水师战船，凡巴唬船十六艘，沙船三艘，大快船七艘，小快船三十二艘。至道光间，存巴唬船十六艘，沙船二艘，大快船六艘，小快船二十艘，桨船十艘。迨咸丰年粤匪乱后，营伍船械全失。同治间，重整水师，尽易旧制，仿长江营制，设太湖协标二营，舢板战船三十六艘。此江南水师之制也。
其长江水师之在江南省者，为瓜洲镇标，辖瓜洲营、孟湖营、三江营、江阴营，战船兵额，与各省长江水师同。
河道总督标营凡二十营，雍正七年，以漕标右营改隶河标设，巡船九艘。山清里河上营，康熙十七年设，船六十八艘。里河下营，雍正六年，由里河营分设，船十三艘。外河上营，船一百十四艘。山安海防河营，雍正七年，由外河营分设，船五十四艘。高堰上营，康熙三十八年，由盱眙营分设，船三十四艘。山盱下营，雍正七年，由高堰营分设，船十七艘。桃源安清营，康熙三十八年设，船二十三艘。扬河上营，康熙十七年设，船八十二艘。扬河下营，雍正七年设，船十四艘。徐河南北营，雍正六年设，船三十艘。邳睢河营，顺治初年设，船七十五艘。宿虹南北营，顺治初年设，船百艘。桃源南北营，顺治初年设，船六十八艘。宿迁运河营，雍正六年设，船十九艘。凡河防各营，设守备以下各官，大小各船，分浚船、柳船二类，修防河工，以营制部勒之。
漕运总督水师标营，分中营、左营、右营、城守四营，以中、左、右三营任护漕之责，以城守四营任地方之责，驻山阳境及漕运所经之地。其运輓漕粮，则以卫卒任之。
浙江水师，杭州协钱塘水师营，顺治初年，设守备各官，兵一百十五人，鳖子门汛兵七十九人，新城汛兵三十一人，塘栖汛兵九十三人，钱江汛兵七十七人，富阳汛兵一百五十人，防守河庄山唬船四艘，运河内河快唬船十一艘，钱塘江渡马船六艘。
乍浦水师营，雍正二年，以定海镇右营改归乍浦，设参将各官，水战兵二百四十人，守兵二百七十六人，战船十艘，内洋岑港辖洋面汛三十三，内洋沥港辖洋面汛十五，内洋岱山辖洋面汛十九。
嘉兴协营，设副将各官，驻防府城，兵四百三十二人，快唬船五艘。海盐汛兵一百七十五人，快唬船三艘。乍浦汛兵二百十三人，快唬船二艘。澉浦汛兵百人，快唬船一艘。石门汛兵一百十人，快唬船四艘。桐乡汛兵七十六人，快唬船二艘。濮院汛兵六十一人，快唬船三艘。新城汛兵四十人，快唬船一艘。平湖汛兵九十九人，快唬船三艘。嘉善汛兵七十人，快唬船二艘。嘉兴汛兵六十九人，快唬船二艘。王江泾汛兵五十六人，快唬船二艘。雍正十年，裁撤快唬船二十艘，改造大号巡船二十艘，小号巡船二十艘，分配各汛。
湖州协营，设副将各官，驻防府城，兵四百七十六人，快巡船十三艘。左营分防双林汛兵五十人，快巡船三艘，德清汛兵三十四人，快巡船四艘，新市汛兵四十二人，快巡船四艘，含山汛兵四十二人，快巡船四艘，菱湖汛兵三十九人，快巡船五艘。右营分防泗安汛兵五十人，快巡船三艘。长兴汛兵四十四人，快巡船二艘。武康汛兵二十人，快巡船一艘。马要汛兵二十人，快巡船一艘。乌镇汛兵二十四人，快巡船一艘。南浔汛兵五十八人，快巡船六艘。菁山汛兵十六人，快巡船一艘。梅溪汛兵八十人，快巡船二艘。“)